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WWWWJGNETCOMWCJDWJGNETCOM世界华人消化杂志2011年1月8日;1919497ISSN10093079PRINTISSN22192859ONLINE临床经验CLINICALPRACTICEKRAS基因突变的定量检测在胰腺疾病诊断中的应用顾俊骏,高军,路华,李兆申顾俊骏,高军,路华,李兆申,中国人民解放军第二军医大学附属长海医院消化内科上海市200433作者贡献分布此课题主要由高军与李兆申设计;研究过程由顾俊骏操作完成;临床病理资料由顾俊骏与路华完成;数据分析与论文写作由顾俊骏完成通讯作者李兆申,教授,200433,上海市长海路168号,中国人民解放军第二军医大学附属长海医院消化内科ZHSLCHXH163COM电话02155620081收稿日期20101013修回日期20101118接受日期20101123在线出版日期20110108QUANTITATIVEDETECTIONOFKRASCODON12MUTATIONINPANCREATICDISEASESJUNJUNGU,JUNGAO,HUALU,ZHAOSHENLIJUNJUNGU,JUNGAO,HUALU,ZHAOSHENLI,DEPARTMENTOFGASTROENTEROLOGY,CHANGHAIHOSPITAL,THESECONDMILITARYMEDICALUNIVERSITYOFCHINESEPLA,SHANGHAI200433,CHINACORRESPONDENCETOPROFESSORZHAOSHENLI,DEPARTMENTOFGASTROENTEROLOGY,CHANGHAIHOSPITAL,THESECONDMILITARYMEDICALUNIVERSITYOFCHINESEPLA,168CHANGHAIROAD,SHANGHAI200433,CHINAZHSLCHXH163COMRECEIVED20101013REVISED20101118ACCEPTED20101123PUBLISHEDONLINE20110108ABSTRACTAIMTOEVALUATETHEVALUEOFQUANTITATIVEDETECTIONOFAKRASGENEMUTATIONATCODON12INTHEDIAGNOSISOFPANCREATICDISEASESMETHODSKRASCODON12MUTATIONWASQUANTITATIVELYDETECTEDBYPEPTIDENUCLEICACIDMEDIATEDREALTIMEPCRCLAMPINGINBLOODSAMPLESFROM143PATIENTSWITHPANCREATICCANCER,110PATIENTSWITHCHRONICPANCREATITIS,AND28DISEASEFREEPEOPLETHERESULTSWEREANALYZEDUSINGSPSS180RESULTSTHEPOSITIVERATESOFKRASCODON12MUTATIONINPATIENTSWITHPANCREATICCANCER,THOSEWITHCHRONICPANCREATITISANDNORMALDISEASEFREEPEOPLEWERE5175,3727AND714,RESPECTIVELYTHEPERCENTAGESOFKRASGENEMUTATIONINTHEABOVETHREEGROUPSOFPATIENTSWERE08210287,02000064AND00800056,RESPECTIVELYKRASCODON12MUTATIONHADNOSIGNIFICANTCORRELATIONWITHGENDER,AGE,SMOKING,ALCOHOL,TNMSTAGE,ANDCLINICALSTAGEINPATIENTSWITHPANCREATICCANCERCONCLUSIONQUANTITATIVEDETECTIONOFKRASCODON12MUTATIONCANBEUSEDTODISTINGUISHDIFFERENTPANCREATICDISEASESKEYWORDSPANCREATICDISEASE;KRASGENE;MUTATION;QUANTITATIVEDETECTIONGUJJ,GAOJ,LUH,LIZSQUANTITATIVEDETECTIONOFKRASCODON12MUTATIONINPANCREATICDISEASESSHIJIEHUARENXIAOHUAZAZHI2011;1919497摘要目的探讨KRAS基因第12密码子突变的定量检测在胰腺疾病鉴别诊断中的价值及其意义方法应用肽核酸钳制实时荧光定量PCR方法检测143例胰腺癌、110例慢性胰腺炎以及28名正常人的血液中KRAS基因第12密码子的突变量,并分析其与相关临床指标的关系结果胰腺癌、慢性胰腺炎和正常人血液中KRAS基因的突变阳性率分别为5175、3727和714KRAS基因的突变比例分别为08210287、02000064和00800056慢性胰腺炎和正常人即使存在KRAS突变,其突变比例通常也较胰腺癌低胰腺癌患者血液的KRAS突变情况与性别、年龄、吸烟、饮酒、肿瘤TNM分期与临床分期无明显相关结论肽核酸钳制实时荧光定量PCR方法可用于胰腺疾病的鉴别诊断关键词胰腺疾病;KRAS基因;突变;定量检测顾俊骏,高军,路华,李兆申KRAS基因突变的定量检测在胰腺疾病诊断中的应用世界华人消化杂志2011;1919497HTTP//WWWWJGNETCOM/10093079/19/94ASP0引言KRAS作为一种癌基因是目前人类研究最为关注的肿瘤相关基因之一KRAS基因突变常见于胰■背景资料单纯的KRAS基因突变定性检测对于胰腺疾病的诊断并不是十分准确,而KRAS基因突变的定量检测的结果可能揭示即使同时存在KRAS基因突变,其突变比例的高低不同,可能更加有用于对胰腺疾病的鉴别诊断■同行评议者韩天权,教授,上海交通大学医学院附属瑞金医院外科、上海消化外科研究所顾俊骏,等KRAS基因突变的定量检测在胰腺疾病诊断中的应用95WWWWJGNETCOM腺癌、结直肠和肺癌等疾病,其通常发生于第12、13和61密码子在胰腺癌中KRAS基因的突变9013,并且集中于第12密码子,突变类型中GAT、GTT和CGT3种突变类型更是占所有第12密码子突变的99以上而KRAS基因的突变通常被认为是胰腺癌发生的早期事件4,并且KRAS基因的突变率从正常胰腺导管细胞、慢性胰腺炎的扁平或者乳头状异性增生到胰腺癌,其突变率逐步升高5,6因此,单纯的KRAS基因突变定性检测对于胰腺疾病的诊断并不是十分准确,而KRAS基因突变的定量检测的结果可能揭示即使同时存在KRAS基因突变,其突变比例的高低不同,可能更加有用于对胰腺疾病的鉴别诊断1材料和方法11材料收集中国人民解放军第二军医大学附属长海医院消化内科200807/201008有完整病例资料的胰腺癌患者143例、慢性胰腺炎110例以及正常志愿者28例的外周血所有病例均经病史、临床表现、实验室及影像学检查确诊12方法121血液样本DNA的抽提抗凝全血1ML加入500700ΜLTT缓冲液,剧烈振荡后,低温离心机12000R/MIN,离心5MIN;收集沉淀加入200ΜLPCR裂解液A;37℃水浴过夜抽取PCR裂解物约200ΜL,加入200ΜL酚氯仿,充分混匀后,12000R/MIN,离心20MIN;取上清,加入200ΜL氯仿充分混匀,12000R/MIN,离心10MIN;取上清,加入100ΜL乙酸铵及2倍体积无水乙醇约700ΜL充分混匀,静置1MIN后,12000R/MIN,离心10MIN弃上清加入1ML70乙醇洗涤,12000R/MIN,离心5MIN;弃上清,自然风干,用100ΜLTE液溶解沉淀,应用NANODROPND1000全波长紫外/可见光扫描分光光度计测出浓度分装于80℃保存122KRAS基因第12密码子突变的检测肽核酸钳制实时荧光定量PCR法检测突变PNA是针对野生型KRAS基因第12、13密码子设计的PNA,由韩国PANAGENE公司合成,其组成为NH2CCTACGCCACCAGCTCCCOOHKRASFAMTAGMANMGB探针由美国APPLIEDBIOSYSTEMS公司合成,其组成分别为野生型KRAS探针GGTFAMCTACGCCACCAGCTCCAACTMGB;突变型KRAS探针GATFAMCTACGCCATCAGCTCCAACTMGB;GTTFAMCTACGCCAACAGCTCCAACTMGB;CGTFAMCTACGCCACGAGCTCCAACTMGBPCR引物由美国APPLIEDBIOSYSTEMS公司合成上游引物F5AGGCCTGCTGAAAATGACTGAAT3;下游引物R5TTAGCTGTATCGTCAAGGCACTCT3TAQMANGENEEXPRESSIONMASTERMIX购买于美国APPLIEDBIOSYSTEMS公司KRAS基因野生型标准品GGT和KRAS基因突变型标准品GAT、GCT、GTT、AGT、CGT、TGT由上海INVITROGEN公司合成,将模板倍比稀释为106、105、104、103、102、101、0拷贝,作为标准品模板仪器选用ABI公司的7500型实时定量PCR仪反应体系包括TAQMANGENEEXPRESSIONMASTERMIX125ΜL,上下游引物各05ΜL5ΜMOL/L,PNA1ΜL10ΜMOL/L,MGB探针各03ΜL10ΜMOL/L,DNA标准品模板为106、105、104、103、102、101、0拷贝,用无菌双蒸水定容至25ΜLPCR反应条件95℃预变性10MIN,之后95℃变性15S,76℃PNA结合15S,60℃退火60S,共50个循环123KRAS基因第12密码子突变定量的分析采用标准品绝对定量PCR的方法得到每个样本的KRAS野生型和KRAS突变型的量KRAS基因突变比例定义为KRAS突变型/KRAS野生型KRAS突变型通过数据转化可以得到每个样本所对应的KRAS基因突变比例,以用于统计学分析统计学处理采用SPSS180医学统计软件进行统计分析计量资料用MEANSD表示各组目的基因的突变量的比较采用MANNWHITNEYU检验P005为差异有统计学意义2结果21KRAS基因在胰腺癌、慢性胰腺炎和正常人血液中的突变情况胰腺癌、慢性胰腺炎和正常人血液中KRAS基因的突变阳性率分别为5175、3727和714KRAS基因的突变比例分别为08210287、02000064和00800056表1胰腺癌的KRAS基因的突变比例明显高于慢性胰腺炎和正常人,其各组之间均有显著差异P005,图1慢性胰腺炎和正常人即使存在KRAS突变,其突变比例也较胰腺癌低22KRAS基因突变比例与胰腺癌患者临床病理指标的关系胰腺癌患者血液的KRAS突变比例与性别、年龄、吸烟、饮酒、肿瘤TNM分期与临床分期无明显相关表23讨论近年来,许多研究表明恶性肿瘤细胞内的DNA■相关报道SHI等在研究胰腺癌和慢性胰腺炎胰液中的KRAS基因的定量检测中,发现KRAS的突变比例在胰腺癌组中明显高于慢性胰腺炎组,并且所有胰腺癌组中胰液的KRAS突变类型与原发肿瘤相一致■创新盘点本研究揭示了即使以往的定性检测实验提示KRAS基因突变的存在,其突变比例的也存在高低不同,可能更加适用于对胰腺疾病的鉴别诊断、治疗和预后WWWWJGNETCOM96ISSN10093079PRINTISSN22192859ONLINE世界华人消化杂志2011年1月8日第19卷第1期会出现在血清或者血浆之中LEON7及SHAPIRO等8检测了正常人及消化系良、恶性疾病患者的血浆游离DNA水平,正常人血浆DNA含量平均是13ΜG/L,良、恶性疾病患者分别是118ΜG/L和412ΜG/L,胰腺癌患者可高达650ΜG/L血浆中突变的基因多与原发灶的突变类型一致,猜测可能是血循环中破碎的肿瘤细胞释放的DNA9因此,通过检测外周血DNA的基因型或者突变来诊断肿瘤是一个值得探讨的领域在本研究中,我们联合应用了肽核酸钳制技术和实时定量荧光PCR技术来定量检测胰腺癌、慢性胰腺炎和正常人的KRAS第12密码子突变量及其突变比例在进行肽核酸钳制实时定量PCR时,选用了针对KRAS基因第12密码子的TAQMAN探针作为荧光显示物他具有高特异性的特点,每一种探针只能检测第12密码子的一种类型突变我们在实验中设计了针对于GAT、GTT以及CGT3种最为常见的突变类型既往研究证实10,KRAS基因第12密码子突变类型多,同一肿瘤标本或者不同的肿瘤标本中也可能同时存在多种的KRAS第12密码子的突变,不可避免的减少了检测的敏感性TADA等11用采用KRAS基因定量检测胰腺疾病EUSFNA标本提示胰腺癌的KRAS基因突变高于慢性胰腺炎,而其在良性胰腺病变中,KRAS基因即使存在突变,其突变比例也较低并且,通过联合KRAS基因突变和细胞学检查有助于提高胰腺癌的准确诊断率SHI等12在研究胰腺癌和慢性胰腺炎胰液中的KRAS基因的定量检测中,发现KRAS的突变比例在胰腺癌组中明显高于慢性胰腺炎组,并且所有胰腺癌组中胰液的KRAS突变类型与原发肿瘤相一致在胰腺组中KRAS突变比例比慢性胰腺炎组中KRAS突变比例要高出很多0058200VS000070因此,KRAS基因突变的定量检测,尤其是对于通过血液、胰液、粪便等非创伤检测有望成为胰腺癌筛查的有效手段当然,在临床上以单一的分子生物学指标来确诊胰腺癌是不够的除了KRAS基因,P53、P16、DPC4等基因也常用于胰腺癌的诊断13,14近年来,基因甲基化和MICRORNA的众多研究为胰腺癌的联合诊断提供了有利条件虽然本实验研究结果提示KRAS基因在胰腺癌和慢性胰腺炎患者的血液中的突变比例不同,其结果可能表1胰腺癌、慢性胰腺炎和正常人群的KRAS基因突变阳性率和突变比例疾病分类NKRAS基因突变阳性率NKRAS基因突变比例胰腺癌14374517508210287慢性胰腺炎11041372702000064正常人群28271400800056■应用要点本实验研究结果提示KRAS基因在胰腺癌和慢性胰腺炎患者的血液中的突变比例不同,其结果可能有助于通过不同的突变量来区分胰腺疾病,并且可能对于胰腺癌的预后有提示4000300020001000000KRAS突变比例胰腺癌慢性胰腺炎正常人图1胰腺癌、慢性胰腺炎和正常人血液中KRAS突变比例表2KRAS基因突变比例与临床病理参数间的相关性临床病例参数突变比例P值性别0480男性10000411女性04300205年龄岁0828≥6006960369<6008500564吸烟0908是16960991否03340095饮酒0614是31862759否05040203肿瘤大小CM0484≥201170050208370035淋巴血管侵犯0313是11020656否04440137临床分期0248ⅠⅡ期02780117ⅢⅣ期09010409■名词解释KRAS基因突变比例为KRAS突变型/KRAS野生型KRAS突变型肽核酸PNA是一种DNA类似物,其将正常DNA的磷酸二酯骨架由2氨乙基甘氨酸所取代PNA较之传统的探针具有许多优点,且可运用于实时定量PCR检测WWWWJGNETCOM顾俊骏,等KRAS基因突变的定量检测在胰腺疾病诊断中的应用97有助于通过不同的突变量来区分胰腺疾病,并且可能对于胰腺癌的预后有提示但是由于本实验的样本量较少,胰腺癌患者的临床资料缺乏有效的生存时间因此,我们需要更多的样本和临床资料来完善这一结果4参考文献1ALMOGUERAC,SHIBATAD,FORRESTERK,MARTINJ,ARNHEIMN,PERUCHOMMOSTHUMANCARCINOMASOFTHEEXOCRINEPANCREASCONTAINMUTANTCKRASGENESCELL1988;535495542HRUBANRH,VANMANSFELDAD,OFFERHAUSGJ,VANWEERINGDH,ALLISONDC,GOODMANSN,KENSLERTW,BOSEKK,CAMERONJL,BOSJLKRASONCOGENEACTIVATIONINADENOCARCINOMAOFTHEHUMANPANCREASASTUDYOF82CARCINOMASUSINGACOMBINATIONOFMUTANTENRICHEDPOLYMERASECHAINREACTIONANALYSISANDALLELESPECIFICOLIGONUCLEOTIDEHYBRIDIZATIONAMJPATHOL1993;1435455543HRUBANRH,WILENTZRE,KERNSEGENETICPROGRESSIONINTHEPANCREATICDUCTSAMJPATHOL2000;156182118254TAKAORIK,HRUBANRH,MAITRAA,TANIGAWANPANCREATICINTRAEPITHELIALNEOPLASIAPANCREAS2004;282572625VANLAETHEMJLKIRASONCOGENEMUTATIONSINCHRONICPANCREATITISWHICHDISCRIMINATINGABILITYFORMALIGNANTPOTENTIALANNNYACADSCI1999;8802102186QUENEAUPE,ADESSIGL,THIBAULTP,CLAUD,HEYDB,MANTIONG,CARAYONPEARLYDETECTIONOFPANCREATICCANCERINPATIENTSWITHCHRONICPANCREATITISDIAGNOSTICUTILITYOFAKRASPOINTMUTATIONINTHEPANCREATICJUICEAMJGASTROENTEROL2001;967007047LEONSA,SHAPIROB,SKLAROFFDM,YAROSMJFREEDNAINTHESERUMOFCANCERPATIENTSANDTHEEFFECTOFTHERAPYCANCERRES1977;376466508SHAPIROB,CHAKRABARTYM,COHNEM,LEONSADETERMINATIONOFCIRCULATINGDNALEVELSINPATIENTSWITHBENIGNORMALIGNANTGASTROINTESTINALDISEASECANCER1983;51211621209CASTELLSA,PUIGP,MRAJ,BOADASJ,BOIXL,URGELLE,SOLM,CAPELLG,LLUSF,FERNNDEZCRUZL,NAVARROS,FARRAKRASMUTATIONSINDNAEXTRACTEDFROMTHEPLASMAOFPATIENTSWITHPANCREATICCARCINOMADIAGNOSTICUTILITYANDPROGNOSTICSIGNIFICANCEJCLINONCOL1999;1757858410DBRITZJ,HNFLERJ,PRESTONR,STIELERJ,OETTLEHDETECTIONOFKIRASMUTATIONSINTISSUEANDPLASMASAMPLESOFPATIENTSWITHPANCREATICCANCERUSINGPNAMEDIATEDPCRCLAMPINGANDHYBRIDISATIONPROBESBRJCANCER2005;9240541211TADAM,KOMATSUY,KAWABET,SASAHIRAN,ISAYAMAH,TODAN,SHIRATORIY,OMATAMQUANTITATIVEANALYSISOFKRASGENEMUTATIONINPANCREATICTISSUEOBTAINEDBYENDOSCOPICULTRASONOGRAPHYGUIDEDFINENEEDLEASPIRATIONCLINICALUTILITYFORDIAGNOSISOFPANCREATICTUMORAMJGASTROENTEROL2002;972263227012SHIC,FUKUSHIMAN,ABET,BIANY,HUAL,WENDELBURGBJ,YEOCJ,HRUBANRH,GOGGINSMG,ESHLEMANJRSENSITIVEANDQUANTITATIVEDETECTIONOFKRAS2GENEMUTATIONSINPANCREATICDUCTJUICEDIFFERENTIATESPATIENTSWITHPANCREATICCANCERFROMCHRONICPANCREATITIS,POTENTIALFOREARLYDETECTIONCANCERBIOLTHER2008;735336013ROZENBLUME,SCHUTTEM,GOGGINSM,HAHNSA,PANZERS,ZAHURAKM,GOODMANSN,SOHNTA,HRUBANRH,YEOCJ,KERNSETUMORSUPPRESSIVEPATHWAYSINPANCREATICCARCINOMACANCERRES1997;571731173414ESKELINENMJ,HAGLUNDUHPROGNOSISOFHUMANPANCREATICADENOCARCINOMAREVIEWOFCLINICALANDHISTOPATHOLOGICALVARIABLESANDPOSSIBLEUSESOFNEWMOLECULARMETHODSEURJSURG1999;165292306编辑李薇电编李薇ISSN10093079PRINTISSN22192859ONLINECN141260/R2011年版权归世界华人消化杂志消息世界华人消化杂志栏目设置本刊讯本刊栏目设置包括述评,基础研究,临床研究,焦点论坛,文献综述,研究快报,临床经验,病例报告,会议纪要文稿应具科学性、先进性、可读性及实用性,重点突出,文字简练,数据可靠,写作规范,表达准确■同行评价本文选题较好,具有一定的学术价值,对胰腺疾病的鉴别诊断有重要的临床意义
编号:201312191512427158    类型:共享资源    大小:816.93KB    格式:PDF    上传时间:2013-12-19
  
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