生物信息学习题

本文格式为Word版下载后可任意编辑和复制第第页生物信息学习题

生物信息学课后习题及答案

（由10级生技一、二班课代表整理）

一、绪论

1.你认为，什么是生物信息学？

采纳信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋

白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。

2.你认为生物信息学有什么用？对你的生活、讨论有影响吗？

（1）主要用于：在基因组分析方面：生物序列相像性比较及其数据库搜寻、基因猜测、基因组进化和分

子进化、蛋白质结构猜测等

在医药方面：新药物设计、基因芯片疾病快速诊断、流行病学讨论：SARS、人类基因

组方案、基因组方案：基因芯片。

（2）指导讨论和试验方案，削减操作性试验的量；验证明验结果；为试验结果供应更多的

支持数据等材料。

3.人类基因组方案与生物信息学有什么关系？

人类基因组方案的实施，促进了测序技术的迅猛进展，从而使试验数据和可利用信息急剧

增加，信息的管理和分析成为基因组方案的一项重要的工作。而这些数据信息的管理、分

析、解释和使用促使了生物信息学的产生和快速进展。

4简述人类基因组讨论方案的历程。

通过国际合作，用15年时间（1990-2022）至少投入30亿美元，构建具体的人类基因

组遗传图和物理图，确定人类DNA的全部核苷酸序列，定位约10万基因，并对其他生

物进行类似讨论。

1990，人类基因组方案正式启动。

1996，完成人类基因组方案的遗传作图，启动模式生物基因组方案。

1998完成人类基因组方案的物理作图，开头人类基因组的大规模测序。Celera公司加

入，与公共领域竞争启动水稻基因组方案。

1999，第五届国际公共领域人类基因组测序会议，加快测序速度。

2000，Celera公司宣布完成果蝇基因组测序，国际公共领域宣布完成第一个植物基因组

——拟南芥全基因组的测序工作。

2022，人类基因组“中国卷”的绘制工作宣告完成。

2022，中、美、日、德、法、英等6国科学家宣布人类基因组序列图绘制胜利，人类基

因组方案的.目标全部实现。

2022，人类基因组完成图公布。

2.我国自主学问产权的主要基因组测序方案有哪些？

水稻（2022），家鸡（2022），家蚕（2022），家猪（2022），大熊猫（2022）

二．第一章

1、生物信息指哪些？

主要有从DNA序列、蛋白质序列、蛋白质结构和功能讨论中解读的：遗传信息、进化信息、

结构和功能信息。

2、基因组测序的基本策略有哪些？

逐个克隆法：小片段针对图谱的！！

全基因组鸟枪法：大片段-测序-组装

3.什么叫contig?

Contig：重叠群，基因组测序中将很多序列片段经过比对找到重叠区,从而连接成的长

片段。

4、生物信息学中最重要的贡献是什么？

1970:Needleman和Wunsch提出了闻名的序列比对算法，是生物信息学进展中最重要的

贡献；

5、什么大事大大促进了生物信息学的进展？

20世纪90年月后

HGP促进生物信息学的快速进展

6、生物信息学讨论有什么意义？

（1）熟悉生物本质，了解生物分子信息的组织和结构，破译基因组信息，阐明生物信息之

间的关系

（2）转变生物学的讨论方式

（3）转变传统讨论方式，引进现代信息学方法

（4）在医学上的重要意义

为疾病的诊断和治疗供应依据

为设计新药供应依据

三．第二章

1、简述三干六界学说。

2.TSS,外显子和内含子的概念。

TSS是转录起始位点（TranscriptionStartSite）的英文缩写，是指DNA上一段与RNA

聚合酶结合并起始转录的一段DNA序列。真核生物结构基因，由若干个编码区和非编码

区相互间隔开但又连续镶嵌而成，去除非编码区再连接后，可翻译出由连续氨基酸组成

的完整蛋白质，这些基因称为断裂基因。其中的编码区即为外显子，非编码区即为内含

子。

3.如何推断起始密码子？内含子？

AUG甲硫氨酸（met）内含子（5’-GT??AG-3’）

4.蛋白质二级结构有哪些？

（1）螺旋

（2）b折叠–平行折叠反平行折叠

（3）b转角–连接作用”U”型结构（大多Phe,Gly组成）

（4）无规卷曲-没有确定规律性的肽链构象，但仍是紧密有序的稳定结构

（5）无序结构多肽链中有60％的区段为a螺旋和b折叠

5、HGP选择作为讨论人类的四大“模式生物“有哪些？

酵母、线虫、果蝇、小鼠。

6、背诵生物信息数据库中的核苷酸代码？

四．第三章（1）

1、下列数据库分别是什么类型的数据库？

序列数据库中的核酸数据库（GenBankPIRDDBJSWISS-PROTEMBL）

结构数据库（PDB）

2、如何查找由RaoY试验室于2022以后发表的，文章主题中与brain有关的文献，写出

检索语言。

Brain[ti]ANDRaoY[au]AND2022:2022[dp]

3、如：我要查找RaoY在Nature或Science上发表的论文,哪一个检索语言是正确的？正确①RaoY[au]AND(Nature[Journal]ORScience[Journal])

②RaoY[au]ANDNatureORScience[Journal]

③RaoY[au]ANDNature[Journal]ORScience[Journal]

④RaoY[au]AND(NatureORScience)[Journal]

五．第三章（2）

1、简述GenBank数据库中GBFF格式的结构？

GenBankflatfile（GBFF）是GenBank数据库的基本信息单位，也是最广泛地用以

表示生物序列的格式之一。GBFF可以分成三个部分，头部包含关于整个记录的信息（描

述符）；第二部分包含了解释这一记录的特性；第三部分是核苷酸序列自身。全部的核

苷酸数据库记录（DDBJ/EMBL/GenBank）都在最终一行以//结尾.

2、GBFF格式的特性表格式包括哪三个部分？

特性表格式包含三个部分：

第一，特性关键词(Featurekey)；

第二，特性位置(Location)；

第三，限定词(Qualifiers)

3、指出下列特别标识符的格式？

①序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字

②GenBank/EMBL/DDBJ序列接受号：

1个字母+5个阿拉伯数字；1个字母+6个阿拉伯数字

③RefSeq序列接受号：带“-”

mRNA记录（NM*）；完整的基因组或染色体（NC*）

④PDB序列接受号：1个阿拉伯数字+3个字母

4、指出下列GBFF格式中特性表含义？

（23.45）..600指明序列特征起始碱基在23和45碱基之间，终止于600号碱基

145^177指明145和177碱基之间的某个位点

Complement(join（2691..4571,4918..5163）)纪录中的特性处于2691至4571碱基以及

4918至5163碱基之间的序列相连构成的连续序列的互补链上

六．第四章

1、这两个序列的cost和score分别是多少？

（A）cost2score9(B)cost4score6

2、在序列比对运算时最终结果是上面哪种运算方式？（A）

3、给定一个DNA打分矩阵，假设空位罚分为2，根据以下的打分矩阵，对于下列对齐方案的计分值为多少？A

A

T

C

G1-1-1-1T-11-1-1C-1-11-1G-1-1-11

GCGACTC

TAGAGAC

***********GG00

4、推断题：

（1）A序列和B序列的相像性是80%对

（2）A序列和B序列的全都性为39.4%对

（3）A