中华骨髓库CWD表2.2版本.pdf

中国中国常见及确常见及确认的认的HLA等位基因表等位基因表(CWD)2.2版本版本中华骨髓库中华骨髓库CWDCWD表编撰组表编撰组20120166-0022-1155前言前言自1958年发现第一个人类白细胞抗原(HLA)A2抗原以来，各国科学家多年来通过协作和技术创新，极大推动了HLA领域的发展和应用，在HLA结构、功能、多态性、组织器官移植应用、人类群体遗传和进化分析等方面取得了重大成就。目前HLA分型技术已广泛应用于多个领域，如造血干细胞捐献者建库、HLA群体遗传多态性、HLA生物学功能、实体器官和造血干细胞移植供受者组织相容性配型、与某些疾病的关联、人类遗传进化、药物个性化选择等方面。HLA系统具有高度遗传多态性，现发现的HLA抗原共有165个，其中HLA-A位点有28个、HLA-B位点有62个、HLA-C位点有10个、HLA-DR位点有24个、HLA-DQ位点有9个、HLA-Dw位点有26个、HLA-DP位点有6个。根据IMGTHLA数据库3.23版本（2016年1月19日发布），总共发现14232个HLA等位基因，其中HLA-A位点为3356个、HLA-B位点为4179个、HLA-C位点为2902个、HLA-DRB1位点为1860个、HLA-DQB1位点为900个。一一、HLAHLA常见及确认等位基因表的提出常见及确认等位基因表的提出HLA基因分型技术已得到广泛的应用，主要方法有PCR-SSP、PCR-SSO、Luminex技术、PCR-SBT等。由于HLA基因高度多态性和检测技术的限制，在检测特定座位的分型中存在模棱两可的等位基因分型结果。模棱两可的基因型结果是指在HLA基因分型过程中，标本指定结果中存在一种以上的HLA等位基因组合方式。1、HLA分型检测存在模棱两可的等位基因分型结果随着HLA等位基因数量的增加，等位基因间碱基序列高度同源性也越来越高，同一位点不同等位基因之间碱基差异序列越来越少，造成检测区分难度相对增加；此外在测序过程中存在多种等位基因组合在测序区域内具有相同的杂合序列，可导致HLA基因分型时出现模棱两可的基因型结果。2、常见及确认等位基因表的提出HLA分型方法产生模棱两可结果后不能得到单一的HLA分型结果，为解决这些模棱两可的结果，国际上提出了多种方法，其中之一为常见及确认等位基因表原则。2007年美国组织相容和免疫遗传协会(ASHI)成立了一个特设委员会，提出常见及确认的等位基因表（Commonallelesandwelldocumentedalleles，CWD）。CWD原则分型中将常见等位基因和确认等位基因合并为CWD当模棱两可的等位基因组合中出现CWD等位基因需要进一步区分，而出现罕见等位基因组合其临床分型中实际意义有限可予以排除，此表给临床HLA高分辨分型检测及实验室评估提供了参考依据。3、国际CWD表指导HLA高分辨分型和高分辨分型实验室的评估3.1美国ASHINMDP对HLA高分辨分型实验室的要求如果实验室所报的结果以单一等位基因或者等位基因组(P组和G组)的分辨率为主，实验室将被授予HLA高分辨分型实验室资格。质控盲样分型结果必须至少有80%为高分辨率分型结果。为获得高分辨分型实验室的认证，高分辨分型实验室必须在前三个连续的质控调查中高分辨分型结果至少要达到80%。3.2高分辨分型的定义和要求高分辨分型必须是单一等位基因型的结果。除特定的不表达等位基因外，实验室并不需要区分如下不同等位基因之间的差异。在HLA-类基因中，等位基因的第2和第3外显子编码的氨基酸序列相同，而它们的差异仅在于第2和第3外显子之外的碱基序列；在HLA-类基因中，等位基因的第2外显子编码的氨基酸序列相同，而它们的差异仅在于第2外显子之外的碱基序列；这些信息应在目前的IMGTHLA数据库和CWD表格中可查找到。HLA-类基因的第2和3外显子，HLA-类基因的第2外显子编码相应HLA分子的抗原识别部位（ARS），所以在表述中也可以用ARS来替代HLA-类基因的第2和3外显子，HLA-类基因的第2外显子。高分辨分型实验室需要区分那些特定的或者“经常发现”的不表达等位基因。这些不表达等位基因可在CWD表查找（见下表）。它们的频率大于0.001，并与某些等位基因或某些单体型关联。在临床实践中实验室可以利用一种以上的方法作为补充方法，例如利用血清学分型或序列分析等实验室的手段，来鉴定这些“经常发现”的不表达等位基因。表1需要鉴定和区分的不表达等位基因情况不不表达等位基因表达等位基因NullAlleleNullAllele二选一的常见等位基因二选一的常见等位基因AlternativeCommonAlternativeCommonAlleleAllele单体单体型型中相关联的等位基因中相关联的等位基因AssociatedAllelesAssociatedAllelesinHaplotypeinHaplotype多态性所处位置多态性所处位置LocationofLocationofPolymorphismPolymorphismA24:09NA24:02:01:01B40orB27Exon4B51:11NB51:01:01A02:01andDRB104:02andC15:BJExon4C04:09NC04:01:01:01B44:03Exon7一个基因位点的高分辨率分型结果只能包括一个单一的基因型，或者多个可能的基因型但其中只有一个基因型包括两个CWD（见下表所列的例子）。表2高分辨分型结果可能组合中可接受的情形可能组合可能组合PossibleCombinationsPossibleCombinations例子例子ExamplesExamples结果结果ResultsResultsCWD1CWD2；orrare1rare2B35:01B46:01orB35:62B46:08可接受AcceptableCWD1CWD2；orCWD3CWD4B35:01B49:01orB50:01B53:01不可接受NOTAcceptableCWD1CWD2g1；orCWD1CWD3g1B35:01B07:05orB35:01B07:06可接受AcceptableCWD1CWD2；orCWD1，rareB35:01B46:01orB35:01B46:08不可接受NOTAcceptableCWD1CWD1orCWD1rareB35:01B35:01orB35:01B35:62不可接受NOTAcceptable注解：，B07:05和B07:06的差异在第2和3外显子外，两者都可以在CWD表查到，虽然属于常见等位基因，但它们的模棱两可不需要解决。B07:0507:06在亚洲人中常见，在高加索人种和非洲人种也有记录。二选一的基因型中包括一对为CWD，另一对由一个CWD和一个罕见的等位基因组成的基因型组合（见上表中的例子），如果实验室有相关证据证明解决这种模棱两可组合为单一基因型是不必要的，则不需要做进一步区分，实验室可以申请作为例外而报告所得结果为最终结果，但申请作为例外报告时应谨慎。（摘自NMDPPolicyforConfirmatoryTypingRequirementsEffectiveMay12009).二、中国二、中国常见及确认的常见及确认的HLAHLA等位基因表等位基因表制订制订1、中国常见及确认的HLA等位基因表(CWD)1.0版本2010年8月中华骨髓库成立了国内CWD表编撰小组开始此项工作，由张志欣教授担任组长。同年11月边收集资料边进行初步的数据分析，2011年2月对新补充数据进行分析后，于同月将第一稿中国CWD表发给各委员，并对每个委员承担的等位基因进行了分配和提出要求。2011年3月14日召开CWD编撰小组全体会议，对每个等位基因逐个进行充分讨论，并制定了中国CWD准入标准，该标准将逐渐过渡到采用国际标准，并于2012年进行了完善和补充。中国常见及确认的HLA等位基因表(CWD)1.0版本，根据国内具体情况和中国人群HLA遗传数据，提出了适合国内HLA分型指导的CWD表，为中国造血干细胞捐献者资料库高分辨分型检测入库和临床HLA分型提供了参考标准。2、中国常见及确认的HLA等位基因表(CWD)2.0版本随着中国常见及确认的HLA等位基因表(CWD)1.0版本的广泛应用，积累了大量的应用经验。此外中国造血干细胞捐献者资料库中各家实验室提交的分型数据不断增加，而且新的技术不断发展和应用。在此基础和背景下，中华骨髓库提出组成专家对1.0版本进行修订。2014年8月19日召开CWD协作组会议，讨论制定了相应的修订原则和时间，并拟定于2014年9月17日在中华骨髓库组织的会议上发布。质量控制中心实验室周晓阳博士对中国造血干细胞捐献者资料库最近几年的约34万份高分辨分型数据进行了分析，编撰组在8月27日将CWD2.0版本的初审表发给各委员，并对每个委员承担的等位基因进行了分配和提出要求。在汇总各位委员的意见和建议后，遵循多数的原则，于9月2日将CWD2.0版本的复审表发给各委员。于9月9日形成进行了中国常见及确认的HLA等位基因表(CWD)2.0版本（初稿），并交顾问、组长、副组长及其有关国内外专家审核形成最终版本。3、中国常见及确认的HLA等位基因表(CWD)2.1版本按照中国造血干细胞捐献者资料库管理中心的要求和CWD工作组制定的原则，根据CWD表应用情况和中国造血干细胞捐献者资料库新增标本分型结果，每年年初对上年度执行的CWD表进行适当完善。浙江省血液中心实验室对中国造血干细胞捐献者资料库近70万份高分辨分型数据进行分析，编撰组在2015年2月2日将CWD2.1版本数据表发给各委员，并对每个委员承担的等位基因初审和复审进行了分配。在汇总各位委员的意见和建议后，遵循多数的原则，于2015年2月16日形成进行中国常见及确认的HLA等位基因表(CWD)2.1版本（初稿），并交顾问、组长、副组长及其有关国内外专家审核形成最终版本，于2015年3月18日在中国造血干细胞捐献者资料库管理中心组织的会议上进行发布。4、中国常见及确认的HLA等位基因表(CWD)2.2版本2.2版本在2.1版本基础上，增加了中国造血干细胞捐献者资料库2015年入库数据，总体分析高分辨分型数据达到84万余份。编撰组在2016年1月7日将CWD2.2版本数据表发给各委员，并按照既往分工指定每个委员承担的等位基因初审、复审任务。在汇总各位委员的意见和建议后，遵循多数的原则，于2016年2月15日形成进行中国常见及确认的HLA等位基因表(CWD)2.1版本（征求意见稿），交顾问、组长、副组长及其有关国内外专家审核形成最终版本，并提交中国造血干细胞捐献者资料库管理中心。三三、CWD2.CWD2.22版本版本制订制订主要原则主要原则1、CWD等位基因的定义原则严格按照国际上最新版本文献对CWD等位基因的定义，将HLA等位基因定义为三大类：常见等位基因（Commonalleles）、确认等位基因（Well-documentedalleles）、罕见等位基因（Rarealleles)。（MackSJCanoPHollenbachJAetal.Commonandwell-documentedHLAalleles:2012updatetotheCWDcatalogue.TissueAntigens201381:194-203.）1.1常见等位基因（Commonalleles）：在参考群体中频率等于或大于0.001的等位基因。1.2确认等位基因（Well-Documentedalleles）：指PCR-SBT方法检测中，那些至少在五个独立非亲缘个体中或者三个独立非亲缘个体中并伴有特定的单体型被检测到的等位基因。1.3罕见等位基因（Rarealleles)：除常见等位基因和确认等位基因以外的所有等位基因。2、分析数据来源2.1数据主要来源于中国造血干细胞捐献者资料库最近几年的高分辨分型数据，其中HLA-A、-B、-DRB1位点约为84.0万，HLA-C约为56.4万，HLA-DQB1约为53.4万，标本数据分别由中国造血干细胞捐献者资料库的多个实验室提交。2.2所有分析采用的数据，经过质量控制实验室的2%抽样分析，标本分型结果准确性符合中国造血干细胞捐献者资料库的有关判定标准。2.3考虑到文献中人群选择、数量、方法以及需查阅文献范围和数量等，在本次统计分析中以骨髓库中现有数据为判定基础。原则上2.2版CWD表以本次分析的84万中国造血干细胞捐献者资料库分型数据为准，便于分析的统一。3、建立定期审核CWD制度，定期更新中国CWD表，此次CWD表的制订不包括HLA-DPB1、DQA、DRB3、DRB4、DRB5，待其分型数据达到一定数量时可考虑编入CWD。四四、中国中国常见及确认的常见及确认的HLAHLA等位基因表（等位基因表（CWDCWD）(2.2.22版版)表表3-1HLA-A位点位点CWD表表HLA-A频数频率（%）分类HLA-A频数频率（%）分类A01:01601823.58126CA24:05150.00089WA01:032300.01369WA24:0670.00042WA01:78180.00107WA24:0736770.21881CA02:0120188912.01384CA24:0813360.07950WA02:02950.00565WA24:1011790.07016WA02:03584603.47879CA24:11260.00036WA02:0450.00030WA24:128240.00143WA02:0559900.35645CA24:13120.00071WA02:06875335.20884CA24:132N150.00089WA02:071418438.44067CA24:144280.00167WA02:08230.00137WA24:15090.00054WA02:096270.03731WA24:15270.00042WA02:1059290.35282CA24:17120.00071WA02:108230.00137WA24:2043730.26022CA02:113140.01869WA24:21130.00077WA02:12270.00161WA24:28250.00149WA02:12190.00054WA24:30870.00518WA02:14550.00030WA24:3370.00042WA02:17880.00524WA24:52220.00131WA02:189400.00238WA24:59260.00155WA02:20700.00417WA24:64350.00208WA02:2250.00030WA24:681150.00684WA02:230110.00065WA24:85550.00327WA02:2470.00042WA24:9170.00042WA02:249120.00071WA24:93160.00095WA02:251100.00060WA24:9890.00054WA02:25690.00054WA25:013480.02071WA02:25980.00048WA26:01477502.84147CA02:264400.00238WA26:022400.01428WA02:26970.00042WA26:033680.02190WA02:2750.00030WA26:08240.00143WA02:28150.00089WA26:0950.00030WA02:293Q50.00030WA26:1490.00054WA02:344110.00065WA26:1770.00042WA02:3660.00036WA26:181240.00738WA02:41960.00036WA26:201170.00696WA02:42190.00113WA26:3570.00042WA02:42650.00030WA26:36290.00173WA02:47850.00030WA26:5050.00030WA02:481630.00970WA29:01112800.67124CA02:53N8410.05005WA29:0210970.06528WA02:79110.00065WA29:10330.00196WA02:80160.00095WA30:01993115.90972CA02:90740.00440WA30:025330.03172WA02:93840.00500WA30:0412540.07462WA02:99230.00137WA30:182930.01744WA03:01497692.96161CA30:20100.00060WA03:0237230.22155CA30:3870.00042WA03:0590.00054WA31:01549693.27105CA03:1270.00042WA31:06130.00077WA03:2050.00030WA31:13490.00292WA03:77330.00196WA31:17250.00149WA11:0135177920.93337CA31:3270.00042WA11:02294401.75189CA31:3360.00036WA11:0317370.10336CA32:01223721.33129CA11:041050.00625WA32:5480.00048WA11:06170.00101WA33:0131240.18590CA11:10050.00030WA33:031375288.18390CA11:1290.00054WA33:08350.00208WA11:126150.00089WA33:1080.00048WA11:1480.00048WA33:3080.00048WA11:1970.00042WA34:017100.04225WA11:3280.00048WA34:02190.00113WA11:36320.00190WA36:02280.00167WA11:56120.00071WA66:0110150.06040WA11:60130.00077WA68:01119470.71093CA11:6180.00048WA68:028990.05350WA11:69N90.00054WA68:241160.00690WA11:77130.00077WA68:38310.00184WA11:87130.00077WA68:9690.00054WA11:88120.00071WA69:0121380.12723CA23:0143780.26052CA74:01330.00196WA23:20120.00071WA74:026640.03951WA23:26110.00065WA74:03680.00405WA24:0226090615.52578CA74:05420.00250WA24:0325160.14972CA74:13150.00089WA24:046290.03743W表表3-2HLA-B位点位点CWD表表HLA-B频数频率（%）分类HLA-B频数频率（%）分类B07:02356082.11893CB40:0336820.21911CB07:0589410.53205CB40:06540723.21767CB07:067670.04564WB40:10110.00065WB07:0870.00042WB40:11340.00202WB07:101050.00625WB40:122120.00071WB07:11690.00054WB40:12580.00048WB07:1860.00036WB40:14070.00042WB07:48120.00071WB40:141140.00083WB07:8160.00036WB40:150830.00494WB08:01153850.91552CB40:15360.00036WB13:01845695.03246CB40:2293140.01869WB13:021053246.26753CB40:2550.00030WB13:16180.00107WB40:25550.00030WB13:2550.00030WB40:26850.00030WB13:3870.00042WB40:407630.04540WB14:018370.04981WB40:43160.00095WB14:0250180.29861CB40:48210.00125WB15:01802274.77408CB40:4970.00042WB15:02602953.58798CB40:50410.00244WB15:034660.02773WB40:551790.01065WB15:0530480.18138CB40:6950.00030WB15:0754210.32259CB40:7070.00042WB15:083170.01886WB40:7560.00036WB15:09320.00190WB40:781640.00976WB15:101370.00815WB40:8180.00048WB15:11309051.83907CB40:84530.00315WB15:1238830.23107CB40:971070.00637WB15:139160.05451WB41:0118320.10902CB15:134160.00095WB41:024140.02464WB15:1570.00042WB42:012050.01220WB15:152130.00077WB42:02720.00428WB15:1680.00048WB44:02146180.86988CB15:1734160.20328CB44:03461522.74637CB15:178730.00434WB44:051200.00714WB15:18228961.36248CB44:11860.00036WB15:194820.02868WB44:12760.00036WB15:19270.00042WB44:27450.00268WB15:198830.00494WB44:2960.00036WB15:20190.00054WB45:0118790.11181CB15:215570.03315WB46:0117270010.27689CB15:2201420.00845WB46:09110.00065WB15:22760.00036WB46:1850.00030WB15:2593290.55514CB46:1970.00042WB15:25950.00030WB47:013550.02113WB15:27143050.85125CB48:01414122.46431CB15:292500.01488WB48:0326380.15698CB15:3070.00042WB48:04420.00250WB15:3235440.21089CB49:0129440.17519CB15:354510.02684WB50:01116720.69457CB15:381330.00791WB51:01945655.62729CB15:39240.00143WB51:02177291.05500CB15:467620.04534WB51:0450.00030WB15:5814390.08563WB51:0560.00036WB15:6590.00054WB51:061550.00922WB15:68990.00589WB51:075690.03386WB15:7890.00054WB51:086760.04023WB15:86180.00107WB51:09440.00262WB15:88100.00060WB51:21330.00196WB18:0160820.36192CB51:22400.00238WB18:029130.05433WB51:34230.00137WB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