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北京伯奥克生物技术有限公司 Beijing Biock Bio Technology Co Ltd 地址 北京市海淀区北三环西路48号科技会展中心3号楼20A 100086 电话 010 81136626邮箱 glchen 主页 诚信务实 精诚合作 北京伯奥克生物技术有限公司北京伯奥克生物技术有限公司创建于2003年 以 诚信务实 精诚合 作 为宗旨 致力于为高校 科研院所 医疗系统的生物实验室提供用SELDI 蛋白质分离 检测以及生物信息学分析服务 公司由一批具有共同理想 充满 激情的创业者组成 拥有一支由教授 副教授 博士后和博士组成的强大研发 团队和具有丰富高新技术产业化经验的经营管理团队 公司与高等学校 医科 院相关研究机构建立了广泛的产学研合作关系 保证了公司持续的创新活力 SELDI质谱分析平台 公司拥有成熟的SELDI TOF MS技术 用于快速而有效地对蛋白样品进行分离 处理 数 据分析和鉴定 建立蛋白质组数据库 发现疾病的相关蛋白和具有重要应用前景的生物标 记分子 建立疾病的早期诊断和治疗监测方法 我们愿为广大科研工作者提供先进的服 务 蛋白质样品SELDI 质谱 数据处理分析 公司拥有成熟的SELDI蛋白指纹图谱数据 库 用于肿瘤筛查及疗效判断等临床服务 蛋白质纯化鉴定服务 质谱数据分析服务 研究课题合作 生物信息学分析服务 在组学时代 基因组 转录组和蛋白质组数据激增 使许多分子生物学家面对海量的数据 无法解读数据并锁定进一步研究的关键分子 生物信息学正是处理大规模组学数据 解决 难题的有力手段 公司具有优秀的生物信息学研究团队 为基因芯片数据分析及质谱数据 分析提供优质分析服务 基因组和转录组数据分析服务项目主要包括基因组和转录组的de novo组装 基因注释以及 功能分析 代谢途经分析等 蛋白质数据分析服务项目包括质谱数据深度分析 蛋白质注释及功能分析 蛋白质相互作 用网络构建及分析 候选疾病标志物发现 蛋白质表达模式建模 潜在药靶发现 蛋白质组 研究主题信息服务和专业数据库研发等 项目方案及分析服务咨询项目方案及分析服务咨询 市场部 陈国良 经理 手机邮箱 lmslmslms 1999 基因组数据分析 基因组组装 基因组注释 基因组功能分析 进化分析 比较基因组分析 蛋白质组数据分析 质谱鉴定 定量 蛋白质定位分析 功能富集分析 PPI网络构建 PPI网络分析 转录组数据分析 芯片数据标准化 差异表达分析 聚类分析 富集分析 调控网络构建 地址 北京市海淀区北三环西路48号科技会展中心3号楼20A 100086 电话 010 81136626邮箱 glchen 主页 北京伯奥克生物技术有限公司 Beijing Biock Bio Technology Co Ltd 基因组数据分析案例基因组数据分析案例基因组数据分析案例基因组数据分析案例 de novo基因组组装 对454 Illumina Solexa SOLiD等第二代测序平台产生的 测序数据进行质量控制和组装 主要指标包括基因组大小 L50 N50 scaffold最大长度 等 右图展示了基因组在组装过程中 使用的reads在基因组上的 mapping情况 图1 Visualization of genome assembly 基因预测与基因注释 基于已知物种Gene models建立 训练集 可以对未知物种的基因 进行结构预测 并结合EST和蛋 白质信息纠正预测结果 已增加 预测的准确性 对预测基因进行功能注释 包括 Nt Nr Kegg Swissprot Interpro等大型数据库 右图为使用不同软件进行基因预 测的可视化结果 该图对基因的 结构进行了详细注释 图2 Visualization of gene prediction 地址 北京市海淀区北三环西路48号科技会展中心3号楼20A 100086 电话 010 81136626邮箱 glchen 主页 北京伯奥克生物技术有限公司 Beijing Biock Bio Technology Co Ltd 蛋白质组数据分析案例 图2 functional distribution of differential expressed proteins 蛋白质功能注释及富集分析 利用基因本体GO gene ontology 或者其它的功能注释系统 如通 路 疾病 来分析蛋白质的功能 然后提供蛋白质功能注释的分布统计 情况 该分析结果可以给出差异表达蛋白质总体的功能分布 从而使研 究人员整体上把握疾病与分子功能之间的相关性 00 20 40 60 811 21 41 6 enzyme regulator activity lipid binding transferase activity nucleic acid binding hydrolase activity antioxidant activity ion binding oxygen binding protein binding nucleotide binding Molecular function log Pvalue B 质谱数据鉴定及定量 高通量质谱仪是目前进行蛋白质组学研 究的重要手段 但是目前的蛋白质质谱 数据解析率较低 本公司发展了对鸟枪 法鉴定蛋白质结果进行质量控制的算 法 提供了质谱数据鉴定结果的质量控 制 保证质谱鉴定的可信度 同时提高 质谱解析率 同时 实现对蛋白质无标 定量方法 图1 Tandem MS MS spectrum 地址 北京市海淀区北三环西路48号科技会展中心3号楼20A 100086 电话 010 81136626邮箱 glchen 主页 北京伯奥克生物技术有限公司 Beijing Biock Bio Technology Co Ltd 蛋白质相互作用网络构建 图1 Auto expand network about VCP gene 蛋白质相互作用网络分析 蛋白质相互作用网络可视化展示 图中的网络节点可以编辑 直观地 展示蛋白质间的相互作用情况 挑 选重要蛋白 提供单个蛋白质所有 已知相互作用分子以及单个蛋白质 所参与的生物学通路 提供差异表 达蛋白质组分子间相互作用 揭示 差异表达蛋白质间的调控关系 包括拓扑性质 相互作用结构 域 重要节点 相互作用可信 度 相互作用流向以及网络模 块化等 右图展示了蛋白质相互作用网 络模块以及模块间的crosstalk 节点 这些节点相当于不同生 物网络之间通讯的重要 关塞 可以直观地显现其在候选疾 病标志物发现及潜在药物靶标 挖掘方面的潜力 图2 Pathway crosstalks and functional modul

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