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文档简介

1、ChIP-Seq 概述及技术路线概述染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation， ChIP ）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA 相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。 将 ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA 区段。ChIP-Seq 的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA 片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确

2、定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA 区段信息。技术路线1 实验流程（Solexa）2. 生物信息分析流程示意图研究内容1 测序对客户提供的ChIP样品（如果有阴阳参启动子区域或后进行测序文库构建、DNA 成簇（ Cluster generation2 基本数据分析数据产出统计：对测序结果进行图像识别（头序列；统计结果包括：测定的序列（Reads）长度、DNA 序列的）进行定量检测，检测合格）扩增、高通量测序。Base calling），去除污染及接Reads数量、数据产量。3. 高级数据分析标准高级数据分析内容包括：（ 1 ） ChIP-Seq 序列与参考序

3、列比对；（ 2 ） Peak calling：统计样品 Peak 信息（峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数）；（ 3）统计样品 Uniquely mapped reads在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度；（ 4）给出每个样品 Peak关联基因列表及GO 功能注释；（ 5）在多个样品间，对与Peak 关联基因做差异分析。技术特点应用领域由于 ChIP-Seq 的数据是 DNA 测序的结果，为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源，研究者可以在以下几方面展开研究：（ 1）判断 DNA 链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰；（ 2）检测 RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合

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