专业术语解析

1、-)M副背畏蜘密普及简稀全称中译MiskldLcI-： Repair销祀修垣员责帷I )NA夺子中出现的硼基 惜阳夏几个情.褂撤失或插入dMWRdeficient MisMatch Rspair错配修盈蹈信配修元件突变 邙钗修发权制映陷MSMUoSatellite微卫星短的串联重复I.W怦列l-6bp) 雾出现于非焜仙内念千区域MSIMicroSateliile insfabiiity谶1星.不凝健性M混瞄于正常的序列长度, 多发生于于复机制缺失时MSSMicroSatRilite Stability微1薜毯定性相对于MS】而吉* MS 德定顿在.没刈发生改变MSI-LLow-frequenc

2、y MSI不境定件MSI出琲的莉奉低MSI-HH Eg frequency MSI需成微卫星不弟定性M阳出现的频率高HNPCCHereditary Non-PolyposesCold 侑 g 由 1 Cancer贸传心泌肉痛性家把:翊专疾病，饴直施慰UytKh综合杵，由福闱怡复迎帖引起表1布文谯及字亦用语MMR,重要的DNA修复机制，能够准确地识别及修复在DNA复制或重组过程中产 生的碱基错配，小范围的碱基缺失或插入，对维持基因组稳定性，遗传后代的精确性有 着重要的作用。dMMR，顾名思义，就是MMR修复机制出现故障。参与MMR修复基因发生了突 变，导致基因功能缺陷，MMR修复能力下降或缺失。

3、Lynch综合症是由于MMR修复缺陷引起。MS，微卫星，又称简单重复序列(SSR)， 是一些短而重复的DNA序列，一般由1-6个核苷酸组成，串联重复排列，常见类型为 双碱基CA / GA或单碱基A/T等，存在于内含子等非编码区，多态性分布于整个基因 组，个体差异大。MSI，是指由于在DNA复制时插入或缺失突变引起的MS序列长度改变的现象，常 由错配修复(MMR)功能缺陷引起(图1)。MSI现象于1993年被Jacobs等人在结直 肠癌中首次发现，与癌症发生有关，可用于癌症检测。PGS( Preimplantation Genetic Screening)是胚胎植入前遗传学筛查，用于在胚 胎植入

4、着床之前对早期胚胎进行染色体数目和结构异常的检测，主要通过检测胚胎的 23对染色体结构、数目，通过比对来分析胚胎是否有遗传物质异常。PGD( preimplantation genetic diagnosis)即胚胎植入前遗传学诊断，主要用于检 查胚胎是否携带有遗传缺陷的基因。无创产前检测(Non-invasive Prenatal Testing, NIPT)主要是通过孕期母体的外周 血，对其中的游离DNA(含有胎儿来源的DNA)进行测序，来判断胎儿是否患有某些 遗传病，如21-三体综合征、18三体综合征以及13-三体综合征，以及一些性染色体三 体型及X单体型。CTCs就是循环肿瘤细胞(ci

5、rculating tumor cells)的简称，这玩意就是从原发肿瘤 甚至是转移形成的新肿瘤上掉落下来，并且进入到患者的外周血循环系统中的恶性肿瘤 细胞！ ！临床上可以用于肿瘤治疗的预后监测！ctDNA就是循环肿瘤DNA( Circulating tumor DNA)，顾名思义是原发肿瘤甚至是 转移形成的新肿瘤上的细胞破裂掉落下来的DNA片段，也是进入了外周血循环系统。 这玩意甚至比CTCs更具价值，因为在肿瘤形成早期血液中往往还没有CTCs但是却已 经开始有ctDNA 了，这意味着可以通过检测ctDNA而发现早期的肿瘤！这对于肿瘤 早筛、用药和预后都是非常有意义的！当然技术上也更难。这儿

6、有一篇对ctDNA的介 绍：cfDNA就跟上面的2种完全不同了，它其实就是cell free DNA，就是在血液中游离的 自身DNA而已，这些DNA多是从身体的细胞或者白血球破裂释放出来的，这基本都 是无害的，不用多久会被自身清理掉。不过值得一提是，当孕妇怀孕的时候，胎儿的 DNA也会同时释放到母亲的血液里头去，这是当前火热的无创唐氏筛查的基础！通过 抽取母亲的外周血测序分析其中的游离DNA就可以判断胎儿是否存在整个染色体或者 大片段DNA的变异。比起以前的方式是要安全得多，也跟准。科学如果不能更快，更 准，更方便还干啥搞科学呢，是吧！MID :莲和在每个样本中，额外加上MID标签，更准确的纠

7、正扩增测序错误，降低假 阳性免疫组化（Ihc）:免疫组织化学（Immunohistochemistry）又称免疫细胞化学。它是 组织化学的分支，它是用标记的特异性抗体（或抗原）对组织内抗原（或抗体）的分布 进行组织和细胞原位检测技术。PD-1 ( programmed cell death-1)，程序性死亡受体-1: PD-1(programmed cell death protein 1）程序性死亡受体1，是一种重要的免疫抑制分子。为CD28超家族成 员,其最初是从凋亡的小鼠T细胞杂交瘤2B4.11克隆出来。以PD-1为靶点的免疫调节 对抗肿瘤、抗感染、抗自身免疫性疾病及器官移植存活等均有重

8、要的意义。其配体PD-L1 也可作为靶点，相应的抗体也可以起到相同的作用。PD-L1（ programmed cell death-Ligand 1）程序性死亡受体-配体 1: EGFR （英语:epidermal growth factor receptor,简称为 EGFR、ErbB-1 或 HER1） 是表皮生长因子受体（HER）家族成员之一，EGFR肾小球滤过率的缩写，指单位时间 内两肾生成滤液的量称为肾小球滤过率，由于肾小球滤过率在反映肾功能损害程度上具 有独特而重要的意义，肾小球滤过率下降是诊断慢性肾脏病的一项重要指标。TKI（酪氨酸激酶（Tyrosinekinase）酪氨酸激酶抑

9、制剂主要通过抑制细胞信号转导而抑 制肿瘤细胞的生长和增殖，促进细胞凋亡目前临床上最常用的针对BCR-ABL融合基 因的酪氨酸激酶小分子抑制剂（small moleculeTKI）,包括第一代药物伊马替尼，第 二代药物达沙替尼（施达赛）和尼罗替尼。酪氨酸激酶抑制剂主要通过抑制BCR-ABL 融合蛋白，从而发挥抗白血病作用。TP53是人体内重要的抑癌基因，不仅可以阻止肿瘤细胞分裂，诱导肿瘤细胞凋亡，还可以修复正常DNA的损伤ARMS（ （amplification refractory mutation system）生物技术一般指扩增受阻突变系 统MSI-H（ microsatellite in

10、stability-high高度微卫星不稳定）dMMR 的另外一 代名 词就是众所周知的MSI-H，因为MMR基因突变，DNA重复单元的插入或缺失而导 致MSI高度不稳定及MMR蛋白缺失。病理学界发现MSI-H结肠癌具有相类似的临 床病理特征，称之为MSI-H样病理特征TMB（3,3,5,5-Tetramethylbenzidine中文别名：3,3,5,5-四甲基联苯胺）TMB 已在 逐步取代强致癌物联苯胺和其他致癌性的联苯胺衍生物，应用于临床化验、法医检验、 刑事侦破及环境监测等领域；尤其是在临床生化检验方面，TMB作为过氧化酶的新底 物，在酶免疫分析法（EIA）和酶联免疫吸附检验法（ELI

11、SA）中获得了广泛的应用基因检测是指通过血液、体液或细胞对DNA变异进行检测的技术。代测序：又称Sanger测序（多分子，单克隆）历史：第一代DNA测序技术（又称Sanger测序）在1975年，由Sanger等人开创， 并在1977年完成第一个基因组序列（噬菌体X174），全长5375个碱基。研究人员经 过30年的实践并对技术及测序策略的不断改进:如使用了不同策略的作图法、鸟枪法）, 2001年完成的首个人类基因组图谱就是以改进了的Sanger法为其测序基础。原理：在4个DNA合成反应体系（含dNTP）中分别加入一定比例带有标记的ddNTP （分为：ddATPddCTPddGTP和ddTTP）

12、，通过凝胶电泳和放射自显影后可以根据电泳带的位置确定待测分子的DNA序列。由于ddNTP的2和3都不含羟基，其在DNA的合成过程中不能形成磷酸二酯键，因此可以用来中断DNA合成反应。二代测序：NGS技术（多分子，多克隆）背景:Sanger测序虽读长较长、准确性高，但其测序成本高通量低等缺点，使得denovo 测序、转录组测序等应用难以普及。经过数据不断的技术开发和改进，以Roche公司 的454技术、illumina公司的Solexa，Hiseq技术，ABI公司的Solid技术为标记的 第二代测序技术诞生，后起之秀ThermoFisher的IonTorrent技术近年来也杀入历史 舞台。莲和医

13、疗二代测序产品采用的原理为Illumina原理：桥式PCR+4色荧光可逆终止+激光扫描成像主要步骤：DNA文库制 超声打断加接头Flowcell吸附流动DNA片段桥式PCR扩增与变性放大信号测序测序碱基转化为光学信号优势劣势Illumina的这种测序技术每次只添加一个dNTP的特点能够很好的地解决同 聚物长度的准确测量问题，它的主要测序错误来源是碱基的替换。而读长短（200bp-500bp）也让其应用有所局限。二代测序相比一代测序大幅降低了成本，保持了较高准确性，并且大幅降低了测序时间, 将一个人类基因组从3年降为1周以内，但在序列读长方面比起第一代测序技术则要短很多，这也给三代测序提供了发展

14、空间。第公司平台测序方检测大约优点相对局限性X名称法方法读长代（碱基数）第ABI/3130桑格-荧光/600-高读长准确度一次通量低；样品制备一生命xL-3毛细管光学1000性达标率高，能很好成本高，使之难以代技术730 x电泳测处理重复序列和多做大量的平行测序公司L序法聚序列第贝克GeXP桑格-荧光/600-高读长准确度一次通量低；单个样品一曼遗传毛细管光学1000性达标率高，能很好的制备成本相对较代分析电泳测处理重复序列和多高系统序法聚序列；易小型化第罗氏基因焦磷酸光学230-在第二代中最高读样品制备较难；难二/454组测测序法400长;比第一代的测序于处理重复和同种代序仪通量大碱基多聚区

15、域；试FLX剂冲洗带来错误累系统积，仪器昂贵第以鲁HiSe可逆链荧光/2x15很高测序通量仪器昂贵；用于数二米那q200终止物光学0据删节和分析的费代0/miSeq和合成测序法用很高第ABI/5500连接测荧光/25-3很高测序通量在广测序运行时间长；二SOLixlSO序法光学5为接受的几种第二读长短，造成成本代DLiD代平台中所要拼接高，数据分析困难系统出人类基因组的试和基因组拼接困剂成本最低难；仪器昂贵第赫利Helis单分子荧光/25-3高通量在第二代中读长短，推高了测二克斯cope合成测光学0属于单分子性质的序成本，降低了基代序法测序技术因组拼接的质量；仪器非常昂贵三代测序：单分子测序背

16、景 :测序技术经过第一代、第二代的发展，读长从一代测序的近1000bp，降到了二 代测序的几百bp，通量和速度大幅提升，那么第三代测序的发展思路在于保持二代测 序的速度和通量优势同时，弥补其读长较短的劣势。三代测序与前两代相比，最大的特 点就是单分子测序，测序过程无需进行PCR扩增。三代测序优势：第三代基因测序读长较长，可以减少拼接成本，节省内存和计算时间；作用原理上避免了 PCR扩增引入错误；拓展应用：RNA的序列，甲基化的DNA序列等；三代测序缺陷：单读长的错误率偏高，需重复测序以纠错(增加测序成本);依赖DNA聚合酶的活性；成本较高(二代Illumina的测序成本是每100万个碱基美元，

17、三代测序 成本是每100万个碱基美元)。生信分析软件不够丰富、数据积累少。PCR聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction)称 PCR。它可看作是生物体外的特殊 DNA复制，PCR的最大特点，是能将微量的DNA大幅增加。个人理解，PCR是整个测序/检测过程中的一个环节，增加样本检测密度，更有效地检 测样本、提取信息。ddPCR ( droplet digital PCR)微滴式数字PCR ( ddPCR )在传统的PCR扩增前对样品进行微滴化处理，将含有核酸 分子的反应体系分成成千上万个纳升级的微滴，其中每个微滴或不含待检核酸靶分子， 或者含有一个至数个待检核酸靶分子。

18、经PCR扩增后，逐个对每个微滴进行检测，有荧光信号的微滴判读为1 ,没有荧光信 号的微滴判读为0，根据泊松分布原理及阳性微滴的个数与比例即可得出靶分子的起始 拷贝数或浓度。适合于拷贝数变异研究、复杂来源样品中含量极低核酸分子的检测、NGS数据验证、 NGS测序文库的鉴定、miRNA等差异微小的基因表达研究。RT-PCR ( reverse transcription PCR)由一条RNA单链转录为互补DNA ( cDNA )称作逆转录”，由依赖RNA的DNA 聚合酶(逆转录酶)来完成。随后,DNA的另一条链通过脱氧核苷酸引物和依赖DNA 的DNA聚合酶完成，随每个循环倍增，即通常的PCR。原先

19、的RNA模板被RNA酶H 降解，留下互补DNA。RT-PCR技术相关试剂：oligo :多聚体，相当于mRNA引物AMV RT ：禽类成髓细胞瘤病毒逆转录酶MMLV RT ：莫洛尼鼠白血病病毒逆转录酶dNTPs :脱氧核苷酸RNase : RNA水解酶PCR Buffer : RT-PCR缓冲液MgCl2 : 2价镁离子QPCR 的英文全名是 Real-time Quantitative PCR Detecting System,即实时荧光定 量核酸扩增检测系统，也叫实时定量基因扩增荧光检测系统，简称QPCR。第一代产品：基因扩增热循环仪(DNA Thermal Cycler) +电泳仪+紫外

20、分析仪+定性试剂，构成 PCR定性检测。第二代产品：基因扩增热循环仪+荧光仪+终点定量试剂，构成PCR-DNA终点法定量检测(End-point quantitative PCR detection )，又分为终点酶免定量(End-point ELISA-PCR）和终点荧光定量（End-point Fluor-PCR）两种。第三代产品：实时定量QPCR仪+实时荧光定量试剂，构成QPCR-DNA/RNA实时荧光定量检测。QPCR至少有以下特点：所用仪器少，只用一台仪器。检测时间短，只须45分钟 1小时10分钟（试剂各异），而定性PCR须3 4小时， 酶免终点定量须6 8小时，荧光终点定量须2 3小时。操作极其简单：前处理后，样本插入仪器一小时后到电脑上来出报告即可，无须开盖， 移样本（以前方法），避免污染。结果精确：定性PCR只能定性，很粗略，终点定量PCR由于只能在40个热循环结束 后检测荧光，被测荧光达到饱和导致定量不够精确，属于半定量状态。而实时荧光QPCR 是在扩增的每时每刻连续检测各样本的荧光值的变化，如图一所示：图一西安天隆TL988实际曲线1检测动态范围：DNA copies/ml检测精度：0.1RLU辨别率：5000和10,000个模板拷贝