数量性状连锁分析

1、数量性状连锁分析Haseman-Elston 线性回归方法1。定量性状值对性状位点IBD值的回归方程条件：1.假定性状为数量性状2.假定控制数量性状的基因为单基因（单点）.假定通过父母和同胞对能有确定的值假设数量性状服从下面的模型 （1）某家庭两个兄弟姐妹计为一个同胞对，标记：1，2（2）某数量性状标记为: ,同胞对的性状表示为：（3）数量性状简单模型：一、表现型相似程度描述一对基因 A1 A2基 因 型 A1A1 A1A2 A2A2基因型值 +a d -a用数轴图表示-ad0a: 基因型值: 基因型值：群体该性状总平均值: 环境和其他因素对数量性状的影响表现型相似性：表现型越相似，越小二、基

2、因型相似程度描述IBD/IBS1/31/21/21/3IBD=0 IBS=11/11/31/21/3IBD=1 IBS=11/21/21/21/3IBD=2 IBS=2血缘一致（identical by descent,IBD）： 指的是子代中共有的一段DNA区域或共有的等位基因来源于一个共同的祖先。状态一致（identical by state,IBS）： 只考虑家系成员之间遗传标记或等位基因的相似性，而不管其是否来源于一个共同的祖先，也不需进行亲代的等位基因分型。IBD：、基因越相似，IBD越大表现型差别：表现型越相似，越小基因相似程度：基因越相似，IBD越小同胞对的基因越相似，他们的定量

3、性状的差距越小基因差别：IBD Genotypic similarity ( )Phenotypic similarity00.51模型推导：HasemanElston 通过种兄弟对基因型和相关条件概率，加性差、显性方差，假定基因和环境独立进行推导，确立了环境方差加性方差显性方差遗传方差定量性状值对性状位点IBD值的回归方程 3.2用于标记位点的连锁分析的回归方程模型还不能应用于连锁分析，原因如下：、实际情况下即使父母、同胞对的基因型已知，也不能保证IBD 值确定/父/父/父/父/父/IBD=1/父/父/IBD=1/父/父/IBD=2/父/父/IBD=2/父/父/IBD=1/父/父/IBD=1

4、/父/父/IBD=2/父/父/IBD=2/同胞对婚配型等等等等基于上述两原因不能被用来进行连锁分析改进模型：两位点，： t为疾病位点为标记位点重组率通过构造联合分布表可得，是重组率的函数通过构造联合分布表可得，是，的函数Haseman-Elston模型可以通过该模型进行连锁分析环境方差加性方差显性方差遗传方差Haseman-Elston regression: A sib-pair test for linkage between a quantitative trait and a marker locus (Haseman & Elston, 1972). It is a classica

5、l regression method using the squared sib-pair trait difference as a dependent variable and the proportion of shared alleles identical by descent by the sib pair as an independent variable, where a statistically significant negative regression coefficient suggests linkage. Since then it has been extended to multiple quantitative loci (Tiwari, 1997; Stoesz, 1997); revisited to incorporate information from full sibs and other pairs of relatives (Elston, 2000); applied to X-linked traits