[工学]生物信息学作业

1、.生物信息学考核形式：考查（2009-2010学年第一学期）姓名：李连营 学号： 2008128214 成绩：要求：统一格式，统一字体，字号一、关于生物信息学数据库使用（30分）1.分别写出下列主要生物信息学数据库的网址，并打开其主页（截屏），存到word文档中。1）核酸序列数据库（10分） GenBank美国基因数据银行： / Embl 欧洲分子生物实验室：http:/www.ebi.ac.uk/embl.html DDBJ日本核酸数据库 ： http:/www.ddbj.nig.ac.jp2）基因组数据库（10分） 美国人类基因组数据库G

2、DB：美国NCBI基因组数据库Genome： 英国人类基因图谱数据库 HGMPGenomeWeb：http:/www.hgmp.mrc.ac.uk/genomeWeb/美国人类基因组资源整合体系 /genome/guide/human/3）蛋白质序列及结构数据库（10分）(1)、蛋白质序列数据库SWISS-PROT （瑞士日内瓦大学）蛋白质序列数据库：http:/www.Expasy.ch NCBI 蛋白质数据库： http:/www.ncbi.nlm.n

3、/entrezPIR 蛋白质序列信息资源库（美、德）: （2）、蛋白质结构数据库 PDB Protein DataBank： /pdb/ NCBI STRUCTURE MMDB （Molecular Modelling DataBase）， SCOP （Structural classification of proteins）： http:/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop 二、关于NCBI数据库使用（30分）1. NCBI数据库检索查找序列编号accession numbe

4、r为EF575623.1, , EF575621.1, EF575620.1, EF575619.1, EF575618.1, EF575617.1, EF575616.1, EF575615.1, EF575614.1, , EF575612.1, EF575611.1, EF575610.1, EF575609.1, EF575608.1,的基因。打开任何一个序列，另存为FASTA格式，过程截屏存为word文档。（10分） 2.将该序列提交GenBank 进行BLAST完成序列在GenBank 中的对比，将结果的每一部分以截屏的页面保存至word文档。并注明每一部分说明什么（20分） 三、关于DNAMAN的使用（40分）1 对第二题中的任意三个序列进行序列对比。要求通过上机操作会使用基本的序列导入，双重及多重序列对比，序列分析，过程截屏。（15分）所取三个序列：EF575613.1，EF575612.1, EF575611.1 查找方法同二题操作。在通道1中载入EF575611.1步骤如下：同理在通道2、3中导入EF575612.1、 EF575613.1点击“通道” 再选中“CHANNEL1”、“CHANNEL2”、“CHANNEL3”点击确定的结果如下：2选取二题中任意序列进行，引物设计及分析，过程截屏（25分）任意选取一组既得 第一引物：ACAATCCACGGTCC