生物信息学软件

生物信息学软件JASPARConSiteTRANSFACrVista2.0

MEMEWeblogPISCESCH-HITPSIPREDChEMBLDavid转录因子结合位点转录因子：能够结合在某基因上游特异核苷酸序列上的蛋白质，活化后从胞质转位至胞核，通过识别和结合基因启动子区的顺式作用元件,启动和调控基因表达转录因子结合位点：转录因子结合位点是转录因子调节基因表达时，与转录因子结合的区域JASPARJASPAR是收集有关转录因子与DNA结合位点模体(motif)的最全面的公开的数据库,该数据库是由哥本哈根大学维护。JASPAR数据库中所包含的数据,都经过严格筛选,有确切的实验依据,通过计算机辅助软件进行整合识别匹配并用生物学手段进行注释(1)

JASPARCORE(2)JASPARCNE(3)JASPARFAM(4)JASPARPBM(5)JASPARPBM_HLH(6)JASPARPBM_HOMEOJASPAR_CORE核心数据库TheJASPARCOREdatabasecontainsacurated,non-redundantsetofprofiles,derivedfrompublishedcollectionsofexperimentallydefinedtranscriptionfactorbindingsitesforeukaryotes.Theprimedifferencetosimilarresources(TRANSFAC,etc)consistoftheopendataaccess,non-redundancyandquality.

JASPARCNEJASPARCNEisacollectionof233matrixprofilesByclusteringofoverrepresentedmotifsfromhumanconservednon-codingelements.Thebiochemicalandbiologicalroleofmostofthesepatternsisstillunknown如何得到位置矩阵位置矩阵如何打分PhylogeneticfootprintingPhylogeneticfootprintingisatechniqueusedtoidentifytranscriptionfactorbindingsites(TFBS)withinanon-codingregionofDNAofinterestbycomparingittotheorthologoussequenceindifferentspecies.同源假设两个或多个结构具有相同的祖先，那么称它们同源(Homology)这里相同的祖先既可以指演化论意义上的祖先，即两个结构由一个共同的祖先演化而来，也可以指发育意义上的祖先，即两个结构由胚胎时期的同一组织发育而来。

直系同源与旁系同源如果两个基因有着几乎一样的DNA序列，那么它们很可能同源。同源序列可分为两种：直系同源(orthology)和旁系同源(paralogy)。直系同源的序列因物种形成(speciation)而被区分开(separated)：假设一个基因原先存在于某个物种，而该物种分化为了两个物种，那么新物种中的基因是直系同源的。啮齿动物和人类旁系同源的序列因基因复制(geneduplication)而被区分开(separated)：假设生物体中的某个基因被复制了，那么两个副本序列就是旁系同源的。肌红蛋白(myoglobin)和血红蛋白(hemoglobin)被认为是古老的旁系同源体ConSiteConSiteisauser-friendly,web-basedtoolforfindingcis-regulatoryelementsingenomicsequences.Predictionsarebasedontheintegrationofbindingsitepredictiongeneratedwithhigh-qualitytranscriptionfactormodelsandcross-speciescomparisonfilteringByincorporatingevolutionaryconstraints,selectivityisincreasedbyanorderofmagnitudeascomparedtosingle-sequenceanalysis

TRANSFAC

TRANSFAC数据库是关于转录因子、结合位点和与DNA结合的profiles的数据库。由SITE、GENE、FACTOR、CLASS、MATRIX、CELLS、METHOD和REFERENCE等数据表构成。Match-1.0Public

Matchisaweightmatrix-basedprogramforpredictingtranscriptionfactorbindingsites(TFBS)inDNAsequences.ItusesalibraryofpositionalweightmatricesfromTRANSFAC®Public6.0.

rVista2.0

Analyzingnovelsequencesforthepresenceofknowntranscriptionfactorbindingsitesortheirweightmatricesproducesahugenumberoffalsepositivepredictionsthatarerandomlyanduniformilydistributed.

rVistacombinesdatabasesearcheswithcomparativesequenceanalysis,reducingthenumberoffalsepositivepredictionsby~95%whilemaintainingahighsensitivityofthesearchMEMEMotif-basedsequenceanalysistools寻找DNA，RNA和蛋白质的共有序列可以在启动子区域搜寻TFBS的结合位点可以搜寻蛋白质家族的模体(motif)WeblogWeblogo基于多序列比对信息，把多序列的保守信息通过图形表示出来。每个logo由一系列碱基〔氨基酸〕组成，在每一个序列位置上用总高度表示此位置上的序列保守性，用碱基〔氨基酸〕字母的高度表示出现的频率PISCES序列相似性比对软件进行序列相似性比对蛋白质预测时序列相似性一般选取：25%，40%CH-HIT序列相似性比对软件DOS下运行最低的序列相似性为40%PSIPREDPSIPRED(PositionSpecificIteratedPRED)Server是一个预测蛋白质二级结构的效劳器ChEMBLChEMBLisadatabase