Python下科学计算包numpy和SciPy的安装.doc

Python下大多数工具包的安装都很简单，只需要执行 “python setup.py install”命令即可。然而，由于SciPy和numpy这两个科学计算包的依赖关系较多，安装过程较为复杂。网上教程较为混乱，而且照着做基本都不能用。在仔细研读各个包里的README和INSTALL之后，终于安装成功。现记录如下。系统环境：OS：RedHat5Python版本：Python2.7.3gcc版本：4.1.2各个安装包版本：scipy-0.11.0numpy-1.6.2nose-1.2.1lapack-3.4.2atlas-3.10.0依赖关系：scipy的安装需要依赖于numpy、lapack、atlas（后两者都是线性代数工具包，不清楚的自行google之。），而numpy和sci的测试程序的运行又依赖于nose，因此，整个安装过程必须要按顺序执行的，否则是无法执行下去的。安装步骤：1、安装nose这个安装比较简单，解压缩nose的安装文件，进入nose的目录，直接运行setup.py即可：tar -zxvf nose-1.2.1.tar.gzcd nose-1.2.1python setup.py install2、安装lapack由于最新版本的ATLAS可以直接集成lapack的安装压缩文件进行编译，因此，如果仅在python下使用的话，可以不用安装lapack。只需要下载压缩文件：lapack-3.4.2.tgz 即可。3、安装ATLAS这个的安装主要是配置一些选项，包括配置成64位库文件、位置无关的以及共享的链接库。详细的配置说明在atlas安装包 doc/ 下的pdf文件中。可查阅。下面是我的安装过程：tar -jxvf atlas3.10.0.tar.bz2cd ATLASmkdir obj64./configure -b 64 -Fa alg -fPIC -shared -prefix=/配置atlas的安装路径/atlas -with-netlib-lapack-tarfile=/lapack安装压缩文件存放的目录/lapack-3.4.2.tgz(注：这个配置时间非常长，在Core i7 处理上，大概1个小时左右)make（下面是一些检查过程，保证没有问题之后再进行安装）make checkmake timemake install至此，atlas安装完成。不过我们要记录下编译过程中所用的fortran编译器类型，这个信息在下面安装numpy和scipy的时候要用。还是在目录 obj64/ 下，执行fgrep F77 = Make.inc可以看到 F77 = gfortran记下这个编译器类型 gfortran.4、安装numpynumpy和scipy的安装过程都要显式的指明所用fortran编译器的类型，而且要与前面编译atlas时一致（在本文中即：gfortran），这一点非常重要，否则很多功能都会出错。首先配置numpy目录下的site.cfg文件，指明atlas库的位置：tar -zxvf numpy-1.6.2.tar.gzcd numpy-1.6.2cp site.cfg.example site.cfgvim site.cfg配置成如下格式：DEFAULTlibrary_dirs = /usr/local/lib:/atlas的安装目录/atlas/libinclude_dirs = /usr/local/include:/atlas的安装目录/includeblas_optlibraries = f77blas, cblas, atlaslapack_optlibraries = lapack, f77blas, cblas, atlasamdamd_libs = amdumfpackumfpack_libs = umfpack接下来配置安装numpy所需要的Fortran编译器类型：如果前面得到的Fortran编译器是gfortran的话，执行：pythonsetup.py build -fcompiler=gnu95如果前面得到的Fortran编译器是g77的话，执行：python setup.py build -fcompiler=gnu然后执行python setup.py install安装完成5、安装scipy与安装numpy类似：tar -zxvf scipy-0.11.0.tar.gzcd scipy-0.11.0vim site.cfg配置成如下格式：DEFAULTlibrary_dirs = /usr/local/lib:/atlas的安装目录/atlas/libinclude_dirs = /usr/local/include:/atlas的安装目录/includeblas_optlibraries = f77blas, cblas, atlaslapack_optlibraries = lapack, f77blas, cblas, atlasamdamd_libs = amdumfpackumfpack_libs = umfpack接下来配置安装numpy所需要的Fortran编译器类型：如果前面得到的Fortran编译器是gfortran的话，执行：python setup.py build -fcompiler=gnu95如果前面得到的Fortran编译器是g77的话，执行：python setup.py build -fcompiler=gnu然后执行python setup.py install安装完成然后可以在python下执行相应的测试