pubmed的使用方法.doc

近年来，利用计算机进行文献检索已逐步代替传统的手工检索，随着Internet的普及，我们可以随时随地通过国际互联网来检索获得免费的医学文献，这是一条文献检索新捷径1，特别是进行MEDLINE检索，既简单又实用2。现在有多个机构提供免费的网上MEDLINE检索服务，其中由美国国立医学图书馆（NLM）所属的国家生物技术信息中心（NCBI）建立的PubMed数据更新快3，检索系统完善，深受广大医务工作者和图书情报人员的欢迎。由于PubMed检索系统在不断完善和加强，要快速、全面、准确地在近4千种医学期刊、1千1百万条数据中检索出符合自己要求的资料4，并不容易。下面介绍最新版本（2000年9月版）的PubMed使用方法。1. 进入PubMed在浏览器的地址栏内输入Pubmed的网址：/PubMed/ 后按回车键，就进入PubMed的主页，开始检索。2. 普通检索在检索式提问框中输入一个或更多的词（例如：vitamin c common cold），然后按回车键或用鼠标点击Go按钮，PubMed就会利用自动词语匹配功能将重要的词或词组用AND组合在一起进行检索（见图1）。输入的词可以是自由词、主题词、或其他指定字段。由于主题词检索的文献更全面、更准确，应尽量使用主题词/副主题词检索。对于某些新的技术词汇、新药、新方法、新疾病等，还没有相应的主题词时，应该用自由词检索。3. 高级检索使用逻辑词AND, OR, NOT（例如：vitamin c OR zinc）、指定文献记录字段名称检索、使用医学主题词（MeSH）/副主题词组配格式检索，如neoplasms/diet therapymh。不久返回检索结果，检索提问框仍出现在页面顶端，并显示您刚才输入的检索词。您可以在提问框内、点击Details或Limits按钮再修改检索词。3.1 PubMed检索规则和语法布尔运算符AND，OR，NOT必须大写，例如，vitamin c OR zinc；PubMed从左至右进行布尔运算。不过，你可以通过加圆括符改变运算顺序，如common cold AND (vitamin c OR zinc)。括弧内的字段是作为一个整体来处理的。如果输入的字段含有主题词组，PubMed优先按词组检索。如果不希望这样，应该加布尔运算符。例如输入：air bladder fistula，PubMed会将air bladder作为词组。此时应输入：air AND bladder AND fistula。字段标记符（tag）使用规则：只能在词后加字段标记符，如：romatherapy mh，必须用封闭的方括弧 ，大小写和空格会被忽略，如crabs mh = CrabsMH。日期格式：采用YYYY/MM/DDDP格式，如1998/03/06dp，1999/10 EDAT。月和日可以不写。输入日期范围则用冒号连接，如1996：1998dp，1998/01：1998/04dp。日期字段标记符有3个：Date of Publication DP ：出版日期Entrez Date EDAT ：进入PubMed的日期。 MeSH Date MHDA：该引文被 MeSH 主题词编入索引的日期。 期刊标记符有3个： jsubseta - Abridged Index Medicus 只检索医学索引的期刊jsubsetd - Dental 只检索牙科文献索引的期刊jsubsetn - Nursing 只检索护理学索引的期刊例如: neoplasms AND jsubseta 检索须有摘要的文献，使用 hasabstract。 如: neoplasms AND hasabstract 检索印刷前的引文，使用pubstatusaheadofprint。 例如: pubstatusaheadofprint AND gene 3.2. PubMed的检索语法检索语法格式是：检索词tag 布尔运算符 检索词tag例如：要检索作者Dr. Crick在1993年撰写的关于DNA的文献，格式是：dna mh AND crick au AND 1993 dp 要检索关于热或潮湿与多发性硬化的关系，格式是：(heat OR humidity) AND multiple sclerosis 检索学龄前儿童哮喘治疗的英文综述文献，格式是： asthma/therapy mh AND review pt AND child, preschool mh AND english la 3.3 作者姓名检索输入作者姓名时应采用姓+名(名的首字母缩写，不用标点符号)的格式，例如SmithJA。PubMed将自动地截取作者姓名中名的首字母以适应不同的名缩写。如果只输入作者的姓，PubMed会在包括作者字段在内的所有字段进行检索，但如果作者的姓是一个MeSH词的时候除外，例如输入Yang,则PubMed将只检索：Yin-YangMeSH或YangText Word。此外，如果使用双引号将作者的姓全称和名的第一个首字母引起来，并用作者检索字段标识符au限制，如smith jau，PubMed将关闭自动截词，且检索姓名中名只有一个字母缩写的作者。3.4 期刊名检索包括期刊名全称（如molecular biology of the cell）、期刊名MEDLINE缩写（如mol biol cell）、国际标准连续出版物号（ISSN，如1059-1524）。例如，如果输入New England Journal of Medicine，PubMed将按N Engl J Medta查询。应注意： 如果杂志名也是一个MeSH词，例如Gene Therapy, Science, 或 Cell，PubMed只会按MeSH词来检索，要想检索杂志名，必须加字段标记ta，如 gene therapy ta。 对一个单词的杂志名，也必须加字段标记ta。 尽量使用期刊名全称和期刊名MEDLINE缩写检索，在早期的文献中，ISSN号是不能保证检索完全的。 如果杂志名带有参数或引号，应该去掉这些参数或引号，如：J Hand Surg Am应该以 J Hand Surg Am 键入。3.5 截词检索可以在词尾加*号，来检索有一样词头的所有词， 如输入 bacter*，则会检索 bacter, bacteria, bacterium, bacteriophage 等词，但不会检索带有空格的词组，如 bacteria control。PubMed只能检索前150个相符合的词。此外，截词检索将关闭自动词语匹配功能，也不能进行扩展检索。如：heart attack*不会匹配MeSH词，也不会扩展检索myocardial infarction、myocardial stunning、shock、cardiogenic这些方面的文献。3.6 强制词组检索（规定Pubmed检索一个词组）一般情况下，如果PubMed检索在常用词组列表中已有的词组，如poi-son ivy，PubMed就会把它作为一个词组来检索。但有时Pubmed可能找不到相应的词组，如果输入的词组，在PubMed的词组表中没有时，PubMed 会拆分词组，如您输入：single cell，PubMed会分成 single 和 cell 分别检索，如要强制检索single cell，必须加双引号，使得PubMed将其当作一个词来进行检索，即写成 single cell。需注意的是，使用双引号规定PubMed进行词组检索，PubMed就不会执行自动词语匹配功能和扩展检索功能。3.7 检索细节点击Details按钮，可以查看和编辑检索情况，即可以增加或删除检索词，如图2。还可以从检索细节窗口保存检索项目：点击URL按钮后，用浏览器的书签（或收藏夹）菜单将目前的检索项目作为URL地址以书签形式保存，以便下次再检索。4. 限定检索（Limits）如图3，可以对多个选项限定检索，以缩小检索范围，提高检索准确率。完成后将出现如图4的核对框，显示限定的字段。限定字段检索的项目有：4.1 字段选择可选择：所有字段（All Fields）、作者地址、作者姓名、期刊名、ISSN号码、语种、MeSH词、副主题词、页码、出版日期、自由词、标题词、期刊卷号、数据库更新代码、物资名称等22个选项，默认选项为All Fields。4.2必须有摘要的文献（Only Items with Abstracts ）为复选框，选中后检索出的文献均有摘要。注意1975年前的文献是没有摘要的。4.3 出版形式（Publication Types）包括：Clinical Trial 临床试验Editorial 编辑按语Letter 读者来信Meta-Analysis 荟萃分析Practice Guideline 实践指南Randomized Controlled Trial 随即对照试验Review 综述4.4 出版语种（Languages ）PubMed 引用了近40种语言的期刊。但下拉式菜单中只有最常检索的几种语言供选择：英语、法语、德语、意大利语、日语、俄语和西班牙语。如您没有限制语言，PubMed会检索所有语种出版的文献。语种的字段标记符一般取英文的前3个字母表示，如汉语为chi，德语为ger，但日语例外，为jpn。4.5 年龄（Ages ）可在下拉式菜单中选择其中一项。All Infant: birth-23 month 出生到23月龄的婴儿All Child: 0-18 years 018岁的儿童All Adult:19+ years 所有成年人（19岁以上）Newborn: birth-1month 新生儿（出生到1个月）Infant: 1-23 months 婴儿Preschool Child: 2-5 years 25岁的学龄前儿童Child: 6-12 years 612岁儿童Adolescent: 13-18 years 青春期1318岁Adult:19-44 years 1944岁成年人Middle Aged:45-64 years 4564岁Aged:65+ years 65岁以上80 and over: 80+ years 80岁以上4.6 性别（Gender）4.7 人或动物（Human or Animal） 4.8 子项（Subsets ）包括：目前有9个数据库或过滤检索系统可选：AIDS、AIM、Dental、MEDLINE、Nursing、PreMEDLINE 、Publisher、PubRef、Toxicology。其中MEDLINE, PreMEDLINE和出版商直接提供的电子出版物文献（ Publishers）较常用。4.9 文献进入MEDLINE的时间有30天、60天、90天、180天、1年、2年、5年和10年选择。4.10 出版或进入MEDLINE的时间段应输入时间范围。按照年/月/日的格式。5. 利用预览/索引（Preview/Index）检索使用预览/索引可以：预览检索出的文献数量，加快显示速度、一次性地增加检索词来精确检索、增加检索词来检索某些特殊领域、从索引中查看和选择检索词。例如：要检索以chickenpox为头的MeSH词，先选择在下拉式菜单的MeSH Terms，在检索框内输入chickenpox，再点击Index按钮。滚动索引Index窗，高亮显示chickenpox vaccine，点击AND按钮，Chickenpox vaccine 就会出现在检索提问框内（图5）。注意： Preview/Index 只能显示最近三次检索的预览结果。而历史（History）窗口能显示多达过去100次的检索请求。6. 利用历史记录（History）检索PubMed 能保存您所有的检索请求和结果。历史窗口显示检索序号、检索请求、检索时间、检出的文献数（图6）。点击检索结果数字，可以阅读检索出的文献。也可以将历史检索合并，重新检索。方法是在检索序号前加#号，如 #2 AND #6, 或 #3 AND (drug therapy OR diet therapy)。再按Go按钮开始重新检索。注意: 历史记录最多保存100条。若PubMed 停止使用1小时，历史记录就会被删除。PubMed是利用 cookies 来保存检索历史的，要使用此功能，您的浏览器必须设置为accept cookies。 7. 利用剪贴板（Clipboard）检索方法与利用历史记录检索相同，见图7。注意：剪贴板最多可加入500条检索。若PubMed 停止使用1小时，剪贴板记录就会被删除。PubMed 是利用 cookies 来保存剪贴板记录的，要使用此功能，您的浏览器必须设置为accept cookies。 可对剪贴板内的检索项目再检索，如要限制为检索英文文献，可以这样： #0 AND english la。这不会影响或替代剪贴板内容。8. 检索结果的处理8.1 显示（Displaying）在检索窗输入检索词后进行检索，PubMed 最初返回是检索结果是文献题录格式，不含摘要，如图7、8。如需查看摘要，点击Display按钮即可。PubMed默认以概要（summary）形式显示检索出的文献。也可以选择其他几种显示形式：大纲（Brief），文摘（Abstract）,引文（Citation）, MEDLINE and ASN.1。方法：显示某篇引文：单击蓝色的有下划线的作者名，显示该篇的摘要等。显示所有引文：先在下拉式菜单里选择显示形式，再点击 Display 按钮。显示所选的引文：先选中作者名前是选择框，在下拉式菜单里选择显示形式，再点击 Display 按钮。8.2 显示形式主要有以下几种形式：概要（Summary）：显示作者名，题目，期刊名，记录状态（Record Status）, 非英语文献语种提示，文献类型（综述），无文摘提示（No abstract available），PubMed 和 MEDLINE 统一标识码。大纲（Brief）：作者名，文献题目的前30个单词，统一标识码。摘要（Abstract）：显示期刊名，记录状态（Record Status）, 非英语文献语种提示，文献类型（综述），作者名，作者所属单位，题目，文摘（如果有的话），错误（Erratum），收回（Retraction），注释（ Comments）， PubMed 和 MEDLINE 统一标识码。引文（Citation）：在摘要（Abstract）形式上增加显示MeSH词、作为文献标题的人名（Personal Name as Subject）,化学物质、研究项目批号、SI数据库进入号码。MEDLINE ：完全 MEDLINE 记录形式，可以下载检索出的文献到某些检索软件再处理。ASN.1 ：ASN.1 (1号文摘语法符号)是一个通用于各种计算机平台检索的国际标准。XML/SGML ：即扩展标记语言，是由国际互联网联盟(W3C)维护的一种标准，它定义用于信息结构的标记语言的语法规则。其显示形式与HTML相似。8.3 纯文本形式（Text）点击Text 按钮，可以显示纯文本形式。要回到PubMed显示形式，按浏览器的Backup按钮就可。8.4 每页显示文献数（Show）PubMed 默认每页显示20篇文献，点击Show按钮，可以改变每页显示数。8.5 保存（Saving）可以保存检索出的全部文献或所选的部分文献。注意: 在当前页点击保存按钮，可以保存检索的所有的文献，尽管其他页的文献还没有显示。最大保存量是