课件：血液肿瘤的分子检测.ppt

血液肿瘤的分子检测,中国医学科学院 血液病医院 汝 昆,血液肿瘤的综合诊断,M I,G M,形态学 免疫分型,遗传学 分子生物学,ALL中免疫分型和遗传学的相关性,免疫表型预测 生发中心与非生发中心亚型,诊断DLBCL CD10, Bcl-6 and MUM-1染色 结果分析,CD10+,生发中心细胞（GC） 表型,CD10- BCL6+,MUM-1- MUM-1+,Non-GC 表型,特殊检查,蛋白水平: 免疫组化 流式细胞学 免疫荧光/电镜 蛋白质组学 分子水平: 染色体水平 核酸水平 基因组学、表观遗传学,序列多态性,每条染色体的 两个拷贝,*,*,*,*,遗传变异的类型,单核苷酸多态性 (SNP),串联重复,串联重复的两种类型,DNA 水平上的改变 小的改变,点突变,重复改变,缺失/插入,TTCCAG(CAG)5CAGCAA,GAATTAAGAGAAGCA,GAAGCA,例如: 血红蛋白, 镰刀形红细胞贫血病,例如: 表皮生长因子受体 肺癌,TTCCAG(CAG)60CAGCAA,例如:亨廷顿蛋白 亨廷顿病,不同个体的基因组中大概0.4%的基因是CNV。 Hg: alpha Amylase：6-15 copies Alu序列 Fragile X syndrome,DNA水平上的改变 大的改变,易位,扩增,缺失/插入,22q11.2 region DiGeorge 综合征,17q21.1 (ERBB2) 乳腺癌,t(9;22)(q34;q11) CML,9,22,Der 9,Der 22,细胞遗传学（筛选）: 大插入/缺失, 扩增, 易位 (5 Mb),原位杂交（选择）: 大插入/缺失,扩增, 易位,乳腺癌细胞扩增Her2基因,一名习惯性流产妇女发生t(6;15) 染色体变异,传统的检测DNA改变的策略,基于PCR的方法: PCR，Q-PCR， HRM,基因测序的方法: Sangers,分子诊断：检测DNA改变的策略,微阵列 不能发现未知基因,二代测序: 不适合发现大的插入/缺失, 扩增, 易位,分子诊断：新的检测DNA改变的策略,鉴别诊断 预后判断,不同的肿瘤形态相似 同一肿瘤形态不同,病理诊断：,normal,lymphoma,CLL/SLL,MCL,SMZL,LPL,小B细胞淋巴瘤之间的鉴别诊断,鉴别诊断 预后判断,不同的肿瘤形态相似 同一肿瘤形态不同,病理诊断：,M0,鉴别诊断 预后判断,不同的肿瘤形态相似 同一肿瘤形态不同,病理诊断：,同一肿瘤遗传背景不同 （肿瘤的异质性）,弥漫性大B细胞淋巴瘤 -Unsupervised analysis,无法治愈率：60% 57个基因分为3组: 生发中心B细胞样DLBCL t(14;18)异位（bcl-2） 染色体2p上的c-ref扩增 活化的B细胞样DLBCL NF-B的活化 3 型DLBCL,NEJM 2002. 346:1937-47 Blood 2002. 99: 2285-90 J Exp Med 2001. 194: 1861-74,AML中影响治疗和预后的突变,AML中影响治疗和预后的突变,基因突变分布以及检测层面的意义,基因检测，目前临床主要采用 Sanger测序和/或者PCR检测方法,高通量基因测序时代到来-多基因检测,降低检测成本 通量大，灵活 同时检测多种基因 基因的全部外显子检测 深度测序 突变MRD的监测 检测速度快,血液病的“基因扫描” -外显子捕获测序,T-ALL,NOTCH1,FBXW7,RUNX1,DNMT3A,PHF6,PTEN,FLT3,WT1,JAK1,EZH2,TEL/ETV6,RAS,FLT3,TP53,JAK2,ASXL1,IKZF1,JAK3,PTPN11,NF1,PAX5,B-ALL,CRLF2,CML,ABL1,SETBP1,BRAF,NF1,PTPN11,IDH1,IDH2,NRAS,KRAS,RUNX1,TET2,EZH2,IKZF1,PHF6,CALR,CBL,CSF3R,CLL,ARIDA ATM BCL2 BCL6 BIRC3 CCND1 CDKN1A CREBBP CRLF2 CXCR4,EPHA7 FAT1 MLL2 NOTCH2 PDGFRB PIK3CA TAL1 TEL WHSC1 。,FGFR3 MAFB MUM1/IRF4 PAX5 PRDM1 RB1 TRAF3 。,骨髓瘤,CCND1 CCND3 c-MAF c-MYC CYLD DIS3 FAM46C 。,T-ALL,EP300,造血过程相关 组蛋白修饰相关,Nature 481：157-163. 2012,新基因,噬血细胞综合症 (HPS),范可尼贫血（Fanconi Anemia，FA）,定义,分子检测,涉及范围,范可尼贫血（Fanconi anemia，FA）是一种常染色体隐性遗传病，为先天性再障中最为常见的一种,分析FANCA，FANCC，FANCG外显子范围内的点突变、短片段的插入和缺失型突变,最常见的三种FA 相关基因：FANCA、FANCC 和FANCG，这三种基因突变约占全部FA 患者的85%,FANCA,FANCC,FANCG,突变基因在血液疾病中的分布,CLL,ALL,CML,AML,MDS,MPN,MM,FA,HLH,TTP,我们通过外显子捕获测序对血液疾病进行“基因扫描”。 检测在血液疾病发生、发展过程中起关键及辅助作用的基因进行全外显子的一个捕获和深度测序，发现这些 “元凶”及“从犯”的一个本质的特征（点突变、短的插入和