课件：出具肿瘤靶向治疗研究报告.pptx

The world leader in serving science,出具肿瘤靶向治疗研究报告，用OKR很OK！,OKR 诞Th前景,OKR 秘制性能 OKR 报告概览,出具肿瘤靶向治疗研究报告，用OKR很OK！,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,2,OKR 诞Th前景,OKR 秘制性能 OKR 报告概览,出具肿瘤靶向治疗研究报告，用OKR很OK！,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,3,今日挑战 越来越多的肿瘤生物标志物需要进行验证，发掘其潜在的临床应用价值 全球信息多，但是数据信息杂乱且不规范 通过新一代测序（NGS）的变种需要快速筛选出准确的相关信息,肿瘤研究中的分子标记,目前的方法很费时费力，需要从多个来源进行广泛的研究， 以便将相关信息映射到变体。,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,4,Ion Torrent Oncomine研究分析流程,NGS测序,肿瘤样本,文库制备,从FFPE样本中提取DNA和 RNA 包括小样品，如细针抽吸,简单灵活的测序方案 使测序变得更加简单准确,简单快速的文库制备 低至10 ng的输入量,Ion AmpliSeq technology,Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE),Ion GeneStudio S5 and Ion PGM Systems,测序数据分析 Ion Reporter Software and Ion Torrent Oncomine Knowledgebase Reporter 定义突变 挖掘变异，创建自定义报告,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,5,Ion Torrent Oncomine数据分析流程,Streamlines sequencing runs and creates BAM files,开始目标测序分析,Links variants to relevant, published evidence,快速生成自定义报告,Calls variants; identifies and annotates cancer drivers,识别可能的驱动变异,Torrent Suite Software,Oncomine Knowledgebase Reporter,Ion Reporter Software with Oncomine plug-in,Th成自定义报告,序列分析,注释和过滤,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,6,自动化的数据分析服务器 Ion Reporter 服务器,友好可视化界面助力数据注释 内置主流的生物信息分析软件,可通过界面分析数据或后台linux界面分析数据 自动化分析ampliseq靶向测序数据，对变异信息进行常见数据库注释(GO,MAF,OMIM等) 进行cnv及fusion分析 支持客户自定义数据库,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,7,自动化的数据分析服务器 Ion Reporter 服务器,Ion Reporter内置丰富的Th物学知识库帮助注释和过滤数据,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,8,Oncomine Knowledgebase Reporter,问：什么是OKR？ 答：可以拯救您的靶向治疗研究报告的新星产品！ 将驱动遗传突变与已公布的治疗方案和临床试验信息相结合。,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,9,OKR 诞Th前景,OKR 秘制性能 OKR 报告概览,出具肿瘤靶向治疗研究报告，用OKR很OK！,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,10,11,Oncomine Knowledgebase Reporter: 最全面的癌症基因组注释数据库,热点突变 10,000 exomes + COSMIC database Hotspot enrichment analysis,插入/缺失突变 10,000 exomes, COSMIC database Indel + nonsense enrichment analysis,拷贝数变异 30,000 array-based genomes Minimal common region analysis,基因融合 8,000 transcriptomes + COSMIC Proprietary fusion analysis,THE ONCOMINE KNOWLEDGEBASE,The Oncomine Knowledgebase是世界上最大的整合癌症基因组数据库，数据来源于公共 数据库资源、同行评议的文献和发表的临床试验。,Oncomine Knowledgebase Reporter: 强大全面的临床证据库,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,12,注释数据类型： 基因突变、扩增、缺失和融合 只有与其治疗相关的生物标记 *单克隆抗体 *小分子抑制剂，包括HDAC和蛋白酶抑制剂 *激素疗法和免疫疗法 * 化疗疗法 只有在结合上述任何一种治疗方法的情况下才行。,Oncomine Knowledgebase Reporter: 全球临床试验广泛覆盖65个国家和地区,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,13,Oncomine Knowledgebase Reporter：针对23种实体肿瘤和13种血液肿瘤,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,14,Oncomine Knowledgebase Reporter：将肿瘤突变和临床药物信息连接起来,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,15,Oncomine Knowledgebase Reporter: 临床信息不断更新,Oncomine Knowledgebase Reporter v3.1（更新日期：2017/12/11）,Oncomine Knowledgebase Reporter v3.0（更新日期：2017/09/20）,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,16,Oncomine Knowledgebase Reporter: 数据转化信息流程概览,Robust, curated, and verified knowledgebase 癌症相关数据的高效、准确和彻底分析,基 因,变 异,+,自定义实验室 生成报告,突变 扩增和缺失 融合,驱动基因,4 标签和指南的来源 65 参加试验的国家和地区,15个基基因因,28 指南,53 标签,1,073 全球临床试验,10种语言,Data behind Oncomine Knowledgebase Reporter*,Oncomine Knowledgebase Reporter December 2017,48个基因,147个基因,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,17,Ion Reporter workflow*,VCF 文件,生成实验室报告*,研究实验室,Oncomine Knowledgebase Reporter* US-FDA 治疗药物信息 US-NCCN 临床指南 EMA l治疗药物信息 ESMO 临床指南 全球临床试验,遗传 变异,关联相关的信息,发布的治疗方案 和全球临床试验,Previously approved under ID 24306 No change,Oncomine Knowledgebase Reporter：数据库本地化，信息不易外泄,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,18,Oncomine Knowledgebase Reporter：操作流程,上传文件,vcf 格式文件或其zip压缩包 仅支持oncomine 品牌试剂盒,过滤您的报告并检查内容 过滤,生成自定义报告 生成报告,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,19,Oncomine Knowledgebase Reporter：支持给出靶向治疗建议,Oncomine Knowledgebase Reporter,不同类型肿瘤样本全覆盖!,Oncomine Focus Assay,Oncomine Comprehensive Assay,Oncomine Solid Tumor Assay,Oncomine Pan-Cancer Cell-Free Assay,Oncomine cfDNA Assays for Lung, Breast, Colon,Oncomine Tumor Mutation Load Assay,Ion AmpliSeq Immune Repertoire Assay Plus, TCR ,Oncomine Immune Response Research Assay,Oncomine Lung cfTNA Research Assay,Oncomine Breast cfDNA Research Assay v2,Oncomine Myeloid Research Assay,NEW!,NEW!,NEW!,Oncomine BRCA Research Assay,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,20,Oncomine Knowledgebase Reporter：三大优点,快,耗时短：3分钟内可生成一 份报告 上手快：易学，易于使用的 图形用户界面易用，仅3步 操作（上传、过滤、生成报 告），即使实验工作者和医 生，都能迅速分析数据,狠,严格细致的数据管理：两个 独立的资深评审专家共同审 查整合四大数据库信息 直面解决客户生信短板问题： 成熟的分析流程帮助客户大 力节省生信成本 实验数据绝对保密：本地服 务器操作，无需担心实验数 据外泄问题,准,使用的全球信息：将你的样 本分别与认证药品、临床指 南和全球临床试验相匹配， 报告内容丰富，可信度高 季度更新：放心享用最新靶 向治疗临床信息 标准化工作流程：为实验室 或研究环境中每个操作员的 一致输出创建标准化工作流 和模板,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,21,OKR 诞Th前景,OKR 秘制性能 OKR 报告概览,出具肿瘤靶向治疗研究报告，用OKR很OK！,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,22,Oncomine Knowledgebase Reporter：用药指导报告,报告内容包括：变异及治疗方案概要，相关治疗方案汇总, 每种药物具体信息, 全球临床试验信息。,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,23,报告：样本癌症类型+突变汇总+变异详细信息实体肿瘤,报告的页眉和页脚： 可自定义公司名称、公司图标和联系方式等。 样本癌症类型 索引&报告重点： 索引：目录 报告重点：驱动性突变、可用疗法和临床试验的数目 实体肿瘤突变汇总： 报告中会显示所有基因变异的相关信息、癌症类型信 息的来源以及全球临床试验状况。 变异详细信息： 基因名、氨基酸改变、编码、变异ID、基因座（突变 位置）、等位基因频率、转录、变异影响等。,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,24,报告：样本癌症类型+突变汇总+变异详细信息血液肿瘤,血液病突变汇总： 报告中会显示所有基因变异在该癌症类型和其他癌症类型中的 靶向治疗方案以及临床试验的数目； 靶向治疗方案的适用和禁忌症会通过颜色进行区分； 髓系癌症类型有额外的标记类型 ：治疗、风险分层和癌症分 类。,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,25,报告：基因变异相应靶向治疗方案汇总,对于每一个基因变异，每个信息来源公布的治疗 方案都提供一个证据标签：, ,在当前癌症类型中 在其他癌症类型中 在当前及其他癌症类型中 禁忌症 适用及禁忌症 无证据,全球临床试验也被标记，并标注出其最新测试的 分期,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,26,报告：目前来源的靶向药物信息,对于每一个基因变异，每种治疗方法都有 一个摘要 信息因数据来源而异： 美国食品药品监督管理局（FDA） 美国国立综合癌症网络（NCCN） 欧洲药品管理局（EMA） 欧洲肿瘤内科学会（ESMO） 全球临床测试（Clinical Trials）,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,27,报告：目前来自FDA靶向药物信息,美国食品药品监督管理局 （FDA） 癌症类型 标签日期 基因变异分类 适应症及用法 参考文献,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,28,报告：目前来自NCCN靶向药物信息,美国国立综合癌症网络 （NCCN） 癌症类型 基因变异分类 NCCN推荐类别 人群范围（治疗人群） 参考文献,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,29,报告：目前来自EMA靶向药物信息,欧洲药品管理局（EMA） 癌症类型 标签日期 基因变异分类 参考文献,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,30,报告：目前来自ESMO靶向药物信息,欧洲肿瘤内科学会 （ESMO） 癌症类型 基因变异分类 ESMO推荐类别 人群范围（治疗人群） 参考文献,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,31,报告：目前来自Clinical Trails靶向药物信息,全球临床测试 （Clinical Trails） 测试编号和测试名称 癌症类型 基因变异