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1.采用blastp同源搜索比较（相似性）/2.蛋白质的基本性质预测（分子量、氨基酸组成、等电点PI、结构域）DNAman软件在线分析软件/tools/protparam.html3.信号肽区域http:/www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/4.跨膜蛋白，是否有跨膜片断/software/TMPRED_form.html/protein/AAT36316.1NCBI上的蛋白质序列数据库信息有限，没有和蛋白质结构相关的信息最大的蛋白质序列数据库，综合其他的数据库/iProClass数据库是用于描述蛋白质家族之间的关系以及结构和功能特征的综合数据库uniPROT/Swiss-prot 也是综合蛋白质数据库，适合一般查询PIRSF 蛋白质结构家族数据库uniPROT/Swiss-prot数据库重点掌握/蛋白质模体数据库PROSITE、Pfam /酶的催化位点 配体结合位点 金属离子结合点 二硫键 小分子或者结合区域蛋白质结构数据库和结构分类数据库PDB /pdb/ 国际上权威的核酸序列数据库 （1）美国生物技术信息中心的GenBank /（2）欧洲分子生物学实验室的EMBL http:/www.ebi.ac.uk（3）日本遗传研究所的DDBJ http:/www.ddbj.nig.ac.jp//pubmed/Align（对给定序列进行比对分析,两两比较，最好使用fasta格式文件）l Clustal(对给定序列进行多重比较比对分析,多序列比较)l Fasta（对给定序列与数据库序列进行比对分析）l Blast（对给定序列与数据库序列进行比对分析） 三、Ebi的数据库中三种序列对比工具的使用l Align http:/www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/align/l Clustal http:/www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/l Fastahttp:/www.ebi.ac.uk/Tools/fasta33/nucleotide.htmlNCBIEBI作用2个序列比对AlignAlign发现两个序列间的差异多个序列比对无Clustal发现多个序列间单个序列和数据库比对BLASTFASTA发现该序列的特征或判断该序列所属生物或构建进化树序列污染：指一个被检索序列（如测序的序列）含有一个外源序列因而无法反映其来源物种的真实遗传信息序列污染的来源v 1.载体（vecscreen）v 2.接头和PCR引物v 3.转座子和插入序列v 4.样品纯度不高如何识别和去除载体序列和判断引物序列等，vecscreen十条PCR引物的设计原则总述v 引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。v 产物不能形成二级结构。（如何避免）v 引物长度一般在1530碱基之间。（太长和太短？）v G+C含量在40%60%之间。v 碱基要随机分布。v 引物自身不能有连续4个碱基的互补。（引物二聚合体）v 引物之间不能有连续4个碱基的互补。v 引物5端可以修饰。v 引物3端不可修饰。v 引物3端要避开密码子的第3位。/gquery/w FASTA格式 以大于号（）表示一个新文件的开始 书的 p23面，例如 比较简单，但总的信息量比较少，但可读性比较强，很 多软件可以直接识别w GBFF格式（GenBank flatfile, GenBank 平面文件）w 相对于FASTA格式而言，信息含量多，是一种最常见的格式w GBBFF的3个部分：w 1、头部包含有整个记录的信息（描述符）w 2、包含了注释这一纪录的特性 特性表中的关键词3、核苷酸序列本身（2）EMBL的生物信息数据库http:/www.ebi.ac.uk/n 常见生物网站：n /n 生物通n 生物谷/n 丁香园/bbs n 小木虫 /n （1）百度文档搜索 （/） n （2）万方数据ilib（/）/nuccore/114796131/?from=236369717&to=236428115&strand=true&report=genbank总结：查询基因序列的相关步骤输入关键词或序列号点击Search根据条件查看相关数据库（