静息态处理全过程.ppt

可编辑,Resting-state fMRI: Data Processing,严超赣 Ph. D. Candidate ycg.yan 北京师范大学认知神经科学与学习国家重点实验室 2008 SKLCNL,可编辑,Outline,预处理 ALFF, ReHo, FC 计算 统计 结果呈现 文献管理,可编辑,预处理,数据整理 DICOM - NIFTI 去前10个时间点 Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去线性漂移 Filter: 0.01-0.08,可编辑,数据整理,被试信息整理,可编辑,数据整理,被试信息整理,可编辑,数据整理,被试信息整理 原始数据整理,静息功能数据 结构数据 DTI数据,可编辑,数据整理,被试信息整理 原始数据整理,静息功能数据 结构数据 DTI数据,可编辑,预处理,数据整理 DICOM - NIFTI 去前10个时间点 Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去线性漂移 Filter: 0.01-0.08,可编辑,DICOM-NIFTI,MRIcroNs dcm2niigui SPM5s DICOM Import,可编辑,预处理,数据整理 DICOM - NIFTI 去前10个时间点 Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去线性漂移 Filter: 0.01-0.08,可编辑,预处理,数据整理 DICOM - NIFTI 去前10个时间点 Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去线性漂移 Filter: 0.01-0.08,可编辑,Slice Timing,Why?,可编辑,Slice Timing,Why?,Huettel et al., 2004,可编辑,Slice Timing,1:2:33,2:2:32,33,2,2-(2/33),33,可编辑,Slice Timing,可编辑,预处理,数据整理 DICOM - NIFTI 去前10个时间点 Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去线性漂移 Filter: 0.01-0.08,可编辑,Realign,Why?,可编辑,Realign,可编辑,Realign,检查头动?,b=load(rp_name.txt); c=max(abs(b); c(4:6)=c(4:6)*180/pi;,可编辑,预处理,数据整理 DICOM - NIFTI 去前10个时间点 Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去线性漂移 Filter: 0.01-0.08,可编辑,Normalize,Why?,Huettel et al., 2004,可编辑,mean_name.img,r*.img,EPI.nii,-90 -126 -72; 90 90 108,3 3 3,可编辑,Normalize,可编辑,预处理,数据整理 DICOM - NIFTI 去前10个时间点 Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去线性漂移 Filter: 0.01-0.08,可编辑,Smooth,Why?,减少被试间的空间结构差异； 有利统计检验的有效性;,可编辑,w*.img,平滑核,Smooth,可编辑,预处理,数据整理 DICOM - NIFTI 去前10个时间点 Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去线性漂移 Filter: 0.01-0.08,可编辑,去线性漂移,可编辑,预处理,数据整理 DICOM - NIFTI 去前10个时间点 Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去线性漂移 Filter: 0.01-0.08,可编辑,滤波,Why?,关心低频的活动,可编辑,滤波,可编辑,Outline,预处理 ALFF, ReHo, FC 计算 统计 结果呈现 文献管理,可编辑,ALFF,Zang et al., 2007,可编辑,ALFF,可编辑,ReHo,注意：预处理时不做平滑，计算完ReHo后再进行平滑。,Zang et al., 2004,可编辑,ReHo,可编辑,功能连接,提取协变量 头动参数: rp_name.txt 全脑信号、脑脊液、白质信号,可编辑,提取协变量,可编辑,提取协变量,可编辑,提取协变量,可编辑,提取协变量,可编辑,提取协变量,可编辑,提取协变量,可编辑,提取协变量,2019/10/26,45,可编辑,功能连接,提取协变量 头动参数: rp_name.txt 全脑信号、脑脊液、白质信号 协变量组合：,RPCov=load(rp_name.txt); BCWCov=load(ROI_FCMap_name.txt); Cov=RPCov,BCWCov; save(Cov.txt, Cov, -ASCII, -DOUBLE,-TABS);,可编辑,功能连接,Voxel-wise ROI-wise,r=0.36,可编辑,Voxel-wise,可编辑,Voxel-wise,可编辑,Voxel-wise,可编辑,Voxel-wise,可编辑,Voxel-wise,可编辑,Voxel-wise,可编辑,Voxel-wise,1 by 1,Cov.txt,可编辑,ROI-wise,可编辑,ROI-wise,可编辑,ROI-wise,1 by 1,Cov.txt,可编辑,Outline,预处理 ALFF, ReHo, FC 计算 统计 结果呈现 文献管理,可编辑,统计,单样本T检验 双样本T检验,可编辑,单样本T检验,统计准备 ALFF: mALFF ReHo: smReHo FC: zFC,可编辑,单样本T检验,mALFF-1, smReHo-1,m图像 1by 1,i1-1,可编辑,单样本T检验,m*-1图像; zFC图像,存放SPM.mat的目录,可编辑,单样本T检验,上一步生成的 spm.mat,可编辑,单样本T检验,上一步生成的 spm.mat,1,可编辑,单样本T检验,HeightthresholdT = 2.687659 p0.05(FDR) Extentthresholdk = 10 voxels,spmT_0001.img,PD_1T.img 准备制作双样本T检验的MASK,可编辑,双样本T检验,统计准备 ALFF：mALFF ReHo: smReHo FC: zFC Mask,可编辑,双样本T检验,Mask Mask=PD_1T.img + CON_1T.img0,PD_1T.img CON_1T.img,Mask_2T.img,i1+i20,可编辑,双样本T检验,两组的m*图像; zFC图像,存放SPM.mat的目录,Mask_2T.img,可编辑,双样本T检验,上一步生成的 spm.mat,可编辑,双样本T检验,上一步生成的 spm.mat,1 -1,可编辑,双样本T检验,HeightthresholdT = Inf p0.05(FDR) Extentthresholdk = 0 voxels,spmT_0001.img,可编辑,Outline,预处理 ALFF, ReHo, FC 计算 统计 结果呈现 文献管理,可编辑,结果呈现,SPM5 xjview rest_sliceviewer MRIcroN,可编辑,结果呈现SPM5,可编辑,结果呈现SPM5,可编辑,结果呈现xjview,可编辑,结果呈现xjview,可编辑,结果呈现rest_sliceviewer,可编辑,结果呈现MRIcroN,可编辑,结果呈现MRIcroN,可编辑,Outline,预处理 ALFF, ReHo, FC 计算 统计 结果呈现 文献管理,可编辑,文献管理,可编辑,文献管理,可编辑,文献管理,可编辑,文献管