蛋白质修饰位点预测详解.doc

蛋白质组学 蛋白质修饰位点分析目录实验目的2实验平台3实验过程4一、“人类connexin43”蛋白质磷酸化位点修饰41、“人类connexin43”蛋白质序列下载42、uniprot数据库查看蛋白磷酸化位点53、在线软件预测指定蛋白磷酸化位点6（1）DISPHOS 1.3预测未知蛋白磷酸化位点6（2）PhosphoSitePlus预测指定蛋白磷酸化位点114、“人类connexin43”蛋白质磷酸修饰结论14二、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰151、N型糖基化位点预测152、O型糖基化位点预测18（1）哺乳动物O型糖基化位点预测18（2）真核生物O型糖基化位点预测203、uniprot数据库查看蛋白质糖基化修饰位点224、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰结论22实验结论23（特别提示:ctrl+单击目录下的标题链接，可以跟踪标题；ctrl+单击标题后的图标可以返回目录）实验目的l 找出“人类connexin43”蛋白质上面的所有可能磷酸化位点，并说明为什么（注释）l 找出“人类血红蛋白”上面的糖基化位点，注释结果实验平台l uniprot数据库: /(查看蛋白的修饰情况)l 预测未知蛋白磷酸化位点DISPHOS: /disphos/PhosphoSitePlus:l 预测未知蛋白的糖基化修饰位点N型糖基化位点预测：http:/www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/O型糖基化位点预测：http:/www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/http:/www.cbs.dtu.dk/services/YinOYang/实验过程一、“人类connexin43”蛋白质磷酸化位点修饰1、“人类connexin43”蛋白质序列下载蛋白序列： fasta.txt 2、uniprot数据库查看蛋白磷酸化位点网站链接： /3、在线软件预测指定蛋白磷酸化位点（1）DISPHOS 1.3预测未知蛋白磷酸化位点网站链接：/disphos/l 开始预测l 结果DISPHOS由蛋白序列预测蛋白磷酸修饰位点，总共有37个丝氨酸修饰位点，13个苏氨酸修饰位点，16个酪氨酸修饰位点。但是根据打分，只有8个丝氨酸修饰位点可能存在。（2）PhosphoSitePlus预测指定蛋白磷酸化位点网站链接：l 开始预测 l 结果筛选参考文献来源多于5篇的磷酸化修饰位点，丙氨酸磷酸化修饰位点数目为1、丝氨酸为17、苏氨酸数目为1、酪氨酸数目为7。4、“人类connexin43”蛋白质磷酸修饰结论在线数据库查询和在线软件预测结果基本一致，“人类connexin43”蛋白质磷酸位点数量相对一般蛋白质较多，且丝氨酸磷酸修饰位点最多。“人类connexin43”蛋白质极有可能是一种活性较高的蛋白质，与机体的生物活性显著相关。通过各种文献阅读和网络筛选发现connexin43蛋白质是一种哺乳动物连接蛋白，是主要的细胞缝隙连接蛋白，其表达的异常与多种疾病的发生有关。 二、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰Ncbi下载人类血红蛋白的蛋白序列保存为：hemoglobin.txt1、N型糖基化位点预测网站链接：http:/www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/l 开始预测l 结果2、O型糖基化位点预测（1）哺乳动物O型糖基化位点预测网站链接：http:/www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/l 开始预测l 结果（2）真核生物O型糖基化位点预测网站链接：http:/www.cbs.dtu.dk/services/YinOYang/l 开始预测l 结果3、uniprot数据库查看蛋白质糖基化修饰位点4、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰结论在线数据库查询和在线软件预测结果基本一致，人类血红蛋白基本没有O型糖基化修饰位点,但是存在N型糖基化修饰位点。血红蛋白是高等生物体内负责运载氧的一种蛋白质，糖基化修饰可能和血红蛋白的