MiSeq 系统 用户指南 Support.pdf

仅供研究使用 miseq 系统 用户指南 illumina 所有 部件号 15027617 修订版o chs 2014 年 9 月 商品目录号 sy-410-9001doc ii 部件号 15027617修订版 ochs 本文档及其内容归 illumina, inc. 及其附属公司（统称“illumina”）所有，并且仅供其客户用于与本文档所述的产品用途相关的合同用途，不得用于其 他任何目的。事先未获得 illumina 书面认可的情况下，不得出于其他任何意图对本文档及其内容进行使用或分发，和/或以其他任何方式进行交流、披露或 复制。illumina 不通过本文档向任何第三方授权其任何专利、商标、版权或习惯法权利或类似权利。 本软件根据另一文档中的illumina 测序软件许可协议中的条款和条件向您提供许可。如果您不同意其中的条款和条件，illumina 不会向您提供软件许 可，您不得使用或安装软件。 本文档中的说明必须由具备资格且受过相关培训的人员严格且明确执行，以确保本文档中描述的产品能够获得适当且安全的使用。在使用此类产品之前，相关 人员必须阅读并理解本文档中的所有内容。 未能完整阅读并明确遵守本文档中包含的说明可能会导致产品损坏、对用户或其他人员造成人身伤害以及对其他财产造成损坏。 illumina 不承担由以下情况引起的任何结果的责任：对本文档中描述的产品（包括部件或软件）使用不当；或超出 illumina 向购买此类产品的客户授予 的明确书面许可或权限范围使用此类产品。 仅供研究使用仅供研究使用 2014 illumina, inc. 保留所有权利。 illuminaillumina、24sure24sure、basespacebasespace、beadarraybeadarray、bluefishbluefish、bluefusebluefuse、bluegnomebluegnome、cbotcbot、csprocspro、cytochipcytochip、designstudiodesignstudio、epicentreepicentre、gaiixgaiix、 genetic energygenetic energy、genome analyzergenome analyzer、genomestudiogenomestudio、goldengategoldengate、hiscanhiscan、hiseqhiseq、hiseq xhiseq x、infiniuminfinium、iscaniscan、iselectiselect、forenseqforenseq、miseqmiseq、 miseqdxmiseqdx、miseq fgxmiseq fgx、neoprepneoprep、nexteranextera、nextbionextbio、nextseqnextseq、powered by illuminapowered by illumina、seqmonitorseqmonitor、suremdasuremda、trugenometrugenome、truseqtruseq、trusighttrusight、 understand your genomeunderstand your genome、uyguyg、veracodeveracode、verifiverifi、veriseqveriseq、南瓜橙色和流动基础设计是 illumina, inc. 和/或其附属公司在美国和/或其他国家/ 地区的商标。所有其他名称、徽标和其他商标均为其各自所有者的财产。 本软件包含 illumina 已获得许可的 seqan library，其在分发时遵循以下许可： copyright 2010, knut reinert, fu berlin, 保留所有权利。如果满足以下条件，则可以源代码形式和二进制形式在修改或未修改的情况下进行重分 发和使用： 1重分发源代码必须保留上述版权声明、此条件列表和以下免责声明。 2以二进制形式重分发必须在分发的文档和/或其他材料中复制上述版权声明、此条件列表和以下免责声明。 3在事先未获得明确书面允许的情况下，fu berlin 和 knut reinert 的姓名以及其他贡献者的姓名均不得用于背书或推销由本软件衍生而出的 产品。 本软件由版权持有人和贡献者“按原样”提供，并且不承担由任何明确或暗含的保证（包括但不限定于任何关于适销性和适合特定用途的暗含保证）引起的责 任。在任何情况下，版权持有人和贡献者都不应对以下情况负责：由于以任何方式使用本软件而造成的任何直接、间接、附带、特殊、惩戒性或后果损害（包 括但不限定于采购替代商品或服务；使用损失、数据丢失或收益损失；或业务中断）；以及使用本软件而引起的任何其他责任，不论是合同责任、严格责任或 侵权责任（包括疏忽和蓄意），即使已告知此类损害存在的可能性。 产品用前须知产品用前须知 本产品及其使用和处置需遵照以下条款和条件。如果购买者不同意这些条款和条件，则该购买者未从 illumina 获得使用本产 品的授权，因而不得使用本产品。 1定义定义。“特定于应用的 ip特定于应用的 ip”指 illumina 拥有或控制的与本产品（及其使用）有关的只针对特定领域或特定应用的知识 产权。“特定于应用的 ip”不包括所有 illumina 拥有或控制的涵盖本产品（或其使用）各方面或各功能在本产品所有 可能的应用和所有可能的使用领域中通用的知识产权（此类为“核心 ip核心 ip”）。“特定于应用的 ip”与“核心 ip”各自 独立、互不重叠，分别为所有 illumina 拥有或控制的知识产权的子集。“特定于应用的 ip”的示例包括（但不限于） 针对特定诊断方法、特定法医方法，或特定核苷酸生物标志物、序列或生物标志物或序列组合的 illumina 知识产权。 “耗材耗材”指 illumina 品牌试剂和 illumina 指定与硬件一起使用的及在硬件使用过程中所消耗的消耗品。“文档文档”指本 产品的 illumina 用户手册，包括（但不限于）包装中内附的说明书以及本产品随附或产品引用的任何其他文档，或印 miseq系统用户指南 iii 在产品包装上于 illumina 出货之日起生效的说明。“文档”包括本文档。“硬件硬件”指 illumina 品牌的仪器、配件或外 围设备。“illuminaillumina”指 illumina, inc. 或 illumina 附属公司（如果适用）。“产品产品”指本文档对应的产品（例如， 硬件、耗材或软件）。“购买者购买者”指从 illumina 或 illumina 授权的经销商处以正当和合法途径获得本产品的个人或实 体。“软件软件”指 illumina 品牌软件（例如，硬件的操作软件、数据分析软件）。所有软件均通过许可方式提供，不单 独售卖，此外还需遵守软件的最终用户许可协议中的附加条款。“规范规范”指本产品的 illumina 书面规范，于产品自 illumina 出货之日起生效。 2仅供研究的权利仅供研究的权利。按照这些条款和条件的规定，除非 illumina 官方书面同意，否则购买者仅被授予 illumina 核心 ip 下的非独占、不可转让、个人的、不可再授权的权利，该权利自本产品从 illumina 发货之日起生效。本产品仅可在购 买者的设备上出于购买者内部研究目的（包括提供给第三方的研究服务）使用且仅可遵照本产品的文档来使用，但明确 禁止任何以下方式的使用 但明确 禁止任何以下方式的使用：(a) 需要从 illumina 获得“特定于应用的 ip”的权利或许可，(b) 再次使用之前用过的耗 材，(c) 对本产品进行反编译、反向工程、反汇编或反向组装，(d) 分离、提取或隔离本产品的组件或对本产品进行其 他未授权的分析，(e) 获取本产品之操作方法的访问权或决定权，(f) 在 illumina 硬件上使用非 illumina 试剂/耗材 （如果“规范”或“文档”中另有规定则不适用）或 (g) 将软件或任何第三方软件转让给第三方或进行再授权。所有软 件无论是单独提供、产品上安装还是其中内嵌均通过许可方式向购买者提供，不单独售卖。除了本条款明确陈述的权利 或许可之外，不会以明示、暗示或禁止反言的方式授予 illumina 知识产权下的任何权利或许可。 对购买者是否拥有使用本产品所需的全部知识产权的判断由购买者自行负责，这些权利包括但不限于任何第三方权利或 “特定于应用的 ip”的权利。对于购买者的特别用途是否会违反第三方的知识产权或“特定于应用的 ip”，illumina 不做任何保证或担保。 对购买者是否拥有使用本产品所需的全部知识产权的判断由购买者自行负责，这些权利包括但不限于任何第三方权利或 “特定于应用的 ip”的权利。对于购买者的特别用途是否会违反第三方的知识产权或“特定于应用的 ip”，illumina 不做任何保证或担保。 3法规法规。本产品尚未通过美国食品和药品管理局或其他法规实体（包括国内及国外）针对任何特定用途（无论研究、商业 还是其他用途）的批准、证明或许可。本产品标记为仅供研究。购买者必须确保获得其使用本产品所需的任何法规批 准。 4未授权使用未授权使用。购买者同意：(a) 每个耗材只使用一次，且 (b) 在 illumina 硬件上仅使用 illumina 耗材/试剂。如果本 产品的“文档”或“规范”另有说明，则 (a) 到 (b) 的限制不适用。购买者同意自己不会并且不会授权任何第三方做 出以下任一行为：(i) 对本产品进行反编译、反向工程、反汇编或反向组装，(ii) 分离、提取或隔离本产品的组件或对 本产品或其组件进行任何本产品的文档中未明确授权的分析，(iii) 获取本产品操作方法的访问权或尝试决定该方法， 或 (iv) 将任何软件或任何第三方软件转让给第三方或进行再授权。购买者还同意本产品的内容和操作方法均为 illumina 所有，且本产品内含 illumina 的商业机密。这些条款和条件中的条件和限制构成购买条件，因此购买者购买 和使用本产品须受此控制。 5有限责任。在法律允许的范围内，任何条件下 illumina 或其供应商都不应对以下结果负责：因任何方式引起（包括但 不限于本产品的销售、使用、illumina 对于本协议或任何这些条款和条件的履行）或与之相关的原因，购买者或任何第 三方购买替代产品或服务的费用、收益损失、数据丢失或业务损失，或任何间接性、特殊性、偶发性、惩戒性、必然性 或惩罚性损失，无论成因或任何责任主义，无论此责任为因合同关系、因非违约侵权（包括过失）、无过失责任主义或 其他原因而起。 有限责任。在法律允许的范围内，任何条件下 illumina 或其供应商都不应对以下结果负责：因任何方式引起（包括但 不限于本产品的销售、使用、illumina 对于本协议或任何这些条款和条件的履行）或与之相关的原因，购买者或任何第 三方购买替代产品或服务的费用、收益损失、数据丢失或业务损失，或任何间接性、特殊性、偶发性、惩戒性、必然性 或惩罚性损失，无论成因或任何责任主义，无论此责任为因合同关系、因非违约侵权（包括过失）、无过失责任主义或 其他原因而起。 6对于这些条款和条件（包括但不限于本产品的协议（包括使用协议）及 illumina 对本协议的履行）引起的或与之相关 的购买者或第三方诉讼，不论是合同责任、非违约侵权（包括过失）、无过失责任或其他方面的责任，illumina 所承担 的全部及累积责任均不应超过购买者购买本产品时向 illumina 支付的费用。 对于这些条款和条件（包括但不限于本产品的协议（包括使用协议）及 illumina 对本协议的履行）引起的或与之相关 的购买者或第三方诉讼，不论是合同责任、非违约侵权（包括过失）、无过失责任或其他方面的责任，illumina 所承担 的全部及累积责任均不应超过购买者购买本产品时向 illumina 支付的费用。 7illumina 提供的质保限制。在法律允许的范围内，根据本协议中的明确产品质保说明，illumina 对于本产品不做（且明 确免除所有责任）任何明示、暗示或法定担保，包括但不限于对适销性、针对特定用途的适用性、非侵权性的暗示担 保，或因履行协议、交易、使用或贸易引发的担保。在不影响上述条款的一般性前提下，illumina 对购买者使用本产品 的预期用途不做任何形式的声明、表述或担保。 illumina 提供的质保限制。在法律允许的范围内，根据本协议中的明确产品质保说明，illumina 对于本产品不做（且明 确免除所有责任）任何明示、暗示或法定担保，包括但不限于对适销性、针对特定用途的适用性、非侵权性的暗示担 保，或因履行协议、交易、使用或贸易引发的担保。在不影响上述条款的一般性前提下，illumina 对购买者使用本产品 的预期用途不做任何形式的声明、表述或担保。 8产品质保产品质保。所有质保均针对购买者本人，不得转让或分配给第三方，包括购买者的附属成员。所有质保均为设备专属， 不会随产品移到购买者的其他设备而转移，除非此类转移由 illumina 进行。 a耗材质保耗材质保。illumina 保证耗材（不包括自定义耗材）在以下日期前（以其中较晚者为准）均符合规范要求：(i) 从 illumina 发货之日起 3 个月，及 (ii) 由 illumina 在该耗材上预先打印的有效期或保存期限截止日，但任何情况 iv 部件号 15027617修订版 ochs 下都不会超过发货之日起 12 个月。对于自定义耗材（例如，符合特定规格的耗材、由购买者设计的耗材或由购买 者或其代表提供给 illumina 的耗材），illumina 仅保证自定义耗材将按照 illumina 的标准制造和质量控制程序进 行制造和测试。illumina 不保证自定义耗材如购买者预期般作用或可供购买者用于预期用途。 b硬件质保硬件质保。illumina 保证硬件（不包括升级的组件）在自 illumina 发货之日起的 12 个月内符合规范，除非硬件 包括 illumina 提供的安装，在此情况下，质保期从安装之日开始计算，或为其交货之日起的 30 天，两者以先发 生者为准（“基本硬件质保”）。“升级的组件”指 illumina 对购买者先前所获得的硬件提供的组件、修改或增 强功能。illumina 保证“升级的组件”自其安装之日起 90 天内符合其“规范”要求。“升级的组件”不享受硬件 质保，除非该升级由 illumina 在 illumina 的设备端执行，在此情况下，升级的硬件发给购买者时会附带一份“基 本硬件质保”。 c免保范围免保范围。以下原因导致的不良状况不适用上述质保：(i) 滥用、误用、疏忽、粗心、事故、不当存储或未按照 “文档”或“规范”的要求使用，(ii) 不当处理、安装、维护或修理（除非由 illumina 一方人员执行），(iii) 未授权的更改，(iv) 不可抗力事件，或 (v) 使用非 illumina 提供的第三方商品（除非“产品”的“文档”或“规 范”中明确指定在“产品”中使用此类第三方商品）。 d质保程序适用范围质保程序适用范围。要符合本质保的修理或更换条件，购买者必须：(i) 立即联系 illumina 的支持部门报告不良 状况，(ii) 配合 illumina 确认或诊断不良状况，以及 (iii) 退回本产品，按照 illumina 的指示向 illumina 预先 支付运费，或者，如果 illumina 与购买者双方达成协议，授予 illumina 授权修理人员访问本产品的权限，以确认 不良状况并进行修理。 e质保期内的唯一补偿质保期内的唯一补偿。illumina 将自行决定修理或更换符合本质保涵盖范围的不良产品。修理或更换的耗材附带 30 天的质保期。对硬件会通过修理或以功能相同、翻修或新的硬件或组件（如果只是硬件的某个组件不良）更换 的方式来处理。如果整个硬件被更换，替换硬件的质保期为发货之日起的 90 天或原硬件的剩余质保期（两者以较 早日期为准）。如果将修理或更换某个组件，则该组件的质保期为发货之日起的 90 天或原硬件的剩余质保期（两 者以较晚日期为准）。上述条款规定了本协议下质保期内购买者的全部赔偿以及 illumina 的全部责任。 f第三方商品和质保第三方商品和质保。对于提供给本协议中购买者但来源于第三方的任何商品，illumina 不承担质保责任。第三方商 品是指商标或铭牌以第三方冠名的商品。第三方商品的质保（如果有）由原始制造商提供。illumina 在收到书面申 请的情况下会尝试将此类质保转给购买者。 9赔偿赔偿。 aillumina 的侵权赔偿illumina 的侵权赔偿。根据这些条款和条件，包括但不限于“illumina 侵权免责声明”（下文第 9(b) 条）、“侵 权赔偿条件”（下文第 9(d) 条），illumina 应：(i) 按照这些条款和条件以及本产品的“文档”和“规范”，在 购买者将本产品用于研究目的时，代其进行抗辩、作出赔偿并保护他们免于第三方就其违反第三方的有效且可实施 的知识产权提出索赔或起诉，以及 (ii) 支付所有达成的和解以及所有最终判决和费用（包括合理的律师费）中由 购买者承担的与此侵权索赔相关的费用。如果本产品或所包含部分成为（或由 illumina 判断可能会成为）侵权索 赔的原因，illumina 有权自行决定：(a) 为购买者争取继续使用本产品的权利，(b) 修改或以大体相同的非侵权的 替代产品更换本产品，或 (c) 要求将本产品退回并终止提供给购买者的与本产品相关的权利、许可及其他权限， 并将退回产品在退回时的折余价值（显示在购买者的官方记录中）返还给购买者，但用完或过期耗材将不予退款。 本条款规定了 illumina 对任何第三方知识产权侵权的全部责任。 billumina 侵权免责声明illumina 侵权免责声明。对于以下原因引起的侵权事宜，illumina 不承担抗辩、赔偿或保护购买者免受任何 illumina 侵权索赔所受损失的责任：(i) 以任何研究用途以外的方式或目的使用本产品，(ii) 以不符合“规范”及 “文档”的要求、本协议中未明确授予购买者的权利或购买者违反这些条款和条件的方式使用本产品，(iii) 与非 illumina 提供的其他产品、材料或服务一起使用本产品，(iv) 使用本产品执行任何非 illumina 提供的实验分析方 法或其他流程，或 (v) illumina 有关本产品的符合规范或指示由购买者或以其名义提供（第 (i) 到 (v) 项的每一 项都称为“索赔豁免”）。 c购买者的赔偿购买者的赔偿。购买者应进行抗辩、作出赔偿并使 illumina、其附属公司、其非关联合作伙伴及参与本产品开发的 开发合作伙伴以及各自的管理人员、董事、代表及员工免于遭受任何索赔、债务、损害、罚款、起诉以及任何形式 的损失，包括但不限于由以下原因所致、与其相关或由其引发的人员伤亡索赔以及第三方知识产权侵权：(i) 购买 者违反本协议的任何条款和条件，(ii) 购买者在研究用途之外使用本产品，(iii) 未按照本产品的“规范”或“文 档”要求使用本产品，或 (iv) 属于任何索赔豁免。 miseq系统用户指南 v d赔偿责任的条件赔偿责任的条件。各方的赔偿责任视该方对赔偿的调查而定：(i) 立即以书面形式通知另一方此索赔或起诉，(ii) 授予另一方对此索赔或起诉进行抗辩及和解的独占控制权利和授权，(iii) 事先未经另一方的书面同意，不得承认 任何知识产权的侵权指控，(iv) 事先未经另一方的书面同意，不得就任何此类索赔或起诉达成和解或妥协，以及 (v) 在对索赔或起诉进行抗辩过程中向另一方提供合理协助；前提是一方对于其在提供此类协助时所发生的合理支 出费用可获得受赔偿方的补偿。 e第三方商品和赔偿第三方商品和赔偿。对于提供给购买者但来源于第三方的任何商品，illumina 不承担赔偿责任。第三方商品是指商 标或铭牌以第三方冠名的商品。购买者就第三方商品的赔偿权利（如果有）应遵照原始制造商或许可方的赔偿条 款。illumina 在收到书面申请的情况下会尝试将此类质保（如果有）转给购买者。 vi 部件号 15027617修订版 ochs miseq系统用户指南 vii 修订历史记录 部件号修订 版 日期 更改描述 部件号修订 版 日期 更改描述 15027617_chso2014 年 9 月更新了以下信息： mcs v2.5 的新增内容包括：在运行后清洗选项中纳入模板 管路清洗 更新了运行后清洗的指示，采用次氯酸钠实现模板管路清洗 对运行后清洗补充说明了预计需要的清洗量。 添加了 veriseq 工作流程信息，涉及其他资源、二级分析选 项、仪器清洗和流动槽盖子的颜色。 15027617n2014 年 6 月仅提供英文版。 添加了 veriseq 工作流程的适用信息。 针对簇生成和簇密度更新了运行指标信息。 删除了防病毒软件的信息。请参见miseq 系统场地准备指 南。 15027617_chsm2014 年 1 月更新为 mcs 2.4 版本中引入的变更： 添加了用于发送故障诊断文件的打包日志功能。 15027617l2013 年 10 月仅提供英文版。 将系统软件的重新启动添加为运行前步骤。 将微量离心机试管添加到用户自备的耗材列表中。 “miseq 软件”不再是整个指南中的独立章节和分发章节内 容。 删除了自定义配方文件夹的相关信息。 删除了 miseq 试剂盒的建议簇密度范围的相关信息。 删除了 miseq 试剂盒的相关详细信息并添加了试剂盒功能的概 述。有关详细信息，请参见您所使用的试剂盒的试剂制备文 档。 添加了商标声明内容。 15027617_chsk2013 年 8 月更正了格式错误。 viii 部件号 15027617修订版 ochs 部件号修订 版 日期 更改描述 部件号修订 版 日期 更改描述 15027617j2013 年 8 月仅提供英文版。 添加了 mcs v2.3 和 miseq 试剂盒 v3 的运行描述。 更新了以下信息： 试剂盒与版本兼容性，将 miseq 试剂盒 v3 包含在内 自定义配方文件夹描述，将 v3 子文件夹包含在内 更改了 v2 的簇密度范围；添加了 v3 的范围 图像文件的输出路径 更正了纳米流动槽 (d) 和微米流动槽 (g) 的流动槽条形码。 删除了包含内容和流动槽类型在内的 miseq 试剂盒的相关信 息。有关详细信息，请参见miseq 试剂制备指南（部件号 15044983）。 15027617_chsh2013 年 3 月添加了标题为miseq 概念的部分，介绍了分析工作流程、清单 文件和样品表。 删除了有关 fastq 文件生成和清单文件格式的信息，以及分析 工作流程和样品表的详细信息。有关这些主题的信息，请参见 miseq reporter 用户指南（部件号 15028784），或参见 miseq 样品表快速参考指南（部件号 15028392）。 删除了制备自定义引物的说明。有关详细信息，请参见在 miseq 上使用自定义引物（部件号 15041638）。 15027617g2013 年 1 月仅提供英文版。 删除了有关稀释 dna 文库并使其变性以及制备 illumina phix 对照品的说明。请参见制备 dna 文库以在 miseq 上测序 （部件号 15039740）。 更新了仪器清洗说明，即，将 25 毫升的 10% tween 20 加入 到 475 毫升的实验室级用水中，而不是 500 毫升的实验室级 用水中。 修订历史记录 miseq系统用户指南 ix 部件号修订 版 日期 更改描述 部件号修订 版 日期 更改描述 15027617_chsf2012 年 11 月添加了以下新信息： 添加了新的 miseq 试剂盒的试剂盒描述：miseq 纳米试剂 盒与 miseq 微米试剂盒 添加了流动槽类型概述 添加了富集分析工作流程的描述 更新了以下信息： mcs v2.1 的新增内容包括：更新了 perform wash（执行清 洗）屏幕，添加了运行后清洗选择和提起吸管命令 更新了版本兼容性表格，将纳米和微米试剂盒附属物包含在 内 更新了版本兼容性信息，将新试剂盒包含在内 15027617e2012 年 10 月仅提供英文版。 更新了以下信息： 更正了 phix 对照品制备说明，并预计所制备的 phix 对照 品的簇密度为 10001200 k/mm 添加了注释，即，使文库变性和稀释的过程，制备文库，并 不适用于 nextera xt 文库和 truseq 扩增子文库 将升级名称由 miseq 扩展包更改为 miseq 硬件升级 在“更多资源”列表内添加了miseq reporter 用户指 南。 x 部件号 15027617修订版 ochs 部件号修订 版 日期 更改描述 部件号修订 版 日期 更改描述 15027617_chsd2012 年 7 月更新了 mcs v2.0 的软件描述。 添加了以下新信息： 添加了标题为“mcs 中的新增内容”的部分，用于描述新软 件功能、界面更改和工作流程更改 添加了 miseq 试剂盒 v2 的商品目录号和描述，500 次循 环 添加了“版本兼容性和要求”部分 添加了 14 小区双面流动槽成像所需的 miseq 扩展包的描 述 添加了双面流动槽小区编号的描述 添加了 nextera xt 文库的 pcr 扩增子分析工作流程 添加了 10% tween 20 在清洗过程和预期清洗量中的使用 向 rfid 读取失败过程添加了试剂盒版本 更新了以下信息： 将 imf、cmf 和 amx 的试剂缩写分别更改为 v2 试剂名称 ims、cms 和 ams 将 phix 浓度从 8 pm 更改为 12.5 pm 将建议的最终溶液的最大 naoh 浓度更改为 1 mm 提到需要先进行维护清洗，然后取消仪器的备用模式并开始 后续运行的设置步骤 删除了“样品表参数”部分和工作流程中的样品表设置步 骤；illumina 建议在样品制备之前创建样品表（请参见 miseq 样品表快速参考指南（部件号 15028392）和 illumina experiment manager 用户指南（部件号 15031335） 修订历史记录 miseq系统用户指南 xi 部件号修订 版 日期 更改描述 部件号修订 版 日期 更改描述 15027617c2012 年 4 月仅提供英文版。 更新了 mcs v1.2 的软件描述 添加了以下新过程和部分：basespace 概述、使用自定义引 物、生成 fastq 文件、解决流速错误、执行容量测试、执行维 护清洗以及使仪器空载，包括备用清洗。 更新了以下信息： 将扩增子工作流程的名称更新为自定义扩增子；将短序列组 装工作流程的名称更新为组装；添加了生成 fastq 工作流 程 添加了运行文件夹和文件的描述；更新了运行文件夹命名； 添加了输出文件大小 在“样品表参数”中将基因组文件夹列为扩增子测序的必需 内容 添加了有关稀释 naoh 以使文库变性的说明 更新了“解决 rfid 读取失败”以包括 miseq 自助服务说 明 列出了用于对运行性能进行故障诊断的文件和文件夹 15027617b2011 年 12 月仅提供英文版。 更新了 mcs v1.1 的软件描述 添加了有关防病毒保护的信息 更新了以下信息： 解决 rfid 失败的说明 制备文库 更改为 0.2 n naoh 运行文件夹命名约定 所需磁盘空间和存储容量 运行设置步骤 添加了有关“设置样品表”的更多信息 运行设置步骤 添加了处置剩余 pr2 的注意事项 分析持续时间 添加了分析超过两小时的情况 分析输入要求 将清单文件列为 truseq 自定义扩增子文 库的必需内容 更正了“miseq 试剂盒溶液”中的 ht1 管尺寸 更改了对 myillumina 的 icom 参考 15027617a2011 年 9 月仅提供英文版。 最初版本 xii 部件号 15027617修订版 ochs miseq系统用户指南 xiii 目录 修订历史记录vii 目录xiii 第 1章 入门1 简介2 组件4 miseq 试剂盒概述8 用户自备的耗材9 启动 miseq10 miseq 概念11 miseq 软件12 二级分析选项23 运行文件夹25 所需磁盘空间27 第 2章 执行运行29 简介30 miseq 工作流程31 装入样品文库33 使用 mcs 设置运行34 清洗流动槽35 装入流动槽37 装入试剂39 启动运行42 监控运行43 第 3章 维护过程49 简介50 仪器清洗52 执行运行后清洗53 执行维护清洗57 执行备用清洗60 软件更新63 关闭仪器64 xiv 部件号 15027617修订版 ochs 第 4章 故障诊断65 简介66 用于故障诊断的打包日志67 软件设置69 暂停或停止运行73 解决运行设置错误75 解决 rfid读取失败76 流速错误故障诊断78 执行容量测试79 测量预期的清洗量82 索引83 技术协助87 第 1章 miseq系统用户指南 1 第 1 章入门 入门 简介2 组件4 miseq 试剂盒概述8 用户自备的耗材9 启动 miseq10 miseq 概念11 miseq 软件12 二级分析选项23 运行文件夹25 所需磁盘空间27 入门 2 部件号 15027617修订版 ochs 简介 illumina miseqsystem 结合了成熟的边合成边测序（sequencing by synthesis，简称 sbs）技术和创新工作流程，让您只需八小时就能完成 dna 分析获得分析数据。miseq 将簇生 成、测序和数据分析整合在一台仪器上完成。 功能 自动化自动化 设置运行后（包括装入预先注入溶液的试剂盒、缓冲瓶和流动槽），就不再需 要人工操作。 预先注入溶液的试剂盒预先注入溶液的试剂盒 特别设计的预先注入溶液的一次性试剂盒提供用于实现簇生成 和测序的试剂，包括双末端测序试剂和索引试剂。集成的无线射频识别（radio- frequency identification，简称 rfid）跟踪实现了精确的耗材跟踪。 界面控件界面控件 miseq 控制软件 (mcs) 界面提供用于配置仪器、设置和监控运行以及执行 维护过程的控件。 流动槽方便装载流动槽方便装载 将流动槽装到仪器上时，一种卡紧机械装置会自动固定流动槽。集成 的无线射频识别（radio-frequency identification，简称 rfid）跟踪实现了精确的耗 材跟踪。 创新射流体系结构创新射流体系结构 miseq 射流系统在测序期间的化学循环时间方面的效率极高。 实时分析（real time analysis，简称 rta）实时分析（real time analysis，简称 rta） 集成初级分析软件会在测序运行期间执 行仪器上的实时数据分析（包括图像分析和碱基检出），节省了宝贵的下游分析时间。 miseq reportermiseq reporter 集成的二级分析软件处理来自初级分析的数据，以执行对准并提供有 关分析的每个样品的信息。 更多资源 illumina 网站上提供了以下文档供您下载。 资源描述资源描述 miseq 系统场地准备指南提供实验室空间、电气要求和环境注意事项的规范。 miseq 系统安全性和合规性指 南 提供有关仪器标签、合规性证书和安全注意事项的信息。 简介 miseq系统用户指南 3 资源描述资源描述 miseq 工作流程 快速参考卡 为有经验的用户提供两页的工作流程图示。快速参考卡总结了 样品制备、运行设置和运行监控，并且提供了由 miseq reporter 执行的分析的概述。 illumina experiment manager 用户指南 提供为不同工作流程和文库类型创建样板和样品表的说明。 illumina 建议您在样品制备步骤期间创建样品表。 bluefuse 工作流程管理员参 考指南 指导客户在执行 veriseq 工作流程时如何创建样板和样品表。 illumina 建议您在样品制备步骤期间创建样品表。 miseq 样品表 快速参考指南 提供有关在样品表中添加样品表设置的信息。 miseq 试剂制备指南提供试剂盒内容的描述，以及有关在开始测序运行之前准备试 剂盒的说明。 制备 dna 文库以在 miseq 上 测序 提供有关在 miseq 上测序之前稀释已制备样品文库并使其变性 以及制备 phix 对照品的说明。此步骤适用于大多数文库类 型。 在 miseq 上 使用自定义引物 提供有关制备和装入自定义引物以及编辑自定义引物的样品表 的说明。 miseq reporter 用户指南提供对分析过程、分析工作流程和 miseq reporter 生成的输 出文件的全面概述，以及计算要求、脱机安装说明和故障诊断 信息。 bluefuse multi 参考指南向执行 veriseq 工作流程的客户全面扼要介绍分析过程、分析 工作流程、通过 bluefuse multi 生成文件以及计算要求和故 障诊断信息。 miseq reporter 联机帮助提供有关使用 miseq reporter 软件的说明。 basespace 联机帮助提供有关使用 basespace 的说明以及为每个分析工作流程生成 的图表的描述。 访问 illumina 网站上的 miseq 系统 支持页面，获取相应文档、软件下载、在线培训和常见 问题解答。 入门 4 部件号 15027617修订版 ochs 组件 miseq 具有以下外部组件： a a流动槽仓流动槽仓 包含流动槽台，流动槽在整个运行过程中位于其中。流动槽台发动机会将该 平台移出封闭式光学模块以便于装入流动槽，运行开始时再移回原位。 b b封闭式光学模块封闭式光学模块 包含实现流动槽成像的光学组件。 c c状态栏状态栏 使用三种颜色指示仪器状态。蓝色表示仪器正在处理，橙色表示需要注意仪 器，绿色表示仪器已准备好可以开始下一个运行。 d d触摸屏显示器触摸屏显示器 可让用户使用控制软件界面进行仪器上的配置和运行设置。 e e外部 usb 端口外部 usb 端口 方便通过触摸屏显示器将文件和数据传送到仪器计算机。 f f试剂仓试剂仓 以适当的温度保存试剂，放置清洗液和废水瓶。使用磁性锁关闭试剂仓门。 miseq 界面使用触摸屏显示器指导您完成运行设置步骤。要装入运行组件需要打开试剂仓和流 动槽仓。 组件 miseq系统用户指南 5 流动槽仓 a a流动槽台 b b流动槽仓门 c c流动槽锁 d d流动槽 e e流动槽开锁按钮 流动槽仓中有流动槽台、热力站以及与流动槽的射流连接。流动槽台用于放置流动槽，流动槽 锁用于锁住和定位流动槽。当流动槽锁关闭时，锁链附近的两个针销会自动固定流动槽。 热力站位于流动槽台下方，控制簇生成和测序所需的流动槽温度变化。 入门 6 部件号 15027617修订版 ochs 流动槽 a a出口 b b成像区域 c c入口 miseq 流动槽是一次性玻璃制底物，在流动槽上生成簇并执行测序反应。 试剂通过入口进入流动槽，通过单通道成像区域，然后从出口流出流动槽。从流动槽排出的废 液装入废水瓶中。 样品在设置运行前装入试剂盒，运行开始后样品便会自动传送到流动槽。 在测序运行期间，系统会在多个称为“小区”的小成像区域中对单通道成像。所有 miseq 流动 槽均为单通道，但小区数量因您使用的流动槽类型不同而不同。 组件 miseq系统用户指南 7 试剂仓 a a试剂冷却器 b b吸管手柄（图上所示为升起位置） c cpr2 瓶 d d废水瓶 e e试剂盒 试剂仓包含试剂冷却器以及用于放置清洗缓冲 (pr2) 瓶和废水瓶的位置。 在运行期间，试剂冷却器装有一次性试剂盒。在仪器清洗期间，试剂冷却器装有洗涤托盘。软 件会在运行期间的适当时间自动将吸管降到试剂盒的每个槽中，具体取决于正在执行的过程。 试剂冷却器的右侧是两个形状适合的插槽，一个用于 pr2 瓶，一个用于废水瓶。吸管手柄将两 个瓶子锁定到位，并将适当的吸管伸入每个瓶子中。通过吸管和射流管路抽出试剂，然后输送 到流动槽。整个过程中废弃的试剂会传送到废水瓶中。 试剂盒 miseq 试剂盒是一次性耗材，由预先装入簇生成和测序试剂的封箔槽组成，这些试剂足够对一 个流动槽测序。 试剂盒上的每个槽都有编号。样品文库会装入试剂盒的位置 17，此位置标记为 load samples （装入样品） load samples （装入样品）。 入门 8 部件号 15027617修订版 ochs miseq试剂盒概述 要在 miseq 上执行运行，需要一个一次性 miseq 试剂盒，该试剂盒有各种不同的类型和规 格。每种类型的 miseq 试剂盒都包含一个试剂盒专用的流动槽类型和执行一次运行所需的全部 试剂。 试剂盒中提供的流动槽、pr2 瓶和试剂盒均使用射频识别（radio-frequency identification，简称 rfid）进行精确的耗材跟踪并确保兼容性。 始终使用与您的流动槽类型相匹配的试剂盒。如果试剂盒不兼容，运行设置期间会显示一条消 息，提示您装入兼容的试剂盒。 有关可用试剂盒的描述，请访问 illumina 网站，网址 为： 有关试剂盒所含物品和要求的信息，请参见您所使用的试剂盒的试剂制备文档。 用户自备的耗材 miseq系统用户指南 9 用户自备的耗材 开始运行前，确保下列用户自备的耗材已备齐。 耗材供应商用途耗材供应商用途 备用的 1.0 n naoh，分 子生物学级 一般实验室供应商将样品文库和 phix 对照品 dna 变性 酒精擦拭纸，70% 异丙基 或 乙醇，70% vwr，商品目录号 95041-714* 一般实验室供应商 清洗流动槽支架 一次性无粉手套一般实验室供应商一般用途 低尘实验棉巾纸vwr，商品目录号 21905-026* 清洗流动槽台和盖在样品槽上的封箔。 拭镜纸，4 x 6 英寸vwr，商品目录号 52846-001* 清洗流动槽 微量离心机试管一般实验室供应商将样品文库和 phix 对照品 dna 变性并稀 释 次氯酸钠一般实验室供应商清洗模板管路以便用于 veriseq 工作流程 （对其他工作流程而言属于可选项目） tween 20sigma-aldrich， 商品目录号 p7949 清洗仪器 方头塑料镊子（可选）mcmaster-carr， 商品目录号 7003a22* 从流动槽运输容器中取出流动槽 实验室级用水一般实验室供应商清洗仪器 * 或等效的 实验室级用水准则 始终使用实验室级用水来执行仪器操作。切勿使用自来水或去离子水。 可用的实验室级用水举例如下： illumina pw1 18 兆欧 (m) 水 高纯水 超纯水 分子生物学级纯水 入门 10 部件号 15027617修订版 ochs 启动 miseq 注意 illumina 建议您让仪器始终处于开启状态。但是，如果必须按照“关闭仪器”（第 64 页）中的关机步骤关闭仪器，则请至少至少等待 60 秒后，再将电源开关切换回“on（打 开）”位置。 1如果 miseq 尚未打开，请到仪器右侧找到后面板上的电源开关。开关位于仪器下方电源线 的正上方。 图 1电源开关位置 2将电源开关切换到 on（打开）on（打开）位置。集成仪器计算机将启动。 3使用默认用户名和密码登录操作系统： 用户名：sbsuser 密码：sbs123 请等待操作系统完成装载过程。系统装载完成后，miseq 控制软件 (mcs) 会自动启动并初 始化系统。 初始化步骤完成后，将显示“welcome（欢迎）”屏幕。 miseq概念 miseq系统用户指南 11 miseq概念 以下概念和术语对 miseq 的运行设置步骤是通用的。 概念描述概念描述 分析工作流程分析工作流程 由 miseq reporter 执行的二级分析过程。样品表中会指定每次运行的 分析工作流程。 清单清单 指定对准步骤中要使用的参考基因组和目标参考区域的文件。对于需要 清单的工作流程，会在样品表中指定清单文件，并将该文件复制到 mcs 中指定的清单文件夹中。 参考基因组参考基因组 fasta 格式的文件，包含了分析期间使用的基因组序列。对于大多数分 析工作流程，参考基因组文件都在样品表中指定。 运行文件夹运行文件夹 由 rta 初级分析软件填充的文件夹结构（miseqoutput 文件夹）或由 miseq reporter 填充的文件夹 (miseqanalysis)。有关详细信息，请 参见“运行文件夹”（第 25 页）。 样品表样品表 逗号分隔值 (*.csv) 格式的文件，内含设置和分析测序运行所需的信 息，包括样品及其索引序列的列表。 在 miseq 上执行运行设置步骤期间必须提供样品表。运行开始后，将 样品表重命名为 samplesheet.csv 并复制到运行文件夹：miseqtemp、 miseqoutput 和 miseqanalysis。 有关分析工作流程和清单文件格式的详细信息，请参见miseq reporter 用户指南（部件号 15042295）。 有关样品表的详细信息，请参见miseq 样品表快速参考指南（部件号 15028392）。 入门 12 部件号 15027617修订版 ochs miseq软件 仪器计算机中预先安装了以下三个软件应用程序： miseq 控制软件 (mcs)miseq 控制软件 (mcs) 控制仪器操作。miseq 控制软件 (mcs) 界面会引导您在开始 运行之前完成装入流动槽和试剂的步骤。在运行过程中，还会显示质量统计信息概述。 在运行期间，mcs 将操控流动槽台、分配试剂、控制流动槽的温度，并捕获流动槽上簇的 图像。mcs 根据样品表中指定的参数执行运行。 实时分析（real time analysis，简称 rta）软件实时分析（real time analysis，简称 rta）软件 执行初级分析。实时分析 (rta) 是一种集成的初级分析软件，可执行图像分析和碱基检出，并为每次循环的每个碱基分配质 量分值。图像会临时存储在