利用多发病例家族之单倍体资料进行遗传相关性研究ppt课件.ppt

條件與迴圈等程式技巧 DataFrames Dataframes itisarectangulartablewithrowsandcolumns datawithineachcolumnhasthesametype e g number text logical butdifferentcolumnsmayhavedifferenttypes 資料篩選 資料轉換 變更coding 將資料按照性別分成兩群 令新變數為sex c男生 原始資料記為1 sex c male 女生 原始資料記為0 sex c female 將資料按照年紀分成四群 另外令一個變數為agegroup第一群 40歲以下 則agegroup 1第二群 40 49歲 則agegroup 2第三群 50 59歲 則agegroup 3第四群 60歲以上 則agegroup 4 條件執行指令 條件控制 ifelse函數 if elseif與else指令1 ifelse condition yes no 用於最簡單的二分類判斷狀況通常用於簡單的變數計算 指令2 if condition 1 expression 1 elseif condition 2 expression 2 elseif condition 3 expression 3 else expression 4 判斷式中的運算子 判斷式中的運算子 if 或while 括弧內當使用 與 跟 與 是有差別的 與 代表and與or 適用於單一真假值的判斷 與 也代表and與or 適用於向量式的真假值運算 如果運算對象為數字或是數字變數 則兩種運算子沒有差異 但若運算對象是向量或多維度的陣列 dataframe 就有明顯的區別 判斷式中的運算子 ifelse用法 指令1 ifelse condition yes no 若x 10則y 1 若x 10則y 2x c 1 2 3 4 5 若x中的元素小於3 則z x y 否則z x log y if用法 只有if if condition expression如果判斷條件為真 則執行括弧後面的運算式多於一個執行狀況時 使用 ifelse用法 指令2 if condition 1 expression 1 elseif condition 2 expression 2 elseif condition 3 expression 3 else expression 4 Note if 小括弧內的邏輯判斷式為一個TRUE FALSE的值 雖然也可以是一個由TRUE FALSE組合而成的邏輯向量 但只要這個邏輯向量的第一個元素值為TRUE 則邏輯判斷式就算為真如 ifelse容易產生的錯誤 不會產生錯誤的寫法 ifelse寫在同一列 ifelse容易產生的錯誤 會產生誤判的寫法 1 R誤認為第一列已經是一個完整且結束的單獨if運算式 所以第二列的else會被認為缺乏if 故產生錯誤 2 R認為第二列已結束完整的if運算式 所以第三列錯誤 ifelse容易產生的錯誤 建議寫法 在if elseif 以及else之後都加上 並依照下列格式撰寫正確寫法 if condition 1 expression 1 elseif condition 2 expression 2 elseif condition 3 expression 3 else expression 4 如 迴圈 Loop 迴圈 主要由for while與repeat所構成迴圈範圍 中可以使用break跳出迴圈 或是使用next跳過剩下的敘述句 直接進入下一個迴圈 R裡面可用向量或是矩陣運算函數取代迴圈的運算 執行速度會更快 for迴圈 指令1 for 迴圈變數in範圍 單一完整運算式指令2 for 迴圈變數in範圍 一個或多個運算式 迴圈變數 通常使用i j k l m等英文字母範圍 通常是一個數值向量 如 for iin1 10 利用for迴圈計算1 2 9 10 while迴圈 指令 while 可繼續留在迴圈內的邏輯判斷式 一個或多個運算式 利用while迴圈計算1 2 3 100 repeat迴圈 指令 repeat 一個或多個運算式if 離開迴圈的條件 break其他可能的完整運算式 利用repeat迴圈計算1 2 3 100 break與next 改變迴圈狀態 R迴圈內無論是使用for while或是repeat 都可以藉由break與next來改變迴圈的狀態 break 終止並跳離迴圈 通常是接在某個條件執行式之後 範例 列印member names內的會員姓名 但若遇到姓名為John的人跳離迴圈 break與next 改變迴圈狀態 next 不終止整個迴圈結構的執行 但是next會忽略跳過目前 這一次 迴圈 剩下的其他運算式 直接跳到下一次迴圈 範例 只加總1 100中的單數 資料轉換 變更coding 將資料按照性別分成兩群 令新變數為sex c男生 原始資料記為1 sex c male 女生 原始資料記為0 sex c female 將資料按照年紀分成四群 另外令一個變數為agegroup第一群 40歲以下 則agegroup 1第二群 40 49歲 則agegroup 2第三群 50 59歲 則agegroup 3第四群 60歲以上 則agegroup 4 迴圈與控制指令 agegroup rep 0 15 for iin1 15 if age i 40 age i 50 age i 60 agegroup i 3elseagegroup i 4 datanew cbind data agegroup 將新變項agegroup與data結合datanew 練習 計算BMI值 BMI 體重 公斤 身高2 公尺2 最健康的BMI值為22 若身體質量指數超過23為過重 超過27為肥胖 若超過35則為極度肥胖 加一欄身高資料 將資料做combine 資料為 170 176 154 144 160 140 150 161 166 155 141 143 150 172 150 cm令一新的變數為BMI 計算每個人的BMI值 若BMI35 令BMIindex 4 練習 利用while迴圈做1 x在x 1的泰勒展式 若x 0 3 試求泰勒展式要加總到第幾項 才會跟實際值1 0 3 3 3333差距在0 00001以內 使用 1 i 2 來控制每一項的正負交錯 是在求餘數 練習 利用repeat迴圈做1 1 x 的泰勒展式 若x 0 3 試求泰勒展式要加總到第幾項 才會跟實際值1 1 0 3 1 428571差距在0 00001以內 自訂函數 語法自訂函數名稱 function 變數1 變數2 變數3 expression R軟體預設將函數內最後一個運算式當作回傳值 若要更改預設 可使用return 將計算值回傳 return 函數傳回的值可包含R軟體的各種變數種類 如 向量 矩陣 但大多都採用list變數當作回傳值 因為list變數可包含不同長度 不同變數種類的元素 可回傳多個不同屬性的函數計算結果 自訂函數 自訂函數 Ex1 自訂函數 Ex2 Ex3 自訂函數 眾數 自訂函數 練習 利用迴圈 寫出 將任一向量加總 的函數 特殊的函數用法 參數 將自訂函數裡面用到的其他function需要的參數傳入 常用函數 統計相關函數sum x 向量x所有元素的總和prod x 向量x所有元素相乘max x 向量x所有元素最大的元素值min x 向量x所有元素最小的元素值range x 傳回x的全距length x 計算向量x的元素個數mean x 計算x所有元素的平均數median x 計算x所有元素的中位數var x cov x 計算x所有元素的樣本變異數cor x 當x為dataframe時 傳回x的相關矩陣var x y 與cov x y 計算x與y的共變異數 covariance 矩陣cor x y 計算x與y的相關係數或相關係數矩陣 常用函數 統計相關函數rev x 將x所有元素反向呈現 未排序 sort x 將x內的元素從小到大排序rev sort x 將x內的元素從大到小排序rank x 傳回x中各元素的排序順序值choose n k 計算二項式組合數n n k k factorial x 階乘函數 相當於prod 1 x 常用工具函數 處理NA missingdata 的函數na fail x 若x包含missingvalues則傳回錯誤訊息 否則傳回x na pass x 保留x的NA值 na omit x 與na exclude x 去除NA元素 最大概似估計量 MLE MLE 利用package stats4 中的mle函數Usage mle minuslogl start method minuslogl 計算 1 log li