本地blast.doc_第1页
本地blast.doc_第2页
本地blast.doc_第3页
全文预览已结束

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

本地blast的安装及使用安装：1. 首先进入NCBI2. 点击ALL Resources3. 点击ALL Resources里的Downloads选项卡4. 点击BLAST（Stand-alone）选项在BLAST+executables中点击/blast/executables/blast+/LATEST/ . 链接（这只是说这个链接如何找到的，可以直接点击这个链接进行下载）。5点击ncbi-blast-2.2.29+-win32.exe进行下载，大家的电脑一般为32位的，加入为64 位的则需要点击ncbi-blast-2.2.29+-win64.exe下载，根据个人情况定6下载好后点击“下一步“进行安装。运行：1. 点击电脑桌面的“开始“”运行“，在”打开“中输入”cmd“,(这也就是调取DOS命令，快捷键”windows“+“R“键，然后回车)2切换到blast的bin目录下，例如我的路径是C:Program FilesNCBIblast-2.2.29+bin，那么我的命令是：然后回车。切换后的结果是：3把你的物种数据和比对的数据文件移动到bin文件夹下，然后做下面的。1）建库 根据你要比对的物种序列建库dos 命令 ：makeblastdb -in -dbtype nucl/prot -out in 后面的 里填要建库的序列文件名称，如整个水稻蛋白质组第二个 里填库的名称（自己命名）nucl :建核苷酸库，prot:建蛋白质库（根据你数据要求任选一个）2）比对dos 命令 ：blastp/blastn -query -db -out -evalue -outfmt blastp 为比对蛋白质序列，blastn比对核苷酸序列query后面的填你要比对的序列文件名db 后面填你第一步建好库的名称out 输出最终结果名称evalue 你自己设一个期望值(5)outfmt 输出文件格式 填数字6或7（1）建库结果（2）比对：结果：去bin文件夹下去寻找。resultname就是我们本地BLAST的最终结果结果是这样子的：（
人人文库> 全部分类> 应用文书 > 技术指导

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论