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1 美国医学文献数据库PubMed 2 授课内容 一 数据库概况二 检索体系三 结果处理四 PMC 3 一 数据库概况 http www ncbi nlm nih gov pubmed NIH NationalInstitutesofHealth 国立卫生研究所 NLM NationalLibraryofMedicine 国立医学图书馆 NCBI NationalCenterforBiotechnologyInformation 美国国立生物技术信息中心 NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一 其成立的原因是为已故的参议院议员ClaudePepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性 因此 在1988年11月4日成立NCBI NCBI是NIH底下的NLM的部门之一 Pubmed是NCBI数据库搜索与存取系统Entrez的可检数据库之一 在entrez上可获取单一数据库或多个数据库的整合数据 例如Entrez蛋白质数据库除了可查询蛋白质信息 同时亦可连结到生物分类数据库查询生物分类信息 目前 NCBI提供的公开 OpenAccess 数据库包括如下 医学文献数据库全文电子期刊库人类孟德尔遗传基因图谱DNA与蛋白质序列3D蛋白质结构NCBI分类学 4 一 主办单位 NLM创建的生物医学文献书目型数据库 二 收录范围 年限 1949 今文献量 收录全球80多个国家和地区的5200多种生物医学期刊 大都经美国卫生健康研究院的文献选择技术评估委员会LiteratureSelectionTechnicalReviewCommittee LSTRC 评估挑选 由NLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐 累积了2200多万篇文献 年收录文献约40万篇 涉及37个语种 回溯至1950年的数据涉及60个语种 数据库47 为美国本土出版的文献 90 为英文文献 79 的文献有著者撰写的英文摘要 5 是一个免费的生物医学文摘数据库 约10 论文提供全文 PMC 大部分论文提供指向全文提供者 付费或免费 的链接 学科范围 主要收录生物医学和健康科学以及生命科学相关领域的文献 包括行为科学 健康专业所需要的化学 生物工艺学 基础研究和临床 护理 公共卫生 卫生政策发展或相关教育活动的内容 2000年起增加了生物 环境科学 海洋生物 植物和动物学 生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容 6 三 PubMed与MEDLINEMEDLINEIndexed1966toprensent的MEDLINE已标引数据 有MeSH字段和摘要 每条记录标有 PubMed indexedforMEDLINE OldMDENLINE1949 1965年间的MEDLINE数据 没有MeSH字段和摘要 每条记录标有 PubMed OLDMEDLINE 7 三 PubMed与MEDLINEMEDLINEInprocess1996年8月开始 PubMed每天收录由Medline的期刊出版商提供的尚未经规范处理的数据 该库中的记录只有简单的书目信息和文摘 该库中的数据每周一次转入MEDLINE 同时从PreMedline中删去 当进入MEDLINE时就会被标引MeSH词 文献类型及其它数据 每条记录标有 PubMed inprocess 8 三 PubMed与MEDLINENotMEDLINE出版商提供的电子文献中MEDLINE不收录的数据 出版商一般提供的是整本期刊的信息 一部分数据每日将被添加到PreMedline中去 若有部分没有被MEDLINE收录 PubMed仍保存 每条记录标有 PubMed assuppliedbypublisher 9 Pre Medline NewData PubMed Process Medline Collect NotMedline OldMedline PubMed数据收录情况 10 11 基本检索 高级检索 工具与资源 提供期刊数据库检索 规范词数据库检索 特定文献检索等 二 检索体系 12 SingleCitationMatcher 单篇引文匹配器BatchCitationMatcher 多篇引文匹配器ClinicalQueries 与临床相关的疗法 诊断 病因 预后Topic SpecialQueries 专题查询提供专项信息检索服务 MeSHDatabase 主题词库JournalDatabase 期刊库Clinicaltrails 对公众提供临床科研的当前信息E Utilities Entrez程序设计公用程序Linkout 外部链接 工具与资源 13 二 检索途径及检索规则 检索规则 1 逻辑组配符AND OR NOT运算符大写如 asthmaAND therapyORtreatment 直接输入一个或多个检索词 系统默认空格为AND检索如 asthmatreatment 一 基本检索 14 一 基本检索检索规则 2 字段限定符 空格按词组匹配如 Stemcelltransplantation ti ALLallfields所有字段TWtextword文本词TItitle题名TTtransliteratedtitle翻译题名TIABtitle abstract题名和摘要TA SOjounal刊名或ISSN号VIvolume卷IPissue期PGpagination页码 AUauthor著者FAUfullauthorname著者全称IRInvestigator主要研究者或合作者1AUfirstauthorname第一著者姓名PSpersonalnameassubject作为文献主题的人名ADaffiliation第一著者单位和地址PTpublicationtype文献类型DPpublicationdate文献出版日期LAlanguage语种MHMeSHtermsMeSH主题词MAJRMeSHmajortopicMeSH主题词SHMeSHsubheadingsMeSH副主题词PMIDUIDpubmed唯一识别号 15 PubMed记录字段说明 15 文摘第一著者单位地址出版商提供文献识别号著者群版权说明参考评论文献合著者文献参考评论定稿版校样版输入日期输入完成日期电子出版日期 16 16 电子出版日期文献出版日期数据加入PubMed日期文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称文献相关注释基金编号基因符号期编号资助调研者资助调研单位国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号期刊全称 17 17 最后修订日期规范词表词规范词确立日期系统组织的文摘版权拥有者题录提供机构的识别号病史相关与原始记录其他关键词提供其他关键词的机构数据提供者机构文章总页数出版商提供数据时间期刊出版国数据库文献编号 18 18 作为主题词的个人姓名出版状态文献类型出版模式 纸张或电子 参考文献数已撤回的文献酶或化学物质代码正在撤消中的文章初版文献修订和再版的文章子专题文档太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号原文来源引用了病例的文献内部处理代码标准期刊缩写文献标题翻译标题更新文献文献正在更新期刊卷号 19 一 基本检索检索规则 著者检索 authors 姓全称在前 名首字母在后 以AU作为限定字段如 CooperSL au wenym au 2002年以后的文章可以查著者全名 字段名为FAU如 Coopersheldonlee FAU 20 一 基本检索检索规则 期刊检索 journals 刊名全称检索例 NewEnglandJournalofMedicine TA MEDLINE认可的标准刊名缩写检索例 NEnglJMed so 国际标准期刊号检索例 0028 4793 ta 21 例1 检索JosephLeventhal研究干细胞移植的文献 直接输入检索式 Stemcelltransplantation ti ANDLeventhalJ AU 22 例2 检索 皮肤病研究杂志 上发表的文献 直接输入检索式 Journalofinvestigativedermatology SO 刊名缩写 JInvestDermatol 23 一 基本检索检索规则 3 自动转换匹配 智能检索对输入名词自动在规范词表 主题词 副主题词 物质名称 著者列表 刊名列表中匹配 对于常用医学物质名词默认在所有记录字段中检索 无论词表或索引中是否找到相匹配的词组 PubMed还会将短语劈开 再重复以上顺序单独分别查找 找到相匹配的词 之后用AND连接起来 宁滥勿缺 24 如 pressurepoint pressure MeSHTerms OR pressure AllFields ANDpoint AllFields 如 StemcelltransplantationLeventhalJ stemcelltransplantation MeSHTerms OR stemcelltransplantation AllFields OR stem AllFields AND cell AllFields AND transplantation AllFields AND LeventhalJ Author ORLeventhalJ Investigator 25 一 基本检索检索规则 4 短语限定符 严格按输入形式匹配 不再自动转换匹配和扩展检索 常用于词组和专有名词检索 对比 Stemcelltransplantation Stemcelltransplantation 26 直接输入stemcelltransplantation stemcelltransplantation MeSHTerms OR stemcelltransplantation AllFields OR stem AllFields AND cell AllFields AND transplantation AllFields 27 添加限定符 stemcelltransplantation stemcelltransplantation AllFields 28 一 基本检索 5 SearchDetails显示检索词的详细匹配运算过程用途 转换 确定规范词如 lowproteindiet diet protein restricted MeSHTerms 权衡 修改检索式 stemcelltransplantation MeSHTerms OR stemcelltransplantation AllFields OR stem AllFields AND cell AllFields AND transplantation AllFields 29 可直接在此修改检索式 该检索式页面链接 可保存在网络收藏夹中 30 一 基本检索检索规则 6 截词符 一般只作 后截断 使用 系统最多截取600个匹配的单词如 输入treat 检出treatment treats treated treating等备注 不执行自动转换检索词功能 截词检索只限于单词 对词组无效 31 检索式编制 检索式历史 其他检索资源 二 高级检索 Advancedsearch 32 二 高级检索 1 检索式编制 searchbuilder 通过字段限定和索引选词构建复杂检索式 例4 研究更年期抑郁症激素替代疗法的非中文文献内容特征激素替代疗法HormoneReplacement更年期抑郁症InvolutionalDepression外部特征非中文NOTchinese 33 输入检索词 hormonereplacement 34 直接编辑检索式 执行检索 执行检索结果预览 35 二 高级检索 2 检索历史 History 以列表形式显示历次检索式 检索时间和检出篇数 组配 调整检索式 36 三 主题词检索 MeSHDatabase 确定规范化主题词查看主题词词义注释 树状结构表选择副主题词 扩展主题词 主要主题词 37 例5 欲查近5年研究肾衰竭饮食疗法并进一步观察其疗效的相关文献 内容特征 renalfailurediettherapytreatmentoutcome外部特征 last5years 38 Comparisonbetweensitagliptinandnateglinideonpostprandiallipidlevels TheSTANDARDstudy 标准研究 西他列汀和那格列奈餐后血脂水平的比较 39 Comparisonbetweensitagliptinandnateglinideonpostprandiallipidlevels TheSTANDARDstudy 标准研究 西他列汀和那格列奈餐后血脂水平的比较 40 AbstractAIM Toassesstheeffectsofsitagliptinandnateglinideonlipidmetabolism METHODS Inaparallelgroupcomparativeopentrial patientswithtype2diabetesmellitusundertreatmentattheJapaneseRedCrossMedicalCenterwereandomlyassignedtoreceiveeithersitagliptin 50mgoncedaily ornateglinide 90mgthreetimesdailybeforemeals Eligiblepatientsmetthefollowingcriteria age 20years hemoglobinA1c HbA1c 6 5 despitedietandexercise HbA1cbetween6 5 and8 0 fastingglucose 7 77mmol L dietandexercisetherapyformorethan3mo andabilitytoreadandunderstandtheinformationforwritteninformedconsent Exclusioncriteriawerecontraindicationstositagliptin contraindicationstonateglinide pregnancyorpossiblepregnancy andsevereliver renalfailure Patientswhowereconsideredtobeunsuitablebytheattendingphysicianforotherreasonswerealsoexcluded Bloodsampleswerecollectedatoneandthreehoursafterintakeofatestmeal Theprimaryoutcomemeasurewastheareaunderthecurve AUC ofapolipoprotein Apo B48atthreehourspostprandially 41 检索分析 关键词检索逻辑关系粗浅 修饰概念匹配不特定 检索词涵盖不全面主题词检索逻辑关系紧密 修饰概念匹配特定 下位词检索全面 42 输入自由词 renalfailure 43 点按规范词可获详细注解 44 主题词注释 副主题词选择 检索式构建盒 45 加权 扩展树 不进行下位词扩检 入口词 该规范词所代替的非规范词 主题词树形结构表 显示该词的学科隶属关系 46 CBM中对应主题词解释界面 47 附 副主题词树状表的11棵词树及分支 共71个 anatomy histology解剖学和组织学 bloodsupply 血液供给 cytology 细胞学 pathology 病理学 ultrastructure 超微结构 embryology 胚胎学 abnormalities 畸形 innervation 神经支配 analysis分析 blood 血液 cerebrospinalfluid 脑脊髓液 urine 尿 isolation purification 分离和提纯 chemistry化学 analogs derivatives 类似物和衍生物 chemicalsynthesis 化学合成 Antagonists inhibitors 拮抗剂和抑制剂 agonists 激动剂 physiology生理学 physiopathology 病理生理学 genetics 遗传学 Growth development 生长和发育 immunology 免疫学 secretion 分泌 metabolism 代谢 blood 血液 cerebrospinalfluid 脑脊髓液 urine 尿 biosynthesis 生物合成 enzymology 酶学 pharmacokinetics 药代动力学 dificiency 缺乏 48 附 副主题词树状表的11棵词树及分支 共71个 etiology病因学 chemicallyinduced 化学诱导 complications 并发症 secondary 继发性 congenital 先天性 embryology 胚胎学 genetics 遗传学 immunology 免疫学 microbiology 微生物学 virology 病毒学 parasitology 寄生虫学 transmission 传播 pharmacology药理学 administration dosage 投药和剂量 diagnosticuse 诊断应用 pharmacokinetics 药代动力学 contraindications 禁忌证 adverseeffects 副作用 poisoning 中毒 toxicity 毒性 diagnosis诊断 pathology 病理学 radiography 放射摄影术 radionuclideimaging 放射性核素显像 ultrasonography 超声检查 statistics numericaldata统计学和数值数据 epidemiology 流行病学 ethnology 人种学 mortality 死亡率 therapy治疗 diettherapy 膳食疗法 drugtherapy 药物疗法 radiotherapy 放射疗法 surgery 外科学 transplantation 移植 prevention control 预防和控制 nursing 护理 rehabilitation 康复 49 附 副主题词树状表的11棵词树及分支 共71个 therapeuticuse治疗应用 administration dosage 投药和剂量 adverseeffects 副作用 contraindications 禁忌证 poisoning 中毒 organization administration组织和管理 economics 经济学 legislation jurisprudence 立法和法学 supply distribution 供应和分配 manpower 人力 utilization 利用 standards 标准 trends 发展趋势 未进入树状表的12个副主题词 drugeffects 药物作用 radiationeffects 辐射效应 injuries 损伤 pathogenicity 致病力 psychology 心理学 veterinary 兽医学 classification 分类 methods 方法 history 历史 education 教育 instrumentation 仪器和设备 ethics 伦理学 50 将组配检索式放入检索盒中 输入新主题词 Treatmentoutcome 进一步检索肾衰竭综合疗效观察 treatmentoutcome 51 选择逻辑组配符 52 通过MeSHDatabase检索的结果 共61篇检索结果更为专指 53 MESH检索的缺点 人工标引费时 最新论文还未标MeSH词 InProcess 用MeSH会漏检 Medline不收录的文献 Suppliedbypublisher的文献 不标MeSH词 新词 一些很专指的概念没有对应的规范词 如 SARS 03年词表中没有 舌根癌备注 查上述类型文献需结合自由词检索 54 舌根癌 舌根癌主题词 没有对应主题词 退而求其次 选择其上位主题词 TongueNeoplasms 主题词检索后 使用自由词组配舌根概念 tonguebasebaseofthetonguebaseoftongue 55 舌根癌 舌根癌的不同表达形式 tonguebasecancercanceroftonguebasecancerofthebaseoftongue cancer cancer carcinoma tumor neoplasms 56 继续添加概念 比如检索舌根癌的治疗 TongueNeoplasms therapy Mesh AND tonguebase OR baseofthetongue OR baseoftongue cancerORcarcinomaORtumorORneoplasms AND tonguebase OR baseofthetongue OR baseoftongue AND treatmentORtherap ORsurger ORradiotherapyORrehabilitation 57 58 59 四 条件过滤器 filter 60 61 62 例6 检索近两年有关细胞凋亡的综述文献 要求检出免费全文内容特征 apoptosis外部特征 last2yearsreviewfreefulltext 63 64 五 期刊数据库 JournalsDatabase 通过输入刊名全称 Medline标准缩写浏览期刊出版社详细信息 例7 输入NENGLJMED刊名简称 了解其全称及其出版情况 并进一步检索该期刊所有文献 65 输入刊名 NENGLJMED 期刊分类浏览 66 查看出版社详细信息 刊名加入检索盒 67 68 六 单引文匹配 SingleCitationMatcher 输入文献外部特征信息 查找特定文献 刊名要准确 缩写要标准著者姓名大小写不敏感例 查找黄国俊2006年发表在中华肿瘤杂志上的文献 69 70 七 临床问题 ClinicalQueries 专门检索临床研究方法学 循证医学 文献 分为三个专题 临床研究文献 系统综述 医学遗传学 供查找病因 诊断 治疗 预后及临床预报指南五个方面的文献 选择scope选项 强调查准和查全 供查找疾病的系统评价文献 meta分析 临床实验评论 实践指南等循证医学方面的文献 供查找疾病医学遗传学方面的文献 设有遗传诊断 鉴别诊断 遗传疾病临床症状 组织管理 遗传咨询 分子遗传学 遗传检测等分类 输入疾病名称 71 八 专题问题 Topic SpecificQueries 针对不同用户 不同学科专题以及不同类型期刊而设立的专项信息服务 72 三 检索结果处理 结果显示全文获取保存结果定题跟踪 73 73 3 1结果显示 74 显示格式 Displaysetting Summary 标题 著者 出处 ID号Abstract 来源期刊 标题 著者 著者地址 记录性质 文献类型 勘误 评论 PMID或UI 摘要 MeSH词等 MEDLINE 最完整 有标识符 75 3 2全文获取 76 77 78 79 例8 查找下文全文 KennethD MandlB ReisC etal MeasuringOutbreakDetectionPerformanceByUsingControlledFeatureSetSimulations J MMWR2004 53 suppl 130 136 80 81 82 83 84 3 3结果输出 85 输出方式选择 sendto File 文档格式保存检索结果 Clipboard剪贴板 多次检索 可暂存每次检索需下载的