ms4.4 for linux cluster install.doc

Ms4.4 for linux cluster install一. 操作系统环境说明1. 客户端要求Windows XP Professional - SP3或Vista (Business & Enterprise Editions) SP2，客户端只支持32位操作系统，也就是说装了64位的操作系统也无法用64位计算，只能运行在兼容32位模式下。2. 服务端要求windows系列Windows Server 2003, all editions - SP2 and R2Windows Server 2008, all editions - SP2Windows XP Professional - SP3Windows Vista (Business & Enterprise) - SP2unixlinux系列x86 (32-bit)Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8SuSE? Linux Enterprise Server 10 (SP1 and SP2)x86-64 (64-bit)Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8Red Hat Enterprise Linux - 5.3 and 5.4Red Hat Enterprise Linux Desktop - 5.3 and 5.4SuSE Linux Enterprise Server - 10 (SP1 and SP2) and 11二、 以redhat 为例安装.1.安装ms所需 SoftWare Package glibc-2.3.4-2.43 (32-bit and 64-bit) libgcc-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit)l ibstdc+-33-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit) compat-libstdc+-33-3.2.3-47.3 (32-bit) hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64（在ms 光碟的/Linux/Unix/Linux_x86_64/hpmpi/目录下,注意：要根据自己的系统架构选择相应的安装包） 2. SSH和RSH免认证设置，一般都是使用SSH免认证登录。2.1 设置主机名修改文件 /etc/hosts 在里面写入所以节点的主机名和ip 在/etc/sysconfig/network中修改主机名。 2.2首先确认rsh-server（如果使用rsh） 和sshd包是否安装（如何使用ssh） 2.3以配置ssh为例 所有节点上创建ms安装用户msi密码一致，并以msi用户登录进行配置 2.3.1首先要确认SSH服务是否安装，一般来说，SSH服务默认是安装的，测试方法如下：ssh localhost如果已经安装，你可以看提示符换行，并切换到当前用户的用户目录，如果没有出现这样的提示的话，就不能使用对称多处理器并行，需要检查SSH是否可用。如果出现要求你输入密码的提示符，你就需要进行SSH免认证设置。当你第一次采用SSH登录时一般会看到以下提示：The authenticity of host dewer2 (133.27.92.5) cant be established.RSA key fingerprint is cf:d6:77:c6:db:42:99:6f:11:07:f3:38:46:7b:f9:05.Are you sure you want to continue connecting (yes/no)?回答yes继续，片刻后，看到一个新的提示符. 2.3.2配置SSH免认证登录 2.3.2.1在node1上设置可以免认证登录node2（1）在node1生成公钥和私钥$ su msi $ ssh-keygen -t rsa /不要输入任何密码字符串,默认回车即可。（2）将生成的id_rsa.pub通过scp上传到node2端： $ scp .ssh/id_rsa.pub msinode2:/home/msi/.ssh/a) 如果node2端不存在 /home/msi/.ssh/authorized_keys文件，则直接将上传的文件重命名即可： $ mv id_rsa.pub authorized_keysb) 如果node2端已经存在 /home/msi/.ssh/authorized_keys文件，将上传文件的内容附加上即可： $ cat id_rsa.pub authorized_keysC）改变读写权限，保证目录./ssh和里面的文件不被其他任何用户访问，否则无法实现免认证cd /.sshchmod 600 * /设置文件权限cd /home/msi/chmod 700 .ssh /设置目录权限(3)此时用node1登录node2就不需要密码了。 2.3.2.2在node2上设置可以免认证登录node1 （方法相同） 2.3.1 所有节点上创建ms安装用户msi密码一致，并以msi用户登录进行配置 3. nfs 配置3.1.vi /etc/exports/在主节点上=/home/msi *(rw,async)3.2.service portmap startservice nfs startexportfs3.3 chkconfig portmap on Chkconfig nfs on3.4.在客户端vi /etc/fstab 192.168.2.1（主节点）：/home/msi/home/msinfsdefaults0 0 4. 关闭selinux，关闭firewall(可以按照相应的防火墙规则，自己定)5. 安装hpmpi /默认安装在/opt/hpmpi中，主从节点都要安装。 6. 在所有节点上新建用户msi /密码一定要一致！7. 安装Meterials Studio x.x，目录是/home/msi，tmp目录是/home/msi/tmp7.1 用普通用户msi进行安装7.2 mount -o loop xx.iso /mnt/cdrom 7.3 在/UNIX/ 下 ./Install -type cluster7.4 选择安装模块 /28表示全部 7.5 大部分是默认,只有 选择tmp时选择/home/msi/tmp ,在最后进行临时licenses 配置时选择99完成配置。7.6 切记安装过程中要开启Gateway服务！7.7 复制license文件到/home/msi/Accelrys/License_Pack/Licenses/（目录要与安装License管理软件的目录相一致）7.8 license文件msi.lic 网上可以下到破解版。7.9 修改msi.lic中第一行this-host 字符为主节点的hostname7.10 mv msi.lic msi.dat(rename licenses file)7.11 在licensePack/linux/bin下运行 ./lp_install /home/msi/Accelrys/LicensePack/Licenses/msi.dat 7.12 成功会看见 License Pack version: 7.6.0Attempting checkout.Checked out license feature: License_Holder for msi (1 copy)Checkout succeeded.Run lp_set_env ORcsh: source /home/msi/Accelrys/LicensePack/etc/lp_cshrcsh: . /home/msi/Accelrys/LicensePack/etc/lp_profileto refresh shell license administration environment setup.7.13 设置licenses server 自启动licenses 的配置管理工具放在 /home/msi/Accelrys/LicensePack/linux/bin/目录下，手动启动可以在此目录下执行./lp_server -s 若自启动要在/etc/rc.d/rc.local文件中添加启动命令：ms44 licenses server/home/msi/Accelrys/LicensePack/linux/bin/lp_server -s8. 实现并行的配置(gateway方式)8.1 8.2 Add node list to the machine.LINUX, MS need this file to determin the number of CPU per nodemsinode1 $ cd /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio44/share/data/msinode1 data$ vi machines.LINUX node1:1 /1表示node1的cpu核数node2:28.3 gateway 简单配置msinode1$ cd /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/Gateway/ msinode1$./gwstopmsinode1$./gwtransport sslon /使用ssl访问gatewaymsinode1$./gwauthentication password / restrict access to authenticated users onlymsinode1$./gwusers -add msi / To register a new user, users info: /public/software/MS44/etc/Gateway/configurations/default/conf/passwd 注意添加新用户的时候，用户名必须和Linux系统中现有的用户名相同，虽然MS提交作业时都是以Mstudio(安装时的用户)身份提交，但Gateway会根据远程客户端的用户名检测该用户是否可以使用队列，因此必须保证用户名一致；初始密码可以任意。 msinode1$8.4 gateway 配置文件修改8.4.1 修改home/msi/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/Gateway/root_default/dsd/conf下两个文件gw-info.sbd gwparams.cfg中的cpucorestotal= x,(x表示所有节点cpu的总核数，以实际情况填写)否则在客户机上的job_control中只能看到安装节点上的cpu8.4.2 还是这两个文件里，mpicommand的那一行，如果有kerberos，则要把kerberos删除，这一项应该是这样的:/opt/hpmpi/bin/mpirun -e MPI_REMSH=/usr/bin/rsh -cpu_bind=v -prot -f APPFILE8.5 设置gateway自启动并开启msinode1$su - rootrootnode1# cp /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio43/etc/Gateway/msgateway_control_18888 /etc/rc.d/init.drootnode1# /sbin/chkconfig -ad