基于网络的有机化学文献简介——网络检索平台和综述性文献.pdf

第2 9 鲞 箩6 塑 计算机与应用化学 v 0 1 2 9 N o 6 2 0 1 2 年6 月2 8 日 C 0 m p u t e 璐粕dA p p l i e dC h e m i s n y J u n e2 8 2 0 1 2 基于网络的有机化学文献简介 网络检索平台和综述性文献 胡昱1 俞卓尔1 李少磊1 郭瑛2 江丽红1 1 南昌大学化学系 江西 南昌 3 3 0 0 3 l 2 南昌大学基础化学实验中心 江西 南昌 3 3 0 0 3 1 摘要 2 l 世纪信息时代的今天 网络早已成为获取专业文献信息的主要途径 对于有机化学工作者和研究人员来说 有 机化学文献是就是知识信息海洋 然而如何将大量繁杂的信息进行有效的提炼和利用 这就需要对网络有机化学文献资 源有足够的了解 本文对网络中有机化学文献中的网络检索平台和综述性文献 即有机化学文献中的二次文献和三次文 献进行介绍 为化学工作者掌握学术信息提供一条捷径 关键词 有机化学文献 网络化学资源 网络检索 综述性文献 中图分类号 T P 3 9 1 0 6 2文献标识码 A文章编号 l o o l 4 1 6 0 2 0 1 2 0 6 7 6 3 7 6 6 有机化学期刊专利论文等一次文献种类繁多 数量 巨大 如何在浩瀚的有机化学文献海洋中快捷 系统地 获取相关知识的专业文献 是每个从事有机化学的工作 者和研究人员需要即刻解决的问题 2 l 世纪是信息时代 计算机网络信息对人们的工作和生活产生了巨大而深远 的影响 如何从网络上及时了解和掌握最新的有机化学 文献 也将直接影响到我们能否全面了解当今世界最新 的专业研究和发展前沿 l 五 本文对网络中的有机化学检 索平台和综述性文献等相关的有机化学文献中二次文献 和三次文献进行介绍 以方便从事有机化学相关领域的 科研工作者和学生更快 更好地认识和利用网络有机化 学文献资源 1二次文献 二次文献也称二级文献 它是将大量分散 零乱 无序的一次文献进行整理 浓缩 提炼 并按照一定的 逻辑顺序和科学体系加以编排存储 使之系统化 以便 于检索利用 二次文献的形成是一次文献集约化 有序 化 系统化的结果 在有机化学文献领域中 二次文献 能较全面 系统地反映有机化学领域文献的线索 利用 它可以提高一次文献的传递速率和利用率 它的重要性 在于使查找一次文献所花费的时间大大减少 二次文献 是查新工作中检索文献所利用的主要工具 网络有机化 学的二次文献目前多以网络专业数据库 3 形式出现 1 1s c i F i n d e rS c h o l a r 数据库 美国 化学文摘 C h c m i c a lA b s 廿a c t s C A 1 9 0 7 年 创刊 由美国化学会所属化学文摘服务社 C A S 编辑出 版 现为世界上收录有机化学以及其他化学学科和化学 相关学科文献最全面 应用最广泛的一种二次文献 其 具有以下显著特点 1 收录文献范围广 类型多 文献 量大 2 报道快速及时 时差短 3 C A 索引体系完备 回溯性强 使用方便 随着网络信息时代到来 美国 化学文摘 也开始 出版网络版C A S c i F i n d e rS c h o l a r 数据库 4 o 目前 s c i F i n d c rs c h o l a r 数据库已经成为世界上最大的网络化学 文摘库和应用最广泛 最为重要的化学 化工及相关学 科的检索数据库 报道的内容几乎涉及了化学家感兴趣 的所有领域 其中除包括无机化学 有机化学 分析化 学 物理化学 高分子化学外 还包括冶金学 地球化 学 药物学 毒物学 环境化学 生物学以及物理学等 诸多学科领域 此外S c i F i n d e rS c h o l a r 除了包括C A 印刷 版的内容 还包括M E D L I N E 医学 C A S R E G I S w 化 学物质数据库 c A S R E A C T 化学反应数据库 等专业数 据库 访问S c i F i n d e rS c h o l a r 数据库不仅可以通过w e b 版直 接访问h t I p s s c i f i n d e r c a s o r g 进行检索 而且也可以安装 客户端进行查询检索 1 2D i s c o v e I y g a t e 数据库 D i s c o v e r y G a t e 是一个由S y m y M D L 公司研发的 基于w e b 网络的一种化学信息平刨5 1 由1 7 个化学数据 库 3 种合成参考文献 全文 和第三方化学数据库 如 专利数据库 组成 为所有有价值的化学数据库提供了 一个信息整合平台 D i s c o v e 啪a t c 对各类信息进行整合 索引并相互链接 使研究人员可以从一个单一的入口迅 速访问到化合物及其相关数据 权威参考著作等信息 目前已经可以查询超过1 3 0 0 万种化合物的结构以及 1 0 0 0 万个反应 2 亿条涵盖了合成反应 生物活性 代 谢 毒性 物理化学性质 如何购买和获得化合物 以 及原始文献和专利等相关的化学信息 该数据库包括了有机化学领域广泛使用的B e i l s t e i n 和G I n e l i n 两大数据库 这两个数据库是为当今世界上最 庞大和享有盛誉的化合物数值与事实数据库 B e i I s t e i l l 是最全面的有机化学数值与事实数据库 G m e l i n 是金属 有机和无机化学领域收录数据最广泛的数据库 该数据 库是两部化学手册 贝尔斯坦有机化学手册 B e i l s t e i n H 觚d b u c hd e rO r g 柚i s c h cc h e m i e 及盖墨林无机与有机金 收稿日期 2 0 1 1 1 1 2 2 修回日期 2 0 1 2 一0 2 1 3 基金项目 江西省科技支撑项目 2 0 l O B S A l 8 7 0 0 江西省教学改革研究项目 J G l l l l O 作者简介 胡昱 1 9 7 9 一 男 汉族 博士 副教授 主要从事手性化学与化学信息学研究 E m a i l h u n c u e d u c n 万方数据 7 6 4 计算机与应用化学2 0 1 2 2 9 6 属化学手册 G m e l i nH 粕d b o o ko fh l o 喀a I l i c 嬲d 0 r g a n o m e t a l l i cC h e m i s t r y 的网络版 而这两部工具书已 经有一百多年的出版历史 被誉为是化学 化工领域的 最重要的参考工具之一 检索这两类数据库也可以使用 客服端软件在C r o s s f i r e 平台进行访问 具体介绍参见 h t t p s V w w r e a y s c o m i n f o D i s c o v e r y G a t e 数据库平台使用可以方便的通过w e b 版进行检索 在其授权的I P 范围内 安装D i s c o v e q G a t e 外挂插件后即可登录其主页 h t t p s 眦d i s c o v e r y g a t e c o m 进行访问使用 1 3W e bO fS c i e n c e 1 9 9 7 底 应I n t e m e t 网络的迅猛发展和科研人员对学 术信息服务更高的要求 I S I I n S t i t u t ef o rS c i e m i f i c I n f o m a t i o n 推出了W e bo f S c i e n c e 网络平台 6 该数据 库是大型综合性 多学科 核心期刊引文索引数据库 包括三大引文数据库 科学引文索引 S c i e n c eC i t a t i o n I n d e x 简称S C I 社会科学引文索引 S o c i a lS c i e n c e s c i t a t i o nI n d e x 简称S S C I 和艺术与人文科学引文索引 A r t s H 啪a l l i t i e sC i t a t i o nI n d e x 简称A H C I 和 两个化学信息事实型数据库 C u r r e n tC h e m i c a lR e a c t i o n s 简称C C R 和I n d e xC h e m i c u s 简称I C I S lw e bo fS c i e n c e 是全球最大 覆盖学科最多的综合性学术信息资源 收 录了自然科学 工程技术 生物医学等各个研究领域最 具影响力的超过8 7 0 0 多种核心学术期刊 该数据库以I S I W e bo f K n o w l e d g e 作为检索平台 具有丰富而强大的检 索功能一普通检索 被引文献检索 化学结构检索 可以 方便快速地利用该数据库找到有价值的有机化学相关领 域的科研信息 全面了解有关有机化学某个领域或具体 相关课题的研究信息 W e bo f S c i e n c e 还具有强大的分析功能 能从中了解 到相关课题的核心研究机构和人员 课题的起源和发展 趋势 本课题相关的国际国内论文的投稿方向 课题涉 及到的相关和交叉学科等信息 同时该库对文献还具有 严格的评价功能 因此对于有机化学学科领域的文献科 学价值评价具有指导作用和参考价值 其网络地址为 h t 币 v w w i s i w e b o f k n o w l e d g e c o m 1 4C h e m w e b 专业网络数据库多数需要授权后或在指定的I P 范围 内才能进行使用 这对国内多数化学工作者来说不太容 易实现 因此 C h e m w e b 为代表网络免费专业数据库也 是有机化学领域网络专业数据库的重要组成部分 h t t D 伽w w r c h e m w e b c o m 建于1 9 9 7 年4 月 是目前世 界上最大的化学在线社区 它集合了化学研究 化学工 业以及相关学科的大量资源 形成了别具一格的特色 该网站提供可免费的专业检索数据库 通过免费注册可 检索到1 9 8 0 年以后来自E l s e v i e r s 研n g e r 等不同出版商的 5 0 0 多种期刊的目次文摘和包括B e i l s t e i nA b s 订 t s 为代表 的1 8 个数据库的摘要 该网站检索途径包括简单检索 快速导航和高级检 索三种 简单易用 通过输入相应检索词 标题 主题词 作者 关键词等 或通过下拉式菜单 就可以直接检索得 到所需的内容 同时 该网站中不仅提供期刊数据库检 索 还有提供化学及相关学科的最新进展和新闻以及工 具等信息 2三次文献 三次文献是选用大量有关的文献 经过进行广泛深 入的分析研究综合概括而编写出来的文献 它通常是围 绕某个专题 利用二次文献检索搜集大量相关文献 对 其内容进行深度加工而成 三次文献是在合理利用二次 文献的基础上 对一次文献的内容进行广泛深入的分析 综合而得到的文献形式 三次文献是对一次文献的高度 概括和浓缩 是重新排列的情报信息 其综合性和实用 性强 知识范围广 对人们充分利用一切知识财富具有 极为重要的意义 网络上的有机化学三次文献多为以下 两种 综述 专题述评 进展报告等单篇文献和化学类 网络百科全书 网络有机化合物数据手册 网络化合物 活性数据库 7 等网络类工具书资源 2 l 单篇综述性文献 这些文献是有机化学相关领域中的专家结合自已的 研究特长对现有成果加以评论 综述并预测其发展趋势 的文献 具有较高的实用价值 在前面一次文献中介绍 多数网站中就有专门的化学类综述和进展文献 如美国 化学学会 h t t p p u b s a c s o r g 的 C h e m i c a lR e v i e w s 和 A c c o l l l l t so fC h e m i c a lR e s e a r c h 英国皇家化学学 会 h t t p n 7 l r r s c o r 的 C h e m i c a lS o c i e 够R i e w s E l s e v i e rS c i e n c e 出版社 h t t p bn 1 w s c i e n c e d i r e c t c o m 的 C o o r d i n a t i o nC h e m i s 仃yR e v i e w s 等 这类综述性文献 可以充分利用反映有机化学相关领域研究动态 能让读 者在短时间内了解其研究历史 发展动态 水平等 因 此在多数期刊中还都设有综述类栏目 例如 在一次文 献中介绍的 A n g e w 趾d t eC h c m i eI n t e m a t i o n a lE d i t i o ni n E n g l i s h 中就有r e v i e w s 和h i g h l i 曲t 这类综述性栏目 这 部分文献和一次文献的网络资源有较大的重复 这里就 不再一一介绍了 2 2 网络工具书 有机化学网络工具书资源是化学工作者日常接触最 多的一类文献 如化合物的性质 分子式 C A S 登记号 等等都是日常科研工作中不可缺少的信息 在当今的信 息时代中 网络给与了人们获取信息的诸多便利 人们 能方便的通过g o 0 9 1 e 百度等通用搜索引擎和专业的化工 引擎 h t t p m r w c h c m y q c o I l l 等 8 找到所需要的化学 信息 而利用网络工具书则是一种更加系统的获取信息 的手段 美国化学文摘服务社 C A S 推出的S c i F i n d e rS c h 0 1 a r 数据库 9 1 h t l p s s c i f i n d e r c a s o r g 和E l s e v i e r 公司的化学信 万方数据 2 0 1 2 2 9 6 胡昱 等 基于网络的有机化学文献简介一网络检索平台和综述性文献 7 6 5 息平台D i s c o v e r y G a t e 卸 h t t p s w d i s c o v e r y g a t e c o m 不仅是化学领域中的使用最频繁的二次文献 而且也是 具有强大数据资源的化学三次文献 在其中能检索到化 合物的性质 C A S 号 物质性质 甚至某类试剂供应商 的信息等等 因此它们综合了二次文献和三次文献的功 能 给与使用者最大的便利 唯一缺憾的是 这种网络 资源只能在授权的方式下进行使用 但网络中还存在众 多的化学信息网站 从中也能方便的查询到所需要的化 学资料 下面就具体介绍几类涉及有机化学领域使用较 为广泛的工具书类网络资源 2 2 1 人名反应手册 化学家们在有机化学发展历史上发现了难以计数的 各类化学反应 其中包括了相当数量的有机反应是以一 个或几个科学家的姓名来归类和予以命名的 有机人名 反应可以说是有机化学的一大特色 也占有有机反应的 核心地位 同时这些人名反应的机理也体现了有机化学 反应的精髓 理解这些机理更可大大增强我们解决复杂 化学问题的能力 因此有机化学人名反应是有机化学文 献库中的重要的三次文献 网络上关于人名反应的资源比较多 而且建立手册 式网络数据库 便于读者方便阅读和查找相关人名反应 国内外做的较好的几个介绍人名反应的网站如 有机化 学门户网站 h t t p 狲 l o r g 锄i c c h e m i s n y o r n 锄e d r e a c t i o n 们和厦门大学化学化工学院制作的有机人名反应 9 回站 1 l t I p c h e m l I m e d u c 矾e a c h 蜘1 1 o n r c o n t e I l t s h t I l l l 等 这些网站都系统的对列举的每个人名反应细节和机 理进行描述 部分网站还列举例子和文献来描述该类反 应 2 2 2 有机化学中间体及化学物质介绍 有机化学反应需要接触到大量的化学物质 这些物 质的性质 C A S 登记号 化学名称和别名 分子式 化 学结构等信息都是有机化学科学工作者需要了解的 最 近 美国化学文摘社推出了免费网络资源 C o m m o nC h e I l l i s t r y网盘与L 1 u 1 h t t p n n l c o n n o n c h e m i s 缸y 0 r g 该网站包含约7 8 0 0 种应用广泛的化学物质以 及元素周期表上所有元素 1 1 8 种 除部分元素外 网 站收集的其他物质都较常见 例如咖啡因 过氧化苯甲 酰 治疗痤疮 氯化钠 食盐 等 公众可以根据C A S 登记号或化学名称在这个网站上搜索并确认该物质的 C A S 号 化学名称 分子结构 物理性质等详细信息 这些资源将使公众更为便捷的查找 了解化学物质的信 息 尤其是受关注的化学物质信息 国内也在不断地发展和提供有机化学网络专业信息 服务平台 上海化学化工数据中心数据库群 1 1 1 h 郇 c h e m d b s g s t c 1 1 s s d b 就是建立于上海研发公共服务平台 上 服务于化学化工研究和开发的综合性信息系统 在 这个数据库中可以查询到有机化合物有关的命名 结构 基本性质 毒性 谱学 鉴定方法 专利 生物活性 化学反应 医药农药应用 天然产物 相关文献和市场 供应 以及精细化学品 农用化学品和工程塑料等信息 了解化学物质的性质 也可以利用化学试剂供应商 建立的网络试剂目录 如A 1 赫c h A c r o s S i g m a F u u a 等知名代理商网站上都能方便的调取商品化的化学试剂 和药品的基本性质 C A S 编号 物质安全数据 M S D S 等等信息 国内上海国药基团建立的中国试剂网 h t l p n l 啊 r e a g e n t c o m c n 上也提供了部分免费的化 学物质信息 2 2 3 有机化合物光谱和结构数据 有机化合物的测试谱图数据是验证有机化合物的重 要技术手段 因此这方面资料也被认为是重要的专业文 献 W i l e y 公司的S p e c I n f o 数据库 1 2 提供了一个可以方便 地在世界几大相关数据库中检索质谱 M S 核磁共振 N M R 红外 双 和近红外光谱的平台 从而获得 化合物名称 分子式 分子量 有关文献 溶剂 标准 测量条件等方面的信息 该数据库收集了约6 6 0 多万个光 谱数据 是全世界最大 最完整的光谱数据库 同时在 其核磁数据库中 实现相应的1 3 C 和1 H 之间的化学转换 为验证所合成化合物的光谱预测奠定了基础 并且因为 拥有的谱图数据不断增长 这种网络数据库预测结果的 可靠性得到了极大的改善 具体信息和功能参见 h t t p 厂 v i n t e r s c i e n c e w i l e y c o m 上的S p e c I n f oo nm c I n t e m e t N M R I R M S 部分 剑桥结构数据库是剑桥晶体结构数据中心 1 副 h t t p n l 啊 c c d c c 眦 a c u k 建立的有机物和金属有机 物结构数据库 目前拥有的有机物和金属有机物晶体结 构信息已经超过2 3 万条 其中信息包括作者 完整的参 考文献 以及晶胞的尺寸和空间排列方式 还有分子的 常规化学示图和生成分子的3 D 图像等 上述2 个数据库是收集相关谱图信息最齐全的 但都 需要进行用户认定后才能使用 而美国标准局N I S T 1 4 1 在 其网站 h t t p w e b b o o k n i s t g o v c h e m i s 仃y 提供了免费的 化学W 曲B o o k 数据库 在上面能够查询到1 万6 千多个化 合物的红外光谱 1 6 0 0 个化合物的紫外可见光谱以及 5 0 0 0 个化合物的电子振动光谱 同时该数据库中还提供 了超过7 0 0 0 个有机和无机化合物以及8 0 0 0 多个化学反应 的热化学数据 1 6 0 0 0 化合物的离子能和7 4 个液体的热物 性数据 日本A J s T 产业技术研究所网站L l 副 1 l 郇 佩o d b i b a s e a i s t 瘩o j p 也免费提供有机化学领域中相关信息 其 中有机化合物波谱数据库提供了常见有机化合物的相关 谱图 N M R E I M S E S R 和F T 瓜 约收集了3 3 5 0 0 个 化合物的谱图数据 并还在不断进行升级和扩充 2 3 维基百科网络资源 维基百科 1 6 h t t p z 1 1 w i l i p e d i a o r g 是一个多语言 内容开放的网络百科全书计划 维基百科 可理解为互 万方数据 7 6 6 计算机与应用化学2 0 1 2 2 9 6 联网中装载人类基础知识的百科全书 在维基百科的条 目内有许多链接 可引导使用者前往有关的页面 并获 得更进一步的信息 在该网络资源中 包括了有机化学 等众多学科领域的资源 在有机化学方面 收集了元素 有机化学 官能团 有机化合物 有机化学试剂 有机 反应 物理化学和立体化学等方面的知识 读者能方便 的通过搜索和链接找到需要的信息 因此该网站是目前 网络上资料收集最齐全的百科类网络资源 也是有机化 学领域网络资源中较好的科普网站 当今互联网上的化学信息资源极其丰富 而且随时 都在更新和发展 如果充分了解和使用这些有机化学网 络文献 将会给我们在科研和学习方面带来非常可观的 便利 通过我们对网络中的有机化学检索平台和综述性 文献等所进行的详细介绍 有机化学工作者们可以尽快 了解和掌握在网络中检索和查询有机化学文献的方法和 手段 同时能够充分利用网络资源 快速 高效地获取 专业文献信息 R e f b r e n c e s h t l p s s c i f i n d c r c 船 o r g h t l p s v w w d i s c o V e r y g a t e c o m 6h t t D 删 i s i b o f k n o w l e d g e c o m 7 W 如2K a i Y 抽A i i a 如缸9 d u c 吐 o fs e v e r a lp l l b l i cd 田l 切b 鹕e s f o rc h e m i c a l t i v i 竹o nt h eI n t c m e t C o 加m I t c 墙觚dA p p l i e d C h e m i s 仃y 2 0 1 0 2 7 1 2 1 6 2 9 一1 6 3 2 8L uE r h l l i C h e m i c a la n dD h a 珊a c e u t i c a li n f o 瑚a t i r e s o u r c e s r c 砸e v a l I n t e m e t C h e m i c a lW b r l d 2 0 0 7 4 8 8 5 l O 5 1 2 3 9 h t t p s s c i f i n d e r c a s o 理 1 0h n p w w w c o m m o n c h 删曲哆 o r g 1 l h t l p c h c I n d b s g s t c n s s d b 1 2 h t I p w w i n t e 塔c i c e w i l e y c o m 1 3h t I p w w w c c d c c 锄 a c 1 l k 1 4 h t I p e b b o o k n i s t g o v c h e 商s t r y 1 5 h t t p f i o d b I i b 鹤e a i s t g o j p 1 6 h 卸 z h w i k i p e d i a o r g 中文参考文献 l 2 3 1 R u y i C a oz u O g a n g L iM e 油n g L L i w 吼 T h ec h 咖i c a l 7 i n f 0 珈噙t i 他s O u r c e s t l 地W W Ws v s t e m C h e m i c a l R e s e a r c h e s 2 0 0 3 1 4 3 7 7 8 0 2M i uo i 髓 m 昀d u c t i t 0c h 锄i c a li n f o I m a t i c s B e i j i n g H i g h e r8 E d u c a t i P m s s 2 0 0 1 3L iJ i a x u 柚 Y a nA i x i a b 1 仃o d u c t i o fs e v e l a lc h e m i c a l d 撕b 髂e so nI m 啪e t C h 锄i c a lW b d d 2 0 0 7 4 8 5 3 1 2 3 1 3 李汝奕 李丽 曹作刚 李美蓉 罗立文 全球信息网w w w 上 的化学资源 J 化学研究 2 0 0 3 1 4 3 7 7 8 0 缪强 化学信息学导论 M 北京 高等教育出版社 2 0 0 1 李嘉轩 阎爱侠 常用化学化工互联网数据库简介阴 化学世 界 2 0 0 7 4 8 5 3 1 2 3 1 3 王凯 阎爱侠 基于因特网的常用化合物活性数据库简介川 计算机与应用化学 2 0 l O 2 7 1 2 1 6 2 9 1 6 3 2 卢娥辉 I n t e m e t 上化学与药学信息资源的检索 J 化学世界 2 0 0 7 4 8 8 5 1 0 5 1 2 I I r i e fi n t r o d u c t i o nt oO r g a n i cc h e m i s t r yd O c u m e n to nI n t e r n e t i n t e r n e tr e s e a r c hs t a g ea n d r e V i e w i n gd o c u m e n t H uY u l 2 Y uZ h u o e r l 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