Genepop,Phylip,fstat,bottleneck等群体遗传学分析软件的使用.pdf

农业网络信息 年第 期交流园地 收稿日期 1 3 34AA CDD3E1 FAB14G2343AB8 GH9B42A14G3IFD 5 B G AJ 从 年发布至今已有超过 G 万名注册用户 成为发布最广泛的系统发育软件包 程序可在KB4 I1H L1 M98B4A1 B4FN平台下运行 最新 版本为E B94 9B aT1 323 16 R4BJ9 S8B3483 94I 38 41 125 S 94NB R27B8F AF79 V BE37B49b 78 0 30 3为多树比对程序 它可对一系列同性质 的树文件进行比较 得出综合情况 找出合一树 合一 树按构建的法则分为两类 即严格合一法 它规定得 出的合一树的某一树枝应在所有的树中都出现91 53LG 6 10G3L6G 6 303 10 L3WGV 5 还可以输入电子邮箱地址 系统会将结果发 送到指定地址 CDED4F4没有自带的文本编辑器 它的数据输入 文件为纯文本文件 数据文件要与CDED4F4存于同一 子目录下 所有的输出文件均可在文字处理程序中进 行查看和编辑 运行程序前先将等位基因用B位或H 位数字编号 建立数据文件 运行CDED4F4后即可选 择各选项进行检验 建立数据文件时需注意几点 可以把几个位点 的名称写在同一行内 中间用逗号隔开 但最后一个位 点名称后没有标点符号 57进行再抽样 估计 格式转化为 AN OO PPP Q95 RR 5 2 6 O S EA9 95 M TM NOOPT 9Q H 3I 5 HI 2IO7 5 9 O 5H M QR LLD W0X刘俊娥 乔传令 侯 鑫 一个实用的群体遗传学分析软件 包 A 95 25H 9P 252Rb 96 P9 69 H 3 57 3 5 9 IR2 95 T9 R 5 34 6 9Q 2R R R 6 cI 53b H2 2 5 3 G d GDDN LLG LGD 0效益分析 G 社会效益 可以提高人们对玉米秸秆饲草贮备 加工技术的认识 解决发展畜牧业的后顾之忧 增强农 民调整种植业结构的自觉性 开拓饲草加工的新途径 经济效益 采用玉米秸秆饲草贮备加工技术 可实现机手 农民和养殖户三赢 这是由于并通过对比多个不同人群的软件计算结果 分析各参数的影响因素 软件分析结果表明 540名广东潮汕地区无关个体的15个STR位点符 合HWE和连锁平衡 不同来源的人群 性别对于汉族人群STR等位基因频率分布有明显影响 样本量 试剂盒 性别 年龄段对于HWE检验的影响不明确 主要是通过 不同的抽样样本间接影响 性别 试剂盒 年龄 人群来源和样本量大小不影响多态性指标的计算和连锁平衡检验 3 学位论文 何艳 STR基因座群体遗传学的研究及数据分析软件的开发与应用 2006 目的 研究D15S659和D9S925基因座的群体遗传学和等位基因序列特征 积累群体遗传学数据 探讨其法医学应用价值 为法医遗传学提供新的候选遗传标记 方法 以109名华东地区汉族无血缘关系个体的静脉血为研究样本 用Chelex法提取DNA 对D15S659和D9S925基因座进行PCR扩增 非变性聚丙烯酰胺凝胶连续 缓冲系统垂直电泳进行分型 利用Modified Powerstats标准版软件对分型结果进行统计分析 获得各基因座的等位基因频率 基因型计数及法医群体遗传学数据 结果 D15S659和D9S925基因座在华东汉族群体中等位基因数分别为8和6 杂合度分别为0 826和0 798 个人识别率分别为0 944和0 894 非父排除率分别为 0 648和0 596 结论 在我国华东地区汉族人群中 D15S659和D9S925基因座等位基因频率分布较好 提供的多态信息量大 具有较高的非父排除率和个人识别能力 适合于 法医学应用 是群体遗传学研究和法科学应用较理想的候选STR基因座 4 学位论文 蔡望伟 中国南方人群 地中海贫血CD41 42 CTTT 突变的起源与扩散的群体遗传学研究 2008 背景与目的 地中海贫血 thalassemia 简称 地海 是全球最常见 对人类健康危害最大的单基因遗传病之一 其分子遗传学基础是由于 珠蛋白基因缺陷 导 致血红蛋白分子中 珠蛋白肽链的合成减少或缺如 从而引起血红蛋白的 珠蛋白肽链比例失衡 进而导致血红蛋白不稳定 红细胞破坏而产生以溶血性贫 血为主的症状群 在临床上表现为轻重不等的慢性进行性溶血性贫血 地贫是我国长江以南各省区人群中发生率最高 危害最为严重的遗传病之一 其中尤以 广西 广东 海南等地发生率为甚 广西和广东人群携带率分别为4 8 6 78 和2 54 3 36 海南人群的携带率估计约为2 7 而海南黎族人群高达 8 11 6 流行病学 遗传学和体外实验研究结果表明 人类 珠蛋白基因是受疟疾选择作用最明显的基因之一 流行病学研究结果显示 珠蛋白基因常见的变异 HbS 6Glu Val HbC Glu Lys 和HbE 26Glu Lys 以及 地贫主要分布在非洲 地中海地区 中东 东南亚和中国南方等热带 亚热带地区 与疟疾的 流行区域基本一致 细胞学和流行病学研究发现 血红蛋白病HbS HbC HbE以及 地贫的个体和红细胞均具有抵抗疟原虫感染和降低恶性疟严重程度的作用 最近对 珠蛋白基因簇单核苷酸多态性的连锁不平衡及单体型的分析发现 HbS HbC和HbE的发生可能是人类进化史上近5000年内独立发生的事件 提示人类 珠蛋白基因变异与疟疾选择作用密切相关 由于疟疾流行区人群中杂合子优势具有保护人类免患疟疾或减缓恶性疟严重程度的作用 因此 这些具有选择优势 的基因在疟疾发生地人群中的高频率有利于人类抵抗疟疾感染而得以生存和繁衍 地贫的基因突变具有高度的异质性 不同种族人群拥有自己一组独特的 地贫基因突变谱 表现为明显的地域性或群体特异性 到目前为止 在我国南 方人群中至少已发现36种 地贫突变类型 其中 常见的突变基因主要有8种 包括CD41 42 CTTT IVS 2 654C T CD71 72 A CD17A T 28A G CD26G A HbE 29A G和CD43G T突变 分布在我国东南和西南等南方地区的人群中 值得注意的是 我国人群的 地贫基因突变类型中 C041 42 CTTT 缺 失是一种最常见和分布最广泛的突变 在我国南方各省人群中 该突变约占地贫突变的40 而黎族人中 地贫基因突变几乎全为C041 42 CTTT 突变 我们最 近的研究说明基因转换 geneconversion 可能是人群中CD41 42 CTTT 突变扩散的主要分子机制 对于特定人群来说 常见和广泛分布的突变往往与其历史和种 群变迁相关 因此 可以通过遗传病突变来追朔其建立者或祖先 进而阐述人群起源和进化史 这也是目前国际上分子进化研究的前沿课题 壮族是我国人口最多的少数民族 主要聚居在广西壮族自治区的南部和中西部地区 源于古代百越的一支 璐越和瓯越 是我国历史上民族的主体很少迁徙的 民族之一 黎族被认为是海南的土著民族 其先民也源于骆越 在海南岛至少有3000年以上的历史 与我国南方属汉藏语系的操壮侗语族诸语言的壮族 侗族 水族 傣族 布依族等民族有密切的渊源关系 尽管 珠蛋白基因CD41 42 CTTT 突变是包括壮族和黎族人群在内的我国南方地区人群中最常见的 地贫突变 但是 该突变何时出现 在黎族人群迁徙至海南前出现还是迁徙至海南后出现 在起源上 黎族 壮族和汉族人群的CD41 42 CTTT 之间有何关系 是否与疟疾选 择作用存在相关性 黎族人群为什么有如此高的携带率 到目前为止尚未有确切的分子遗传学依据 本研究根据壮族和黎族密切的历史渊源关系以及黎族在海南有 史可证的时代背景 选择在广西和海南当地人群中CD41 42 CTTT 这一最常见的 地贫突变为对象 通过群体遗传学分析来阐述中国南方人群中这一具有选择优 势的致病突变的起源与扩散 并企图解释人群自然选择的分子进化机制 材料与方法 1 实验设计和样品 在海南岛采集2291例黎族人随机样品 在广西地区采集1627例壮族人随机样品 用于当地人群的 地贫基因频率调查 以随机数方式分 别从上述海南2291例黎族人和广西1627例壮族人中选出201例黎族人和354例壮族人样品 并分别采集海南岛黎族人居住地的200例汉族人随机样品和广西地区壮族 人居住地的262例汉族人样品 用于中国南方人群 地贫CD41 42 CTTT 突变的分子进化研究 血液学参数和血红蛋白A2定量用于筛查样品中的 地贫携带者 DNA诊断技术用于进行 地贫携带者突变的分子诊断 经突变分析确诊 并在上述二地的四组样品中排除了其他类型的 地贫突变样品后 核准用于群体遗传 学分析的样品合计907例 分别为 海南黎族人201例 海南汉族人200例 广西壮族人280例和广西汉族人226例 此外 我们还采集了8例 地贫CD41 42 CTTT 纯合子患者样品用于本研究 分别为海南黎族人1例 海南汉族人3例 广西汉族人2例和广东汉族人2例 2 方法 用盐析法或磁珠法提取外周血白细胞DNA 用全血细胞计数 FBC 和HbA2含量测定筛查 地贫携带者 用等位基因特异PCR和反向点杂交诊断41 42 CTTT 突变 用PCR扩增 珠蛋白全长基因及其周围序列 3 5kb片段 用双向核苷酸序列测定分析 珠蛋白基因的单核苷酸多态性 SNPs 用基因记数方法计算 出各个位点的基因型频率和等位基因频率 用x2检验进行基因型Hardy Weinberg平衡吻合度和各人群的SNP等位基因频率比较 用Fisher s确切概率法检测各个人 群之间的各种CD41 42 CTTT 单倍型的频率有无统计学差异 计算各个人群的单核苷酸多态性杂合度 用方差分析比较各个人群单核苷酸多态性杂合度的差异 并计算人群的分化指数 分析各个人群之间 珠蛋白基因遗传结构的分化情况 用Phase2 1 1软件进行单倍型分析 用x2检验进行各个人群单倍型频率的比较 用DnaSP4 10进行FourGamete分析 进行 珠蛋白基因中重组事件以及发生位置的评估 用Alequin3 01软件计算各个位点之间的两两相对连锁不平衡系数 D 值 两两相对连锁不平衡相关系数r2值 各个人群 珠蛋白基因的核苷酸分离位点数 值和任意两序列之间核苷酸差异的平均数 值 并计算Tajima sD值 进行分析对象的中性检验 评估SNP之间的两两不平衡关系及与选择作用的关系 用Net Work4 1 1 2软件构建样品的单倍型系统树 观察各种单倍型之间的演变 关系 参考相关史料来解释和讨论基因突变及其人群起源和进化历史 结果与讨论 在海南岛黎族人群随机大样品调查得出的 地贫CD41 42 CTTT 突变携带率为8 16 未发现其它突变 随机抽取的201例黎族人CD41 42 CTTT 突变的携带 率为10 45 抽样样本和人群的CD41 42 CTTT 突变携带率结果之间没有统计学差异 P 0 05 根据血液学参数和HbA2含量 在1624份广西壮族随机大样品中调 查得出 地贫突变携带率为6 64 在随机抽取的354份壮族样品和262例汉族样品中 CD41 42 CTTT 突变携带率的结果分别为3 39 和3 05 在剔除其它 地贫突变后 最终入选的280例壮族样品和226例汉族样品中CD41 42 CTTT 突变携带率的结果分别为3 92 和3 54 两组壮族样本或两组汉族样本之间CD41 42 CTTT 突变携带率没有统计学差异 P 0 05 结论 1 根据人群单倍型的特点 LD类型 FourGamete结果以及重组和突变或缺失发生的机率 结合黎族人群与壮族人群的起源和分化的时间以及黎族迁徙史 我 们推测中国人群的CD41 42 CTTT 突变可能是单一起源 发生在黎族和壮族人群分化之前 至少已有3000的历史 CD41 42 CTTT 缺失突变单倍型HP20可能是最 早出现的单倍型 然后在人群传播过程中 通过基因转换的方式产生HP47 2 连锁不平衡和遗传多样性分析结果表明海南汉族 海南黎族 广西汉族和广西壮族人群的 珠蛋白基因在进化过程中受到平衡选择的作用 可能与疟疾选 择作用相关 疟疾选择作用可能是造成我国南方地区人群 地贫携带率高于北方人群的重要原因之一 3 建立者效应可能是黎族人群CD41 42 CTTT 突变携带率增高的重要原因 遗传漂变可能是导致海南汉族 广西汉族和广西壮族人群CD41 42 CTTT 突变携 带率低于黎族人群的原因之一 4 人群迁徙也是影响海南汉族 广西汉族和广西壮族人群CD41 42 CTTT 突变分布的因素之一 广西汉族人群和广西壮族人群之间的CD41 42 CTTT 突变可 能是由于两个民族之间基因交流的结果 而海南汉族人群的CD41 42 CTTT 突变是随着汉族迁入海南带入汉族群体 汉族人群与黎族人群之间基因交流的贡献可 能较小 5 四个人群的 珠蛋白基因的遗传结构非常相似 没有发生分化 5 期刊论文 高婧 潘沈元 曹静 GAO Jing PAN Shen Yuan CAO Jing 群体遗传学教学与研究辅助软件的设计与应用 遗传 2008 30 5 为群体遗传学教学与研究的需要 采用Visual Basic6 0开发设计了群体遗传学教学与研究辅助软件 软件设计综合考虑了影响群体结构各方面因素 通过各种 条件参数的设置 理论推算 计算机模拟和显示状态的选择 以图 表的方式精确 形象直观地输出群体基因频率和基因型频率在世代间的变化 分布规律和统计 特征 该软件无论从功能上 还是从操作 界面上都是目前较为完善的教学与研究辅助软件 6 期刊论文 张庆忠 陆玉炯 宋国琴 赵磊 余跃生 贵州苗族 水族7对性状的调查 现代预防医学2009 36 6 目的 探讨贵州苗族 水族群体遗传学性状出现率分布特征 方法 采用群体遗传学公认的方法 调查了苗族 水族913人 男443人 女470人 7对性状 用 SPSS13 0软件进行统计学处理 结果 贵州苗族睫毛 眼裂方向 拇指类型 中指毛 鼻尖 环食指长和小指弯曲7项群体遗传学性状出现率分别为81 25 15 18 39 06 56 25 5 58 17 41 和93 08 水族则分别为86 67 10 75 47 74 65 38 3 23 19 14 和95 27 结论 贵州苗族和水族群体问睫 毛 眼裂方向出现率差异有统计学意义 P 0 05 拇指类型 中指毛差异有统计学意义 P 0 01 鼻尖 环食指长 小指弯曲出现率差异无统计学意义 P 0 05 7对性状间有一定的相关性 7 期刊论文 蔡颖 周霓 许业莉 相大鹏 苏建晖 张林田 CAI Ying ZHOU Ni XU Ye Li XIANG Da Peng SU Jiang Hui ZHANG Lin Tian 用VBA语言开发群体遗传学统计分析软件 法医学杂志2006 22 6 目的 开发适用于短串联重复序列 STR 基因座群体遗传学统计分析的软件 促进和加快STR基因座群体遗传学基础研究 方法 选用简单易用的Microsoft VBA for Excel语言 利用宏功能 开发STR基因座群体遗传学统计分析软件 结果 开发建立了基于VBA语言的 群体遗传学分析易 软件 能进行STR基因座群体遗传学分析 结论 开发的基于VBA语言的 群体遗传学分析易 软件 具有计算统计功能完善 输入格式兼容性好 使用方便 输出格式清晰易懂的特点 可在国内外STR基因座 群体遗传学研究领域推广应用 8 学位论文 孙伟 中亚以东南不同生态型绵羊品种群体遗传学的研究 2006 一 中亚以东南地域固有绵羊品种遗传多样性及亲缘系统的研究以我国地方绵羊品种 滩羊 小尾寒羊 湖羊 同羊和洼地绵羊作为研究对象 采用多种群 体遗传学分析思想探讨中亚以东南地域固有绵羊品种的遗传多样性及亲缘系统 结果表明 1 经典聚类分析 主成份分析 STRUCTURE软件动态分类 遗传贴近度分析以及F统计量分析 2 主成份分析表明前8个主成份的累积贡献率达86 186 其中前3个主成份累积贡献率达50 172 第一 二 三主成份分别解释总变异的23 3454 14 4035 12 4235 主成份分析的2D和3D散点图基本反映群体间的遗传分化关系和亲缘系统构成 主成份解释总变异的比例越大 越能准确地反映群体间的 关系 3 利用适于多位点数据推断群体遗传结构的STRUCTURE软件得到的假定分类数为2类或3类是比较合适的 与聚类分析结果基本相同 而且更能揭示群体间的 真实关系 4 F统计量分析支持将中亚以东南固有绵羊群体划分为 蒙古羊系统 藏羊系统 和 南亚 东南亚羊系统 三大亲缘系统间遗传差异较大 在所有座 位 蒙古羊系统 群体间遗传分化系数最小 在共显性座位上 藏羊系统 的遗传分化系数最高 在显隐性座位上 南亚 东南亚羊系统 群体间遗传分化系数最 大 5 首次尝试选择 已知群体集团 中亲缘关系最先聚为一类的 即育成历史最长的 群体或组合群体视为单一始祖群或合并始祖群用于遗传贴近度分析 应用 这种分析思路对于待判群体的血统归属判断结果与聚类分析完全一致 而且更能发现群体间的真实关系 6 经典聚类分析 主成份分析 STRUCTURE软件动态分类 遗传贴近度分析均支持本研究所涉及的绵羊品种归属于 蒙古羊系统 二 本研究以分布于中亚以东南地域不同生态环境的15个固有绵羊群体的结构基因座位和生态指标研究对象 采用简单相关和典范相关分析以及最小二乘法 探讨影响等位基因频率分布的生态因子 结果表明 1 8个共显性座位等位基因频率在15个不同生态环境绵羊群体上等位基因频率均存在极显著的差异 P 0 01 不同生态环境对品种分化产生重要影响 2 就共显性座位而言 除湖羊Tf 滩羊MDH 洼地羊MDH3个座位于处于95 置信区间之外 其余各群体各座位属于中立性位点 就显隐性座位而言除同羊 Ary Es和Lap 小尾寒羊Ary Es 缅甸绵羊Ke 乌兰巴托绵羊Lap 哈拉和林绵羊Lap位于95 置信区间之外 基余各群体各座位均属中立性 3 就全部座位而言 全部15个群体的平均基因流值均低于 蒙古羊系统 藏羊系统 和 南亚 东南亚羊系统 的平均基因流值 即系统内基因流值高 于系统间的基因流值 4 不同生态环境绵羊群体平均杂合度与生态指标的相关分析表明 平均杂合度与海拔和年最低气温存在显著负相关 0 01 P 0 05 与年温差存在极显著 的正相关 P 0 01 这说明生态特征对群体平均杂合度有重要影响 5 等位基因 遗传性状 与生态指标间第一典范相关系数为0 998102 达到极显著水平 P 0 01 其余典范相关系数均未达到显著水平 P 0 05 其中 第一典范相关系数可以解释两组性状间全部相关信息的92 71 6 在将中亚以东南不同生态环境下的15个固有绵羊品归结到5个生态系统 3个亲源系统的基础上 利用最小二乘法分析不同亲缘系统 不同生态系统对各个 座位基因频率的效应估计值 结果不同亲缘系统 不同生态系统对各等位基因的频率有着重要影响 升高或降低的趋势因座位而异 三 本研究以我国主要地方绵羊品种湖羊 同羊 小尾寒羊 滩羊和洼地绵羊为研究对象 以近缘物种山羊作为对照群体 检测14个多型结构基因座和7个微 卫星位点的基因频率分布 进行比较分析 结果表明 1 微卫星各位点的杂合度 多态信息含量 有效等位基因数均高于结构基因座的相应指标 微卫星标记揭示的群体变异水平较高 微卫星位点基因频率资料 计算的全部位点基因分化系数低于结构基因座的相应指标 微卫星位点基因频率资料计算群体各位点平均基因流值高于结构基因座的相应指标 2 利用结构基因座和微卫星标记揭示的群体遗传平衡状态不尽相同 就结构基因座而言 湖羊 同羊和滩羊群体处于Hardy Weinberg极不平衡状态 P 0 01 对照群体长江三角白山羊 小尾寒羊和洼地羊处于Hardy Weinberg平衡状态 就微卫星标记而言 湖羊和山羊处于Hardy Weinberg极不平衡状态 P 0 01 而其余群体包括同羊 小尾寒羊 滩羊和洼地绵羊却处于Hardy Weinberg平衡 P 0 05 3 结构基因座资料的3个遗传变异指标杂合度 多型信息含量和有效等位基因数的方差分析表明 无论是种间还是品种间均不存在显著差异 P 0 05 而微 卫星标记资料的3个遗传变异指标的方差分析中 不同群体间杂合度 多型信息含量均不存在显著差异 P 0 05 但是有效等位基因数遗传变异指标在山羊 滩 羊 湖羊 同羊和洼地羊相互之间以及洼地羊与小尾寒羊之间差异不显著 P 0 05 前4个群体与后2个群体之间差异显著 0 01 P 0 05 4 结构基因座的中立性测验结果表明 在8个共显性座位上 在各群体中除了湖羊的Tf和MDH 山羊的MDH 小尾寒羊的Hb 滩羊的MDH 洼地羊的Hb 和 MDH座位位于95 置信区间外 其余各群体的各座位均属于中立性 在6个显隐性座位上 各群体的各座位中除了同羊的Lap和Xp座位以及小尾寒羊的X p座位外 其余各群体各座位均属中立性 5 基于微卫星标记的群体间标准遗传距离高于结构基因座的相应值 结构基因座和微卫星位点的基因频率聚类分析揭示的群体间关系不完全一致 6 结构基因座层次的距离隔离分析的回归方程的拟合度R2 0 085 微卫星标记的R2 0 095 说明就本研究5个绵羊群体而言 无论是结构基因座层次的资料 还是微卫星标记层次的资料 5个绵羊群体的遗传结构不满足距离隔离模式 5个绵羊群体间遗传分化关系的远近与其地理分布并未表现出紧密的线性相关 四 本研究以我国主要地方绵羊品种湖羊 同羊 小尾寒羊 滩羊和洼地绵羊为研究对象 以近缘山羊作为对照群体 选择多态程度不同的9个结构基因座 探讨用于遗传共适应分析的合适组合座位模型 指出经典的中性基因遗传不平衡原理分析的思路不完善 为遗传共适应理论增添关于物种内部品种间或与其近 缘物种间遗传共适应特性进化机制的差异性比较的研究内容 亦为目前关于遗传共适应性模型的计算提供实验数据的证实 结果表明 1 在所有显隐性 显隐性组合共计10个组合中未发现两座位处于遗传不平衡状态 显隐性 显隐性模型不适合用于遗传共适应的分析 在共显性 显隐性模型 的21个组合中发现13个组合座位 在共显性 共显性模型中所有组合座位 在6个绵 山羊群体中或多或少处于遗传不平衡状态 这两个模型可用于遗传共适应的 分析 2 一般的组合座位间遗传不平衡的原因均可以用经典的中性遗传不平衡原理给出合理的解释 而对于与具有过多稀有等位基因的Tf座位组合座位的遗传不平 衡原因的解释并不能给出合理的解释或解释的原因前后不一致 3 在共显性 共显性模型中 就遗传共适应系数和遗传不平衡系数而言 绵羊与山羊 物种间 存在极显著差异 而绵羊物种各个群体间差异不显著 而就连 锁不平衡系数而言 并没有出现上述的物种间差异极显著 物种内品种间同质的现象 而是表现出更为复杂的差异性 4 在 共显性 共显性 模型中 遗传共适应系数与遗传不平衡系数的相关系数r 0 998达到极显著水平 P 0 01 线性方程拟合度R2 0 996 拟合方程为 y 0 0154 0 9791x 说明 共显性 共显性 组合座位可以采用中性基因遗传不平衡原理 遗传共适应系数为遗传不平衡系数与连锁不平衡系数之差 5 无论是共显性 共显性模型 还是共显性 显隐性模型得到的遗传共适应系数 抑或是两个模型的合并资料 其在群体间遗传分化关系并未占据主导地位 但群体遗传共适应特性是的确存在的 它对于群体间的分化关系可以起到 细节修饰 的作用 五 本研究以分布于不同生态类型下的我国滩羊 小尾寒羊 同羊 湖羊和洼地绵羊为研究对象 分别利用形态及生态 编码血液蛋白酶结构基因座 微卫 星DNA及其多标记合并资料4个层次遗传信息 研究绵羊品种间的遗传分化关系 为进一步研究我国地方绵羊品种甚至其他物种的品种间的遗传分化关系提供选择 有效遗传标记的参考依据 结果表明 1 形态 生态学资料难以准确地判明群体间亲缘程度 但其在群体 品种 生态类型划分中的权重却是不可忽视的 2 分类研究所选择的标记取决于分类目的 如果研究的目的是追溯品种的起源关系 应以中立性标记为准 如果研究的目的是对经济或生态类型划分 则应 考虑相关性状的指标 如果研究的目的是群体 品种 现状的关系 则可考虑多层次标记合并聚类的思想 3 主成份分析的思路提供了把一些具有错综复杂关系的变量 指标或性状 在遗传资源上 亦即标记 归结为反映其内在联系并起主导作用的少数独立变量的 方法 也就是提供了在统计学上存在相关 在遗传学上有部分共同遗传基础的标记进行系统聚类的有效方法 9 学位论文 李旭光 毛蚶 菲律宾蛤仔群体遗传学及蚶科分子系统演化的研究 2007 采用聚丙稀酰胺电泳技术对江苏海州湾 浙江象山港 辽宁辽东湾三个海区毛蚶群体的遗传多样性进行了研究 在三个群体的9种同工酶中 共检测到了18个 基因位点 三个群体的多态位点比率 P 分别为61 11 55 56 64 71 平均杂合度观测值 Ho 变化范围在0 1689 0 1770间 位点有效等位基因数分 别为1 4417 1 3917 1 4219 遗传多样性较丰富 各群体普遍存在着杂合子缺失现象 近交系数 Fis 分别为0 2140 0 1232 0 1797 比较了三个群体间的遗 传分化指数 Fst 和群体每代迁移数 Nm 结果表明海州湾群体和象山港群体间遗传分化较小 Fst 0 0448 而辽东湾群体与其它两个群体间的遗传分化较大 Fst 0 0755 0 0812 聚类分析结果同样表明 海州湾群体首先与象山港群体相聚 后与辽东湾群体