环境科学高级建模方法(第5节)-Chemoffice使用.ppt

1 21 环境科学高级建模方法 计算机在环境化学中的应用 教师 王遵尧wangzun315cn wangzy 南大科学楼603室 第5节Chemoffice使用 2 21 2 2D QSAR方法 活性数据 分子结构 热力学参数 实验方法 量子化学计算 建立模型 预测相关活性 SPSS12 0forWindows 交叉验证 F检验 VIF评价 3 21 3 五 ChemOffice程序的使用 1 内容简介2 ChemDraw的使用3 Chem 3D的使用4 在ChemDraw中画出分子的结构5 在WORD文档中画出分子的结构6 第四次作业 4 21 4 五 ChemOffice程序的使用 1 内容简介 在信息技术日益发展的今天 化学化工软件已成为相关专业工作者日常工作中不可或缺的基本工具 它不仅可以解决化学计算中的复杂问题 而且可以利用虚拟的程序模拟化学世界的微观结构 并可以将微观结构的光谱形态等形象直观地展示出来 因此熟悉常用化学化工软件并掌握其使用方法便成为相关专业工作者必备的技能之一 ChemOfficeUltra是美国剑桥软件公司研究和开发的一款化学专业应用软件 是目前世界上最优秀的桌面化学软件之一 它集强大的应用功能于一身 提供了优秀的化学辅助系统 可使化学工作者的日常工作更加便捷 经过多年的发展 ChemOffice系列软件已经成为国内 外化学化工领域的常用软件 迄今为止 该软件已经发布了11个版本 目前最新版本为CambridgeSoftChemOfficeUltra2008 简称ChemOffice2008 5 21 5 五 ChemOffice程序的使用 1 内容简介 ChemOffice主要包括三个模块 ChemDraw 化学结构绘图 Chem3D 分子模拟分析绘图 ChemFinder 化学信息搜寻整合系统 此外还加入了E Notebook BioAssayPro 量化软件MOPAC Gaussian和GAMESS的界面 ChemSAR ServerExcel ClogP BioViz CombiChem Excel等一系列完整的软件 6 21 6 五 ChemOffice程序的使用 1 内容简介 ChemDraw是世界上最受欢迎的纯粹化学结构绘图软件 是各论文期刊指定的格式 Chem3D模块是提供工作站级的3D分子轮廓图及分子轨道的特性分析 并能和数种量子化学软件结合在一起的软件 ChemFinder模块是进行化学信息搜寻整合系统的软件 它既可以建立 储存及搜索化学数据库 也可以与ChemDraw Chem3D联合使用 还可以使用现成的化学数据库 7 21 7 五 ChemOffice程序的使用 2 ChemDraw的使用 公具栏的使用网格的显示选定 旋转 质量分裂化学键 单 双 叁 等等箭头 轨道 括号 电荷常用特殊结构 8 21 8 ChemDraw的使用 9 21 9 ChemDraw的工具 工具栏 10 21 10 ChemDraw的工具 11 21 11 ChemDraw的工具 12 21 12 ChemDraw的工具 13 21 13 ChemDraw的工具 14 21 14 ChemDraw的工具 15 21 15 ChemDraw的使用 元素周期表 16 21 16 ChemDraw的使用 17 21 17 ChemDraw的使用 文档设置 18 21 18 ChemDraw的使用 页面规划 页眉页脚 绘图 标题 原子标记 颜色 19 21 19 ChemDraw的使用 国外化学期刊默认文档格式 20 21 20 五 ChemOffice程序的使用 2 ChemDraw的使用 画出 萘磺酸的分子结构图 画出乙酸乙酯的分子结构图 21 21 21 五 ChemOffice程序的使用 2 ChemDraw的使用 画出 萘磺酸的分子结构图 画出乙酸乙酯的分子结构图 查找资料 画出维生素D的结构式 22 21 22 五 ChemOffice程序的使用 3 Chem 3D的使用 原子的更改半经验方法等设置输出文件位置的指定根据计算结果画分子结构图 23 21 23 五 ChemOffice程序的使用 3 Chem 3D的使用 原子更改 双击原子 出现长条框 输入需要的元素符号后 回车 24 21 24 五 ChemOffice程序的使用 3 Chem 3D的使用 显示元素符号 25 21 25 五 ChemOffice程序的使用 3 Chem 3D的使用 显示棒球形状 26 21 26 五 ChemOffice程序的使用 27 21 27 五 ChemOffice程序的使用 3 Chem 3D的使用 半经验方法等设置 计算类型 理论 参数 输出文件的位置 28 21 28 五 ChemOffice程序的使用 3 Chem 3D的使用 输出文件的格式 标准生成热 键长 键角 二面角 原子电荷 文件名 log 29 21 29 五 ChemOffice程序的使用 3 Chem 3D的使用 文件名 log GEOMETRYOPTIMISEDUSINGEIGENVECTORFOLLOWING EF SCFFIELDWASACHIEVEDHEATOFFORMATION 24 909748KCAL 104 22238KJELECTRONICENERGY 397 685089EVCORE COREREPULSION 97 320236EVDIPOLE 0 00653DEBYESYMMETRY C2vNO OFFILLEDLEVELS 10IONIZATIONPOTENTIAL 11 385862EVHOMOLUMOENERGIES EV 11 3863 858MOLECULARWEIGHT 44 096SCFCALCULATIONS 21COMPUTATIONTIME 3 47SECONDSFINALGEOMETRYOBTAINEDEFGNORM 0 100MMOKGEO OKAM1MULLIKEPS ESPEPS 78 501GRAPHESRHYPERFINE POLARC0 00000000 00000000 0000000 0 2335C1 50727610 00000000 00000001 0 1741C1 5072061111 75552110 000000021 0 2332H1 1172211110 647659159 80308011230 0784H1 1172611110 6578921 60 11018411230 0785H1 1170031110 4301251179 84630511230 0799H1 1227301109 4637571 178 70516012140 0836H1 1227011109 4848641 61 68737412140 0837H1 1170231110 44365511790798H1 1172901110 634962159 08385813210 0789H1 1172341110 6279811 60 80826413210 0780 30 21 30 五 ChemOffice程序的使用 3 Chem 3D的使用 请同学根据log文件 画出分子在空间的结构 注意 1 二面角0 和180 的定义 2 二面角正负的定义 文件名 log 31 21 31 五 ChemOffice程序的使用 4 在ChemDraw中画出分子的结构 32 21 32 五 ChemOffice程序的使用 4 在ChemDraw中画出分子的结构 33 21 33 五 ChemOffice程序的使用 4 在ChemDraw中画出分子的结构 更改化学键和圆的粗细 右键 选 ObjectSettingsfor文件名 34 21 34 五 ChemOffice程序的使用 4 在ChemDraw中画出分子的结构 更改化学键和圆的粗细 右键 选 ObjectSettingsfor文件名 LineWidth 加上键角等 35 21 35 五 ChemOffice程序的使用 5 在WORD文档中画出分子的结构 点击 插入 对象 36 21 36 五 ChemOffice程序的使用 5 在WORD文档中画出分子的结构 选择 MicrosoftWord图片 37 21 37 五 ChemOffice程序的使用 5 在WORD文档中画出分子的结构 38 21 38 五 ChemOffice程序的使用 5 在WORD文档中画出分子的结构 注意 原子 化学键 键