MS_建模过程中常用的快捷键.doc

创新小组成员专用入门指南ZMFU勤奋是一个草根的王道1. MS建模2. Linux常用命令3. VI编辑器常用命令4. 对计算作业的操作MS建模中常用命令的快捷键1. MS中的命令简介MS所有的命令都有鼠标执行方式和键盘执行方式，其键盘方式成为快捷方式。三维窗口可以在不同模式中，如选择、旋转、缩放等。根据这些模式确定鼠标左键具体执行什么命令。有些鼠标键盘命令不管视图处于什么模式都可以使用，这称为默认命令，它们Chart 可以在任何模式中使用。其它命令只适于特定模式。图形窗口（View）也这样。2. 默认视图改变命令复位到原来位置Home平移鼠标中键拖动平移鼠标滚轮拖动平移ALT + 鼠标右键拖动缩放鼠标左右键一起拖动放大+（小键盘上的加号）缩小-（小键盘上的减号）放大特定区域R + 左键拖动绕X Y轴旋转窗口中间右键拖动绕Z轴旋转窗口边缘右键拖动绕X轴旋转X + 右键拖动绕Y轴旋转Y + 右键拖动Z轴旋转Z +右键拖动绕X轴顺时针旋转45向上键绕X轴逆时针旋转45向下键绕Y轴顺时针旋转45向左键绕Y轴逆时针旋转45向右键3. 默认选择选定单个对象单击对象取消选定空白处单击切换对象选择CTRL + 鼠标单击？加入选择对象SHIFT +鼠标单击重新索套选取Q + 鼠标左键拖动切换索套选取Q + CTRL +鼠标左键拖动在MS 5.0+WIN7 下操作不成功，不知道其他平台如何。添加索套选取Q + SHIFT +鼠标左键拖动重新开始矩形选取E +鼠标左键拖动切换矩形选取E + CTRL +鼠标左键拖动加入矩形选取E + SHIFT +鼠标左键拖动切换就是原来选定的又被选定后就不选了；加入就是原来选定的又被选定后还是选定。取消选择CTRL + D选择父结构+单击对象全部选择CTRL + A同种类型的全部选定ALT + 双击对象4. 默认结构编辑剪切CTRL + X拷贝CTRL + C粘贴CTRL + V删除DELETEXY平面内平移选定的对象SHIFT + 鼠标中间拖动XY平面内平移选定的对象SHIFT + ALT + 鼠标右键拖动相对屏幕水平移动选定对象SHIFT + X +鼠标中间拖动相对屏幕竖直移动选定对象SHIFT + Y +鼠标中间拖动相对屏幕垂直移动选定对象SHIFT + Z +鼠标中间拖动（也不成功。）相对屏幕水平移动选定对象SHIFT + ALT- 鼠标水平移动相对屏幕竖直移动选定对象SHIFT + ALT- 鼠标竖直移动相对屏幕垂直移动选定对象SHIFT + ALT- Z鼠标移动沿着XY轴旋转选定对象SHIFT + 鼠标右键在靠近窗口中央拖动沿着Z轴旋转选定对象SHIFT + 鼠标右键窗口边缘拖动绕X轴旋转选定对象SHIFT + X +鼠标右键拖动绕Y轴旋转选定对象SHIFT + Y +鼠标右键拖动绕Z轴旋转选定对象SHIFT + Z +鼠标右键拖动选择模式下选择多个对象鼠标左键拖过对象取消选择鼠标左键在空白处拖动旋转模式下绕XY轴旋转鼠标左键拖动缩放模式下缩放鼠标左键拖动平移模式下平移鼠标左键拖动草画原子模式下开始添加原子空白处单击鼠标在已有原子上再加原子在原子上单击创建化学键先后单击这两个原子XY方向平移原子单击原子并拖动。合并两个原子把一个拖到另一个上移动已画原子鼠标拖动它前后移动已画的原子ALT + 鼠标左键拖动改变已画化学键的长度SHIFT + ALT +鼠标左键拖动添加原子并停止草画左键双击停止草画ESC停止草画单击活动窗口以外地方改变化学键的数目单击化学键在化学键中插入原子ALT + 单击化学键替换元素ALT +单击原子说明：以上有些命令要注意按键顺序，多试一下。画环模式下创建新环空白处单击创建芳香环ALT + 空白处单击向已存原子上添加环此原子上单击向已存原子上添加芳香环ALT + 单击此原子把环加到已存化学键上单击化学键把芳香环加到已存化学键上ALT +单击化学键旋转已画环左键拖动选择新环的原子数目数字键3-8是大键盘上的数字画原子团片断建立独立原子团空白处单击向原子上添加原子团单击头上的原子添加原子团并旋转在头上原子单击并拖动结合两个原子团片断ALT +分别单击两个原子团头上的原子改变原子团结合点双击原子团头上的原子“头上”原子指原子团中只有一个化学键的原子测量/改变模式下建立新的监视器单击原子或键使能监视器单击不活动的监视器使监视器不活动单击监视器监视器就是设置的一个实时显示原子距离、角度、转矩的东西。修改活动监视器鼠标左键拖动改变活动监视器中的固定原子ALT + 鼠标左键拖动取消测量设定ESC取消测量设定活动窗口外单击Linux常用命令1、cd（1） 功能说明：切换目录。（2） 经典用法：#cd -切换到当前用户的主目录 #cd - -返回前一次切换的目录#cd / -切换到根目录#cd . -切换到当前目录的上一层目录2、pwd（1） 功能说明：显示当前工作目录的绝对路径。3、ls（1）功能说明：列出当前目录的内容。（2）经典用法：#ls -列出所在目录中的文件和文件夹#ls php_log -清空php_log文件中内容4、cp（1）功能说明：实现文件或目录的复制。（2）经典用法：#cp a.txt b.txt -同目录下复制，相当于重命名#cp a.txt b.txt /home/melody -可以同时复制两个或多个文件到一个目录#cp -r /home/melody /home/james -当复制目录时要用-r参数5、rm（1）功能说明：删除目录或文件（2）文件一旦通过rm命令删除，则无法恢复，所以必须格外小心，个人状态不好时慎用。（3）经典用法：#rm -r home -当删除目录时要加上-r参数#rm -r * -删除当前目录下所有文件及目录6、mv（1）功能说明：移动文件或目录（2）经典用法：#mv a.txt b.txt #mv /home/melody/* . -将/home/melody下的所有文件和目录移动到当前目录下，看清楚命令后面有个.7、cat（1）功能描述：把档案串连接后传到基本输出（荧幕或加filename到另一个档案）（2）经典用法：#cat -n textfile1 textfile2 -把 textfile1 的档案内容加上行号后输入 textfile2 这个档案里#cat -b textfile1 textfile2 textfile3 -把 textfile1 和 textfile2 的档案内容加上行号（空白行不加）之后将内容附加到 textfile3 里#cat /proc/cpuinfo -查看cpu信息#cat /proc/loadavg -查看系统负载8、find（1）功能说明：在文件系统中查找满足条件的文件。（2）经典用法：#find -不带任何参数，在屏幕上递归显示当前目录下的文件列表#find -name d* -使用通配符查找以d字母开头的文件名#find -path *server* -匹配文件路径名#find -regex .* -使用正则表达式匹配文件路径名#find /home -size +1G -查找/home目录下大于1G的文件#find / -empty -查找系统中为空的目录或文件9、mkdir（1）功能说明：创建目录。（2）经典用法：#mkdir -p /melody/james -逐级创建目录#mkdir -m 700 /home/melody -在/home下创建新目录melody并指定权限为70010、rmdir（1）功能说明：删除一个空目录。（2）没有写权限或目录非空则无法删除。11、du（1）功能说明：计算文件或目录所占的磁盘空间。（2）我们经常会查看服务器上哪个文件或文件夹比较大，这个命令很有用。（3）经典用法：#du -sh -显示所在目录的大小#du -sh * -列出所在目录中各文件或目录的大小12、df（1）功能描述：检查文件系统磁盘占用情况（2）经典用法：#df -hl -查看磁盘占用情况，检查剩余空间13、free（1）功能描述：显示内存状态（2）经典用法：#free -m -查看内存使用量和交换区使用量，-m参数以MB为单位显示14、grep（1）功能描述：查找文件里符合条件的字符串（2）强大的文本搜索工具，它能使用正则表达式搜索文本，并把匹配的行打印出来，这个命令在做网站统计的时候很有用，以后可能会写专门的文章介绍（3）经典用法：#grep MemTotal /proc/meminfo -查看内存总量#grep MemFree /proc/meminfo -查看空闲内存量15、ps（1）功能描述：报告程序状况（2）经典用法：#ps -ef -查看所有进程16、top（1）功能描述：显示、管理执行中的程序（2）经典用法：#top -实时显示进程状态VI编辑器的实用指南编辑一个文本vi filename 插入模式I 进入编辑状态-插入R进入编辑状态-替换退出编辑器:w 将缓冲区写入文件，即保存修改:wq 保存修改并退出:x 保存修改并退出:q 退出，如果对缓冲区进行过修改，则会提示:q! 强制退出，放弃修改查找替换/pattern 向后搜索字符串pattern?pattern 向前搜索字符串patternn 下一个匹配(如果是/搜索，则是向下的下一个，?搜索则是向上的下一个)N 上一个匹配(同上):%s/old/new/g 搜索整个文件，将所有的old替换为new:%s/old/new/gc 搜索整个文件，将所有的old替换为new，每次都要你确认是否替换复制粘贴dd 删除光标所在行dw 删除一个字(word)x 删除当前字符X 删除前一个字符D 删除到行末在有的版本中，可以用回格键删除 。yy 复制一行，此命令前可跟数字，标识复制多行，如6yy，表示从当前行开始复制6行yw 复制一个字y$ 复制到行末p 粘贴粘贴板的内容到当前行的下面P 粘贴粘贴板的内容到当前行的上面VASP使用手册（完善中）在Linux系统下计算软件VASP的使用一、 建好5个输入文件（POSCAR, INCAR, POTCAR, KPOINTS, 一个提交文件）1， POSCAR手动建立，vi POSCAR.还可以在MS的帮助下建立2， INCAR咱们组有公用标准的INCAR文件，进行不同的计算只需改其中的几个参数就可以了3， POTCAR从cluster上的某个目录下面拷贝过来，放到要计算的目录里如果要算多个元素的体系，使用命令Eg: cat POTCAR-Ni POTCAR-Pt POTCAR4, KPOINTS文件，从别处拷贝一个，修改里面的参数即可5，提交文件都可以用现成的，在老节点上（node1node21）使用lsf.sub 新节点上使用yzx8vasp (记不清了，用绿衬底标出)二、 在服务器上编译vasp，一般管理员或别的用户以及编译过了，本平台编译好的目录在/public/home/zslu/my-soft/vasp.5.2或/public/baoer/vasp.5.2，编译使用的mpi可能不同。将上面目录下的可执行文件vasp拷贝到用户工作目录下或者在作业提交脚本里通过目录找到可执行文件vasp。三、 提交任务使用命令qsub lsf.sub 或者 qsub yzx8vasp之后会自动产生例如的字样，这个8026表示的就是你提交的这个任务的任务号码四、 查看任务qstat a 或qstat -n一般只需要看3列第一列：任务序号第二列：使用者账户最后一列：计算消耗的时间五、 杀某一个任务由于任务提错了或别的原因，不想要算某一个任务了。杀死（删除）这个任务使用命令：eg: qdel 8024 意思为删除任务号为8024的任务六、 提取有用信息任务结束后，任务序列号就会消失，这时进入计算的目录可以删除的文件，计算完成后有用的文件为（OUTCAR，CONTCAR，CHG，OSZCAR，DOSCAR）1在OUTCAR中看费米能级grep “Fermi” OUTCAR 最后一个结果就是2CHG是用来看电荷密度图的将CHG下载到电脑上，放到VESTA中看电荷密度图3CONTCAR放到VESTA中看几何结构图4从OSCAR中可以快速的查找到计算的总自由能最后一行，“F = ” 后面的值即是5DOSCAR中存放的是态密度信息使用杨宗献老师编的fortran小程序处理DOSCAR，用命令trandos.x DOSCAR之后会产生一个total文件，将total文件下载到电脑中，导入到origin画图软件即可看到态密度信息。（前提是会使用origin的基本导入和画图功能）七、 最常用的计算1结构优化目的是找到最优结构对于晶胞，要找出能量最低的晶格常数，具体可以参照金刚石结构Si的那个例子对于表面，更加简单:在POSCAR中确定优化的原子层数，