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第四章数据库检索 任间renjian biocuckoo org TheCUCKOOWorkgroup NCBI数据资源 Nucleotide 核酸序列数据库PubMed 生物医学科学文摘数据库GEO 基因表达谱数据库 收集存储微阵列基因表达数据Protein 蛋白质序列数据库SNP 单核苷酸多态性数据库Taxonomy 物种分类学数据库Gene 基因数据库 提供序列及基因描述信息Structure 大分子三维结构数据库3DDomains 特定功能域的三维结构数据库UniGene GenBank分离的非冗余基因簇 包含已确定基因和EST 每个簇包含唯一的非冗余的基因序列 表达的组织类型和基因图谱位点 UniSTS 序列标签位点数据库 用于作图位点PopSet 人口研究数据库Books 在线生物医学图书数据库OMIM 在线人类孟德尔遗传目录数据库ConservedDomains 保守结构域数据库CancerChromosomes 癌症染色体数据库Homologene 基因同源物数据库Journals 杂志及出版社信息数据库Genome 基因组数据库 提供完成的基因组 染色体图形GDS GEO的基因表达实验与生物芯片数值结果数据库 Entrez 检索规则 逻辑运算符 大写 AND OR NOT运算过程由左至右 部分优先空格分隔默认逻辑关系为AND多个单词短语加双引号模糊检索使用 用 限定字段 如限定基因名称为ATG1的检索 ATG1 GENE 数据库使用实例 序列数据查询实例 某天 Prof Gene发现人的Hela细胞中 有丝分裂期间有异常情况 细胞不再分裂 而是开始凋亡 表型 phenotype 通过实验的方法 例如 酵母双杂交 发现了与有丝分裂期间某个蛋白可能相互作用的一个基因 测序结果如下 genotype CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC 问题一 这是哪个基因 NCBI BLAST nucleotideblast Megablast 找基因序列 输入序列 提交序列 NM 001168 2 Geneinfo 基因信息 BIRC5 survivin Geneinfo 17号染色体 功能注释 GeneOntology 结论一 1 该基因为人的BIRC5 survivin 基因 染色体定位 17号染色体 73721872 73733311 基因标识符 NM 001168 2 2 初步的功能分析 细胞周期 caspase酶的抑制因子 等等 问题二 编码的蛋白质序列是怎样的 NM 001168 2 获取蛋白质的序列信息 NP 001159 2 142aa 结论二 人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸 序列标识符为 NP 001159 2 问题三 有没有保守的功能结构域 domain 获取FASTA序列 FASTA格式的序列 findconserveddomains 填入蛋白质的FASTA序列 BIRdomain 结论三 Survivin具有保守的功能结构域BIR 问题四 它的功能是怎样的 UniProt 蛋白质数据库 在人中做BLAST搜索 O15392 BIRC5的蛋白质信息 功能注释 结论四 功能分析 1 在瘤形成过程中可能起一定作用 2 阻碍G2 M期的细胞编程性凋亡 3 Chromosomalpassengercomplex CPC 的成员之一 细胞亚定位 胞质 核 问题五 它在真核生物中保守吗 ExPASyBlast 在酵母中进行序列比对 酵母BIR1 P47134 酵母BIR1的信息 结论五 人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1 问题六 有没有三级结构信息 PDB 三级结构数据库 PDB的三级结构信息 用Jmol显示三级结构 PDB的三级结构信息 Raswin 三级结构显示 总结 现在 Prof Gene知道了 1 该基因为人的Survivin基因 染色体定位 17号染色体 73721872 73733311 基因标识符 NM 001168 2 2 人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸 序列标识符为 NP 001159 23 Survivin具有保守的功能结构域BIR4 Survivin的细胞亚定位 胞质 核 其功能有 1 在瘤形成过程中可能起一定作用 2 阻碍G2 M期的细胞编程性凋亡 3 Chromosomalpassengercomplex CPC 的成员之一 等等 5 人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1 6 Survivin的三级结构已知 在PDB中的标识符为1E31 作业 某天 Prof Gene在小鼠 Musmusculus 中又发现了一个与有丝分裂相关的基因 通过DNA测序 得到部分序列 GATGAGCTGCTTATCCTACAACGAGAAGTCGGACATCTGGTCCTTGGGCTGCCTGCTGTATGAGCTGTGTGCACTAATGCCTCCCTTTACAGCTTTCAACCAAAAAGAGCTAGCTGGGAAAATCAGGGAAGGGAGGTTCAGGCGCATCCCCTACCGCTACTCTGATGGCTTGAATGACCTCATCACTCGGATGCTGAATTTAAAGGACTACCATCGACCTTCAGTGGAAGAAATTCTGGAGAGCCCTTTGATAGCAGACTTGGTTGCAGAAGAGCAAAGGAGAAATCTGGAGAGGAGAGGACGGCGCTCAGGCGAGCCTTCGAAGCTGCCGGACTCCAGCCCTGTGCTGAGCGAGCTCAAGTTGAAGGAAAGGCAACTGCAGGATCGAGAGCAAGCACTCAGAGCTCGGGAGGACATCCT 问题 1 这个基因在小鼠中是哪个基因 基因的标识符是什么 这个基因的在基因组上的定位是怎样的 2 这个基因在人中的同源物是哪一个 标识符是什么 3 在人中 这个基因编码的蛋白质是什么 具有什么样的功能 细胞亚定位在何处 这个基因是一个酶吗 什么酶 具有什么样的功能结构域 4 这个基因