chemoffice安装和基本教程.ppt

化学软件ChemOffice 概述 ChemOffice软件是由剑桥化学 CambridgeSoft 软件公司开发的集成化学软件桌面系统 集成了Chem3D ChemDraw ChemFinder和ChemInfo 以及ChemTableEditor等软件 具有强大的高端开发功能 ChemDrawUltra8 0化学结构绘图Chem3DUltra8 0分子模型及仿真ChemFinderPro8 0化学信息搜寻整合系统E2NotebookUltra8 0 化学结构绘图软件ChemDrawChemDraw软件功能十分强大 可以编辑 绘制与化学有关的一切图形 如建立和编辑各类分子式 方程式 结构式 立体图形 对称图形 轨道等 并能对图形进行编辑 翻转 旋转 缩放 存储 复制 粘贴等多种操作 用它绘制的图形可以直接复制粘贴到Word软件中使用 最新版本的软件还可以生成分子模型 建立和管理化学信息库 增加了光谱化学工具等功能 Chemdraw主界面 1 菜单栏菜单栏共有11个下拉菜单 每一个下拉菜单中都包括相应的命令 其中如果相应的命令前有 则该条命令已经被执行 若命令后有小三角表示该指示条有子菜单 指示条灰色表示该命令未激活 File 菜单命令 文件命令对话框 主工具图表板 模板 点击模板工具栏按钮下面的右指三角箭头 单击该按钮 不松开 就可以弹出模板信息 众多画图的起点 8 Aromatics芳香族模板 Bicyclics双环模板 Bioart生物艺术模板 总结 共17个模板 绘制与编辑典型化学物质结构式 1 键工具 主工具图标板上提供了九个键操作的命令 其中双键命令板中的子菜单中还包括12个键命令 利用键工具进行结构绘制操作的基本操作 首先在命令面板中选取键命令 绘制的基本操作是 点位 拖动 和 点击 绘制分子结构的基本操作 键的产生 点位后 向某个方向拖动可以产生 直接单击 产生所选择类型的化学键 连续点击两键相连默认角度为120度 点位位于一键的起点 显示小蓝块 沿键拖动会产生重键 点位为于键中间 单击同样可以产生重键 官能团或元素符号的输入 元素符号的输入 键及元素文本属性的设置 2 环工具 主工具面板中提供了10种环工具命令 其中在模板命令中还有芳香化合物模板和双环模板可以绘制环状化合物 环的绘制 环的连接 面板中选取相应的环命令后 直接在绘制区点击可产生相应的环 点住鼠标左键不放 拖动鼠标可以对环的大小 放置的角度进行自由改变 环己烷的椅式构型直接点击为水平放置 按Shift键点击可由水平变为垂直 在面板中任选一环命令 按Ctrl键点击 可以在环中产生不定域共轭圈 选择键命令或环命令 直接在环的任何一个节点处点击或拖动可以实现键的连接或环与环的点连接 选择环的一个节点 按住鼠标左键 从一个节点拖至另一个节点 可以实现环与环的双点连接 元素符号的输入与目标参数的设置与键操作类似 同样在 Structure 菜单中可以对选择的键的属性进行设定 3 链工具 选取长链工具 在需要进行的连接原子或环上点击或拖动可产生链 同时弹出链长对话框 可以选择增长链的长度 链的绘制 链长对话框 链属性的设置 4 化合物结构绘制示例 胡萝卜素结构 连接点及单键的产生 长链的生成 结构的复制及旋转 两个结构的连接 连接前的胡萝卜素结构 绘制 修正 图形存盘 图形旋转和缩放 检查结构错误 结构式 名称 1 名称 结构 structure convertnametostructure 先靠文字输入 结构式 名称 2 结构式 名称 预测核磁共振化学位移 structure predict1H NMRshifts Structure predict1H NMRshifts 分析结构估计性质 3 化学反应方程式绘制举例 图4 18复制修改得到的乙酰水杨酸结构式 乙酰水杨酸合成反应方程式 图4 20符号窗口 图4 21字体选项 图4 22 Color 菜单选项 图4 23调色板 绘制实验装置 利用实验仪器模板工具1和实验仪器模板工具2进行实验装置的绘制 在模板中选择所需的实验仪器 单击产生相应的玻璃仪器 玻璃仪器连接处为阴影 通过旋转选择框改变角度和大小进行玻璃仪器的连接 示范图例见下图4 24 分子模型及仿真软件Chem3D 主界面 3D模型绘制与编辑 1 利用键工具建立模型 2 利用文本工具建立模型 3 利用子结构建立3D模型 子结构模型库 使用模板建立3D模型 利用模板建立富勒烯3D模型 改变元素序号 改变元素 首先选中模型 执行 Edit 菜单中的 SelectAll 命令或ctrl A快捷键 然后整理结构 执行 Tools 菜单中的 CleanUpStructure 菜单命令 使用垂直工具栏中的工具 双击需要改变序号的原子 弹出输入框 输入原子序号 按回车键完成原子序号的更改 双击需要改变元素符号的原子 弹出输入框 输入元素符号 按回车键完成原子序号的更改 若原子的三维结构中显示孤对电子 执行关闭 Tools 菜单中的 ShowH sansLp s 命令 可不显示氢原子和孤对电子 改变元素序号与替换元素 ChemDraw结构式与3D模型的转换 1 ChemDraw结构式转换为3D模型 2 3D模型转换为平面结构式 Chem3D的分子优化 1 整理结构和简单优化 2 MM2优化Minimizestructure 3 MOPAC优化 Tools Cleanupstructure 化学信息搜索引擎ChemFinder ChemFinder是一个智能型的快速化学搜寻引擎 所提供的ChemInfo是目前世界上最丰富的数据库之一 包含ChemACX ChemINDEX ChemRXN ChemMSDX等 并不断有新的数据库加入 该程序可以从本机 网络 服务器中搜索Word ChemDraw ISIS Excel等格式的分子结构文件 ChemFinder自带多个数据库 其数据库文件扩展名为 sfw 这些数据库默认存放在C