蛋白质数据库应用swiss-port和PPD

摘 要 本文对 SWISS PROT 和 PDB 两个数据库进行了简要介绍以及如何进行 序列的单个下载和批量下载进行了说明 关键词 SWISS PROT PDB 下载 ABSTRACT In this paper I make a brief introduction about SWISS PROT and PDB and how to make a single download and batch download about sequence Key words SWISS PROT PDB download 摘 要 1 ABSTRACT 2 一 Swiss Port 的使用方法 4 1 1 网站简介 4 1 2 数据下载 5 二 PDB 的使用方法 5 2 1 网站简介 5 2 2 数据下载 9 一 Swiss Port 的使用方法 SWISS PROT 是经过注释的蛋白质序列数据库 由欧洲生物信息学研究 所 EBI 维护 数据库由蛋白质序列条目构成 每个条目包含蛋白质序列 引 用文献信息 分类学信息 注释等 注释中包括蛋白质的功能 转录后修饰 特殊位点和区域 二级结构 四级结构 与其它序列的相似性 序列残缺与 疾病的关系 序列变异体和冲突等信息 SWISS PROT 中尽可能减少了冗 余序列 并与其它 30 多个数据建立了交叉引用 其中包括核酸序列库 蛋 白质序列库和蛋白质结构库等 利用序列提取系统 SRS 可以方便地检索 SWISS PROT 和其它 EBI 的数据库 SWISS PROT 只接受直接测序获得的 蛋白质序列 序列提交可以在其 Web 页面上完成 Swiss Port 的网址为 http www expasy ch sprot 1 1 网站简介 打开网站后可以找到如下所示部分 在处可以查询序列 点击后会有如下界面 在输入区输入序列 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHL VLRLRGG 点击按钮可以进行查找 查找时还可以在其下方进行一系 列的筛选条件控制 查询后会看到如下界面 在这里可以看到你进行查询的时间 查询所用时 间 查找到的相关序列的数目以及相似度和其他相关信息 1 2 数据下载 没有找到数据下载的信息 二 PDB 的使用方法 PDB 是蛋白质结构数据库 的英文简称 PDB 是目前最主要的收集生物 大分子 蛋白质 核酸和糖 三维结构的数据库 是通过 X 射线单晶衍射 核 磁共振 电子衍射等实验手段确定的蛋白质 多糖 核酸 病毒等生物大分 子的三维结构数据库 随着晶体衍射技术的不断改进 结构测定的速度和精 度也逐步提高 90 年代以来 随着多维核磁共振溶液构象测定方法的成熟 使那些难以结晶的蛋白质分子的结构测定成为可能 蛋白质分子结构数据库 的数据量迅速上升 据 2000 年 5 月统计 PDB 数据库中已经存放了 1 万 2 千多套原子坐标 其中大部分为蛋白质 包括多肽和病毒 此外 还有核 酸 蛋白和核酸复合物以及少量多糖分子 近年来 核酸三维结构测定进展 迅速 PDB 数据库中已经收集了 800 多套核酸结构数据 PDB 数据库允许用户用各种方式以及布尔逻辑组合 AND OR 和 NOT 进行检索 可检索的字段包括功能类别 PDB 代码 名称 作者 空 间群 分辨率 来源 入库时间 分子式 参考文献 生物来源等项 用户 不仅可以得到生物大分子的各种注释 坐标 三维图形 VAML 等 并能 从一系列指针连接到与 PDB 有关的数据库 包括 SCOP CATH Medline ENZYME SWISS 3DIMAGE 等 可通过 FTP 下载 PDB 数据 所有的 PDB 文件均有压缩和非压缩版以适应用户传输需要 PDB 的电子公告版 BBS 和电子邮件兴趣小组 Mailing List 为用户提供了 交流经验和发布新闻的空间 在 PDB 的服务器上还提供与结构生物学相关 的多种免费软件如 Rasmol Mage PDBBrowser 3DB Brower 等 其网址 为http www rcsb org pdb home home do 2 1 网站简介 打开主页后可以找到下图所示部位 单击进入下图界面 在 Sequence 出输入如下序列 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLS DYNIQKESTLHLVLRLRGG 单击可以再不查看结果得情况下知道有多少个相似序列 单击进行搜索 查看结果 找到结果中的一个序列如图 打开 此时我们会看到下图的结果 标题栏的内容依次为 摘要 序列 注释 序列相似性 3D 相似性 文献 生物及化学报告 方法 几何结构 链接 1 Summary 包含有 Primary Citation 主引 Molecular Description 分子描述 Source 来源 External Domain Annotations 外部与注解 该部分只 要在可以找到的情况下才会显示 几部分 在右侧会看到下图 这是该序列的立体结构 点击图片可以查看详细信息 在其上方会看到下面的下载项目 在此处可以进行下载 2 Sequence 包含有注解 偏好性 参考文献 在注解上方可以一看到这样的部分 点击 FASTA 可以下载该序列 点击 Sequence DSSP 可以查看二级结构与氨基酸 序列的对应关系 点击 Image 可以查看二级结构图片 3 Annotation 包含有其他数据库的相关数据 4 Seq Similaarity 序列的相似度 5 3D Similarity 3D 结构相似性 6 Literature 相关的文献信息在这里可以找到