分子生物学名词解释.doc

6 DNA和RNA的结构Polynucleotide chain：多核苷酸链。包含磷酸二酯骨架与结合有碱基的核糖的单链DNA。Nucleoside：核苷。核糖通过1位糖苷键连接到一个碱基上形成。核苷没有磷酸分子。 Nucleotide：核苷酸。一个在1位连接碱基，5位连接一个或多个磷酸的核糖。Phosphodiester linkage：磷酸二酯键。不断重复，构成多核苷酸链的糖-磷酸骨架。Purine:嘌呤。Adenine:腺嘌呤。Guanine:鸟嘌呤。Pyrimidine:嘧啶。Cytosine:胞嘧啶。Thymine:胸腺嘧啶。 Base flipping：碱基翻出。单个碱基从双螺旋中突出的现象。 Tautomeric：互变异构。Denature：变性。温度或pH过高时，DNA双链分开的过程。Annealing(renature)：复性。变性DNA的互补链重新聚合形成双螺旋结构的过程。Hybridization：杂交。两条单链核酸形成杂交分子的能力。Hyperchromicity：增色性。DNA变性后，吸光度在260nm处明显增强的现象。Tm (melting point)：熔点。DNA的吸光度增加到最大值一半时的温度。Linking number：连环数。要使两条DNA链完全分开时一套链必须穿过另一条链的次数。Twist number：扭转数。DNA一条链完全缠绕另一条链的次数。Writhe number：缠绕数。双螺旋DNA的长轴在三维空间里重复地自我交叉的次数。Topoisomerase：拓扑异构酶。催化DNA产生瞬间的单链或双链的断裂而改变连环数的酶。Ribozyme：核酶。催化生化反应的RNA酶。 7 染色体、染色质和核小体Chromosome：染色体。由DNA和与其结合的蛋白质构成。Chromatin：染色质。DNA的一段给定区域及其结合蛋白。Histone：组蛋白。小的碱性DNA结合蛋白。 Non-histone：非组蛋白。丰度较低的DNA结合蛋白。Nucleosome：核小体。DNA和组蛋白形成的结构。Heterochromatin：异染色质Euchromatin：常染色质Haploid：单倍体Diploid：二倍体polyploid：多倍体regulatory sequences：监管序列。DNA序列外部的与一个给予启动子调节表达相关的核心启动子。Mitosis：有丝分裂。子代细胞维持与亲本细胞染色体数目一致的分裂方式。Meiosis：减数分裂。子代细胞染色体数目为亲本细胞一半的分裂方式。Linker DNA：连接DNA。每个核小体之间的DNA。Histone-fold domain：组蛋白折叠域。核心组蛋白中调节组蛋白中间体组装的保守区域。Nucleosome remodeling complex：核小体重塑复合体。利用ATP水解供能，便于核小体改变位置或与DNA相互作用的蛋白复合体。Histone chaperone：组蛋白伴侣。核小体组装工厂中避免组蛋白与DNA发送无效的相互作用的蛋白质。Nucleus：细胞核 Nucleolus：核仁 interphase：分裂间期Centromere：着丝粒。指导动粒形成，为DNA复制后染色体正确分离所必需。Kinetochore：动粒。 拉动姐妹染色单体互相远离并进入两个子代细胞的蛋白质复合体。Telomere：端粒。一种线性染色体末端。这些序列保护染色体免于降解，作为复制专门的起源 。8 DNA的复制Primer-template junction：引物-模板接头。具有一定特定排列的双链或单链DNA。DNA polymerase：DNA聚合酶。催化DNA合成的酶。Processivity：延伸能力。每次酶与引物-模板接头结合时所添加核苷酸的平均数。Semiconservative Replication：半保留复制。Replication fork：复制叉。刚分开的模板链与未复制的双链DNA之间的连接区。Leading strand：前导链。与复制叉移动方向相同的新合成的DNA链。Lagging strand：后随链。与复制叉移动方向相反的新合成的DNA链。Replication eyes：复制眼。DNA复制区域两端包含一段很长的未复制区域的结构。Okazaki fragment：冈崎片段。后随链上形成的短的新链DNA片段。Unidirectional replication：单向复制 Bidirectional replication：双向复制Primase：引物酶。能在单链DNA模板上制造短的RNA引物的特殊RNA聚合酶。Cooperative binding：协同结合。一个SSB的结合会促进另一个SSB与其相邻的单链DNA结合的现象。DNA Pol III holoenzyme: DNA聚合酶III全酶。负责大肠杆菌基因复制的具有高度延伸能力的蛋白质复合体。Polymerase switching：聚合酶的切换。真核生物DNA聚合酶或聚合酶取代聚合酶的过程。Sliding clamp loader：滑动夹装载器。催化滑动夹打开并将其安放在DNA上的特殊的蛋白质复合体。Replisome：复制体。复制叉上全部的作用蛋白的总和。Origin of replication：复制起始位点。DNA解旋和复制起始发生的特殊位点。Replicon：复制子。基因复制开始的特定起始位点。Replicator：复制器。足够指导DNA复制起始的整套顺式作用的DNA序列。Initiator protein：起始子蛋白。特异性识别复制器中的一个DNA元件并激活复制起始的蛋白质。Origin recognition complex（ORC）：起始位点识别复合体。真核细胞的起始子，是一种与复制子结合并将其他复制蛋白召集到复制器上的六蛋白复合体。End replication problem：末端复制问题。后随链的合成不能复制线性染色体的最末端的现象。Sliding DNA clamp：滑动DNA夹。 Licensing factor：执照因子。9 DNA的可突变性和修复Transition：转换。嘌呤到嘌呤或嘧啶到嘧啶的替换。 Transversion：颠换。嘌呤到嘧啶或嘧啶到嘌呤的替换。Point mutation：点突变。改变单个核苷酸的突变。DNA microsatellites：微卫星DNA。易突变序列，是2、3或4核苷酸序列的重复。Mismatch repair system：错配修复系统。检验碱基配对并进行修复的系统。Dam methylase：dam甲基化酶。使DNA两条链上5-GTAC-3的A都甲基化的酶。Mutagen：诱变剂。 Alkylation：烷基化 oxidation：氧化 radiation：辐射 Base analog：碱基类似物。能替换正常碱基的化合物。Intercalating agent：嵌入剂。能插入碱基间的化合物。Excision repair system：剪切修复系统。指导受损的核苷酸从DNA上被除去而未被修复的系统。Base excision repair：碱基切除修复。 Nucleotide excision repair：核苷酸切除修复。Recombinational repair：重组修复。当两条DNA链都受损时采用的修复方式。Photoreactivation：光活化作用。直接逆转紫外辐射造成的嘧啶二聚体结构。Glycosylate：糖基化酶。识别并通过水解糖苷键除去受损碱基的酶。Transcription-coupled repair：转录耦联修复。当RNA聚合酶转录过程中被模板链的损伤终止时，核苷酸切除修复可拯救RNA聚合酶的现象。Translesion synthesis：移损合成。绕过受损部位继续复制的方式。 10 分子水平上的同源重组homologous recombination：同源重组。指两个有相似或者相同序列的DNA分子交换遗传信息的过程。Double-strand break (DSB) repair model：双链断裂修复模型。Strand invasion：链侵入。两条重组DNA分子间形成碱基互补的短片段起始区的过程。Holliday junction：Holliday联结体。链侵入使两个DNA分子被相互交叉的DNA联系在一起的结构。Branch migration：分支移位。Holliday联结体通过碱基配对连续地解链和配对而沿DNA移动的过程。Resolution：拆分。在Holliday联结体处切断DNA重新生成两个分开的双螺旋DNA，从而完成遗传物质的交换的过程。Heteroduplex DNA：异源双螺旋DNA。Meiotic recombination：减数分裂重组。在减数分裂过程中发生的同源重组。Silence cassettes：沉默盒。额外的沉默拷贝所在的基因座。Synthesis-dependent strand annealing(SDSA)：依赖合成的链退火模型。用于分析交配型转换的同源重组机制。11 位点特异性重组和DNA转座Conservation site-specific recombination（CSSR）：保守性位点特异性重组。发生于两段特定序列之间。Transpositional recombination：转座重组。发生于特定序列和非特定DNA位点之间。Crossover region：交换区。重组位点上重组酶识别序列中间所包含的一个短的不对称序列。Inverted repeat：反向重复。单个DNA分子上的两个位点的方向为反向的重复。Direct repeat：同向重复。单个DNA分子上的两个位点的方向为同向的重复。Architectural protein：构筑蛋白。重组反应中结合特定DNA序列并使之弯曲的辅助蛋白。Lysogenic state：溶原状态。 Lytic growth：裂解性生长。Integration host factor（IHF）：整合宿主因子。一种序列依赖性的DNA结合蛋白。Transposable element：转座因子。可以移动的遗传因子。Target site duplication：靶位点重复。紧邻在DNA转座子两端的短的正向重复序列。Autonomous transposon：自主转座因子。带有一对终端反向重复序列和一个转座酶基因的DNA转座子。Nonautonomous transposon：非自主转座因子。只有终端反向重复序列的可移位DNA片段。Long terminal repeat：长末端重复序列。嵌入在较长重复序列中正向排列在类病毒反转录转座子两端的终端反向重复序列。Synaptic complex（transpososome）：联合复合体/转座体。由转座酶、转座子两端反向重复序列形成的蛋白质-DNA复合体。Transposition target immunity：转座目标免疫性。转座子特异性地避免插入到自身序列中。Composite transposon：复合转座子。由多个较小的转座子元件组合而成，这些元件作为一个整体移动，通常携带有抗药基因。processed pseudogenes：已加工假基因。出现在细胞基因组的不同区域的不表达基因，通常缺乏在正常基因表达的拷贝中存在内含子顺序。 12章 转录机制Core enzyme ：核心酶。由亚基的两个拷贝和、亚基的一个拷贝组成。Promoter ：启动子。最初结合RNA聚合酶的DNA序列。Closed complex ：闭合式复合体。转录起始期由聚合酶首先结合到DNA上形成，此时DNA仍为双链状态。Open complex ：开放式复合体。DNA双链分开形成转录泡，即将进入延伸阶段。Stable ternary complex ：稳定的三重复合体。由聚合酶、DNA、长度超过10个核苷酸的RNA在转录起始阶段形成，向延伸阶段转变。Holoenzyme：RNA聚合酶的全酶。添加起始因子的核心酶。Consensus sequence ：共有序列。由不同样本在每一位置上最常见的核苷酸所组成的序列的版本。反映了-10和-35区域被17bp所分隔，与共有序列更相近的启动子转录活性更强。UP元件 ：在一些较强的启动子中，通过额外提供特异性相互作用而增强聚合酶与DNA结合的序列。CTD ：亚基的羧基末端区域。识别启动子UP元件。Isomerization ：异构化作用。对于含有70的细菌聚合酶，从闭合式复合体到开放式复合体的转变过程。Abortive initiation ：流产性起始。RNA聚合酶在进入延伸阶段前会先合成一些长度小于10个核苷酸的RNA分子，从聚合酶上脱落。Pyrophosphorolytic editing ：焦磷酸化编辑。RNA聚合酶利用活性位点在一个简单的逆反应中，通过加入PPi，去除错误插入的核糖核苷酸。Hydrolytic editing ：水解编辑。RNA聚合酶倒退一个或更多核苷酸并切开RNA产物，去掉含有错误的序列。Terminator ：终止子。引发延伸聚合酶从DNA上脱离并释放出已经合成的RNA链的序列。Rho-independent/intrinsic terminator：Rho非依赖型终止子（固有终止子）。不需要其他因子的参与终止反应。Rho-dependent ：Rho非依赖型终止子。需要Rho蛋白质来诱发终止反应。General transcription factor（GTF）：通用转录因子。真核生物中RNA聚合酶有效的和启动子结合而起始转录需要的几个起始因子。Core promoter ：核心启动子。在体外检测时，Pol精确地起始转录所需要的最少的一组序列元件。Regulatory sequence ：调节序列。在核心启动子之外存在一些在体内进行有效转录所需的其他序列。Pre-initiation complex ：前起始复合物。一起结合在启动子上准备转录的一套完整的通用转录因子和聚合酶。13章 RNA的剪接RNA splicing ：RNA剪接。从前体RNA中去除内含子的过程。Alternative splicing ：可变剪接。前体RNA可以去除不同组合的内含子，产生不同的mRNA。5 splice site ：5剪接位点。内含子的5端和外显子的边界。3 splice site ：3剪接位点。内含子的3端和外显子的边界。Branch point site ：分支点。剪切所必需的序列，全部位于内含子中，通常靠近3端，后面为多聚嘧啶区。Transesterification ：转酯反应。RNA剪接过程中，前体RNA中原来的一些磷酸二酯键断开再形成一些新的磷酸二酯键。Trans-splicing ：反式剪接。不同的RNA分子上的2个外显子连接在一起的方式。Spliceosome ：剪接体。催化RNA剪接过程的转酯反应的复合体，包含约150种蛋白质和5种RNA。Small nuclear RNA（snRNA）：核内小RNA。剪切体的5种RNA。Small nuclear ribonuclear protein（snRNP）：小核内核糖蛋白。核内小RNA与蛋白质形成的复合物。Self-splicing intron ：自剪接内含子。不需要剪接体就可以把自己从前体RNA上剪切下来的内含子。Self-splicing ：自剪接。前体RNA中的内含子自身折叠成一种特殊的构象，催化自身释放的过程。Exonic splicing enhancer（ESE）：外显子剪接增强子。与SR蛋白结合后与剪接体祖坟相互作用防止剪接错误的外显子序列。SR蛋白：可与外显子剪接增强子结合，富含丝氨酸和精氨酸的蛋白质。保证了剪接的准确性和高效性，还可调节可变剪接。RNA-recognition motif（RRM）：RNA识别基序。SR蛋白结合RNA的特殊结构域。RS domain ：RS结构域。SR蛋白内富含丝氨酸和精氨酸的结构域。介导SR蛋白与剪接体的相互作用。Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein（hnRNP）：不均一核糖核蛋白。结合RNA减弱子序列，没有RS结构域，不能募集剪接体，但可特定剪接位点。Isoform ：同工型。同一基因通过可变剪接得到的多种不同的蛋白质产物。Intron early model ：内含子先在模型。内含子曾存在于所有生物中，但在细菌中丢失。Intron late model ：内含子后在模型。内含子从来就不存在，在进化过程中后来才出现。RNA editing ：RNA编辑。与RNA剪接一样，可在RNA转录后改变其序列，使翻译出来打蛋白质有所不同。Guide RNA（gRNA）：引导RNA。指引尿嘧啶在mRNA的特殊区域插入或删除的RNA。Site-specific deamination ：位点特异性脱氨基作用。通过mRNA某个特异位点上的核苷酸的脱氨基作用实现RNA编辑的一种机制。Adenosine deamination acting on RNA（ADAR）：腺苷脱氨酶。催化mRNA特异位点的腺嘌呤脱氨基产生次黄嘌呤的酶。Nuclear pore complex ：核孔复合体。 14章 翻译Translation ：翻译。隐藏在mRNA中的遗传信息产生出蛋白质氨基酸顺序的过程。Aminoacyl tRNA synthetase ：氨酰tRNA合成酶。Ribsome ：核糖体。Open-reading frame（ORF）：开放式阅读框。一段连续的密码子，以特定框架来“阅读”，该框架对翻译是“开放”的，因为没有终止密码子。Polycistronic mRNA ：多顺反子mRNA。含有多个ORF的mRNA。Monocistronic mRNA ：单顺反子mRNA。只有一个ORF的mRNA。Ribosome binding site（RBS）/Shine-Dalgarno sequence：核糖体结合位点/SD序列。原核细胞的可读框在起始密码子上游的一段与核糖体特异结合的序列。Translation coupling ：翻译耦合。某些原核细胞中交叉阅读框之间的连锁翻译的情况。Scanning ：扫描。核糖体结合到mRNA上，即沿5到3的方向运行直至遇到5-AUG-3起始密码子的过程。Charged tRNA ：负载tRNA。指连接了氨基酸的tRNA分子。Uncharged tRNA ：空载tRNA。指未连接氨基酸的tRNA分子。Adenylylation ：腺苷酰基化。氨基酸和ATP反应形成氨基酸-腺苷酸，并同时释放出焦磷酸的过程。tRNA charging ：tRNA负载。氨基酸-腺苷酸与tRNA反应，导致氨基酸被转移到tRNA上，同时释放出AMP。Peptidyl transferase center ：肽基转移酶中心。位于核糖体大亚基，负责肽键的形成。Decoding center ：解码中心。位于核糖体小亚基。负载tRNA在此阅读或“解码”mRNA的密码子单位。Ribosome cycle ：核糖体循环。翻译的每次循环中，核糖体大、小亚基之间及其与mRNA的结合，翻译，然后各自分离的过程。Polyribosome ：多核糖体。结合多个核糖体的mRNA。Aminoacyl-tRNA ：氨基酰tRNA。 Peptidyl-tRNA ：肽基酰tRNA。Peptidyl transferase reaction ：肽转移酶反应。新肽键形成的反应。Deformylsase ：去甲酰化酶。在多肽链形成过程中或之后催化将甲酰基从氨基端去除的酶。Aminopeptidase ：氨肽酶。在多肽链氨基端切除Met以及另外一两个氨基酸的酶。70S initiation complex ：70S起始复合体。原核细胞在翻译起始阶段的最后形成的由核糖体大小亚基、mRNA、N-甲酰甲硫氨酰tRNA组成的复合体。43S pre-initiation complex ：43S起始前复合体。真核细胞在翻译起始阶段由核糖体小亚基与甲硫氨酰tRNA组成的复合体。80S initiation complex ：80S起始复合体。真核细胞在翻译起始阶段的最后形成的由核糖体大小亚基、mRNA、甲硫氨酰tRNA组成的复合体。Poly-A binding protein ：poly-A 结合蛋白。通过poly-A介导翻译起始因子与mRNA3端紧密结合的蛋白质。Factor binding center ：因子结合中心。核糖体大亚基上激活起始因子IF2和延长因子EF-TuGTP水解酶活性的结构域。Accommodation ：入位。为了成功进行肽转移酶反应，氨酰tRNA旋转进入大亚基的肽转移酶中心的过程。Translocation ：易位。为使肽链延伸的新一轮得以发生，核糖体P位点的tRNA移至E位点，A位点的tRNA移至P位点的过程。GTP exchange factor ：GTP交换因子。促使完成GDP到GTP的交换的延伸因子。如EF-Ts。Nonsense mediated mRNA decay ：无义密码子介导的mRNA衰减。指当一个mRNA分子含有提前的终止密码子时，很快就被降解。Nonstop mediated mRNA decay ：无终止密码子介导的mRNA衰减。指当一个mRNA分子不含终止密码子时，很快就被降解。 15章 遗传密码Degeneracy ：简并性。很多氨基酸由超过一种以上的密码子定义的现象。Synonym ：同义密码子。定义同一种氨基酸的几个密码子。Wobble concept ：摆动理论。反密码子5端碱基在空间上不如其他2个位置上的碱基那么受限制，可以和密码子3端几种碱基形成氢键。Missense mutation ：错义突变。引起密码子编码氨基酸转变的点突变。Nonsense mutation ：无义突变。突变为终止密码子的点突变。Frameshift mutation ：移码突变。插入或缺失一个或几个碱基对，从而改变可读框的点突变。Reverse（back） mutation ：逆转（回复）突变。吧改变了的核苷酸序列转变为原来的序列的突变。Suppressor mutation ：抑制突变。突变发生在染色体的不同位置，通过B位点产生的遗传变化抑制发生在A位点的突变所带来的变化。Intragenic suppressor ：基因内抑制。抑制突变和原来的突变位于同一基因内，但在不同位置上。Intergenic suppressor ：基因间抑制。抑制突变和原来的突变位于不同的基因上。 16章 原核生物的基因调控Constitutive expression（basal level） ：组成型表达（本底水平表达）。没有调控蛋白时，聚合酶微弱地结合启动子进行转录。Operator ：操作子。DNA上抑制子结合的位点。Recruitment ：募集。活化子协助聚合酶结合到启动子上的过程。Recognition helix ：识别螺旋。蛋白质螺旋-转角-螺旋结构域中进入DNA大沟的一个螺旋。Signal integration ：信号整合。Combinatorial control ：组合控制。一种调控蛋白与两种不同的抑制子共同作用于不同的基因。Attenuation：衰减作用。 Attenuator：衰减子。Lytically：裂解生长。噬菌体感染细菌后，形成新的噬菌体颗粒后裂解宿主细胞释放出来的过程。Lysogenically：溶原生