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文档简介

1. 根据测序结果，到NCBI上进行比对，确定该未知菌的种属。在地址栏输入/进入NCBI主页 点击“BLAST” 在Basic BLAST选项中点击“nucleotide blast” 在Enter Query Sequence 框中粘贴B1 16S sequence的序列；Choose Search Set 中选择 Others(nr etc) 在Program Selection 中选择 Highly similar sequences (megablast) General Parameters中的Max target sequences 选项值改为500 点击“BLAST”按钮 等待缓冲结束即可得到如下图示（部分）的页面 选择所需要的序列。query ID: lcl|62991选好20个后，点击在所选的序列前打“”将选取的序列以FASTA的格式保存打开保存的序列可得到如下画面：菜单Alignment中选择“Align by ClustalW” ，然后在出现的对话框选择默认设置，点击OK进行比对，接着会出现如下画面：等待其运行完成后，以“*mas”格式保存，然后直接删除，会出现如下对话框： 选择“Yes”，并输入名称保存，出现对话框输入一个名称，点击“OK”,在出现的对话框中选“No”在出现的对话框选“Yes”，会出现如下画面选择主界面中的Phylogeny菜单，Bootstrap Test of Phylogeny -
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