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文档简介

用PHYLIP构建进化树 冯伟 北医三院血管医学研究所 snooppyyy 进化树 Phylogenetictree 分析 对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤 当前的任务是 第一种方法 最大简约法 首先用CLUSTALX对齐序列 输出1 phy 文本编辑器打开后如下图 共8个序列 每个序列50个碱基 然后 打开软件SEQBOOT 如下图 输入刚才生成的1 PHY文件 输入一个4N 1的数字后 比如5 Bootstraping法就是从整个序列的碱基 氨基酸 中任意选取一半 剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列 这样 一个序列就可以变成了许多序列 一个多序列组也就可以变成许多个多序列组 根据某种算法 最大简约性法 最大可能性法 除权配对法或邻位相连法 每个多序列组都可以生成一个进化树 将生成的许多进化树进行比较 按照多数规则 majority rule 我们就会得到一个最 逼真 的进化树 R选项让使用者输入republicate的数目 所谓republicate就是用Bootstrap法生成的一个多序列组 打开输出文件 如图 得到了100组序列集 文件为2 out 打开DNAPARS 输入Seqboot的输出文件 2 out 新建dnapars的输出文件3 out 修改参数M 确定运行后就会出现下面这个 采用变通的办法 下载新版Dnaparsver3 61 同样修改参数M 成功运行 最后Dnaparsver3 61输出二个文件 分别命名为dnapars outfile和dnapars outtree 最后运行consense 导入dnapars outtree 打开consense outfile 第二种方法 邻位相连法 首先执行SEQBOOT软件将这8个序列变成100个republicate DNADIST软件 把SEQBOOT生成的文件输入 执行NEIGHBOR 输入DNADIST的输出文件 CONSENSE 查看最后结果 运行DNADIST 导入Seqboot的输出文件 并且命名DNADIST的生成文件为dnadist outfile 修改参数T 键入15 30之间的数字 修改参数M 改为100 运行后生成文件如下图 这个文件包含了与输入文件相同的100个republicate 只不过每个republicate是以两两序列的进化距离来表示 文件中的每个republicate都省略了第一排的Mo3Mo5Mo6Mo7Mo8Mo9Mo12Mo13 以这个输出文件为输入文件 执行NEIGHBOR软件 修改M的参数为100 修改后结果如图 选Y后运行 最后得到两个文件neighbor outfile和neighbor outtree 最后用CONSENSE读入neighbor outtree 运行后生
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