gaussview使用简介.ppt

A,1,GaussView使用简介,Gview是一个专门设计于高斯配套使用的软件，其主要用途有两个构建高斯的输入文件以图的形式显示高斯计算的结果除了可以自己构建输入文件外，Gview还可读入CHEM3D，HYPERCHEM和晶体数据等诸多格式的文件。从而使其可以于诸多图形软件连用，大大拓宽了使用范围（详见下图）,A,2,A,3,Gview的界面及主要功能键的介绍,GVIEW的界面,A,4,第一行为菜单栏:,File:主要功能是建立，打开，保存和打印当前的文件SaveImage将当前文件保存为图片格式Preferences。可以在里面改变Gview默认的各种显示的设置。,A,5,Edit:在这里可以完成对分子的剪贴,拷贝,删除和抓图等。AtomList,显示当前分子的内坐标，笛卡儿坐标，分数坐标等。PointGroup可以显示当前分子的点群及可能有的点群。PBC显示晶体文件（可以将CIF文件转换为图形，在点PBC按钮后所给并的对话框中根据选项调节具体显示的格式。Mos用于显示分子轨道（只有检查点文件，此选项才能给出分子轨道图。Symmetrize，对当前体系进行对称性控制。,A,6,View这里面的选项都是于分子的显示有关的，如显示氢原子，显示键，显示元素符号,显示坐标轴等,A,7,Calculalte：,可从Gview中直接向高斯提交计算。这是Gview作为高斯软件配套功能的重要体现。从所给的对话框中可以选择工作类型JobType（如优化，能量或频率等）;计算方法Method（如半经验方法，HF方法，DFT方法，MP方法等，还可以选定组）;Title(对所要做的计算给一个说明，以备以后的查看)Link0（给检查点文件命名，还可以在此用RWF命令设置临时数据交换文件的大小）；General,Guess,（这两个选项主要是给出体系中各原子的连接关系及如何给出初始猜测）；NBO（可在此设定NBO计算）,PBC（可在此设定晶体的有关计算）,Solvation（可在此设定溶液中的计算，除了选择溶剂外，还要选择模拟溶剂的理论模型）,A,8,Result：显示计算的结果，包括电荷，静电势表示的表面，振动,频率，核磁，势能面扫描，优化等。注意有些结果只能用检查点文件才能显示。,A,9,常用功能键的介绍,A,10,A,11,A,12,A,13,A,14,A,15,以构建一个间氟苯乙烷分子并从Gview里递交计算为例来说明,(1)双击Gview图标，打开Gview，下图就是Gview打开后的窗口,打开Gview，下图就是Gview打开后的窗口,A,16,(2)双击窗口中图标，得到如下窗口里面有常用的环状官能团。选中苯环（单击即可选中）,A,17,(3).在当前工作窗口（打开Gview时程序自动打开一个工作窗口，如下图）也可通过File-new路径新建一个工作窗口,A,18,在这个窗口中点鼠标左键窗口中就会出现苯分子，见下图,将鼠标放在分子上，按左键左右或前后移动，可以调节分子的角度将鼠标放在分子上，前后移动，可以将分子放大或缩小Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗口内平移分子,当工作窗口内有多个分子时在构建大的分子时，这种情况很容易出现这时可用以下命令可以用Shift+Alt+鼠标左键组合移动想要移动的分子，以调节各个分子间的距离可以用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度，以调节各个分子间的角度。Ctrl+Alt+鼠标左键这个组合常和将鼠标左键放在分子上，左右或前后移动，可以调节分子的角度这个功能连用。,A,19,(4)双击Gview界面上的图标。出现以下窗口点击氟的元素符号“F”，就选中氟原子。,A,20,(5).回到工作窗口在苯环上的任一个H上单击左键，将H置换成F。,但要注意此时仅是元素符号发生了改变，C-F间的距离仍是C-H键的距离。需要用建长工具进行调整。单击Gview界面上图标。然后再点击工作窗口中的C原子和F原子，看到被选中的两个原子于周围的原子再亮度上有差异此时会出现下面的窗口,A,21,根据C-F键的长度在0.675和2.700之间的方框内进行C-F键的调整。完毕后点击OK即可。,A,22,(6)双击Gview界面上的图标，出现以下窗口这是Gview里内置的链烃库，选中乙烷,A,23,(7).在工作窗口内空处点左键，用我们前面讲过的命令调节苯和乙烷间的距离和角度,A,24,将鼠标放在分子上，按左键左右或前后移动，可以调节分子的角度；将鼠标放在分子上，前后移动，可以将分子放大或缩小。Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗口内平移分子当工作窗口内有多个分子时在构建大的分子时，这种情况很容易出现这时可用以下命令可以用Shift+Alt+鼠标左键组合移动想要移动的分子，以调节各个分子间的距离。可以用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度，以调节各个分子间的角度。Ctrl+Alt+鼠标左键这个组合常和将鼠标左键放在分子上，左右或前后移动，可以调节分子的角度这个功能连用。具体的好处需要自己去试,A,25,（8）单击Gview界面上图标。然后点击与乙烷正对的苯上的C原子和H原子选择“None”，乙烷上的C-H键作类似处理然后单击Gview上的图标，点选工作窗口中的两个氢原子，即将它们删去,A,26,至此分子构建已完成。,A,27,9）Gview存储个人常用分子的功能。Gview中只有常用的一些环状分子和链状分子，远不能满足研究特定体系的特殊需要。不过Gview有一个功能可以弥补这个缺憾：可以把常用的分子或官能团存在制定的文件夹内。在需要时可以直接调用。双击view上的图标，在下面的对话框中键入相关项目，保存即可,A,28,（10）查看分子的对称性从Edit-Pointgroup路径可以查看所构建分子的点群。点击Pointgroup后，出现如下窗口：为C1点群，其下拉菜单中的为可能的点群（改变Tolerance,也可帮助我们判断所构建体系可能有的点群）,A,29,（11）查看分子坐标。单击Gview界面上的图标。出现下面窗口,Z表示时内坐标，C表示直角坐标。可以在里面对坐标做适当的调整,A,30,（12）向Gauss递交计算。点Gview界面上Calculation会出来一个递交计算的对话框。从所给的对话框中可以选择工作类型JobType（如优化，能量或频率等）;计算方法Method（如半经验方法，HF方法，DFT方法，MP方法等，还可以选定基组）;Title(对所要做的计算给一个说明，以备以后的查看)Link0（给检查点文件命名，还可以在此用RWF命令设置临时数据交换文件的大小）；General,Guess,（这两个选项主要是给出体系中各原子的连接关系及如何给出初始猜测）；NBO（可在此设定NBO计算）,PBC（可在此设定晶体的有关计算）,Solvation（可在此设定溶液中的计算，除了选择溶剂外，还要选择模拟溶剂的理论模型）的Gaussian,A,31,选择完毕后，点Submit即可递交计算。有时由于安装的原因Gview无法与Gauss建立关联，就不能直接从Gview里递交计算。这时可以在Gview里保存用于Gauss计算的输入文件，然后从Gauss里调出文件进行计算。,A,32,结算结果可视化的实现,1.几何构型2.分子振动3.轨道4.电荷密度5.静电势,A,33,选择File,打开一个已经正常计算完的结果,然后选择Results,就可以出现以下选项见下图,主菜单,A,34,选择Vibrations选项,就可以直接查看分子的振动模式(见下图),A,35,同样也可以看到分子的红外和拉曼光谱,A,36,选择Edit然后在选择MOs,就可以实现对分子轨道的可视化,A,37,如右图所示,A,38,构建分子中的注意事项在构建分子前，应对分子的键长，键角和点群等有一个详细的了解。这样在构建过程中才能更好的把握细节，如构建大分子时，各个集团间的键长，键角和二面角一定要给的准确。相当一部分的错误（如SCF不收敛，1502报错等）都是分子建模不合理造成的。分子模型不合理导致程序根据分子模型所得的薛定鄂方程不合理，也就导致了对方程的解不能顺利完成，所以报错。对于大分子，不会出现分子直线排步的情况，链烃通