化学信息学_乐英红.ppt

化学信息学,乐英红催化楼314Tel：22409Email：yhyue,第一章前言,1.1产生的背景化学学科的重要性化学信息量的快速增长计算机与网络技术的发展,现状截止1999年12月31日，美国化学文摘登记的分子、化合物和物相数目已超过23,000,000种，但有百年历史MerckIndex，12thEd.(1996)，收录的分子和化合物只有10,330种，占0.05%，从最大的试剂商店和药房能买到的药品和试剂不超过10,000种。所以目前在起作用（为人类服务和为非作歹）的分子和化合物不到0.05%，而其中有突出贡献的更不到0.001%。99.9%以上的分子深藏在文献库中。,如果你挣了一大笔钱？,存在银行里？（没有利息、贬值）再投资？化学信息就是一个大金库！,Adisciplineburiedbysuccess,Nature,24May2001Vol411no6836,p.399化学形象被与起交叉学科的成功所埋没药物学蛋白质组学纳米技术材料科学.,1.2化学信息学的定义,化学信息学是信息科学与化学的交叉学科利用数学、统计学与计算机科学的理论、方法和网络技术作为手段，研究化学信息的获取、表示、管理、传播、分析、加工和应用，在此基础上进行知识创新，促进化学学科的发展。,1.3化学信息学的内容,化学信息的产生和获取利用检索工具通过实验方法.化学信息的表达、存储和管理化学运筹学数据整理可视化数据库管理技术.,化学信息的加工和处理化学计量学化学软件目的是获取更多的信息.化学信息的深化化学模式识别计算机模拟设计.,3.4本课程的目标,化学信息的获取(重点)图书,工具书,期刊,CA检索,专利检索,网络检索等手段网络和多媒体技术及在化学上的应用化学信息的简单总结，表示,3.5本课程的现实意义,今后科学研究的基础科研的第一步文献调研（例子）科学方法的掌握在其他领域的应用,第二章科技文献及检索概论,2.1科技文献的基本常识科技文献的分类印刷型、缩微型、声像型、光盘型一次文献、二次文献、三次文献(原始文献)(检索工具)(总结报告),一次文献种类二次文献种类,期刊图书会议文献专利文献科技报告学位论文技术标准产品样本,目录题录文摘索引,2.2科技文献检索基础知识,科技文献检索的意义假如一个化学家懂30国语言，每小时读4种杂志，一周阅读40小时，从年初开始，要读完全年化学文献，需要10年以上的时间美国前化学文摘总编辑Bernler,科技文献检索的途径主题途径作者途径引文途径其他途径如号码途径、分类途径、关键词途径等,科技文献检索的方法追溯法工具法交替法手工检索光盘检索网络检索其他途径,科技文献检索的步骤分析检索课题选定检索工具确定检索途径阅读二次文献获取原始文献,第三章美国“化学文摘”,3.1概况名称（CA，ChemicalAbstract）内容以化学化工为主，涉及生物、医学、轻工、冶金、物理等领域，最常用的检索工具.出版情况周刊，两卷/每年，26期/卷（1967-）,特点摘录广泛收录136个国家56种文字出版的14,000多种期刊，包括期刊、图书、学位论文、科技报告、会议论文、专利等，占总文献98%出版迅速索引完备组成CA文摘和CA索引,3.2CA文摘,CA文摘的内容以报道性为主，其内容包括研究的目的和范围、新的化学反应、化合物、材料、工艺、操作、设备、性质机器理论，新知识的应用，以及研究结果和作者的判断、结论等。,CA文摘的编排方式单期号（一）生物化学1-20类（二）有机化学21-34类双期号（三）大分子化学35-46类（四）应用化学和化学工程47-64类（五）物理化学、无机化学与分析化学65-80类,CA文摘的信息,标题（篇名）？出处（来源）？作者？单位？地址？其他文字？大小？价钱？不同类型的文献略有不同,CA文摘的著录格式,A.期刊论文107：3735gGas-phasehydrolysisofproteinsandpeptides.Meltzer,NoelM.;Tous,GuillermoI.;Gruber,Stephen;Stein,Stanley(Schering-PloughCorp.,Kenilworth,NJ07033USA)Anal.Biochem.1987,160(2),356-61(Eng).,原文文种,期刊名称,年份卷号页码,作者单位地址,作者姓名,论文题目,文摘号,B.会议录和资料汇编107：16969mStationaryphaseeffectsinRP-TLC/HPTLC.Gonnet,C.;Marichy,M.(Lab.ChimAnal.,Univ.ClaudeBernard,LyonI,F-69622Villeurbanne,Fr.)Proc.Mp.Instrum.HighPerform.ThinLayerChromatogr.3rd.1985,49-60(Eng).EditedbyKaiser,R.EInst.Chromatogr.:BadDuerkheim,Fed.Rep.Ger.,会议或出版物名称,会议录编者姓名,出版社及所在国家,C.技术报告107：15373aMicroemulsionsandcolloidalsemiconductordispersions.Graetzel,Michael(Ec.Polytech.Fed.,Lausanne,Switz.).Report1986.OrderNo.ADA173248/6/GAR,19pp.(Eng).AvailNTIS.FromGov.Rep.Announce.Index(U.S.)1987,87(3),Abstr.No.703870.,报告收藏单位,本文摘转摘自,技术报告编号,报告总页数,D.学位论文107：15759fLaserinducedsiliconcrystalgrowthmechanics.Grigoropoulos,Constantine(ColumbiaUniv.,NewYork,NYUSA).1986.121pp.(Eng).AvailUniv.MicrofilmsInt.OrderNo.DA8703031.FromDissAbstr.Int.B1987,47(10),4275,论文收藏形式及序号,本文摘转摘自,出版年份,E.新书107：14456tWorldofNuclearEnergy.(KakuEneruginoSekai)Suzuki,Eiji(TokyoDenkiUniversityPress:Tokyo,Japan).1986.144pp.(Japan).Y1200,原价（出版国家）,出版年份及总页数,原书名的音译名,F.专利107：10494fFuelcellsystem.Tajima,Hiroyuki(FujiElectricCo.,Ltd.).U.S.US4,657,828(Cl.429-12;H01M8/06)14Apr.1987,JPAppl.85/75,579,10Apr.1985;4pp.,专利号,国际专利分类号,专利公布或批准日期,专利申请号,专利申请日期,3.3CA的索引,CA索引体系（一）分期索引每期文摘后（二）卷索引每半年（三）累计索引每十年,CA索引介绍,主题索引（SubjectIndex）（一）1907-1915年初级阶段（二）1916-1966年发展阶段（三）1967-1971年成熟阶段（四）1972-至今分成化学物质索引和普通主题索引出现索引指南,物质的名称或表示事物的概念性名称,主题索引的例子,Aceticacid，analysischromatog.of，70：26684wAceticacid，preparationspurificationof，bycationexchange，70：91101tAceticacid，compoundscalciumsaltcatalysts，formanuf.of，phenolcondensationproducts，70：58536r,化学物质索引（ChemicalSubstanceIndex）化学成分确定、结构明确、价键清楚的化学物质作为索引的标题，按字序排列，是CA索引中使用最广泛的索引之一。包括：已知的元素、化合物及衍生物、特种金属的合金、矿物、特殊化合物的混合物和聚合物、各种抗菌素、酶、激素、蛋白质、多糖及基本粒子等,化学物质索引以化学物名称为主题词，按字顺排列，基本格式如下：主题词(登记号)副标题说明语文摘号,A.化学物质索引的格式,Benzoicacid65-85-0B1246g，R28695bBenzoicacid65-86-0，analysischromatog.of，75444tBenzoicacid65-86-0，compoundsaluminumsalt555-32-8，catalysts，116449uBenzoicacid，4-acetyl-586-89-0，56669d,B.化学物质索引的编排程序化合物名称普通副标题化学功能基副标题取代基（字母顺序）analysisbiologicalstudiesoccurrencepreparationpropertiesreactionsusesandmiscellaneous,Acetals；anhydrides；anhydrosulfides；compoundsderivatives；esters；ethers；hydrazides；hydrazones；lactones；mercaptals；mercaptoles；oxides；oximes；polymers,C.化学物质索引的说明语对索引标题起说明和解释作用。（采用倒读法）Benzene71-43-2,reactionreactionofwithat.oxygen.Mechanismof,159507dmechanismofreactionbenzenewithatoxygen（苯与氧反应的机理）Benzoicacid65-85-0,analysisdetn.of,infood,41804ddetn.Ofbenzoicacidinfood(食品中苯甲酸的测定）,D.检索实例,检索有关“发酵法L-赖氨酸”的文献一.选择主题词L-赖氨酸（L-lysine）二.选择副标题制备（preparation）三.根据选定的标题、副标题查阅化学物质索引以105卷为例，查得：L-Lysine56-87-1，preparationmanuf.ofbyfermn.，R113473m四.查阅文摘，决定是否需要获取原始文献,检索有关“聚2-甲基丙烯酸甲酯机械性能”的文献一.选择主题词propenoicacid，2-methyl-二.选择副标题esters（酯）三.查阅化学物质索引以105卷为例，查得：2-Propenoicacid，2-methyl799-41-4，estersmethylesterhomopolymer9011-14-7mech.Propertiesanddurabilityof，liq.Mediumandstresseffecton，192114wmech.Propertiesof，solventimmersioneffecton，115760b四.查阅文摘，决定是否需要获取原始文献,普通主题索引（GeneralSubjectIndex）收录除具体化学物质名之外的其他有关化学化工主题，大致包括化学物质大类名、成分未确定的化合物，有关物化概念和现象、化学反应名称及化工过程和设备、生物化学和生物学主题，是CA最主要的索引之一。除化学物质名称外的所有名称,普通主题索引的格式,Acids,analysisdetn.ofincrudeoilbywaterextn.,45554mAcids,useandmiscellaneoussremovaloffrommagnesiumsulfiteliquors,P2685a,文摘号,副标题,说明语,检索实例检索有关“流化床反应器设计”的文献选择主题词反应器（Reactor）以105卷为例，查得：Reactorfluidized-bedofdesignandperformenceof，gas-solidreactionsinrelationto，118047k查阅文摘，决定是否需要获取原始文献,普通主题索引与化学物质索引既有区别又有联系，检索时应相互结合如：检索“烷基苯磺酸盐表面活性剂的废水处理方法”可用“苯磺酸”“衍生物”查化学物质索引也可用“表面活性剂”“磺酸盐类”查普通主题索引适当的索引快速、全面的资料,作者索引（AuthorIndex）将作者、合作者、团体名称（企业、研究机构等）按字序混合编排，个人作者以姓在前，名在后。期索引的格式：MassonA246438sMassonCR246008bMatsushitaR249135bMatsushitaElectricIndustrialCo.Ltd.P238230c,.,卷索引的格式：Boatman,RodneyJ.;Cunningham,S.L.;Ziegler,D.A.Amethodformeasuringthebiodegradationoforganicchemicals,1734rCunningham,S.L.seeBoatman,RodneyJ.,.,卷索引与期索引的区别：期索引只有文摘号，无题目，所有作者后都有文摘号卷索引有文摘号和篇名但只有第一作者后才有作者索引的特点：稳定、使用方便，跟踪最新进展,专利索引（PatentIndex）A.专利号索引（NumericalPatentIndex）按所收录专利的国家简称字顺编排，相同国家的按专利号大小排列GREMAN2947001172314sUNITEDSTATED41770568976p1419996g419101398325c,专利对照索引(PatentConcordance)用于检索相同专利，以调节文种及馆藏GERMAN254280Brit15236186：24448dCan10815232925524US4190419UNITEDSTATE4190419Brit203029193：3438eFr2436994Ger2925524,专利检索的例子检索联邦德国专利2925524的相同专利及其文摘DE2925524US4190419无文摘US4190419Brit2030291Fr2436994Ger292552493：3438e查阅文摘,专利索引（PatentIndex）1981年起，由专利号索引和专利对照索引合并。已知某篇与课题有关的专利，利用专利索引就能查到与发明内容基本相同的所有专利文献,专利索引的格式JP（Japan）59/074288A28474288，101：160176uUS4483748AUS4545863A（Continuation-in-part）104：98148t59/078527A2seeEP107356A259/074288A28493055，101：210764gAU560016B（Related）,分子式索引（FormulaIndex）按分子式符号的英文字顺序排列，相同分子式下又按化学物质名称的字顺序排列。#分子式按Hill系统排列含碳化合物碳在前、氢在后，其他按字序；不含碳化合物按分子式内元素字序。,分子式索引的格式C8H8O3Benzaldehyde,2-hydroxy-3-methoxy-148-53-8,74791wBenzeneaceticacid,-hydroxy-90-64-2,SeeChemicalSubstanceIndexmonopotassiumsalt101244-60-4,P14855rC11H18N2Compd.,b1292-3o,1520pC14H109H-Fluorene,9-methylene-4425-82-2,51046uForGeneralderivs,SeeChemicalSubstanceIndex,例检索苯乙酸钠制备的文献,苯乙酸钠分子式C8H7O2Na，母体苯乙酸C8H7O2查分子式索引，得Benzaldehydehydroxymethyl-106799-57-9,106:107418e,113:196826t4-hydroxy-3-methyl-15174-69-3,107:36338h,109:169962vBenzeneaceticacid103-82-2,seeChemicalSubstanceIndexcesiumsalt19851-14-0,115:158484psodiumsalt114-70-5,106:119716k,107:134391q,环系索引（IndexofRingSystems）环系索引需与化学物质索引或主题索引配合使用。3-RINGSYSTEMS6，6，6，C5NC6C6BenzofquinolineBenzohquinoline1，4-Ethenoisoquinoline2，6-Methano-3-benzazocine,检索实例已知环系化合物机构（如下），检索有关“空气中其含量分析方法”的文献,一.确定环数、环的大小及环上元素组成二.查阅环系索引以99卷为例，查得：2-RINGSYSTEMS5，6C4NC61H-Indole三.查阅化学物质索引，查同卷，得：1H-Indole，3-methyl83-34-1detn.of，inair，bygaschromatog，402695e四.查阅文摘及原文,索引指南（IndexGuide）1968年起，是查找化学物质索引和普通主题索引必不可少的辅助索引。内容主要包括：见（see）参见（Seealso）标题注释（Headingnotes）结构式图解（Illustrativestructuraldiagrams）普通主题等级表（Hierarchiesofgeneralsubjectheadings）,同义参见（see）CA对化合物命名有自己的原则，不同命名法中CA只取其一，其他名称如习惯名、商品名等通过指南查CA选用名。例如：ethyleneSeeetheneVitaminCSeeL-AscorbicacidEDTASeeGlycine,N,N-1,2-ethanediybisN-(carboxymethyl)-,相关主题参见（Seealso）为扩大检索范围，以获得更多相关资料，索引指南用“参见”形式引出一系列与标题有关但不完全同义的标题词，以供参考。例如：Proteins（氨基酸）SeealsoAminoacidPeptides（肽）,标题注释标题注释主要说明索引标题的含义、范围及标题之间的区别和联系。例如：HalogensStudiesoftheclassofcompoundscomprisingPeriodicGroupVIIAareindexedatthisheading.Forstudiesofspecifichalogens，seethosespecificheadings.,结构式图解结构式图解主要说明环状化合物、立体化合物和天然化合物的结构。例如：4，9-Epoxy-iH-benzfindene240-80-2,普通主题等级表(HierarchiesofgeneralSubjectHeadings)普通主题索引的主题词按学科内容分58各大类，排列成等级表，用点数表示主题级别，其格式：54.TECHNOLOGICALPROCESSESANDPRODUCTS（大类名）Environmentalpollution（一级主题）AirpollutionWastes（二级主题）WastegasesExhaustgasesWastesolid（三级主题）Dust（四级主题）,例子检索有关“食物中维生素C测定方法”的资料先查索引指南，得VitaminCseeL-Ascorbicacid50-81-7根据索引指南提供的名字查化学物质索引L-Ascorbicacid50-81-7，analysisdetn.ofinfood，R138205winfruitandvegetablejuice，bymicromethodwithdichloroindophenolindicator，4171y,登记号索引（RegisteryNumberIndex）化学文摘中化学成分、结构及化学键性质确定的每一种化学物质都编一个登记号。1969年起出版登记号索引（71、72-73、74-75卷）1974年起改出登记号手册（CASRegistryHandbookNumberSection）登记号由三部分组成，用短线联接，第一部分最多六位数，第二部分两位数，第三部分为一位数,登记号索引（或手册）按号码由小到大顺序排列其格式如下：1585-07-5Benzene，1-bromo-4-ethyl-C8H9Br登记号索引不提供文摘号，必须与化学物质索引或分子式索引连用,登记号,CA选用名,分子式,登记号索引的主要用途：由登记号查出化合物CA选用名，再转查化学物质索引文摘中原料及产品都有登记号，越来越多的检索工具、专利说明书和期刊采用CA统一的登记号获得主题索引中的化合物名称对苯二甲酸1,4-Benzenedicarboxylicacid100-21-0terephthalicacid(76卷以前）（化合物名称的变化）,由登记号查某些天然化合物、商品牌号等的分子式，转查分子式索引4-葡糖麦芽糖（Panose）的名称及登记号D-Glucose，O-D-glucopyranosyl-(16)-O-D-glucopyranosyl-(14)-33401-87-5由登记号查得分子式为C18H32O16查分子式索引一种化合物，不管有几个名称，只有一个登记号同分异构体，组成相同，结构不同，登记号也不同,资料来源索引（CASSourceIndex）资料来源索引是CA摘用刊物的全称及其他有关内容的辅助工具。内容包括：刊名缩写、刊名全称、出版文种、刊物历史，编辑和出版地点及收藏单位等。1907-1969年来源索引1907-1974年来源索引1907-1979年来源索引1974年起同时出季度增刊，第四季度增刊相当于年卷本,检索方法资料来源索引按出版物缩写的字顺编排，查阅时讲文摘中的刊名缩写看成一个整体，就能找到刊名的全称及其有关内容。如ChemEngNewsChemicalPecheby,S.B;Chuiko.A.A;Stuchinskaya,T.L.;Kundo.N.N.CatalTodayv17n1-2May261993ProcediingsofthefirstEuropeanWorkshoponEnvion-mentalIndustrialCatalysis,Louvain-la-NeuveBelg,p3140,主题词,论文题目,内容摘要,作者(工作单位),刊名、卷、期、出版年,EI的索引,主题索引（SubjectIndex）1987年起出现，分主题词和二级主题词，1993年后取消二级主题词CORROSIONPITTING012867CORROSIONPOTENTIAL002740013386CORROSIONPREVENTION000501001324CORROSIONPROTECTION002320002740,年刊的主题索引与月刊有较大差别，除主题词外还列出了每篇文章的题目以及在年刊、月刊中的文摘号NITROGENOXIDESairpollutioncontrolsystemsandtechnologiesforwaste-to-energyfacilitiesA000360M004184,著者索引（AuthorIndex）以著者姓名的字母顺序编排，在著者姓名后给出相应的文摘号著者工作单位索引（AuthorAffiliationIndex）以著者工作单位名称的字母顺序编排，机构名称后列出地址和文摘号，1990年后取消,EI的光盘版该光盘收录了4500余种报道工程各个领域的期刊、会议文献、科技报告、学位论文和政府出版物等，并有指示性文摘。时间范围：1995年至今更新周期：季度更新数据来源：Dialog公司数据库（复旦图书馆）,检索方法直接检索TitlewordsWordsandPhrases索引检索Word/PhaseIndexEISubjectHeadingsAuthorNameAuthorAffiliationJournalNameConferenceSearchOptions,检索实例主题？作者？会议？,4.3科技会议录索引,当您需要一份会议论文时，却只知道这一会议何时或在何地开？当您希望了解研究领域内最新的研究动态和趋势，却无法参加相关会议？当您想了解某一位研究人员所发表的会议论文时？您所需要的是：科技会议录索引,科技会议录索引名称ISTP(IndextoScientificWHENORDERINGUSEACCESSIONNUMBERBC30J-MAREIALSRESEARCHSOC9800MCKNIGHTRDSRITE327PITTSBURGH-ANEWPREPARATIONECHNIQUEOFCTIVATLU,H.M.Zeng(Zhongshanuniv,InstSciCanton510275P.R.China)83,编辑姓名,订书通讯处,会议论文题目、作者、地址、起始页码,出版者(物)、页数、价格,国