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文档简介

1、基因组测序 和组装流程,生物信息学分析流程图,基因功能注释,基因注释主要基于蛋白序列比对，将基因的序列与各数据库进行比对，得到对应的功能注释信息。 注释的蛋白库为：kegg、cog、swissprot、trembl、nr。,b-6 kegg代谢通路二级分类图,b-9 kegg代谢通路二级分类图,b-6 cog功能分类图,b-9 cog功能分类图,b-6 gc含量、gc skew、 cog 注释基因组分布图,b-9 gc含量、gc skew、 cog 注释基因组分布图,基因家族（gene family）和基因簇（gene cluster）分析,基因组中来源相同，结构和功能相关的基因 聚集在一起形

2、成基因家族。 基因家族的各个成员紧密成簇排列成大段的串联 重复单位，分布在某一条染色体的特殊区域,测序数据的解读与分析,解读策略 木质素基质是非常巨大的非均性高分子，会受到细胞外酶或试剂的作用；木质素不含有可水解的化学键，这就意味着木质素降解所参与的酶必须具有氧化性；木质素具有立体结构不规整性，与许多其他天然高分子相比，木质素降解要求更具非特异性的作用。 木质素降解过程中涉及到的细胞外酶主要有：木质素过氧化物酶（lip）和锰过氧化物酶（mnp），以及漆酶（lac）。此外，一些附属酶参与过氧化氢的产生，乙二醛氧化酶（glyoxal oxidase，缩写作glox）和芳基醇氧化酶（aryl alc

3、ohol oxidase，缩写作aao）属于这类酶。,解读策略 木质素降解过程涉及到的其他酶。 对木质素模型化合物作用的相关酶； 木质素单体化合物降解相关酶。,运用测序数据构思文章,对羟苯基结构（10%）,愈创木基结构（70%）,紫丁香基结构（20%）,木质素主体结构的连接方式,-o-4型连接,木质素降解有关主要的酶和它们催化的主要反应,增加个性化信息分析 对b-6，b-7，b-8，b-9这4株菌的数据进行分析，寻找与木质素降解相关基因； 用cazy数据库对这4株菌的代谢途径进行注释，寻找纤维素、半纤维素降解家族基因。 对4株菌的亲缘关系进行分析，确定菌株之间的相互关系； 通过对4株菌进行进化分析，判定是否为古菌或新的菌种。,论 文 构 思,创新性 系统性 热点，高关注度,下一步的实验安排,对已注释出的基因进行验证,未注释出功能的基因鉴定，挖掘新基因,其他方面的应用研究,应用nmr、ftir、uv， 14c标记的木质素降解机理方面的研究； 农药残留物以及其他一些难降解有机物的降解； 重金属有机

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