Maxquant使用说明复习课程

1、精品文档Summary该总结文件包含了所有在Maxquant运行当中所有原始数据文件的信息名称分隔描述说明Raw file原始数据的处理加工En zyme用于消化蛋白样品的蛋白水解酶En zyme mode同上En zyme first search用于first search的蛋白水解酶En zyme mode first search同上Use en zyme first search当有不同的蛋白酶用于设置firstsearch 时，标记为 + ”Variable modificatio ns（翻译为可变修饰）用于多肽鉴定当中的可变修饰Multi modificati ons多重修饰用于

2、鉴定多肽当中Variablemodificati onsfirstsearch在first search 当中的可变修饰Use variable modifications first当有不冋的可变修饰用于设置firstsearchsearch 时，标记为 + ”Requa ntify用在鉴定当中的标签的数量（例如冋位素标签，这里应该特质同位素标签）的数量Multiplicity同上Max. missed cleavages允许取大的漏切数量Labels。用于标签实验当中的标签，其中，0为轻标，1为中标，2为重标LC-MS run typeLC-MS运行的模式，当用于数据依赖性的传统的鸟枪法来

3、做蛋白质组学时，设置为standard （标准模式）Time-depe ndent recalibrati on时间依赖性的再校准：当出现该校准时，数据框内标记为“ +”时间依赖性的校准用于提高数据的质量MS在原始数据当中的 MS1记录的数据量MS/MS在原始数据当中的MS2记录的数据量MS3在原始数据当中的MS3记录的数据量MS/MS submitted用于软件分析的串联的 MS的数量1MS/MS submitted (SIL)用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为标记簇（重标组， labeling cluster ）的母离子被检测。MS/MS submitted (ISO)用于软

4、件分析的串联的 MS的数量， 这里检测的是作为冋位素模式的母离 子被检测。MS/MS submitted (PEAK)用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为单个峰（single peak，这里的单个峰的意思应该是没 有冋位素峰）的母离子被检测。MS/MS ide ntified鉴定到的串联质谱数的总数量MS/MS ide ntified (SIL)鉴定到的串联质谱数的总数量，这里 检测的是作为标记簇（重标组， labeling cluster ）的母离子被检测。MS/MS ide ntified (ISO)鉴定到的串联质谱数的总数量，这里 检测的是作为冋位素模式的母离子被 检测。MS

5、/MS ide ntified (PEAK)鉴定到的串联质谱数的总数量，这里1这里所说的串联质谱可以认为是二级质朴检测的是作为单个峰（single peak , 这里的单个峰的意思应该是没有同位 素峰）的母离子被检测。MS/MS ide ntified %被鉴定到的串联质谱的比例MS/MS ide ntified (SIL) %被鉴定到的串联质谱的比例，这里检 测的是作为标记簇（重标组，labeli ng cluster ）的母离子被检测。MS/MS ide ntified (ISO) %被鉴定到的串联质谱的比例，这里检 测的是作为冋位素模式的母离子被检 测。MS/MS ide ntified

6、 (PEAK) %被鉴定到的串联质谱的比例，这里检 测的是作为单个峰（single peak，这 里的单个峰的意思应该是没有同位素 峰）的母离子被检测。Peptide Sequences Identified通过记录在二级质谱上的谱图而鉴定出来的氨基酸序列的多肽的总数量Peaks被检测到的 MS1（full sea ns）的总数量Peaks Seque need通过MS2测出氨基酸序列的多肽的总数量Peaks Seque need %通过MS2测出氨基酸序列的多肽的 比例（这里指的应该是串联质谱鉴定 到的多肽的数量与 MS1鉴定到的数量之比）Peaks Repeatedly Seque nee

7、d在二级质谱当中被重复鉴定的次数（超过1次）Peaks Repeatedly Seque need%在二级质谱当中被重复鉴定的多肽的数量站总鉴定多肽数量的比率Isotope Patter ns检测到的同位素峰的总数量Isotope Patter ns Seque need被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的总数量IsotopePatter nsSeque need(z1)被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的总数量（电荷数 1）Isotope Patter ns Seque need %被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的比例IsotopePatter nsSeque need(z1) %

8、被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的比例（电荷数1）Isotope Patter ns RepeatedlySequeneed用串联质谱对冋位素重复（超过1次）测序的总数量Isotope Patter ns RepeatedlySequeneed %用串联质谱对冋位素重复（超过1次）测序的比率Reealibrated重新校准：当原始数据当中的质量被 重新校准时，会在该框下显示“ + ”Av. Absolute Mass Deviati onppm被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对 比后，其检测质量与理论质量偏差的平均值，单位为百万分之一Mass Stan dard Deviatio n ppm

9、被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对 比后，其检测质量与理论质量偏差的 标准差，单位为百万分之一Av. Absolute Mass Deviati on被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对mDa比后，其检测质量与理论质量偏差的平均值，单位为百万分之一道尔顿Mass Standard Deviation mDa被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对 比后，其检测质量与理论质量偏差的 标准差，单位为百万分之一道尔顿Label free norm param用于label-free实验当中测定峰强度值的标准因素Evidence名称分隔描述说明Sequenee鉴定出来的多肽的序列Len gth保存在sequenee

10、 框内的序列长度Modificati ons在被鉴定的多肽上的转录后修饰Modified seque nee包含修饰位点的多肽序列， 修饰位点 会标记在被修饰的氨基酸前面， 修饰 方式会以缩写的形式呈现出来，一般 情况下，多肽会被下划线标记Carbamidomethyl (C) Probabilities半胱氨酸被烷基化的可能性： 包含翻 译后修饰的多肽可能出现修饰的可 能性，其中概率为0 1其中1为最 大，该列表示半胱氨酸烷基化的可能 性Oxidatio n (M) Probabilities甲硫氨酸氧化的可能性：包含翻译后 修饰的多肽可能出现修饰的可能性， 其中概率为0 1其中1为最大，该

11、 列表示甲硫氨酸氧化的可能性Carbamidomethyl (C) Score Diffs通过计算PTM添加到的那个位置以及没有PTM位点之间的差异计算，如果值为负，则说明其修饰的可能性近乎没有Oxidation (M) Score Diffs通过计算PTM添加到的那个位置以 及没有PTM位点之间的差异计算， 如果值为负，则说明其修饰的可能性 近乎没有Acetyl (Protein N-term)发生在蛋白质 N末端的乙酰化的数量Carbamidomethyl (C)发生在半胱氨酸上的烷基化修饰的数量Oxidatio n (M)发生在甲硫氨酸上的氧化修饰的数量Missed cleavages水

12、解酶漏切多肽的数量Protei ns根据多肽而推断出来的蛋白质的名称Leadi ng prote insLeadi ng razor prote inGene n amesProtein n amesTypeRaw fileMS/MS m/zChargem/zMassResolutio nUn calibrated - Calibrated m/z ppmUn calibrated - Calibrated m/z DaMass error ppmMass error DaUn calibrated mass error ppmUn calibrated mass error DaMax in

13、ten sity m/z 0Retention timeRete nti on len gthCalibrated retention timeCalibrated retention time startCalibrated retention time finishRetention time calibrationMatch time differe neeMatch m/z differe neeMatch q-valueMatch scoreNumber of data pointsNumber of sca nsNumber of isotopic peaksPIFFract ion of total spectrumBase peak fractionPEPMS/MS countMS/MS sca n