pymol做图简单教程

1、1. 将对接好的ligand和蛋白merge（好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会 把几个ligand当作一个2. Merge 后 export structure,存成 pdb 格式3. 在pymol中打开.pdb4. 在里面找出 ligand,点 sele 的 A(action)/renameRe name这个liga nd,这里命名为lig5. 选 all,H(hide)everthing6. 选 lig， S(show)sticks7.2j50（就是那个蛋白）S/cartoon8. 在后面的color调整颜色，这里ligand选by element2j50 选

2、white(cyans Diranges 匕r t户.Grayswhigr-ayQOei-oy70gray60I19. 下面显示氢键，点击 2j50 的 Action,选择 find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了13 / 112J5021iS-2_pofiction4zoomorientcenterorigindreg rnatri3set cartoon_color white在改氢键的线型，在dash gap length width进行调整把虚线改好看点Edit item and hit to sei valuedash_c

3、olorredd3sh_gapa. 15000dashength0.05000dash.raciuso.oaaoodash_roLnd_endsondBshwidth. 50000Stick也可以改细点xF匕13.电子密度1）首先，登陆搜索你的蛋白Welcome to the Electron Density Server at I ppsala UniversityEntjCT a PDR cade (4 characters): IJ-OSubmitOr enter j scorch string:rSflarcbClear2) dow nl oad mapsDownloadCoordin

4、ateslapsNil fileg3) 选 ccp4 格式,generate mapXutubr of reflections: ( Correlation coefiicient Fo md Fc :2j50. nap. ccp4在 pymol 里打开,在打开的.map,action/mesh,color/blue选中 lig,在 PyMOL输入 isomesh map,2j50.map,2.0,sele,carve=1.6Electron-density7 map generation for 2j50format:3 Tvp亡 JxitiFo-DF匚审| | Generate map |fo CCP4CNS(Note: this mayr take a fei eZD , or many minute s, depending cm the size of your map J4)下载后解压，重命名为*.map.ccp4II X I5)6)7）这样就从原来的 map里iso出lig周围的蛋白的电子密度，把2j50.map_mesh关了就可以 看见了然后再调整它的粗细mesh_tYpe me 由width minjnesh_spacing0.30000a.feooooALA，113GLU-211丿lMlVkirvJTPV jrLYS-162j电子