Arlequin地使用说明书

1、实用标准Arlequin3.1 的使用说明Arlequin 功能的概述Molecular diversity 分子多态性Mismatch distribution 错配分布Haplotype frequency estimation单倍型频率估计Linkage disequilibrium 连锁不平衡：检测不同位点上等位基因的非随机 关联Hardy-Weinberg equilibrium 哈温伯格平衡Tajima s neutrality test Tajima 中性检测Fu s neutrality test Fu 中性检测Ewens-watterson neutrality test E

2、wens-watterson 中性检测以上三个中性检测都是基于无限位点模型，适用于 DNA sequence 和 RFLP 单 倍型。Chakraboety s amalgamation test Chakraboety s 融合检测，检测 人群的均一性和同质性，和中性选择等。Minimu Spanning Network（MSN，最小扩张树或称之为最小支撑树， 给予分子差异。AMOVA 分子差异度分析，用以评测人群的遗传结构Parwise genetic distances 遗传距离的估计Exact test of population differentiation 检测随机交配群体单倍型

3、的非 随机分布Assignment test of genotype 通过估计等位基因平率将单个基因型分被 盗特定的人群中。Arlequin3.1 分析的数据文件的格式必须是以 *arq 为扩增名 方法：用 Clustalx 比对后保存一个 PHY 格式的文件，在 DNAsp 中打开该文件， 点击 Generate 中的 Haplotype date file ，设置 considered ，其余的参数不 变，在其中的 Generate 中选其中的 Arlequin Haplotype List 即可保存下用 Arlequin3.1 分析的文件的格式（在 import date 中可以进行文件

4、格式的转换， Arlequin 的数据转化为 Arlequin 、 Genepop 、 Biosys 、 phylip 、Mega 、 WinAmova ）文档实用标准首先打开 Arlequin3.1 的界面如下：点击 open project ，出现如下的界面：文档实用标准选择你要分析数据的文件，一般扩增名为 *arp面以例子中的文件加以说明文档实用标准点击打开，文档实用标准Project title 所分析数据的名称Genotypic date 输入数据是单倍型还是双倍性 Gametic phase ：确定输入数据中配子片段是否已知 Recessive date ：确定输入数据是否为阴性D

5、ate type ：输入数据的类型Missing date ：缺失数据用什么字符表示对上面的例子进行数据设置点击 Setting 出现如下的界面文档实用标准点击 General setting 情况如下：点击 Haplotype inference单倍型频率），出现如下界面文档实用标准选中右侧的设置情况，如果输入的数据的形式属于配子片段已知的单倍型数据或基因型数据，则操作界面如下文档实用标准继续设置， 点击 Molecular diversity indices（在分子水平上计算遗传分歧度的几个参数）文档实用标准设置后，出现如下图的结果Standard diversity indices: 计

6、算几种常见的分歧度参数，如等位基因的数目、 分离位点的数目、杂合的水平等 .Molecular diversity indices: 隔离位点的数目 （s） 、单倍型的数目（ nh ）、单倍型 的多样性（ Hd ）Compute minmum spanning network among haplotype: 利用每个居群的 单倍型数据计算最小支撑树和最小支撑扩张网络图。Molecular distance ：选择遗传距离， 包括配对差异距离和核苷酸差异数的百分 比。Theata （Hom ）:通过估计观测到的纯质性 H 而得到一个参数Theata （s）: 通过估计观测到的隔离位点 S 的个

7、数而得到的一个参数Theata （k）: 通过估计观测到的等位基因 K 的个数Theata （）通过平均配对差异数而得到的一个参数。点击 Arlequin configuration 出现如下的结果文档实用标准点击 Browse , 选择要分析的数据，如下图文档实用标准点击打开如下图文档实用标准点击 project wizard 进行设置， 这里面数据的设置， 可以通过 view project 打开的文本格式来作为参考，进行设置点击 view project 出现的文本格式中包含了所要设置的数据的情况文档实用标准设置后，出现如下的数据：文档实用标准点击 Start ,就会进行分析， 将会得到

8、一系列的结果。 出现的结果在一个与原来的 文件名相同的文件夹，运行的结果是 Html 文件。AMOVA, 是指对分子差异性的分析。 它通过对所研究居群进行不同层次的归 类和划分， 可界定不同的遗传结构并进行统计学检验， 从而估计出群体间、 群体 内以及个体间不同层次所表现出的差异占总变异的多少， 这种方法可以讨论不同 海拔高度、不同语系、以及地理群体间是否存在相应的遗传变异。Locus by locus AMOVA 每个基因单独进行分子差异性的分析Include in individual level for genotypic data包括个体间金银分歧度协方差组成和相关的固定指数。它计算出

9、的是观察到的基因间的差异。Number of permutations用来检测方差组成和固定指数的置换数的值，如果数值是 0 则不会有任何检测结果。Compute minimum spanning network among haplotype 利用分子差异 计算并绘制单倍型之间的系统树。Genetic strcture 中的 population comparision 选项，会出现如下的界面 Population comparation 计算人群之间不相似指数（遗传距离）的大小，如 Fst（短片段的基因的遗传距离）和 Nei s（人群之间和人群内部的平均背对差 异）。Computation

10、 of Fst ：计算所有配对人群的 Fst 值。Renyolds s distance ：计算 Renyolds s 等线性化的 Fst ，这适合于分歧时间 较短的样本。Slatkin s distance ：计算源于配对间的 Fst 的 Slatkin s 遗传距离。 Pairwise difference ：计算 Nei 人群内部和人群之间的平均配对差异数。 Compute relative populations ：计算所有背对人群之间的相对人群大小，也 可以计算人群之间的分析时间。文档实用标准出现的几个界面的设置Configuration文档project wizard mlleqs

11、.J3bId回CTT 3 QptiflmarQeo PEjKtpibvwy 耳 ted:Bvlm get野r&cunkn4_q黑 C3-pdhct 走報it- = = :E-K= r- = S1E = ”E p-w-cGrnjsct Re Rune HnJf-56: 3呆 RD 专GGmatypg gla Km工 r smrwtic 号口乂 -I ftbs coirbara-胡 I.OCUM 雷逼豊r 一s-lHTTrspbcE * - MbslwQata- p-QPIKnBsectiasslarrpFfIlljh 3 -nliy 凭 帚亠 -rc-_ 命 亠SN n.-I油耳加环 tnaBe

12、oiwIi汀 嗥三a-reMB实用标准Import export文档实用标准Structure editor文档实用标准Arlequin settingArlequin configuration文档 Afffquin 丄宀二 Dc_ earleqos-NDNAFmtDNJAHVHdrp- 卩!QQlir嘗sqphohh压 b!JJ-93 38 prqjsla.应 devff- Uvgi 3V Awolw FFQjeft - wgrt 回 PC 叵L.l-;=1 ale a-ba-aBta s - B-s - -ai-1- - !- rf5e 口 nglt Czinfij 匚 Fa-s-n 二

13、 Pr 口jed wizard _= !& 一MP U sc a so c屠d 孟冬口士 Arnfres.-HSKeep AAsvb f -=圧-I PHJmnJr hand=rg unpha-sed nLlti-FrCJ e IS3aI 工mtjer DrEqanTS 一 .前葺I1II*-I无 g*気-# 呂 mIa-ICQnfIICLUFIt.Text 醫！ter a_.c5n-tzpdgmln 丄密fllJdu 呂起-Tlllxt!: 3eELB seeing实用标准AMOVA setting文档LD seeingNeu=ra=fyCDsfMB实用标准Output文档实用标准Input

14、 文件的建立：ProfileTitle=An example of DNA sequence dateNbSamples=29GenotypicData=0MissingData=?DataType=DNALocusSeparator=NONEDataSamplesSampleName= DC1SampleSize= 5SampleData=Hap71G-TGAAC-TCGAT-ACG-T-TG-A-Hap101G-TGAAC-TC-AT-ACG-T-TG-A-Hap203G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A-SampleName= LH1文档实用标准SampleSize= 5S

15、ampleData=Hap11A-GTGAACA-TCA-T-ACG-T-TGA-Hap21A-GTGAAC-TCA-T-ACG-T-TGA-Hap81G-TGAAC-TC-AT-AC-G-T-TGG-A-Hap171GT-GAAC-TC-AT-AC-G-G-T-TG-A-Hap201G-TGA-AC-TC-AT-AC-G-T-TG-A-SampleName= LH2SampleSize= 5SampleData=Hap61G-TGAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-A-Hap122GT-GAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-A-Hap352A-GTGA-AC-TC-AT-ACC-G-

16、T-TGGA-SampleName= DF1SampleSize= 5SampleData=Hap62G-TGAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-AHap101G-TGAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-AHap121GT-GAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-AHap251G-TGA-AC-TCGAT-ACG-T-TG-A文档实用标准SampleName= DF2SampleSize= 5SampleData=Hap61 G-TGAAC-TC-AT-ACG-T-TG-A-Hap204 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A-SampleName= BY1SampleS

17、ize= 5SampleData=Hap11A-GTGAACA-TCA-T-AC-G-T-TGA-Hap91G-TGAAC-TC-AT-AC-AGG-ATCATGG-AHap204G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A-SampleName= BY2SampleSize= 5SampleData=Hap61G-TGAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-A-Hap101G-TGAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-A-Hap181G-TGAAC-TC-AT-AC-G-T-TGGA-Hap201G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A-Hap261G-TGA-AC-TC-

18、AT-TACG-T-TG-A-文档实用标准SampleName= BY3SampleSize= 5SampleData=Hap21A-GTGAAC-TCA-T-ACG-T-TGA-Hap102G-TGAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-A-Hap201G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A-Hap301G-TGAA-C-TC-AT-ACG-T-TG-A-SampleName= GZ1SampleSize= 5SampleData=Hap101G-TGAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-AHap123GT-GAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-AHap201G-TGA-A

19、C-TC-AT-ACG-T-TG-ASampleName= LT1SampleSize= 5SampleData=Hap101G-TGAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-AHap122GT-GAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-AHap201G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A文档实用标准Hap29 1 GA-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A-SampleName= LT2SampleSize= 5SampleData=Hap20 5 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A-SampleName= ZD1SampleSize= 5SampleDa

20、ta=Hap202G-TGA-AC-TC-AT-AC-G-T-TG-A-Hap221G-TGGAGAC-TC-AT-ACG-T-TG-AHap271G-TGA-AC-CC-AT-AC-G-T-TG-A-Hap321AAGTGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A-SampleName= ZD2SampleSize= 5SampleData=Hap101 G-TGAAC-TC-AT-ACG-T-TG-A-Hap204 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A-SampleName= DZ文档实用标准SampleSize= 5SampleData=Hap14 1 GTTGCAATCA

21、-TC-AT-ACG-T-TG-A-Hap20 4 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A-SampleName= ADSampleSize= 5SampleData=Hap161GT-GAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-AGHap203G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A-Hap341A-GTGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A-SampleName= HY1SampleSize= 5SampleData=Hap31 A-GTGAAC-TCA-T-ACGT-T-TGAA-Hap204 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A-SampleNa

22、me= GBSampleSize= 5SampleData=Hap20 5 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A- 文档实用标准SampleName= DX1SampleSize= 5SampleData=Hap121 GT-GAAC-TC-AT-ACG-T-TG-A-Hap204 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A-SampleName= HYSSampleSize= 5SampleData=Hap121 GT-GAAC-TC-AT-ACG-T-TG-A-Hap204 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A-SampleName= LS1Sample

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24、-AT-AC-AGAG-G-T-TG-AHap191GA-TGAAC-TC-AT-ACG-T-TG-A-SampleName= GCSampleSize= 5SampleData=Hap41AAGTGAAC-TCAAT-AC-G-T-TGA-Hap123GT-GAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-A-Hap201G-TGA-AC-TC-AT-AC-G-T-TG-A-SampleName= LS2SampleSize= 5SampleData=Hap41AAGTGAAC-TCAAT-AC-G-T-TGA-Hap103G-TGAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-A-Hap121GT-GAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-A-文档实用标准SampleName= HY2SampleSize= 5SampleData=Hap123GT-GAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-A-Hap151GT-GAAC-TC-ATA-ACG-T-TG-A-Hap161GT-GAAC-TC-AT-AC-G-T-TG-AGSampleName= LK1SampleSize= 5SampleData=Hap201G-TGA-AC-TC-AT-AC-G-T-TG-A-Hap211G-TGA-AC-TC-AT-AC-G-C-TG-A-H