Arlequin的使用说明

1、Arlequin3.1的使用说明 Arlcquin功能的概述 Molecular diversity分于多态性 Mismatch distribution错酉己分布 Haplotype frequency estimation单倍型频率估计 Linkage disequilibrium连锁不平衡：检测不同位点上等位基因的非随机关联 Hardy-Weinberg equilibrium哈温一伯格平衡 Tajima s neutrality testTajima 中性检测 Fu s neutrality lestFu 中性检测 Ewens-watterson neutrality testEwen

2、s-watterson 中性检测 以上三个中性检测都是基于无限位点模型，适用于PNA sequence和RFLP单倍 型。 Chakrabocly， s amalgamation tesChakrabocty s 融合检测,检测人群的均一 性和同质性，和中性选择等。 Minimu Spaiming Nctwork（MSN,最小扩张树或称定为最小支樺树，给予分于 差异。 AMOVA-分于差异度分析，用以评测人群的遗传结构 Parwisc genetic distances遗传距离的估计 Exacl lest of population differentiation检测随机交配群体单倍型的非随机

3、分 布 Assignment test of genotype通过估计等位基因平率将单个基因型分被盗特定 的人群中。 Arlcquin3.1分析的数据文件的格式必须是以畑q为扩増名 方法：用Clustalx比对后保存一个PHY格式的文件，在PNAsp中打开该文件， 点击Generate中的Haplotype dale file ,设置considered,其余的参数不变，在其 中的Generate中选其中的Arlcquin Haplotype List即可保存下用Arlcquin3.1分析 的文件的格式（在import date中可以进行文件格式的转换，Arlcquin的数据转化 为 Arlc

4、quin、Genepops Eiosys、phylip、Mega、WinAmova） 首先打开Arlcquin3.1的界面如下: 点击open project,出现如下的界面: 选择你要分析数据的文件，一般扩增名为Fp F面以例于中的文件加以说明: 点击打开, Project tide所分析数据的名称 Genotypic date输入数据是单倍型还是双倍性 Gametic phase:确定输入数据中配于片段是否已知 Recessive date:确定输入数据是否为阴性 Date type：输入数据的类型 Missing date:缺失数据用什么字符表示 对上面的例于进行数据设置 点击Swirl

5、y出现如下的界面 点击General setting情况如下: Arie quin 3. 1 C:/Documents and Settings/Adainistrator/arLequin31. Filo Vi ettt Options Halp proot /分 m preeot q Vie.; resits 即L3 - e 0 C= proest Tj S：3ft 回 P?-=r 回 Stc: Strs-ra Editor ：| Ar；2- Co* 2-3to- j -ro.st .二 Irr4= Afro;3 srovtfsp re= 3fro.*3*3p_3 r.btrr Poyn*

6、crpb：;*Y! Control rri3：；r-3 levs per site 10.5 虫poty修:e: r t*:-r ( U=eor:e* t:*r C lr-e- forr :ents and Sett Ings/ Adainist r at or/ar lequinJ 1 -叵 File Vi aw Opti onz Halp oro；eot Ve. or：.；eot 4 Ve.v *e=.：t5 Ejz . e. q： 三C：o=e prcveot V| Start 回 r.se 回 St:c PrJ*t | Struetura editor Settir3= j Au.r

7、Cor. 3 l rat on | Probst -.vizard Irrport eats Settings Haplotype Inference (phase known) Reset LC3-5 I ARLEQUIH SETTINGS S Calculation serines 曰 ：:Genetic structure O AMOVA O Populaton comparisons :Populaton differentiation O Genotype assienment Haplotype nTerence Linkage dieeuilibrium 0 Hardy-Wein

8、bmre O Pairv/isc linkage O Mantel test 矽 Mismatch distribution O Molecular civcrs indices O Neutrality tests Gun era I settings HsnQtye rm=_ecy e5t：r-3tor |7 Estimate holotype frequencies by mece counting 0 Estirste = ee -re:.e-oe= st - c Haobtyce ceton ( use or*; -3 :e- - ion C infer *rorr ：i5tsre

9、stnx 继续设直，点击Molecular diversity indices （在分于水平上计算遗传分歧度的几个参数） 设置后，出现如下图的结杲 Standard diversity indices:计算几种常见的分歧度参数，如等位基因的数目、分离位 点的数目、杂合的水平等. Molecular diversity indices:离位点的数目(s)、单倍型的数目(nh)、单倍型的多样 性(Hd) Compute minmum spanning network among haplotype:利用每个居群的单倍型数据 计算最小支樺树和最小支撑扩张网络图。 Molecular distance

10、:选择遗传距离，包括配对差异距离和核昔酸差异数的百分比。 Thcata (Hom):通过估计观测到的纯质性H而得到一个参数 Thcata (s):通过估计观测到的隔离位点S的个数而得到的一个参数 Thcata (k):通过估计观测到的等位基因K的个数 Thcata (tt)通过平均配对差异数而得到的一个参数。 点击Arlcquin configuration出现如下的结果 点击Browse 3 gurat-or. I ProGt v. xrd I Import aata Arlequin configuration V sss-oote: =ettr：= = A:* - szstor z m

11、-3 Exsrroe H N=.t_t5t.lDNAHV：.arp 点击project wzard进行设宣，这里面数据的设貫，可以通过也uxv projuct打开的文本格式来 作为参考，进行设宣 点击view project出现的文本格式中包含了所要设直的数据的情况 |r tJ)BAHV1. arp -记事* 匚叵区 Profile A litle=,ratDNA sequences in the senegalese nandenka (hyperuariabjlq region 1) tIData from : ttGravcn, L.f Passarino, G.Senino, 0.Do

12、ursot, P., Santachiara-Denerecetti, A. S.9 ttLanganey, A.y and ExcofFier, L., 1995, Euolutionar correlation between ttcontrol region sequence and RFLP diuersitp pattern in the nitochondrial genome ttoF a S?negalese samfile, Hol . Bicl - Euol . 12(2) :33U-3U5 HbSamples-1 GenotypicData=9 Ddt3TypQ=DNA

13、LocusSepardtor=NONF ttissingData-? Data Samples Sa mp丄 eNameMa nde nk a ttReference: Grauen et al. 1995 Mol. Bio丄.Euol. 12：33M-3i5. Sanipl&Si2e=119 01 6 02 2 0310 OU 1 Sanij)leData= ATTfiGCACCCAAAGCTAAGATTCTAfiTTTAAACTATTCTCTGTTCTTTCfiTGGGGAfiGCAGfiTTTGGGTACCACCCAAGTAl ?TCTrTCnTGCGGAnGCfiGnTnGGGIfiC

14、CACCCfifiGTni ?TTTARACTATTCTCTGITCTrTCfiTGGGGAfiGCAGfiTTTGGGIACCfiCCCAAGTfil ?* v 设置后，出现如下的数据: 点击Surt,就会进行分析，将会得到一系列的结杲。出现的结杲在一个与原来的 文件名相同的文件夹，运行的结杲是HW1文件。 AMOVA,指对分于差异性的分析。它通过对所研究居群进行不同层次的归 类和划分，可界定不同的遗传结构并进行统计学检验，从而估计岀群体间、群体 内以及个体间不同层次所表现出的差异占总变异的多少，这种方法可以讨论不同 海拔高度、不同语系、以及地理群体间是否存在相应的遗传变异。 Locus b

15、y locus AMOVA每个基因单独进行分于差异性的分析 Include in individual level for genotypic data包括个体间金银分歧度协方差组成 和相关的固定指数。它计算出的是观察到的基因间的差异。 Number of permutations用来检测方差组成和固定指数的置换数的值，如果数 值是（）则不会有任何检测结果。 Compute minimum spanning network among haplotype 利用分于差异计算并绘制 单倍型之间的系统树。 Genetic streture 中的 population comparision 选项，会

16、出现如下的界面 Population comparation计算人群之间不相似指数（遗传距离）的大小，如Fsl （短 片段的基因的遗传距离）和Nci s （人群之间和人群内部的平均背对差异）。 Computation of Fst:计算所有配对人群的Fsl值。 Rcnyolds* s distance:计算Rcnyolds * s等线性化的Fst,这适合于分歧时间较短 的样本。 Slatkin s distance:计算源于配对间的Fst的Slatkin s遗传距离。 Pairnsc difference：计算Nci人群内部和人群之间的平均配对差异数。 Compute relative pop

17、ulations:计算所有背对人群定间的相对人群大小，也可以计 算人群之间的分析时间。 出现的几个界面的设亶 Configuration Arlequin 3.0 Project wizard Import_xport Structure editor Arlcquin setting Arlequin 3.0 D:/Laurent/Arlequin/Code/TestFiles Ar(equin3/DNA/mtDNAHV1.arp He View Ooaonc 旦elp Open project 尹 Ww prcjeci 4 View resuts 氐 vew Log life 0 Clos

18、e project Project: Settngs ：| Artec tin Con:iguraton | Project v/2ard mpert data | Arlequin calculation settings Reset | Load :ARLEOUIN SETTINGS Calajlation settinas B o GQnctcstructjro r c amova O Population comparisons Population differentiato n o Gnct/pe assignment O Haplotype inference O Lin kag

19、e disequilibrium cHarCi-WGinberg v Pairwise linkage O Mantel test Mismatch distribution Moleculsr diversity indices Neutrality tests General settings Save Chcoso one of the followina computations to sot up: General 3盛tigs Genetic structure AM0VA Populmion compa伽ns Population diffeiwtiMion Gonctwo 2沖

20、qmoni HaploWoe inference Linkage disequilibrium HardyWEinberg Eqiiilibjiiim PRmsq Linkage DiMauilibnurr 2兮t P/tantel test Mismatch distnbution Molecular Diversity NeutraliW tsts Arlequin configuration ELB setting zM()VA setting LD setting Ncutralitr test Output g 7y，,门-汕:“Gap.沁 X A v- 艇竟仁亍0、J n：X I

21、ARLeqUIN RESULTS S Arlequn log rile Run of 18/09.96 3t CS：29 59 折 Senses _j Shar-d haplctvpas p 二 FlfT* Sb yaTinman Mdacular divarcity 1 o.coooo 0 4008 2 G.OOflOQ 0.0043 3 0.00000 0.00005 q O.OOQOO O.OOOCO O.COOOO C.00003 fl o.coaoo a.ooo&3 7 0.38153 C.08502 d o.oeat? O.QOOW g 0.00000 o.oooco 10 O.C

22、2159 O-OOOCO 11 0.00003 0.00003 12 0.00000 0.00003 IS O.COOOO O.QOOGO la G.OOQOQ Q.gOCO 1= 0.10501 0.231S3 1 0.00000 O.OOOM 17 O.COOOO 0.04348 ie o.coaoo c.oe&02 19 O.621S8 0.00003 20 O.OOQOQ 0.00003 21 O.C3QOO 0.0 3XO 22 O.143o9 0.2 3 0.00000 O.OOOCO o.ocooo 0.00000 0.00000 0.15315 O.OQOQO 0.0QO0O

23、O.OOOOQ 0.00003 O.53? O.df 光 0.00000 0.00000 o.oooao 0.00000 0.0900D O.COOOO a.ocoao o.oaooo 0.00000 O.COOOO o.ocoao o.oaooo O.O31T3 o.coaoo o.oooao 0.00000 0.00000 0.00000 O.d362S d.OOOOO 0.03003 o.ooooa 0.00000 0.00030 0.00000 0.00000 0.00000 9.00000 0.00000 0.00005 0.00000 0.00000 0.00000 0.00003

24、 0.036Q3 3.00000 0.00000 O.COOOO 0.01313 0.00000 0.00000 o.coaoo a.0360d d.00050 0.00000 0.00000 0.03603 0.042SB 0.05247 0.00000 9.00000 0.00000 0.50000 O.OOGOO O.KGBL 0.03176 0.00090 a.oaoao o.oaooo o.ooooa o.coaoo 0.00000 0.00000 0.00000 o.aoooo 0ooooo 0.04266 o.oocoo 0.00000 Q.daoao 0.0003C 0.000

25、00 O.C3353 0.01918 O.OB32 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 O.QOOCO Q.QMQO o.ooaoo 0.00000 C.O2CC2 C.OOT3T c.ooooo 0.00500 0.00000 o.oooco 0.00000 C.71034 c.oooco Q.gog 0.05?5ataTypc=DNA L(cusScparator=N()NE Data Samples SamplcNamc= MDC1H SamplcSizc= 5 SamplcData= Hap7 HaplO Hap20 1 G-

26、TGAACTCGAT-ACG-T-TCy-A- 1 GTCtAACTCAT-ACGTTCyA- 3 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-TTG-A- SamplcNamc= MLH1M SamplcSizc= 5 SamplcData= Hap11 Hap21 A-tTCtAACATCA-T一ACGTTCtA一 A-CtTCtAACTCA-T-ACGTT(tA“ Hap8 Hapl7 Hap20 Hap6 Hapl2 Hap35 1 G-TGAAC-TC-AT-ACG-T-TGG-A- 1 GT-GAACTC-AT-AC-G-GT Td 1 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-TTG-A-

27、 SampleNamc= MLH2M SamplcSizc= 5 SamplcData= 1 (y一tAACTCATACGTT(了A- 2 GT-GAACTC-AT-ACGT-TCi-A- 2 A-GTGA-AC-TC-AT-ACCG-T-TGGA- SamplcNamc= ” DF1” SamplcSizc= 5 SamplcData= Hap6 2 (t一TCtAACTC*AT-AC (tTT(t HaplO 1 G-TGAACTC-AT-AC CtTTCt A- Hapl2 1 GT-GAACTC-AT-AC (yTTCtA- Hap25 1 G-TGA-AC-TCGAT-AC- GT一

28、Tt-A- SamplcNamc= ” DF2” SamplcSizc= 5 Samplcrata= Hap61 G-TCtAACTC*AT-ACGT-TG-A- Hap204 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-TTG-A SamplcNamc= MBY1H SamplcSizc= 5 SamplcData= Hapl1 A-CtTCtAACATCA-T一ACCt一TTCtA一 Hap91 G-TGAACTC-AT-ACAGG-ATCATGCt-A- Hap204 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-TTG-A SamplcNamc= MBY2H SamplcSizc= 5 Samplc

29、Data= Hap61 HaplO1 Hapl 81 Hap201 Hap261 G一TCtAACTC-AT-ACGTT(丁A- Ct一TCtAACTCATACGTTCyA- G-TGAACTC-AT-ACGT-TGGA- GTGA-ACTC-AT-ACGTTCt-A- GTGAACTC-AT-TACGTT(t-A- SamplcNamc= HBY3M SamplcSizc= 5 SamplcData= Hap2 HaplO Hap20 Hap3O 1 2 i A-GTGAACTCA-T-AC- fiT(iA ACTC-ATAC (yTT(tA- GT一TG A- GT( ； A A C-TC

30、- ATAC V J11 kJ ( 丫.厂1厂丫 . 1 xJ 丄 xTxxJIJL Cl. G-TGAA-C-TC-AT-AC V T丄丄人丁 C CtTTCtA- SampleNamc= HGZ1M SamplcSizc= 5 SamplcData= HaplO1 Hapl23 GTCtAACTCAT-ACGTTCtA GTCtAACTCAT一ACGTTCyA- Hap201 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-TTG-A- SamplcNamc= ” LT1” SamplcSizc= 5 SamplcData= HaplO 1 G-TGAACTC-AT-AC -GTTCt-A- Hap

31、l2 2 GT-GAACTC-AT-AC -CtTTCtA- Hap20 1 G-TGA-AC-TC-AT-AC GTTCt-A- Hap29 1 CtA-TCtA-AC-TCATAC _.G-TTG-A- SamplcNamc= nLT2n SamplcSizc= 5 Samplcrata= Hap205 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-TTG-A- SamplcNamc= ” ZD1” SamplcSizc= 5 SamplcData= Hap20 Hap22 Hap27 Hap32 2 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TCt-A- 1 G-TGGAGAC-TC-AT-AC

32、G-TTG-A- 1 G-TGA-AC-CC-AT-ACG-TTCi-A- 1 AAGTGA-AC-TC-AT-ACG-TTG-A- SamplcNamc= ”ZD2” SamplcSizc= 5 Samplcrata= HaplO1 G-TGAACTC-AT-ACGT-TG-A- Hap204 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-TTG-A- SamplcNamc= MDZH SamplcSizc= 5 SamplcData= Hap14 1 GTTGCAATCA-TC-AT-ACG-TTG-A- Hap20 4 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-TTG-A- SampIcNamc=

33、HADM SamplcSizc= 5 SamplcData= Hap 16 Hap20 1 GT-GAACTC-AT-ACGT-TG-AG 3 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TCt-A- Hap34 1 A-GTGA-AC-TC-AT-ACG-TTG-A- SamplcNamc= ” HY1” SamplcSizc= 5 Samplcr)ata= Hap3 1 A-GTGAACTCA-T-ACGT-T-TGAA- Hap20 4 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-TTG-A- SamplcNamc= MGB SamplcSizc= 5 SamplcData= Hap20 5 G

34、-TGA-AC-TC-AT-ACG-TTG-A SamplcNamc= MDX1M SamplcSizc= 5 Samplcr)ata= Hapl2 1 GT一CtAACTCAT-ACCtTTCt-A- Hap20 4 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-TTG-A SamplcNamc= ” HYS” SamplcSizc= 5 SamplcData= Hapl2 Hap20 1 GT-GAACTC-AT-ACGTTCt-A- 4 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-TTG-A- SamplcNamc= ” LSI” SamplcSizc= 5 SamplcData= Hap11 Hap

35、l2 Hap20 1 CtA-TCtAACTC-AT一A CtGTTCt-A- 1 GT-GAACTC-AT-ACGT-TCi-A- 2 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-TTG-A Hap29 1 CtA-TCtA一ACTCAT一ACG-TTCt-A- SamplcNamc= HMZH SamplcSizc= 5 SamplcData= Hap4 HaplO Hapl2 Hapl3 Hapl9 Hap4 Hapl2 Hap20 Hap4 HaplO Hapl2 Hapl2 Hapl5 Hapl6 Hap20 Hap21 Hap23 Hap24 Hap27 Hapl5 Hap20 1 A

36、AGTCtAACTCAATACG-TTCtA一 1 G-TGAACTC-AT-ACGTTC-A- 1 GT-GAACTC-AT-ACGTTC-A- 1 GT-GAACTC-AT-AC-AGAG-GTTG-A- 1 GA-TGAACTC-AT-ACQTTG-A- SamplcNamc= MGCU SamplcSizc= 5 SamplcData= 1 A ACtTCtAACTCAAT一ACG-TTGA- 3 GT-GAACTC-AT-ACGT-TCi-A- 1 G-TGA-AC-TC-AT-ACG-T-TG-A SampleNamc= ” LS2” SamplcSizc= 5 SamplcData= 1 A