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文档简介
1、一、名 词 解 释二、分子生物学: 包括对蛋白质和核酸等生物大分子的结 构与功能,以及从分子水平研究生命活动RNA组学:RNA组学研究细胞中 sn mRNA啲种类、结构和 功能。 同一生物体内不同种类的细胞、 同一细胞在不同时 间、不同状态下 sn mRNA啲表达具有时间和空间特异性。 增色效应:DNA变性时其溶液 OD260曽高的现象。 减色效应:DNA复性时其溶液 OD260笔低的现象。Tm:变性是在一个相当窄的温度范围内完成,在这一范围 内,紫外光吸收值达到最大值的 50%寸的温度称为DNA的 解链温度,又称融解温度 (melting temperature, Tm)。其大小与G+C含量
2、成正比。解链曲线:如果在连续加热 DNA的过程中以温度对 A260(absorbanee , A, A260代表溶液在260nm处的吸光率) 值作图,所得的曲线称为解链曲线。DNA复性:在适当条件下,变性 DNA的两条互补链可恢复 天然的双螺旋构象,这一现象称为复性。核酸分子杂交:在DNA变性后的复性过程中,如果将不 同种类的DNA单链分子或RNA分子放在同一溶液中,只要 两种单链分子之间存在着一定程度的碱基配对关系,在 适宜的条件 (温度及离子强度) 下,就可以在不同的分子 间形成杂化双链,这种现象称为核酸分子杂交。基因:广义是指原核生物、真核生物以及病毒的DNA和RNA分子中具有遗传效应的
3、核苷酸序列,是遗传的基本单 位。狭义指能产生一个特定蛋白质的DNA序列。断裂基因: 不连续的基因称为断裂基因,指基因的编码 序列在DNA上不连续排列而被不编码的序列所隔开。 重叠基因: 核苷酸序列彼此重叠的 2个基因为重叠基因, 或称嵌套基因。致死基因: 删除后可导致机体死亡的基因。基因冗余: 由于一基因在个体中有若干份拷贝,当删除 其中一个时,个体的表型不发生明显变化。DNA重组:DNA分子内或分子间发生遗传信息的重新组 合,又称为遗传重组或基因重排。同源重组: 发生在同源序列间的重组称为同源重组,又 称基本重组。接合作用: 当细胞与细胞、或细菌通过菌毛相互接触 时,质粒DNA从一个细胞(细
4、菌)转移至另一细胞(细菌) 的DNA转移称为接合作用(conjugaten)。转化作用:通过自动获取或人为地供给外源DNA使细胞或培养的受体细胞获得新的遗传表型,称为转化作用(transformation) 。转导作用: 当病毒从被感染的 (供体) 细胞释放出来、再 次感染另一 (供体) 细胞时,发生在供体细胞与受体细胞 之间的DNA转移及基因重组即为转导作用 位点特异重组: 位点特异重组 (site-specificrecombi natio n)是由整合酶催化,在两个DNA序列的特异位点间发生的整合。12-23规则:重组发生在间隔为12bp到23bp的不同信号 序列之间,称为 12-23
5、规则。转座子: ( transposon )在基因中可以移动的一段 DNA 序列。转座: 由插入序列和转座子介导的基因移位或重排称为 转座 (transposition) 。克隆: 来自同一始祖的相同副本或拷贝的集合。DNA克隆:应用酶学的方法,在体外将各种来源的遗传 物质(同源的或异源的、原核的或真核的、天然的或人工 的DNA与载体DNA接合成一具有自我复制能力的DNA分子复制子 (replicon) ,继而通过转化或转染宿主细 胞,筛选出含有目的基因的转化子细胞,再进行扩增提 取获得大量同一 DNA分子,也称基因克隆或重组DNA(recombinant DNA) 。基因工程: (genet
6、ic engineering) 实现基因克隆所用的 方法及相关的工作称基因工程,又称重组DNAX艺学。限制性核酸内切酶: (restriction endonuclease, RE) 是识别DNA的特异序列,并在识别位点或其周围切割双 链DNA的类内切酶。同功异源酶: 来源不同的限制酶,但能识别和切割同一 位点,这些酶称同功异源酶。同尾酶: 有些限制性内切酶虽然识别序列不完全相同, 但切割DNA后,产生相同的粘性末端,称为同尾酶。载体: 为携带目的基因,实现其无性繁殖或表达有意义 的蛋白质所采用的一些DNA分子。复制: (replication) 是指遗传物质的传代,以母链 DNA 为模板合成
7、子链DNA的过程。半保留复制: ( semi-conservative replication )DNA 生物合成时,母链 DNA解开为两股单链,各自作为模板 (template) 按碱基配对规律,合成与模板互补的子链。子代细胞的DNA 一股单链从亲代完整地接受过来,另一 股单链则完全从新合成。两个子细胞的DNA都和亲代DN碱基序列一致。这种复制方式称为半保留复制。复制子:(replicon ) DNA分子中能独立进行复制的单位 称为复制子。习惯上把两个相邻起始点之间的距离定为 一个复制子。复制眼:(replication eye) DAN正在复制的部分在电镜下观察起来犹如一只眼睛,称为复制眼
8、。复制叉: ( replication fork )复制一开始,复制起始点 要形成一个特殊的叉型结构,是复制有关的酶和蛋白质 组装成复合物和新链合成的部位,这种结构称为复制 叉。端粒:(telomere)指真核生物染色体线性DNA分子末端的结构。转录:(transcription)生物体以DNA为模板合成RNA的过程 。不对称转录: (asymmetric transcription)在 DNA分子双链上某一区段,一股链用作模板指引转录,另一股链不 转录;模板链并非永远在同一条单链上。模板链:DNA双链中按碱基配对规律能指引转录生成RNA的一股单链,称为模板链 (template strand
9、) ,也称作有 意义链或 Watson 链。编码链: 相对的另一股单链是编码链 (coding strand) , 也称为反义链或 Crick 链。启动子:RNA聚合酶结合模板 DNA的部位称为启动子 (promoter)转录泡: (transcriptionbubble )在转录延长过程中,由局部打开的DNA双链、RNA聚合酶核心酶及新生成的 RNA三者结合在一起的复合体,为空泡状结构,又称转录 复合物。转录因子: 能直接、间接辨认和结合转录上游区段 DNA 的蛋白质,现已发现数百种,统称为反式作用因子(trans-acting factors) 。反式作用因子中,直接或间 接结合RNA聚合
10、酶的,则称为转录因子(transcriptional factors, TF)。转录后加工(RNA的成熟):在细胞内,由RNA聚合酶合 成的原初转录物(pre-RNA)经过链的裂解、5端与3端的切除和特殊结 构的形成、核苷的修饰和糖苷键的改变、以及拼接和编 辑等过程,转变为成熟的RNA分子的过程称为RNA勺成熟或转录后加工( post-transcriptional processing)。RNA编辑:改变RNA编码序列的方式称为RNA编辑。密码子: ( codon )代表一个氨基酸或蛋白合成、终止信、 填空题:号的核苷酸三联体。开放阅读框: 从mRNA5C端起始密码子 AUG到3 C端终止
11、密码子之间的核苷酸序列,各个三联体密码连续排列编 码一个蛋白质多肽链,称为开放阅读框架 (open reading frame, ORF) 。顺反子: 遗传学将编码一个多肽的遗传单位称为顺反子(cistron) 。多顺反子: 原核细胞中数个结构基因常串联为一个转录 单位,转录生成的 mRNA可编码几种功能相关的蛋白质, 为多顺反子 (polycistron) 。单顺反子:真核mRNA只编码一种蛋白质,为单顺反子(single cistron) 。翻译的跳跃现象: 翻译中读码框发生位移或核糖体跳过 一大段mRNA后继续翻译称为翻译的跳跃现象。信号序列: (signal sequence) 所有靶
12、向输送的蛋白质结 构中存在分选信号,主要为 N 末端特异氨基酸序列,可 引导蛋白质转移到细胞的适当靶部位,这一序列称为信 号序列 。信号肽:(signal peptide)各种新生分泌蛋白的 N端有保 守的氨基酸序列称信号肽。线粒体定向肽: 由核基因组编码的线粒体外膜蛋白的 N 端具有的一段肽链。由富含带正电的氨基酸和丝氨酸、 苏氨酸等。基因表达: (gene expression) 基因经过转录、翻译,产 生具有特异生物学功能的蛋白质分子的过程。操纵子: (operon) 是原核生物在分子水平上基因表达调 控的单位,由结构基因、启动子、操纵基因和调节基因 组成;通过调节基因编码的调节蛋白与诱
13、导物、辅阻遏 物协同作用,开启或关闭操纵基因,对操纵子结构基因 的表达进行正、负控制。转录衰减: (attenuation )是指转录可正常起动,但在 转录进入第一个结构基因前即突然停止的过程。由于这 一终止作用并不能使正在进行的结构基因转录中途停 止,而仅是部分中途停止转录,所以称为转录衰减。三、1.分子生物学的发展分为三个阶段:人类对DNA和遗传信息传递的认识阶段,重组DNA技术的建立和发展阶段,重组DNA技术的应用和分子生物学的迅猛发展阶段。2. 对DNA双螺旋结构的提出贡献最大的三位科学家是J.Watson , F.Crick , O.Avery。DNA序列测定法有两种,分别为 G:l
14、bert化学法,sanger酶法。4. PCR 仪的发明者为 Kary B.Mullis 。5. 核酸分子由 碱基,戊糖,磷酸 三部分组成。6. 在DNA双螺旋结构中,氢键维持双链横向稳定性,碱基堆积力 维持双链纵向稳定性。7.0D260=1.0 相当于 50ug/ml 双链 DNA 40ug/ml 单链 DNA 20ug/ml 寡核苷酸。8. DNA的密度为1.7g/cm3,相当于8M CSCL溶液的密度。9. 质粒PSC101中的P代表构建该质粒的研究者或单位。10. DNA重组的种类 同源重组,接合作用,转化作用,转导作用,位点特异的重组,转座。11. 基因工程中常用载体可分为三类质粒D
15、NA噬菌体DNA病毒DNA12. 同一基因获取的方法有四种 化学合成法,cDNA文库,基因组 DNA文库,聚合酶链式反应(PCR 。13. 重组DNA导入受体菌时,对受体菌的要求为安全宿主菌,限制酶和重组酶缺陷,处于感受态;导入方 式有 转化,转染,感染 三种。14. 重组DNA技术操作过程可形象归纳为 分,切,接,转,筛。15.1958年Meselson等氮的同位素试验 证明了 DNA复制为半保留复制的机制。16. 复制的方向有 单向复制,相向复制,双向复制 。17. 参与DNA复制的物质有 底物,聚合酶,模板,引物,其他的酶和蛋白质分子。18. 细菌的RNA聚合酶全酶的五个功能位点为a,B
16、,B,3,c。19. 真核生物的转录过程可分为 识别,起始,延伸,终止 四个阶段。20. 逆转录酶是一类非常复杂的酶,在其简单的一条多肽链上具有多种酶活性DNA聚合酶活性,RNA酶活性,DNA内切酶活性,DNA旋转酶活性,螺旋酶活性,tRNA结合酶活性。21. 遗传密码的特点有 连续性,简并性,摆动性,通用性 。22. 基因表达是受调控的,可在多个层次上进行,包括基因水平,转录水平,转录后水平,翻译水平,翻译后水平的调控。三、翻译:脱氧核糖核酸( DNA),超螺旋 (supercoil) , 正超螺旋( positive supercoil ), DNA-dependentDNApolymer
17、ase (依赖 DNA的 DNA聚合酶),解螺旋酶(helicase ),引物酶(primase ) , SSB(单链DNA结合蛋白),DNA ligase( DNA连接酶),telomerase(端粒), cDNA (互补DNA),teminator(终止子 ), UBF(upstream binding factor)上游启动子结合因子 ,TBP(TATA box-binding protein)TATA框结合蛋白 ,downstream elements (下游启动子元件) ,TF(transeriptional factors)转录因子 ,CTD(carboxyl terminal d
18、omain) 羧基端结构域 ,EB (溴化乙锭),IF (起始因子),EF (延长因子),RF (释放因子),molecular chaperon (分子伴侣)四、简答题:1. 证明DNA是主要的遗传物质的两个重要实验是什么?1944, O. Avery 肺炎双球菌转化实验 1952 , A.D Hershey 和 M. Chase 噬菌体感染实验2. 简述mRNA勺结构特点和功能?结构特点:1、大多数真核 mRNA勺5末端均在转录后加上一个7-甲基鸟苷,同时第一个核苷酸的C 2也是甲基化,形成帽子结构:m7GpppNm。2、大多数真核 mRNA勺3 末端有一个多聚腺苷酸(polyA)结构,称
19、为多聚A尾。功能:把DNA所携带的遗传信息,按碱基互补配对原则,抄录并传送至核糖体,用以决定其合成蛋白质的 氨基酸排列顺序。3. 简述tRNA一级结构的特点?含1020%稀有碱基,如 DHU;3 末端为 一CCA-OH;5末端大多数为 G;具有TyC4. 简述tRNA的结构?tRNA的二级结构一一三叶草形 (氨基酸臂;DHU环;反密码环;额外环;T C环)tRNA的三级结构倒 L形5. 简述原核生物和真核生物的rRNA的种类?真核生物的种类有: 5S rRNA,28S rRNA, 5.8S rRNA,18S rRNA ;原核生物的种类有:5S rRNA, 23S rRNA,16S rRNA、6
20、. 什么叫DNA的变性?变性 DNA转化时会发生哪些变化?DNA的变性(denaturation):在某些理化因素作用下,DNA双链解开成两条单链的过程。变性后其它理化性质变化:OD260曽高;粘度下降;比旋度下降;浮力密度升高;酸碱滴定曲线改变;生物活 7什么叫C值矛盾? C值矛盾主要表现在哪几方面?C值矛盾指基因组大小与机体的遗传复杂性缺乏相关性,即真核生物中DNA含量反常的现象。表现在:1、C值不随生物的进化程度和复杂性而增加,(如肺鱼的C值为112.2,而人的为3.2 ;与牛相近);2、亲源关系密切的生物 C值相差甚大,(如豌豆为 14,蚕豆为2); 3、高等真核生物具有比用于 遗传高
21、得多的C值,(如人染色体组 DNA含量在理论上包含300万个基因,但有实际用途的基因只有5-10万个左右)。8. 简述鼠伤寒沙门氏菌鞭毛相转变的原理?鞭毛相转变(phase variation):鼠伤寒沙门氏菌由鞭毛蛋白决定的H抗原有两种,分别为 H1鞭毛蛋白和H2鞭毛蛋白。从单菌落的沙门氏菌中经常能出现少数呈另一抗原的细菌细胞,这种现象称为鞭毛相转 变。hix为反向重复序列,它们之间的H片段可在Hin控制下进行特异位点重组(倒位)。H片段上有两个启动子P,其一驱动hin基因表达,另一正向时驱动H2和rH1基因表达,反向(倒位)时H2和rH1不表达。rH1为H1的阻遏蛋白基因。9. 简述lg基
22、因重排中RSS序列的位置及组成?重链 (IgH) 基因的 V-D-J 重排和轻链 (IgL) 基因的 V-J 重排均发生在特异位点上。 在V片段的下游,J片段的上游以及D片段的两侧均存在保守的重组信号序列(recombination signalsequenee, RSS)。组成:1.共同的T核苷酸回文序列(CACAGTG 2.共同富含 A的9核苷酸(ACAAAAACC3. 中间为固定长度或12bp或23bp的间隔序列10. 以Hind川为例说明限制性核酸内切酶命名的原则?Hin d川Haemophilus influenzae d株流感嗜血杆菌 d株的第三种酶第一个字母取自产生该酶的细菌属名
23、,用大写;第二、第三个字母是该细菌的种名,用小写;第四个字 母代表株;用罗马数字表示发现的先后次序。11. 简述载体的选择标准?能自主复制;具有两个以上的遗传标记物,便于重组体的筛选和鉴定;有克隆位点(外源DNA插入点),常具有多个单一酶切位点,称为多克隆位点;分子量小,以容纳较大的外源DNA。12. 简述重组DNA技术的基本原理?目的基因的获取 - 克隆载体的选择和构建 - 外源基因与载体的连接 -DNA 导入受体菌 - 重组体的筛选 - 克 隆基因的表达13. 简述PCR体系的基本组成成分和基本反应步骤?组成成分:模板 DNA特异性引物;耐热 DNA聚合酶;dNTPs Mg2+反应步骤:变
24、性(95C)-退火(Tm-5C)-延伸(72C)-变性(95C)-循环14. 简述DNA的半不连续复制的机理? 顺着解链方向生成的子链,复制是连续进行的,这股链称为领头链。另一股链因为复制的方向与解链方 向相反,不能顺着解链方向连续延长,这股不连续复制的链称为随从链。复制中的不连续片段称为岡崎 片段 (okazaki fragment) 。领头链连续复制而随从链不连续复制,就是复制的半不连续性。15. 简述DNA复制保真性的三种机制?1、遵守严格的碱基配对规律; 2、聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能;3、复制出错时 DNA-pol 的及时校读功能。16. 简述DNA拓扑异构酶I和H作用机制的
25、不同?拓扑异构酶I:切断 DNA双链中一股链,使 DNA解链旋转不致打结;适当时候封闭切口,DNA变为松弛状态;反应不需 ATP DNA拓扑异构酶H:切断 DNA分子两股链,断端通过切口旋转使超螺旋松弛;利用 ATP 供能,连接断端,DNA分子进入负超螺旋状态。17. 什么叫端粒?其结构特点和功能是什么?端粒指真核生物染色体线性 DNA分子末端的结构。结构特点: 1由末端单链DNA序列和蛋白质构成; 2、 末端DNA序列是多次重复的富含 G C碱基的短序列。功能:1、维持染色体的稳定性;2、维持DNA复制 的完整性18. 什么叫端粒酶?其组成如何?端粒酶(telomerase): 以酶分子中的
26、RNA片段为模板,在染色体 DNA3-端合成一段DNA 组成:端粒酶 RNA (human telomerase RNA, hTR) ; 端粒酶协同蛋白 (human telomerase associated protein 1, hTP1);端粒酶逆转录酶 (human telomerase reverse transcriptase, hTRT)19简述转录与复制的异同点?20. 简述细菌的RNA聚合酶全酶的组成?a 2BB3b:465 kD ;3和3亚基:催化中心,构成核酸通道;a亚基:核心酶组装所需;也与调节因子作用;b亚基:启动子识别,具有启动子特异性。21. 简述原核生物启动子的
27、序列特点?s因子能直接与启动子序列结合,-35和-10区距离的改变将影响 s因子的作用,从而改变其始效率;不同的启动子具有不同的其始效率。22. 简述细菌RNA聚合酶中b因子的特点?重复使用 (Re-usable) ;使 Holo-enzyme 识别 Sextama Box, 与模板链结合;修饰 RNApol 构型,降低全 酶与DNA的非专一性结合力(107/mol ),增强全酶与 R, B site的专一性结合力 (1014/mol),导致 RNA链的延伸缓慢。23. 简述转录过程?识别阶段:RNA聚合酶在s亚基引导下结合到启动子上,DNA双连局部解开;起始阶段:在模板链上通过碱基配对合成最
28、初 RNA链;延伸阶段:核心酶向前移动,RNA链不断生长;终止阶段:RNA聚合酶达到基因转录终点,RNA和RNA聚合酶从DNA上脱落。24. RNA编辑的生物学意义?RNA编辑能消除移码突变等过程带来的危害;能增加基因产物的多样性;和生物细胞发育与分化有关,是 基因调控的一种重要方式;可能使基因产物获得新的结构和功能,有利于生物进化;很可能与学习和记 忆有关。五、论述:1. 论述E.coli的DNA的生物合成过程?1、复制的起始。a. 起始复合物的形成:大约 20-40和DnaA蛋白各带一个 ATP聚集结合在4个9bp位点上,DNA缠绕其上,形 成起始复合物(HU蛋白质帮助)。b. 开链复合物
29、的形成:富含AT的3个13bp序列被解链。c. 前引发复合物的形成:DnaB在DnaC帮助下结合于解链区,借助水解ATP的能量,双链沿5-3方向移动,形成前引发复合物。2、复制的延长。在 DNA-pol催化下,dNTP以dNMP勺方式逐个加入引物或延长中的子链上,其化学本质是磷酸二酯键的不断生成。领头链的合成:引物合成酶合成一段DNA引物。前导链和后随链合成的协调一致,DNA的两条互补链方向相反,为使后随链能与前导链被同一DNApolIII的不对称二聚体所聚合,后随链绕成了一个突环形构象。3、 复制的终止。原核生物基因是环状DNA双向复制的复制片段在复制的终止点(ter)处汇合。2. 论述细菌
30、RNA聚合酶及其转录?细菌的RNA聚合酶(DDRP全酶:组成a 2465 kD ; a 23 3 部分称为核心酶。a亚基:核心酶组装的组建因子,促使RNApol与DNA模板链上游转录因子结合,位于前端的a因子使双链解链为单链,位于尾端的a因子使单链新聚合为双链。B亚基:结合底物NTR催化NMF之间的磷酸二脂键的形成,与Rho( p )因子竞争RNA 3 -end,催化中心模板 DNA吉合,构成RNA聚合酶全酶后B因子含有两个 位点,I位点:专一性结合 ATP或GTP E位点对NTP非专一性结合,编辑。因子:强碱性亚基,促使 RNApolymerase与非模板链(sense strand )结合
31、,受K酶抑制,识别启动子。s因子:重复使用,使 RNA聚合酶全酶识别启动与模板链结合,促进转录的起始,修饰RNA聚合酶构型降低了全酶和 DNA的非专一性结合力,增强 RNA与识别位点的专一性结合力,导致RNA链的延伸缓慢。3亚基未知。B和亚基是催化中心,构成核酸通道。转录识别阶段:RNA聚合酶在s亚基引导下结合到启动子上,DNA双连局部解开;起始阶段:在模板链上通过碱基配对合成最初 RNA链;延伸阶段:核心酶向前移动,RNA链不断生长;终止阶段:RNA聚合酶达到基因转录终点,RNA和RNA聚合酶从DNA上脱落。3. 论述蛋白质翻译的过程?1翻译的起始。指 mRNA和起始氨酰-tRNA分别与核蛋
32、白体结合而形成翻译起始复合物。(一)原核生物 翻译起始复合物形成。核蛋白体大小亚基分离;mRNAE小亚基定位结合;起始氨基酰 -tRNA的结合;核蛋白体大亚基结合。 (二)真核生物翻译起始复合物形成。核蛋白体大小亚基分离;起始氨基酰-tRNA 结合;mRNA在核蛋白体小亚基就位;核蛋白体大亚基结合。2、翻译的延伸。指根据 mRN嶠码序列的指导,次序添加氨基酸从N端向C端延伸肽链,直到合成终止的过程。当与起始密码子紧邻的密码子被其氨酰 -tRNA 上的反密码子识别并结合后,延伸反应开始。肽链延 长在核蛋白体上连续性循环式进行,又称为核蛋白体循环,每次循环增加一个氨基酸,胞括以下三步:a.进位,又称注册,指根据mRNAF
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