PubMed医学文献检索系统

1、pubmed 医学文献检索系统pubmed 是因特网上重要的免费文献检索系统。目前全球最著名的医学文献数据库系统是美国国立医学图书馆的 medline ，该数据库重数据免费提供给各个检索系统的开发商， 因此在因特网上有重多的免费 medline 检索系统。 这些系统所涵盖的文献年代、检索结果的输出格式 以及检索途径各不相同，但是，目前被医务人员广泛使用的仍然是美国国立医学图书馆的 pubmed 系统pubmed 和 ncbi ：1 美国国立医学图书馆“ nlm ”2 早在 1879 年，编译医学文献的检索刊物 im3 1964 年采用计算机进行电子编辑和排版，在此基础上开发了“医学文献分析与检

2、索系统” (即著名的 medlars )4 1971 年正式建立了钙系统的联机系统， 称为 “ medlars 联机检索系统， medlars online, 既 medline 系统。5 pubmed 则是 nlm 的国家生物信息中心( national center for biotechnology information, ncbi )开发的一个以网络为基础的检索系统，自 1997 年免费提供服务pubmed 特点：pubmed 具有 medline 所具有的各种检索和数据库优势，同时还具有以下特点：连接广泛： 包括对外链接和对内链接， 对内指与 ncbi 其它数据库的链接和 pubm

3、ed 文献相似度计算后的相关文献链接，对外连接指出版商提供的文献全文的连接，有免费和需要注册的。更新速度快：出版商直接把电子版提供给nlm收录文献范围广： 三个层次的数据库： medline 数据库、 premedline 数据库和出版商直接提供的文献数据库等pubmed 收录范围总体包括：收录年限：1966收录内容： 70 多个国家和地区的 4000 余种生物医学期刊的文献和一些非医学内容的文献，主要是 medline 。内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科，另外有非医学内容的文献，如 science 和 nature 中具有地理学方面的文献。收录文献量： 1100

4、 ， 000 条记录文献来源 :medline ： 自 1966年以来 71 个国家出版的 4000 多种期刊。 有 ui 和 pmid 。带有标识 pubmed-index for medlinepremedline ： 处于加工阶段的文献记录， 尚未表引主题词。 有 ui 和 pmid 。带有 pubmed-in process 标识。出版商提供的文献数据：出版商以电子版形式先将文献传送给pubmed 。仅有 pmid 。带有pubmed-as supplied by publisher 标识。 medline 对某些期刊中的文章是选择性的收录，一些非医学的文章不被medline 收录，但

5、是出版商将这些文章的电子版提供给pubmed ；另外一种情况是出版商还把不被medline 收录的过期刊文章的电子版提供给pubmed ，如： medline 自1999 年开始收录molecular diagnosis ，但是出版商把1999 年以前的文章的电子版都提供给了pubmed。pub 主页： ncbi一 .边框内容：1. entrez pubmed ： 有关 pubmed 概述、常见的问题解答、应用手册和 new/noteworthy ：提供有关近期活即将发生的 pubmed 系统扩增的信息2. pubmed services ：journals database ： 用期刊的全名

6、、标准的缩写、国际标准系列号( issn )查询。如blood 为期刊的全文；而 : “n engl j med ”为 medline 期刊的标准缩写。如果一个期刊的名称正好是mesh 主题词， pubmed 将按 mesh 转换同时加自由词检索，而不按期刊名称转换，如science“。如果要检索science杂志，应该写为 “ scienceta, 表示 :journal title abbreviation 包括期刊的全名、 标准的缩写、国 际标准系列号( issn ) 。mesh browser ： 用于浏览mesh 词表。single citation matcher ：单批论文匹配器

7、，可查询单批论文。允许用户使用填空形式输入期刊的著录信息来寻找一篇论文，包括期刊名称、卷、期、起始页和终止页、文章的题目等信息。batch citation matcher ： 成批论文匹配器，可一次性查询多篇文章，允许用户按照指定的格式输入著录信息，包括刊名、卷、页等。格式为 journal_title|year|volume|first_page|author_name|your_key| 结果可以通过email 返回clinical querier ： 通过一种内置的检索过虑器，即事先设计好检索策略的组合，保正用户可以检索到应用循证医学活动的相关文献，是为临床医生而设计，与疾病的治疗、诊

8、断、病因和预后等相关的文献，设有循证医学的系统综述。通过设立 2 种 filter ，限制检索范围。sensitive search (broad) ： (sars) and (randomized controlled trialpublication type or (randomizedtitle/abstract and controlledtitle/abstractand trialtitle/abstract)specific search (narrow) ： (sars) and (clinicaltitle/abstract and trialtitle/abstract)

9、or clinical trialsmesh terms or clinical trialpublicationtype or random*title/abstract or random allocationmeshterms or therapeutic usemesh subheading)cubby ： (小仓库)可以方面用户在多次检索文献时自由的存储检索策略。但是1.不能保存通过related articles 链接得到的相关文献。2.检索式的序号(3)不能用在此。所存检索结果以日期及保存的时间顺序递减排列，即后输先排。3.最多可存100 个检索式3. related resou

10、rce：order documens： 直接通过当地的医学图书馆订全文nlm gateway: 另外一种文献检索系统，是由 nlm 的里斯特希尔国家生物医学交流中心( lister hill national cener for biomedical communications, lhncbc ) 开发建立， 2000 年 10 月 16 日正式向公众开放。 它可以在一个界面上同时检索 nlm 的多个检索系统或数据库，多许多 nlm 的信息资源实现“一站检索” 。 其使用对象主要是那些刚刚利用 nlm 网上资源， 但又不知道有何资源可利用，也不知道如何进行检索的临床医师、卫生保健相关人员、图

11、书馆员、研究人员、学生、患者及其家属等。检索者可快速查询到所需的信息资源。consumer health: 基于网络的公共健康信息clinical alerts: 提供 nih 资助的临床试验结果,这些结果能够明显的影响疾病的发生率和死亡率clinical : 进入 nih/nlm 网页浏览定期更新的有关政府或私人资助的临床研究项目的信息pubmed central: 由 ncbi 主办的免费的医学全文电子期刊二 . pubmed 检索（一） 一般检索：pubmed 检索规则和语法 布尔运算符and ， or ， not 必须大写，例如， vitamin c or zinc

12、 ； 如想查找词组须用英文双引号，如 ” t cell receptor ” pubmed 从左至右进行布尔运算，圆括符可以改变运算顺序；运算顺序是：notandor ，利用括号可以不过多考虑运算顺序。如 common cold and （vitaminc or zinc） 。括弧内的字段是作为一个整体来处理的。 如果输入的字段含有主题词组， pubmed 优先按词组检索。如果不希望这样，应该 加布尔运算符。例如输入： air bladder fistula ， pubmed 会将 air bladder 作为词组。 此时应输入： air and bladder and fistula 。 字

13、段标记符（ tag ）使用规则：只能在词后加字段标记符，如： romatherapy mh ， mh 为主题词缩写，必须用封闭的方括弧 ，大小写和空格会被忽略，如 crabs mh= crabsmh 。 日期格式：采用 yyyy/mm/dd dp 格式，如 1998/03/06 dp ， 1999/10 edat 。月和日可以不写。 输入日期范围则用冒号连接， 如 1996 ： 1998 dp ， 1998/01 ： 1998/04 dp 。日期字段标记符有3 个： date of publication dp ：出版日期；entrez dateedat ：进入 pubmed 的日期；mesh

14、 date mhda ：该引文被mesh 主题词编入索引的日期。 期刊标记符有3 个： jsubseta - abridged index medicus 只检索医学索引； jsubsetd-dental 只检索牙科文献索引； jsubsetn - nursing 只检索护理学索引的期刊 例如 : neoplasms and jsubseta 检索须有摘要的文献，使用 hasabstract。 如 : neoplasms and hasabstract 检索印刷前的引文，使用 pubstatusaheadofprint 。 例如 : pubstatusaheadofprint and特点：1.

15、 默认布尔逻辑运算符，但要大写，包括and 、 or、 not 。2. 词组的检索要用双引号“ xx xx ”3. 截词符为星号，只能用在单词的后面，最多包括150 个单词，不默认空格。4. 检索词的自动转换功能： 对于不规范的自由词通过以下方式（顺序）进行自动转换：mesh translation tablejournals translation table:如果检索词既是 mesh又是journals,只进行 mesh检索phrase list： 包括： mesh 、 unified medcal language system（umls） 和 name of substancesaut

16、hor index 姓名格式 ： 姓 +空格 +名的缩写。自动截词名的缩写以搜索所有缩写，如果只有姓而没有名的缩写，将搜索作者和所有fields 。经过上述搜索仍然没有结果时， pubmed 将把短语分开后重复上述转换还没有结果时，将把每一个单词分别组合后进行搜索。action自动术语组配过程pediculusmesh orshampooall fields如：查询词结果“ head lice shampoo”没有相匹配的词组“ head lice在mesh转换中找到匹配的主题词head licetw“ shampoo”没有相匹配的词组最终， pubmed 以“ and ”组合上述检索词成为一

17、个新的检索策略：pediculusmesh or head licetw and shampooall fields5. features bar： limits ： 限制检索字段不同年龄组、不同性别、人或动物研究限制文章的语言或文章的发表形式如综述等选择只有摘要的文章；限制 entrez 日期或发表日期限制 pubmed 中的特殊子集，目前有9 个数据库或过虑检索系统可供选择，包括 aids 、 aim 、 dentalmedlinen 、 ursing 、 premedlone 、 publisher 、 publish 、 pubref、 toxicology选择 limits 后将在

18、limits 按纽前的小方框中显示叉，并且在 display 按纽上方显示黄色的具体限制内容。preview/index ： （预览/索引）： 在显示检索到的文章前预览检索结果的数目重新组织检索策略从特殊检索字段中把检索词加入到检索策略中。浏览索引或从中选择检索词进一步扩展检索策略浏览检索策略history ： （检索史） 保存所有检索策略和检索结果（最多 100 条） ；只有在运行一条检索命令后才能进入检索史，在停止使用pubmed或使用任何其它entrez数据库后的 1 小时自动消失； 所有 entrez 数据库的检索历史是分开保存的，但是显示检索式的序号是所有数据库排列在一起。显示包括：

19、检索词；检索时间；检索所命中的文章数目。可以在此进行检索词的逻辑组合。clipboard ： （剪贴板） 提供一个存放所选文献的空间，使用户保存或浏览所选择的一个或几个检索结果（如果没有做标记将自动贮存最多 500 篇） 。在此可以对文献进行分类（可选择作者和期刊（按字母顺序） 、发表日期（最新的放在前面） ） 、打印、保存或排序。被选择进入到 clipbord 中的文章的记录号的颜色将改变。 1.停止使用 pubmed 或使用任何其它 entrez 数据库后的1小时自动消失。2.pubmed需要使用cookies才能将所选文献加入到剪贴板，因此必须把网络浏览器设置成接受 cookies。de

20、tails ： （ 检索细节） 查看检索策略被 pubmed 的自动单词匹配功能、检索规则和句法转换后的形式。另外还可通过细节视窗查看出错信息何详细说明，以及重新编辑检索策略。注意：在应用 detail 中的 url 按纽或准备储存在cubby 中的检索策略时不能应用 histry 中的序号，因为只能保存1 小时。（二 ）主题词检索：mesh 已有 19000 多个主题词、 82 个副主题词，加上词组搭配，已经有30 多万个词和词组。 以 mesh 词表中的主题词形式检索： pubmed 将自动按自由词和主题词检索；同时自动进行扩展检索。三 .结果显示：1. 查询框（ query box ）显

21、示检索词 ：可以随时更改,或点击clear 按纽开始新的查询2. action bar 选项 ：display option ： 选择结果显示形式，默认的是summary format 包括作者、题名、出处、连接、pmid 、 record as supplied by publisher, 或 medline record in process 。 可以显示摘要格式select page： 选择每页显示文章数目，默认 20 篇。details ： 显示经过自动转换后的检索策略。一些有关输入词语中的错误信息如拼写错误、停止词、截词警告等也被显示。还可以重新编辑检索策略或储存检索策略。add t

22、o clipbord ： 暂时（在停止使用 pubmed 或使用任何其它 entrez 数据库后的 1 小时）能够使用户保存或浏览所选择的一个或几个检索结果 （最多 500 篇） 。 在此可以对 文献进行分类、打印、保存或排序。被选择进入到 clipbord 中的文章的记录号的颜色将改变。save：保存检索到的条目，可以选择保存的格式或选择标记后的文章进行保存。最多可以保存10， 000 篇。text ： 显示文本格式， 去掉网页和html 成分。 可以显示被标记的文章， 或没有标记时显示当前页中所有文章。一般用于打印。print ：3 种选择：应用网页中的打印功能将打印所有显示内容；应用文本

23、格式后进行打印；应用下拉式菜单使所有文章显示在同一页中进行打印。order ： 使用其中的 loansome doc 程序对文件进行排序。也可以在clipboard 中进行排序。3. links ： related articles ： 提供与原文最相关的文献的连接。通过比较文章的题目、摘要和 mesh 中 的每一个单词，应用 word weighted algorithm 确定相关文献。4. links to other resources and ncbi databases:linkout ：提供 pubmed 之外的连接如出版商网站等books：连接到分子生物学教科书protein ：

24、来自 swiss-port, pir, prf,pdb 和 treembl 数据库中的蛋白质序列nucleoide ：来自genbank， embl 和 ddbj 数据库中的 dan 序列popset:包含作为整套提供的比对序列，在进行为生物基因或突变基因分析以研究种群进化或改变。structure：分子模式（mmdb ）,三维结构genome：提供基因组信息free in pmc ：免费的全文期刊5. books link ： ncbi 免费提供有关分子生物学的书籍pubmed 检索练习：1. 检索有关 hypertension and nosebleed 的相关文献， 然后 1) 如何找到

25、 pubmed 对检索词自动转换后的显示的结果；2 )如何显示摘要和全文；3 )如何调节每页显示的文献数目； 4 )对查询结果按发表日期排序2. 检索有关背部损伤的( injuries backpacks )相关文献(截词检索) ，查看 pubmed 自动转换的检索策略并保存这个检索策略以备他日所用( url ) 。3. 只用 query box 检索有关应用活体供者( living donor )进行肝脏移植( liver transplantation )的信息。然后1)应用limits 限制近 5 年的综述类文献，2)显示记录中要包括摘要和meshheading.3)如何在一个页面显示所

26、有结果。4. 检索文章题目中含有 “baby walkers an underestimated hazard for our childrentm,如何查看与其中某1 篇感兴趣文献的相关文献。5. garcia-pagan jc 的文章都被 medline 收录了吗。6. 用主题词mesh方式检索以前列腺癌(prostate cancer)的诊断为主要内容的文章，并且只检 索最近 2 年的文章。7. 检索有关外科或药物治疗儿童骨肉瘤(osteosarcoma)文章，骨肉瘤为主要研究内容，同时限制在英文作为原文的文献。clinical queries using research method

27、ology filterscategoryoptimized forbroad/narrowpubmed equivalenttherapysensitive/broad99%/70%(clinicaltitle/abstract and trialtitle/abstract) or clinical trialsmesh termsorclinicaltrialpublicationtypeorrandom*title/abstractorrandomallocationmeshtermsortherapeutic usemesh subheadingspecific/narrow93%/97%randomizedcontrolledtrialpublicationtypeor(randomizedtitle/abstract and controlledtitle/abstract and