基因重组分析软件RDP4分析演示

1、1、翻开一个 .meg 格式的文件：左击鼠标 open 按钮。2、点击页面顶端 options 按钮，进入 General 页面选择一系列参数：选择你的序列是环状 还是线性，检测所需要的方法，建议选择默认的选项(RDP, GENECONV and MAXC)你选择的方式越多，消耗时间越长。如果你分析的是小型数据(小于50 个序列)，你还可以选择CHIMAERA BOOTSCA和 SISCAN。一般不使用 LARD方法，除非在验证重组时间 或检测小于 20 个序列的数据时。再看右边的选项，在你第一次分析数据时，应该选上 disentangle overlapping events 选项，如果分析

2、时卡住了再取消分析，把这个选项删 掉就可以了。其他选项选择默认就可以了3、 一旦所有选项都调试好之后，左击主界面上的X-over 按钮开始进行重组分析。如果你 认为消耗的时间超出了你的预期，你可以点击 stop 按钮，如果你不想分析其中的某个 序列， 可以点击 Sequence display 界面中右侧序列的名字， 左击一下名字变灰， 为 mask 这个序列，即对这个序列不进行重组分析，但依然作为参考序列在做树中显示出来；左 击两下名字变白， disable 这个序列，即完全除去这个序列。这样的处理可以提高分析 重组的能力，集中精力分析你需要的序列。4、分析完毕后出现四个界面， 顺时针方向依

3、次为 Sequence display ， The recombinationinformation display. ， Schematic sequence display以及 Plot display 。下面分四个局部具体讲解。1. The Sequence Display ：左击序列中的部位可以显示不同颜色代表的含义鼠标悬空在某个核苷酸上会显示出该核苷酸处于何序列的具体位置。右击鼠 标可以保存不同形式你想要的序列。Save entire alignment . ：保存整个比对结果，可以保存成多种形式。Save alignment with recombinant sequences r

4、emoved ：保存没有重组序列 的比对结果。即在 plot display板块中为一个完整的长条的序列。Save alignment with recombinant columns removed. ：将去除所有与重组相关的序列，如果一个比对结果中与重组相关的序列太多，很可能结果是一 个空白或接近于空白。Save alignment with recombinant regions removed. ：所有与重组相关的核苷酸将被取代为或 .Save alignmnet with recombinant regions seperated.:重组序列将被分割成两局部，一局部与重组无关，一局部

5、是重组局部。可以分别与其他序列进 行比对。Split alignment into common mosaics. ：具有同一重组镶嵌体的序列和其 余的非重组序列被分裂为两个单独的比对结果。Save only enabled sequences. ：只有被 enable 的序列才会保存。这个选项 有助于手动将同一组的序列保存成新的比对结果。Save only disabled sequences. : 只有 mask和 disable 的序列被保存下来 如果你想单独分析某一组序列，右击鼠标选择 select groups ，点击你想选 择的序列，变为蓝色即为选中，未选中的为黑色。如果你想专门看

6、某个序列，右键点击go to ，然后在 schematic sequeneedisplay中会显示这个序列。5、The Reeombination Information Display这些信息包括用于检测的方法，重组事件的编号，可能的断点，序列的名字，可能的突变位点，与该重组毒株密切相关的，可能父母代的序列名字(主要和次要的父母)和次要父母代毒株比主要父母代毒株与重组序列的关系更密切的概率，以及H直的大小。如果出现以下情况，该界面还会出现warning标示(红色)：(1) 在比对序列中只有一个可能为父母代毒株的序列(2) 有可能(约30%或更大的可能)误认为重组序列(即实际上父母代的序列中的

7、某个才是真正的重组毒株) 如果是这样会在后面显示岀实际上可能为重组毒株的父母代毒株的名字。(3) 无法识别出一个或全部两个突变位点。(4) 一个或两个突变位点是错位的。(5) 重组信号微弱(6) 如果复合信号可能是一个分析错误的人工制品。“ con firmationtable 局部说明了用不同方法检测出发生该重组事件的毒株数和关于目前检测到的重组事件的符合程度Con firmation table下面是一个总结性的柱状图，对于99%的用户来说前三条柱状图代表的是有用的信息。柱状图下面的分数大于60分代表这该毒株几乎确定为重组毒株。大于40小于60的分数代表软件可能犯了错误，但也可能没有。小于

8、40表示该毒株很可能不是重组毒株。6、Schematic sequenee display每一个长条都代表一个重组序列。不同的颜色可以代表不同的意思:1. 每一个最可能为重组事件供体的序列被赋予独一无二的颜色。2. 用于检测重组序列的方法。3. 他们相关的P值4. 它们与推测的父母代序列之间的关联性大小。可以通过cycle through display options button选项改变颜色。而这些颜色代表的意思可以通过左击击灰色局部看到。右击鼠标灰色局部可以将该图拷贝到剪贴板或保存成.emf文件。该图表可以转换三种模式1“ Show all events for sequenee X s

9、equenee X 是你的鼠标距离最近的序列 2“ Show only best events for all sequences, and3“ Show all events for all sequences. 就是有的重组事件可能用所有方法都可以检测到，而有的重组事件只有一到两种方法可以检测到。如果你选择2 的话只有最优的重组事件会显示出来即P值最低。你可以通过键盘上的pgDn和PgUp浏览重组事件。在序列彩色条上右击鼠标会出现一系列的选项，你可以通过“接受或不接受该重组事件选项来人为修改你认为 RDP出现的错误，也可以将父母代供体和重组毒株相互调换，但*Backgroundsequen

10、ceRecombi nantregionFigure 2. The schematic sequence displayRe-Ide ntify recomb inant seque nces for all un accepted events“ Re-scan 按钮重新进行分析。必须慎重，因为这个调换是 不可恢复的，如果你要取消 调换只能重新分析。而且， 尽管RDP可能出现错误，但 它至少是一个客观的判断方 法，没有人的主观性。所以， 除非你有充足的理由，否那么 不要随便调换。在你浏览这些重组序列的时 候，应该时刻accept你认为 正确的重组序列，这样有利 于你记录自己的进度，也有 利于

11、修改RDP的错误，因为 一旦RDP在这里出现错误， 那么它在后面出现错误的几 率也会增大。所以，在accept 之后就选择选项栏的，或者点击下面的检测RDP的误差可以通过选择 show all evidences选项 来观察不同方法检测到的重组事件的breakpoints 是否不同，如果不同的话就值得你人工去观察到底哪个是正确的。如果你认为两个重组事件来源于一个祖代毒株，可以选择通过Merge events选项将其合并为一个重组事件Plot Display'KeyPlot displayPress to abort a cheekPress to select methodP-valu

12、e cutoffX and Y coordinatesof the mouse pointerFigure 4. The plot display. See section 8 for details on what is plotted.示。而如果你按下 recomb in atio n in formatio n display 区域显示一株进化树。鼠标移动到 任何位置都 会显示出 X 轴和Y轴的 数值。The Tree Displays 如果你按下“ tree 按 钮，一系列表 示该重组毒 株与其他毒 株关系的树 将会以两种 不同的方式 展示如果单 击屏幕顶部 在命令面板 的“ tree

13、 按钮两棵树将会并排显上方的“ Tree "按钮那么会在该点击右上角的“ cycle through trees 按钮即可以用该序列的不同局部进行做树分析。 包括：1根据重组序列的不同局部分别作树2只有已确认的重组区域做树即用minor parent局部 3只用已确认的非重组区域做树即major parent 局部 4忽略重组的所有区域做树。在同一个页面显示两棵树可以追踪一个序列在不同区域做树后的变化， 左击 树上的某个序列可以标记这个序列在树上的位置。 在树的部位右击会出现一系列 的选项，比方“去除颜色“自动选择颜色“自主选择颜色等，可以把树上 的序列分别弄上不同的颜色。你还可以选

14、择不同方法做树，包括： neighbour joining , least squares , maximum likelihood , and Bayesian trees .“ Mark seque nee n ame as also havi ng evide nee of this eve nt 禾口 “ Marksequence name as not having evidence of this event. 选项可以使你在树上手动修改你认为RDP 所犯的错误，就是如果你认为这个序列不属于这个重组事件你可以把 它从该事件中剔除，或这个序列本应属于该重组事件，但RDP把他排除在外了

15、，你可以认为把它加进去。“Go to sequenee name选项可以指引你在 sehematie sequenee display 板块看到这个序列。Reeheek plot with sequenee name as reeombinant/minor parent/major parent 选项可以使你看到如果你替换了重组序列 /次要母本 / 主要母本即树中的红色、蓝色和 绿色序列其中的一个序列后，进化树会变成什么样子。The Matrix Display点击主面板上的 Matrix 选项，就会显示出矩阵图像，有好多种矩阵的显示方法供你选 择。右击鼠标或者点击主面板上的下拉三角都可以选择。如果你确定一个重组事件真的发生了，这时你就要仔细检查 RDP有没有准确判断出重组发生的位点，和有没有夸大或过小分组的现象，你就要用其他RDP提供的附加应用进行验证。可使用的方法简介：RDP method, GENECONV, Bootseannin