WES在CNS畸形胎儿中的应用

1、应用全外显子组对C N S畸形胎儿病例的研究【研究对象】一般临床资料范围平均值孕妇年龄(岁)20-4228.58妊娠周期(w)12-3726.18产前诊断指征样本类型例数中枢神经系统异常脐血样本119羊水样本4绒毛样本2合计125研究平台：lllumi na Hiseq2500研究目标：检测SNP, indel等突变情况 研究结果：(1)概况:CNS畸形 胎儿病例强阳性病 例数强阳性率弱阳性病 例数弱阳性率阴性病例 数阴性率1713.6%8366.4%2520%备注突变的危害程度最高， 基因型-表型之间关系明确蛋白预测该突变有害， 突变的生物学意义倾向 于阳性，但基因型与表 型的关系尚不明确，

2、可 结合家系分析或一代测 序进一步明确。通过MAF过滤等分析手 段就可判断该突变为多 肽。(2)强阳性突变样本症状基因核酸改 变MAF杂合纯合相关性说明疾病名称P547左侧脑室 增宽，小C5orf42c.5557G>A(E27)0.0007杂合无义突变可能 会导致蛋白翻 译提前终止Joubert 氏综合征17型AR1脑发育异 常c.2863G>A(E16)杂合蛋白结构预测 为有害突变P5845右侧脑室 扩张变 形，室管 膜出血GRNc.823C>T(E8)0.0015杂合蛋白结构预测 为有害突变泛素阳性包 涵体性额叶 退化，ADP4489双侧脑积 水PIEZO2c.1265T

3、>A(E11)0.0026杂合蛋白结构预测 为有害突变MARDEN-WALKER综合 征，ADP571左侧脑积 水，双足 内翻PITX1c.169C>A(E1)0杂合蛋白结构预测 为有害突变先天性畸形足，AD8EBPc.282A>C(E2)0.0025杂合蛋白结构预测 为有害突变Con radiHun erma nn-Happle综合 征，XDP4533胼胝体发 育不全， 小脑异常FREM1c.1408G>A0.0013杂合蛋白结构预测 为有害突变三角头畸形2型ADJM103B胼胝体发 育不全， 双手双足 重叠指趾，握拳FGFR2C.755G>C0杂合有疾病相关报

4、 道JacksonWelss颅缝早闭综合征ERCC27364T>C0杂合mRNA剪接可能会受影响脑颌骨综合 征2型（3）各组CNS病例强阳性检出率比较:单一 CNS畸形病例强阳检出率：8% （7/87 ）单一 CNS畸形合并颅外畸形病例强阳性检出率：7.1% （ 4/56%）复杂CNS畸形病例强阳性检出率：15.2%（ 7/46）1和2无统计差异，3和1,、3和2有显着差异（4）CNS畸形胎儿病例其致病基因变异的遗传模式具有多样性：AD 52.9%（ 9/17）;AR 41.2%（ 7/17）;XD 11.8%（2/17）；未知 11.8%（ 2/17）;（5）CNS畸形胎儿病例其致病的

5、变异类型具有高度复杂性：强阳性病例中，新发突变共11个（无rs号），占全部突变的50%;病例之间多数为共享致病基因，却不共享突变位点，占全部突变的35.3%；多数病例不是表现为单一致病基因变异和单一变异位点，而是同时合并多个致病基因变异或多个致病位点突变，从而合并多种疾病。（6）CNS畸形胎儿病例所对应的疾病具有极高罕见性：突变的MAF值均在小数点后至少 3位数（0.00X），50%的突变无MAF值收录，并且病 例的临床特征高度异质性，提示CNS畸形病例的产前诊断和遗传咨询的难度系数大，适合临床应用外显子组测序技术进行全谱基因筛查和诊断。病例分享：【1】孕妇吴XX孕29+，超声提示胎儿右侧脑积

6、水，胎儿头颅MRI提示脑干发育不良；染色体微阵列分析结果：未检出致病性拷贝数变异（ Affymetrix CytoScan HD芯片）。WES吉果：基因核酸改 变MAF杂合/ 纯合与疾病相关 性相关性说明疾病名称C5orf42c.5557G>A(E27)0.0007杂合较咼无义突变可 能会导致蛋 白翻译提前终止Joubert 氏综合征17型.ARc.2863G>A(E16)杂合可能相关蛋白结构预 测为有害突 变Joubert氏综合征17型：常染色体隐性遗传，眼球运动受限；发作性过度换气；呼吸模 式异常；多指畸形（一些）；并指畸形（一些）；多趾畸形（一些）；整体发育迟缓，共济失 调；

7、脑部核磁共振显示磨牙征；脑积水；小脑蚓部发育不良。【2】孕妇林 XX G2P0A1，孕 13W ；早孕期超声提示：NT 7.3mm，枕后淋巴管瘤孕晚期超声提示：做侧脑室增宽（11mm）胎儿染色体核型结果：46XY;染色体微阵列分析结果：1号染色体单亲二倍体（UPD）外显子测序结果：GPSM2c.1216CTGPSM基因Sanger测序验证父亲：11号外显子C.12163T杂合突变；母亲：11号外显子C.1216C野生型；胎儿：11号外显子C.12163T纯合突变；【3】孕妇孙XX G1P0,孕28+,超声提示胎儿 Dandy-Walker畸形，功能性单心房室（右心房室）， 肺动脉狭窄，双上腔静

8、脉，无脾，胃泡反应，考虑右侧异构综合征。胎儿染色体核型结果：46XY; 外显子组测序分析结果：基因核酸改 变MAF杂合/纯合与疾病相关 性相关性说明疾病名称DNAH11IVS17-1G>A0纯合较咼突变在经典 剪切位点上原发性纤毛 运动障碍7型，AR原发性纤毛运动障碍 7型（伴或不伴内脏异位）；AR,由于纤毛运动受损导致反复呼吸 道感染反复，精神运动发育迟缓，支气管扩张，男性生育能力仍然完好，纤毛显示刚性和运 动过度的轴丝跳动。小结：1外显子组测序技术再产前诊断CNS畸形胎儿病例中能够显着提高检出率，额外检出强阳性率至少达13.6%，能够可靠检出 SNR In del以及低水平CNV变异的嵌合体；2. CNS畸形胎儿病例其致病基因变异的遗传模式具有多样性；3. CNS畸形胎儿