生物医学信息资源及其检索

1、Internet 生物医学信息资源及其检索主要内容主要内容1.生物医学数据库:Pubmed 2.搜索引擎:google1. PubMed主要内容q1.1 PubMed1.1 PubMed概况 q1.2 PubMed数据来源q1.3 PubMed检索机制q1.4 PubMed检索运算符q1.5 PubMed检索方法q1.6 结果的显示、保存q1.7 其他辅助功能1. 1 PubMed概况p创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)1997年6月开始向全球开放p特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。p与Medlin

2、e光盘数据库的区别：检索机制、检索界面、检索方法以及收录文献数量不同。1.2 PubMed数据来源pMEDLINE： pubmed-indexed for medlinepIn Process Citations：每天收录，尚未经规范处理的数据。pubmed-in processpPublisher-Supplied Citations：由出版商提供的电子文献，每条记录标有PubMed-as supplied by Publisher。n自动转换匹配功能自动转换匹配功能(Automatic Term Mapping)n对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检

3、索。词表匹配转换顺序是：MeSH表(MeSH Translation Table)、期刊刊名表(Journal Translation Table)、短语表(Phrase list)、作者索引(Author Index)。如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是AND逻辑关系。1.3 PubMed检索机制n短语检索短语检索(Phrase Searching)n也可称为强迫词组检索，即，如果要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“ ”将其引

4、起来。如：“drug therapy”作为词组进行检索的词，系统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。1.3 PubMed检索机制1.4 PubMed检索运算符n逻辑运算符：n逻辑与：AND，逻辑或：OR，逻辑非：NOT。n当一个检索表达式中同时含有三个运算符时，运算顺序从左至右，括号可以改变运算顺序。n截词符：*，一个词或字拼写出部分字母后面加上一个截词符，chem*表示用词根进行检索。n双引号：“ ”，表示对引号中的短语进行检索。n检索字段标识符：tag，tag为字段名称。 ti，au，ta， la，pt。常用字段组成标识符标识符 字段名称字段名称 中文释义中文释义TI Title

5、 题目AU Author 作者AD Affiliation 作者单位AB Abstract 文摘DP Publication Date 出版日期TA Journal Title Abbreviation 刊名缩写MH MeSH Terms 主题词PT Publication Type 出版类型nIP地址：PubMed 网址高级检索主题检索期刊检索文献匹配临床咨询特 定 主题咨询1.5 PubMed检索方法n1.5.1 基本检索n1.5.2 高级检索n1.5.3 主题检索n1.5.4 其他辅助检索1.5.1 基本检索默认检索字段为主题、作者、期刊关键词、词(词组)

6、或短语： 输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer； 带有双引号” ”作为短语检索：”cancer therapy”； 带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。限制检索字段：如liver cancerti作者：Smith J 、 Smithau2002年以后的文献如果作者有全称，可用全称1.5.1 基本检索期刊刊名： 可用期刊全称：GENE THERAPYTA； 可用期刊简称：JAMATA；(The Journal of the American Medical Association) 刊名中含有特殊字符，如、&等，要去掉： 如J HAN

7、D SURGAM 输入时要写成J HAND SURG AM n截词：chemo*n复杂表达式：liver cancer AND therapyn带有摘要文献的检索 ：liver cancer AND hasabstract1.5.1 基本检索n分析该检索课题，包含两个方面： n肝癌：liver cancer；n治疗：therapyn两个主题之间的逻辑关系是AND，即nliver cancer AND therapy 基本检索举例1：肝癌的治疗n分析该检索课题，包含两个方面： n作者为：马大龙（ma dl）；n作者单位为： 北京大学（peking universityad）。 基本检索举例2：北

8、京大学医学部马大龙教授发表的文献n我们分别得到了两个检索结果：n作者为：马大龙（ma dl）的检索结果；n作者单位为：北京大学（peking universityad）的检索结果。 n现在我们要利用检索史把这两个检索结果用AND组合起来。基本检索举例2：北京大学医学部马大龙教授发表的文献1.5.2 高级检索p限制检索或条件检索：Limit (1) 全文、摘要 (2)动物、人类 (3)文献类型： (4)语种： (5)数据库子集的限定： (6)年龄组：n分析该课题，可知：n主题为肝癌治疗，即liver cancer and therapyn限制条件有两个：n语种为英文（English）；n文献类型

9、为综述（Review）高级检索举例：原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献1.5.3 主题检索n根据medline数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对提高查全率、查准率会有相当的帮助。点击MeSH Database打开主题检索界面1.5.3 主题检索主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献n分析该检索课题，有两个概念：长春新碱（Vincristine ） 、白血病（leukemia）：n对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词“治疗应用（therapeutic use）”；n对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配副主题词“药物疗法

10、（drug therapy）”。n同时这两个概念之间是AND的关系。主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用副主题词主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病

11、（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献

12、第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法n我们通过两个主题检索分别得到了：n“长春新碱/治疗应用” 的检索结果n“白血病/药物疗法” 的检索结果n下面我们要把这两个检索结果用AND组合起来，就需要用到检索史主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献n 文献匹配器n 临床咨询和系统评价1.5.4 其他辅助检索1.

13、5.4.1 文献匹配器n系统提供有两种用来查找特定文献的方式：单篇文献匹配器（Single Citation Matcher）和多篇文献匹配器（Batch Citation Matcher）。n如果要查找某一篇文献，点击单篇引文匹配器，输入刊名、日期、卷、期、页码、作者、题目中的一项或多项内容进行检索，系统返回文献记录结果。如果要同时查找多篇文献，则点击多篇引文匹配器，然后在输入框内分行输入每篇文献的查询项目。其中刊名为必需项，其他项目没有时可省略。 单篇文献匹配器（Single Citation Matcher）多篇文献匹配器（Batch Citation Matcher）输入格式1.5.4

14、.2 临床咨询和系统评价n可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；n也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。 临床咨询和系统评价临床咨询 临床咨询和系统评价系统评价 临床咨询和系统评价检索医学遗传学研究方面的文献1.6 结果的显示、保存n显示n保存1.6.1 结果的显示n显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下3种：n（1）Summary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出

15、版类型、非英文文献的原文语种等。n（2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。n（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。1.6.1 结果的显示1.6.1 结果的显示n保存记录n在“send to”下拉菜单中选择“File”，可完成将记录保存为文件。n选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。n在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用于保存一

16、次或多次检索的结果记录。1.6.2 检索结果的保存 1.6.2 检索结果的保存 1.7 其他辅助功能n1.7.1 检索策略的存储和调用n1.7.2 全文链接n1.7.3 相关文献链接1.7.1 检索策略的存储和调用n使用My NCBI(Cubby)n首先要登记注册n保存检索策略n定期浏览新的检索结果1.7.2 全文链接1.7.2 全文链接1.7.3 相关文献链接1.7.3 相关文献链接2. Google主要内容n2.1 Google概况n2.2 Google检索语法 n2.3 Google一般检索功能n2.4 Google scholar2.1 Google概况n1998年由美国斯坦福大学的两

17、位博士生Larry Page 和Sergey Brin创立；nGoogle由英文单词“googol”变化而来，表示“1”后面带有100个0的数字。n搜索结果排序的核心技术是网页级别PageRankTM技术：根据网页被链接的次数来评定某一网页的重要性，决定排名次序；n不仅可以搜索纯文本文件，还能查找、等文件格式，同时开发了图像检索功能。2.2 Google检索语法n基本检索语法n高级检索语法基本检索语法nGoogle 搜索不区分英文字母大小写，所有的字母均当做小写处理；n支持“*”：如：“肝*瘤”n词组搜索：用引号n自动and查询n逻辑“或”的关系用“+”连接n逻辑“非”的关系用“-”连接高级检

18、索语法intitle: 限制你搜索的网页标题； intitle:george bush inurl: 用于搜索网页上包含的URL， 这个语法对寻找网页上的搜索,帮助之类的很有用。 inurl:help intext: 只搜索网页部分中包含的文字(也就是忽略了标题、URL等的文字)。intext: intext:html 高级检索语法高级检索语法2.3 Google一般检索功能2.4 Google scholarGoogle 学术搜索学术搜索nGoogle 学术搜索可以从一个位置搜索众多学科和资料来源：来自学术著作出版商、专业性社团、预印本、各大学及其他学术组织的经同行评论的文章、论文、图书、摘要和文章。nGoogle 学术搜索可帮助在整个学术领域中确定相关性最强的研究。nGoogle 学术搜索按相关性对搜索结果进行排序。最有价值的参考信息会显示在页面顶部。Google 排名技术会考虑到每篇文章的完整文本、作者、刊登文章的出版物以及文章被其他学术文献引用的频率。 Google 学术搜索技巧学术搜索技巧