高斯09溶剂效应论坛讨论

1、Gaussian 09计算溶剂化能量使用scrf=(solvent=toluene,cpcm )命令在G09下计算溶剂化能量(使用气态优化的结构)！但是由 于与使用 G03时输出文件不一样(没有 Total free energy in solution这一项)！请教使用 G09怎么计算溶剂化能量？Mcdull发表于 2010-11-14 20:26:55那就直接用文件结束时给出的能量好了。方便的话，也可以把output放box上让大家帮忙分析下。yangxz 发表于 2010-11-17 08:30:20做一个包含溶剂的频率计算，总自由能就自动加上了溶剂效应修正。caipingl 发表于 2

2、010-11-17 12:21:53用smd 模型来计算： scrf=(solvent=toluene,smd ),不需要指定半径。单点算出来的能量E加上气态计算的自由能修正，结果比较合理。不过我一般使用 G09得到气态优化结构，然后用 G03计算溶剂效应。hgp2006 发表于 2010-11-19 20:09:49用smd 模型来计算： scrf=(solvent=toluene,smd ),不需要指定半径。单点算出来的能量E加上气态计算的自由能 caipingl 发表于 2010-11-17 12:21 /bbs/images/common/back.gif

3、那你这种情况发文章时怎么说呢？03和09的溶剂化计算相差还是很大的！gaoyp0114 发表于 2010-11-22 17:08:59请问你是如何算溶剂化能的，对应高斯输出文件的哪项？caipingl 发表于 2010-12-22 07:36:37回复 5# hgp2006G03和G09的参考文献都写上，溶剂化效应说明部分指出采用G03计算就可以吧。我对比过一些 G03和G09优化结果，差别很小。我想这样做应该是合理的吧。相对于某些体系，G09的SMD模型会得到比较奇怪的结果。个人感觉G09不如G03 ,有时有些体系用 G09优化就会出错，而 G03就能正常运行，而且IRC计算时 也经常会出错

4、。感觉还是G03用起来得心应手。yangxz 发表于 2011-1-5 02:21:31使用G09可以直接优化包含溶剂化效应的结构，在此基础上做频率计算就可以了。SMD模型比较新，但个人感觉不太成功。Bondi Radii应该更稳定一些。Dice 发表于 2012-4-6 08:39:25本帖最后由 Dice于2012-4-6 08:41 编辑做一个包含溶剂的频率计算，总自由能就自动加上了溶剂效应修正。yangxz 发表于 2010-11-17 08:30 /images/common/back.gif如果要溶剂化能的话，是不是做一个溶液相的计

5、算( opt + freq )和一个气相的计算(opt + freq ),然 后用 Gsol - Ggas ?Dice 发表于 2012-4-6 09:16:47DoVacuum performs the first iteration in the gas phase; this option is required in order to compute a G of solvation.我用 scrf=(smd,solvent=toluene,DoVacuum),没有见到 G of solvation这个问题我也很疑惑，希望跟大家讨论下。G03中，溶剂化主要是以PCM系列为主，溶剂化的计

6、算自动包括了静电项(elec)和非静电项(non-elec=cav+dis+rep ),如果使用 scrf= (solvent= 溶齐U名称，pcm , read )最后来个 scfvac ,那么会在.log 文件中给出你详细的数据，其中有 XG (sol) =E (elec ) +G (non- elec )(据很多文献的描述，溶剂化 自由能包括这两项)。G09中的溶剂化有点烦锁有点坑。首先，它取消了scfvac这个命令，无法直接给出XG (sol), PCM的默认计算不再包括non-elec 。如果想要计算和输出non-elec并且同时给出AG (sol),需要scrf=(solvent=

7、 溶齐1J名称，pcm , externaliteration , dovacuum , read ), 在 gjf 最后使用 cav (回车)dis (回车)rep ,那么你会在.log文件中得到与03 一样的结果。其次，这个版本包括了很新的 SMD溶剂化模型(Truhlar课题组做的，由很早的 SM5演变过来的吧), 这个模型的特点主要是对non- elec的改动，它等于CDS=cav+dis+struc ,但其elec项依然是PCM做的。并且SMD的计算结果会直接就把 non- elec加到所得到的SCF done的能量中。由于non-elec=CDS , 故该模型不支持 cav (回车

8、)dis (回车)rep这种输入模式。如此时想得到XG (sol),方法同上，只是最后不用加任何命令。值得注意的是，SMD is the recommended choice for computing AG ofsolvation in G09。以上为个人的一点认识。G09的优点在于给出了大量的溶剂可供使用， SMD由于的不需要Rsolv ,使得 这一方法可以使用 G09中所有给出的溶剂。以下一些疑问，也希望大家能帮忙。1. G09 的PCM默认不计算non-elec ,是否可以直接不用在计算，只需计算elec即可？ ( G09对PCM的算法有所优化，已经到了不用考虑 non-elec ?

9、?此处我没搞明白)；并且，1,4-dioxane只能计算其elec , 一旦计算non-elec 便会因为vmol和Rsol冲突导致无法计算dis和rep ,即便只计算cav所得结 果也是Na ,错误的结果。2. SMD很不错，其所得结果在很多时候也较为合理，通常它得到的结果要比PCM的更低一些。直接使用SMD，默认溶剂半径是 SMD-Coulomb ,如果改变半径为 UAKS , UFF等也是可以计算的，但是若改变 了半径，是否会导致该溶剂化模型的计算精度降低而导致结果不可信？ ？再者，多数情况下Truhlar在使用SMD时多与M06-family的方法并用(M06,M062X,M06-L

10、等),其他方法与其并用时可信度如何？3. 在K. N. Houk 和Zhixiang Yu 发表在JACS的文章中，对这些溶剂化使用的很随意。但我不明白他 们在使用PCM时是否计算了 non-elec (文中未提及),我见他们用过 B3LYP/SMD ,大牛们用了，但我 不知道我们是否可用。 希望对大家有所帮助。问题：请教高斯09算溶剂效应及能量校正问题，多送金币 +小红花作者：sesy (站内联系 TA) 收录：2012-10-13 发布：2012-10-11我们这级新接触 Gaussion09,看小木虫中有很多帖子说09和03做能量校正得到的输出结果不一样，：(所以请教高手看看我用09算的

11、方法对不对，尤其是输入文件写的有问题吗？我先优化完结构然后做单点能和溶剂效应，输入文件如下，请之前用过09的虫友们多多指点。多送金币+小红花 希望大家多多关注，急求解答！一、使用G09程序包，先用小基组 b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析，输入文件关键词：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity输出结果选用的Thermal correction to Gibbs Free Energy=(用 A 表示)二、再用大基组计算单点能：# b3lyp/6-311+g(d,p) scf=tight输出结果选用的SCF Done: E(RB3

12、LYP) = -1246.14645414 (用 B 表示)三、最后考虑到溶剂效应：输入文件 # b3lyp/6-311+g(d,p) scf=tight scrf=(PCM,solvent=benzene,read,smd,Dovac uum,ExternalIteration) o o oRadii=uaks（最后）输出结果选用的DeltaG (solv) (kcal/mol) =-38.40 (用 C 表示)最后自由能表示：自由能 =自由能校正(A) +单点能(B) +溶剂化能(C)请大家看看我这样做对不对，还有不对的话应该怎样写输入文件？多谢大家。lishijunzong (站内联系

13、TA)楼主确定能打印 DeltaG (solv) (kcal/mol) =-38.40 ?,我尝试过几次，用 G03可以的，g09不能直接打印sesy (站内联系TA)2 楼:Originally posted by lishijunzong at 2012-10-11 1209楼主确定能打印 DeltaG (solv) (kcal/mol) =-38.40 ?,我尝试过几次，用 G03可以的，g09不能直接打印是的，不知阁下用不用09 ?看看我的关键词和计算公式对吗？我就是按照这个关键词这样做的，我没用过 03,我优化用的09,所以能量必须也得用09 ,不知这样校正对不对？谢谢sesy (站

14、内联系TA)有木有研究09的大师们？ ？ ？赶紧来帮帮忙吧。只是帮偶看一下这样做对不对？我有将近100个结构，已经算了一半了。急求解答 金币全送您、sesy (站内联系TA)2 楼:Originally posted by lishijunzong at 2012-10-11 1209楼主确定能打印 DeltaG (solv) (kcal/mol) =-38.40 ?,我尝试过几次，用 G03可以的，g09不能直接打印是的，以上全是拷字我的gjf文件和out文件，还有有很多内容goodmood660 (站内联系 TA)第二步 二、再用大基组计算单点能：# b3lyp/6-311+g(d,p)

15、scf=tight输出结果选用的SCF Done: E(RB3LYP) = -1246.14645414 (用 B 表示)是没有必要算的，只算一三步就行。最后自由能表示：自由能 =自由能校正(A) +溶剂化下的单点能溶剂化下的单点能是 g09溶剂化输出结果中的 SCF Done: E(UB3LYP)=这一项的能量luyating2005 （站内联系 TA）期待看到更多关于该问题的探讨，大家加油啊sesy （站内联系TA）7 楼:Originally posted by goodmood660 at 2012-10-11 1842第二步 二、再用大基组计算单点能：# b3lyp/6-311+g（

16、d,p） scf=tight输出结果选用的SCF Done: E（RB3LYP） = -1246.14645414 （用 B 表示）是没有必要算的，只算一三步就行。最后自由能表示：自由能 =自由能校 阁下看看我们计算 g09溶剂化下的单点能的输入文件对不对啊？我看了一下，第三步 out文件里有好几个 SCF Done: E（RB3LYP）=这一项的能量都不一样啊。请问阁下做的溶剂化下的单点能的输入文件是什么？lin1110k （站内联系TA）我也遇到了类似的问题，lishijunzong （站内联系 TA）3 楼:Originally posted by sesy at 2012-10-111

17、455是的，不知阁下用不用09 ?看看我的关键词和计算公式对吗？我就是按照这个关键词这样做的，我没用过 03,我优化用的09,所以能量必须也得用 09 ,不知这样校正对不对？谢谢直接做出来的应该是smd的能量需要加上 ExternalIteration 部分打印的文件静电能这样得到就是DELg幸福男人（站内联系TA）一、使用G09程序包，先用小基组b3lyp/6-31g（d）对构型进行优化和频率分析，输入文件关键词：# opt freq b3lyp/6-31g（d） geom=connectivity输出结果选用的Thermal correction to Gibbs Free Energy=

18、（用 A 表示）、输入文件 # b3lyp/6-311+g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dovac uum)Radii=uaks(最后)输出结果选用的DeltaG (solv) (kcal/mol)-38.40 (用C表示)最后自由能表示：自由能 =自由能校正(A) +(C )飞行鸟(站内联系TA)溶剂化下的单点能就是输出结果中的SCF Done: E(UB3LYP) = *。另外基组要改善luyating2005 (站内联系 TA)12 楼:Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-120736一

19、、使用G09程序包，先用小基组 b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析，输入文件关键词：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity输出结果选用的Thermal correction to Gibbs Free Energy=(用 A 表示)你好，我还是有一些问题不明白，看到一些小木虫上的关于该问题的讨论，scrf项目里还需要加pcm , ExternalIteration关键词，我们这个地方不需要再加入这两个关键词了么？刚开始用高斯09不太明白，望见谅啊sesy (站内联系TA)12 楼:Originally posted by 幸福男

20、人 at 2012-10-120736一、使用G09程序包，先用小基组 b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析，输入文件关键词：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity输出结果选用的Thermal correction to Gibbs Free Energy=(用 A 表示)你好，输入文件 # b3lyp/6-311+g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dovacuum)Radii=uaks按照你的输入文件计算了一下，没有这一项DeltaG (solv) (kcal/mol

21、)=只有SCF Done: E(UB3LYP)=这一项的能量，输出结果中的是不是应该取这一项啊自由能=自由能校正(A) +SCF Done: E(UB3LYP) 对不对啊？麻烦了。最近写文章比较着急。幸福男人(站内联系TA)15 楼:Originally posted by sesy at 2012-10-12 1646你好，输入文件 # b3lyp/6-311+g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dov acuum)Radii=uaks按照你的输入文件计算了一下，没有这一项DeltaG （solv） （kcal/mol）=只有 SC

22、F Done: E（.自由能=自由能校正（A） +SCF Done: E（UB3LYP）幸福男人（站内联系TA）14 楼:Originally posted by luyating2005 at 2012-10-121612你好，我还是有一些问题不明白，看到一些小木虫上的关于该问题的讨论，scrf项目里还需要加pcm , ExternalIteration关键词，我们这个地方不需要再加入这两个关键词了么？刚开始用高斯09不太明白，望见谅啊 pcm和smd是两个不同模型luyating2005 （站内联系 TA）17 楼:Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-

23、140713pcm和smd是两个不同模型 谢谢你的回复，这也就是说这两个关键词不应该同时使用对不对？sesy （站内联系TA）13 楼:Originally posted by 飞行鸟 at 2012-10-120843溶剂化下的单点能就是输出结果中的SCF Done: E（UB3LYP） = *。另外基组要改善你好能给我写下你们计算溶剂化下的单点能的输入文件吗？多谢 最近写文章、本组新接触09没有指点的。郁闷ingsesy （立占内联系TA）17 楼:Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-140713pcm和smd是两个不同模型 PCM我也对此有些疑问、阁下是不是用这种方法计算过？那我们这次的溶剂效应是不是就是s md模型啊？为什么我按照这些关键词算出来的，默认的模型显示的是:确认清楚才放心投出文章去嘻嘻、还请赐教，耐心等待中。【求助】高斯09 PCM指定pyridine 溶剂的设定作者：CKX （站内联系 TA） 收录：2010