beast系列软件使用

1、beast 系列软件使用个人初步总结时二步Fun beasi：件讯右的将式仃bog n.tree弟二鼎Eraca嗽杵run咗罟弟一步旳鑒总鸽合垢性戸 2 步TrefiAnnQLSlur runSjt件泊格罠EXXMCC.lraftZFigTree p/XX_MCCe,表理村建的給啣个人详细使用：BEAUti1、File- Import Data 打开 NEXUS（beauti 软件的 NEXU 文件与 PAUP 软件的有不同）文件打开后显示为2、选择 Taxon Sets 通过建立一套定义子集分类，这个窗口允许你建立分类单元内的子集序列数据。这也允许你去记录每个分类tMRCA 子集最近的共同祖

2、先,设置分布在相应分歧时间的分歧倍。最后 tMRCAs 在日志文件中应按单位相同规定你 的DNA 序列。这些分类单元可以代表不同的物种子集分析地理上孤立的多种群或者 在一个物种。值得注意的是，建立一个分类单元不保证该子集集团将能够对其它属 种单源推理分析。单击“+”在左下角，创建几个分类群，重命名他们。在另一个中你可以看到一些有用的分类群，选择你所需要的分类群然后单击绿色的按钮，确使在MCM 分析的时候保持单源。最后可以得到类似：3 partiti on s:positi on s1,2,3:3段都有自己的转录翻译速度3、选择 substituten model这里主要是模型的选择substi

3、tuten model中主要为三个模型 HKY GTR TN9 根据模型构建来选择Base frequencies 中 Estimated/Emirical/AII equal 三种 估计，经验，设备 可根据不同的获得方式来选择。Site Heteroge neity Model 中 Non e/Gamma/I nv aria nt sites/Gamma+Inv aria ntsites,None（假定物种的进化保持相同的速率）Gamma 物种的进化不是相同的 速率）In varia nt sites（数据中的某些位点从未经受任何进化上的改变，其进化速率是相同的）Partition into

4、 codon positions中 off/2 partitions:positions（1+2）,3/3partiti on s:positi on s1,2,3off :分析不能转录成 RNA 勺 DNA3 partiti on s:positi on s1,2,3:3段都有自己的转录翻译速度2 partitions:positions（1+2）,3:1,2段转录比较慢，3 段转录比较快Models”5、tressTree priors:我们比较多的希望使用 Yule 模型，这是一个简单的模型通常是更适用于考虑序列不同的种类的 Unlink Subst选择 the relaxed mole

5、cular clock models数据来自一个潜在的指数函数或有些（name 下有两个以上）这时需要选择 Data PartitionsllAi-toMHi“ 7 匸犷4讥l-r-1!IHw , -ClM! l4rKa l Z 5l*i和 ELT刊i W 1H8-j P1- w- i r Mj1 -rj-,u -T1-rr4、选择 clock model对数正态分布。很多数据都是用到the relaxed molecular clock models选择合适的分子钟模型来估计速率的变化在有数据的情况下，改变设置 trmc()的 Priors，其他的参数设置大概估计不出现红色即可。rm -nr

6、 nTTirn trtIIVIIM7、MCMCLength of chain: 取决于数据大小和质量，系统默认为 10， 000, 000 Echo state to6、Priorsscreen every和 log parameters every: 多少的马尔科夫链的参数显示在屏幕上和记录在日志文件中。前一个系统默认为 10，000 这个数值不要低于10,000,不然会有一大堆没用的数据出现在屏幕上，拖累了速度Running BEASTRun BEAST 加入文件为新建好的 XML 文件8 输出创建 XML 文件Run 完以后出现两个文件 XX.log.txt 和 XX.Tree Anal

7、yzing the results使用Tracer 软件打开 XX.log.txt查看结果Select meanRate 去查看 95%HPDTreeA nno tator Obtai ning an estimate of the phyloge netic tree*” T-ib* F 144.W 丄貼 it *1J 阜卄n-r勺 出 子設- 15Ql-，l!，iiOO4w.,trfTp!塔讣MJIf尸rr- !*- - ii ipfw1 AainfaifitMBIBL a ili-rllwE&ripal Hv屮4H 1 1 iM .输出 XX_MCC.treeBurnin 数据得到为前面 BEAUti 软件中 a chainlength/sampling(800,000/200) 400的 1%为 40Posterior probability limit将这个