基于质谱蛋白质鉴定第1节：蛋白质鉴定技术简介

1、本文格式为word版，下载可任意编辑基于质谱蛋白质鉴定，第1节：蛋白质鉴定技术简介 基于质谱的蛋白质鉴定，第 1 节：蛋白质鉴定技术简介 蛋白质组学（proteomics）的分析一般可分为四类分析方法：（i）快速而简洁的分析方法，用于从简单混合物中纯化少量蛋白质；（ii）快速而灵敏的方法，可从目标蛋白质中猎取少量但足够的结构信息 （iii）猎取拓展的蛋白质或 dna 序列数据库，以及（iv）能够通过计算机算法将dna 序列信息与各种类型的蛋白质结构信息结合起来，例如 n 末端蛋白质或内部肽序列，氨基酸组成，肽质量指纹图，ms 片段图谱或所选肽的序列标签。 高辨别率凝胶电泳（2-d 凝胶电泳是目

2、前最有效的蛋白质分别方法），自 70 年月后期就已经被用作分析工具。但始终到蛋白质样品制备方法和测序工具得到了相当大的改进之后，二维凝胶电泳才进展成为制备性的蛋白质纯化程序。蛋白质能够通过电印迹法转到化学惰性的膜上，可能是蛋白质微量样品制备中最重要的步骤之一，由于它将高辨别率凝胶电泳（纯化步骤）和气体色谱（分析步骤）直接联系在了一起。电印迹法又可以结合基于膜的埃德曼化学法形成 n 末端或内部肽序列。这种组合技术现在通常称为微测序，由于与早期技术相比，它使样品制备的灵敏度提高了至少 100 倍，从而可以分析低至 pmole 或 g 级别的蛋白质。这项技术在 80 年月后期开头流行，当时聚二氟乙烯

3、（pvdf）印迹膜已经胜利商业化。同一时期，第一个 2-d 凝胶蛋白序列数据库（实际蛋白质组学的祖先）也诞生了。但是，由于当时已知的蛋白质或 dna序列数量很少，这些数据库中的信息特别有限。因此，微测序法更常被用作 cdna 克隆的起始点，而不是用于通过同源性进行蛋白质鉴定。 随着蛋白质，dna 和表达序列标签（est）等数据库信息在 90 年月以来的快速增长。从头测序变得不再那么常见，而重测序或通过比较法进行测序变得更加重要。这是生物质谱（ms）技术进入测序领域的正确时机。质谱 ms 是特别快速灵敏的技术方法，即使到了现在，ms 技术的分析速度和灵敏度仍未达到其极限。ms 技术的两大主要领域

4、是：基质帮助激光解吸电离/飞行时间（maldi-tof）质谱和电喷雾电离（esi）质谱，这两种方法的区分在于其电离分析物的方法，相关的样品制备程序也不同。因此 esi 主要与液相色谱仪器相结合，而 maldi-tof更适合于高通量检测，更适合于大规模的蛋白质组学分析。随着快速蛋白质鉴定技术的进展，对高度可重复的，可比较的，大规模二维凝胶电泳方法的需求稳步增长，也通过引入可固定的ph 梯度法得以实现。 最终，还需要将全部的数据结合起来。氨基酸序列，肽质量指纹或肽 ms 片段数据需要被翻译为带解释或无解释基因组序列数据库中的 dna 序列。每个 dna 序列可以从两端和三个不同的开放框进行读取。在

5、某些表达序列标签（est）中，常常会消失错误，使得搜寻变得困难。而计算机算法可以胜利地解决遇到的这些挑战，可以匹配到最接近 ms 分析猎取的结构信息对应的蛋白质或 dna 序列片段。 基于质谱的蛋白质鉴定系列总结，将主要集中在两个部分：（i）如何从凝胶纯化的蛋白质样品中获得必要的结构信息，（ii）以及如何使用此类信息鉴定蛋白质。第 2 节简要介绍了基于常规edman 的 n 末端或内部肽测序的方法。 在其次部分中，我们重点介绍基于 maldi-tof 的蛋白质分析方法，并简要回顾将 ms 生成的数据与数据库中存储的序列进行匹配的算法。 本文由百泰派克生物科技整理编辑。未经许可，不得转载。 北京百泰派克公司采纳高辨别率质谱平台技术，包括 thermo fisher 的 q exactive 质谱仪，ltq orbitrap velos 质谱仪，以及 ab sciex 的 6500 q trap 质谱仪，结合 nano-lc 高通量液相色谱技术，能够对 sds-page 蛋白条带、2d 蛋白胶点等样品中的蛋白质进行高效精准鉴定。胶条、胶点蛋白质谱鉴定服务可保证 100%的鉴定率，否则不收任何