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文档简介
1、Ge neMapper 软件 微卫星分析中文简易操作手册 微卫星分析流程: 设定微卫星分析方法: 1. 登录软件 2. 创建分析所需 kit、panel 3. 创建新文件,导入数据; 4. 设置分析参数; 5. 执行初始分析; 和 marker 等参数; 分析并检查结果: 1. 编辑分析方法; 2. 分析数据; 3. 查看结果; 1 J 打印并导岀数据(可选): 1. 打印结果; 2. 导出结果。 软件术语介绍: 术语 定义 An alysis Parameter 软件中分析样品所使用的特定设置;用于计算片段大小和基因 型,这些特疋设置包括 analysis method, size stan
2、darc 和 panel bin 在 marker 设定等位基因的片段大小和颜色 bin set 等位基因特定实验条件下一组 bin marker 微卫星标记,通过位点名称、片段大小、荧光标记和重复长度 进行设定 panel Marker 组合 kit panel 组合 一.设定微卫星分析方法: 1.登录 Gen eMapper 软件: 1.1 选择开始-All Programs - Applied Biosystems - GeneMapper-GeneMapper 1.2 登录 Gen eMapper 软件:用户名默认为 gm,在 Passwprd 中输入密码,点 击0K 进入 Gen e
3、Mapper 软件 2 创建分析所需 kit、panel 和 marker 等参数: 2.1 点击软件上方工具栏 Tools,选择 Panel Manager; LtU BUi!SL r 或双击桌面快捷方式 亦 打开软件; det- | Oeih: 対 1汕国 t XL产背 2.2 在 Panel Manager 对话框中,选中 1 Panel Manager,点击 2 新建 Kit;于 New Kit 对话框中依次输入 Kit 名称,Kit 类型,并点击 OK 保存设置; View Tools Help )STRparel Bin Set: Pjn1 CammtM t1SIR panel n
4、one 2.3 在 Panel Ma nager 对话框中,选中 1 STR KIT 点击 2 新建 Pan el; 3 中输入 Pa nel 名称; J i TTZ- 站申 Pawl Manager .-LL h L. 1 需 Panel Manager File Edit Bms View Qx I I Bn Set: S- 10 6 8 File tdrt Bins View 2.4 选中 1 STR panel 点击 2 新建 Marker,在 3 位置依次输入 Marker Name (Marker 名称),Dye Color 荧光标记种类),Min Size, Max Size 片
5、段最 小值和最大值),Marker Repeat 重复次数); 3 .1 点击 1 新建文件夹,在 2 Project Type 中文件夹类型选择 Microsatellite,点 击0K 2.5 重复 2.4 步骤,完成所有 Marker 设置,点击 0K 保存; 2 Parcel Manager 3.创建新文件,导入数据: 3.2 导入数据:点击 1 Add Samples To Projects 加数据,在弹出的对话框中选择 待分析数据,通过 3 Add To List 添加到右边的面板中,点击 4 Add 完成 数据添加; 4 - 血迅鼻心1牌 aii BW 4. 设置分析参数: 4.
6、1 完成数据添加后,在 1 位置,Analysis Method 中选择 New Analysis Method 新建分析方法;在弹出的对话框中选择分析类型 2 Microsatellite,点击 OK 确认; Lt Edit Sarnple; To Add: COM_E1 lO.aOSJJT. fa CD06_El39_Ritfi_C006_2002-GS 10_2D S_03. fca C006_E 1W _C006_3002 05 1Q_2O5_01 ft* 4.2 设置分析参数:在 An alysis Method Editor 中,点击 1 Gen era,填写 2 Name (分析
7、方法名称);之后点击 3 Allele,在将 4 Bin Set 选择 none;其它 参数为软件默认,不需要 修改;点击 0K 确认; 4.4 完成分析参数设定后,选中 Analysis Method,Panel 和 Size Standard 栏目, 点击 IFile,选择 2Fill Down;此时,Analysis Method,Panel 和 Size Sta ndard栏目会使用之前选定的分析参数;也可以使用鼠标分别选择; 4.5 保存分析文件:点击 File,选择 Save Projec,输入文件夹名称:4.3 选定好之前设定的分析方法,在后续的栏目中设定 Panel 和 Siz
8、e Standard (分子量标); 5. 执行初始分析: 5.1 点击分析按钮 1,分析数据: i*i:roL3*el te Pnoject: Mkrosatellitel - gm Is Logged! bn D血base SHGL6F3PR32 Is Help Q Ul E9 H 聞彳 k | TiHe Srttmot Mcraatelte De&t 园 | P n A s Genotypes Matrbc Run Name hstruiteET侶 RnMeATrv REF |SQi SFHF Mf |SNF os SQ UM UW W3 Lane MfcfQsstrtie AB
9、3I00 20DMMD 筮 23, 直 a 8 S 17- ow i4crKeteMe 閃 1OC J2002-OMO 22 23441 J i a (S- 加o? ate*睥 ABWOQ 2W25-l0 2225 K 厂 F号 r 1 F 1 分析正常通过分析正常通过 L捉示有问题捉示有问题 分析失败分析失败 5.2 在 1 Geno types 中查看初步分析结果,或通过 2 Display Plots 选项查看样品 分型图:Wte HIM Owneda 护 wriymKdlwl I NDTV Mm - i4 i 4LFEI4MI|* Frthr* T出t SCEg HOOMttALt 5
10、.3 在样品分型图界面中,Plot Setting 选择 Microsatellite Default;通过软件上方 的快捷按钮编辑数据显示方式: 6 仓 U 建 Bin Set: 6.1 打开 ToolsPanel Manager,选中 1 STR Kit 点击 2 新建 Bin Set,在弹出的 New Bin Set 对话框 3 中输入 Bin Set 名称: 6.2.1 确保 1 Bin Set 已选择新建的 Bin Set,选中 2 STR Panel 此时会显示出之前 新建的每个 Marker,点击 3 Add Referenee Data 添加参考数据; 6.2.3 在 Add
11、Mierosatellite Referenee Data 对话框中,选择 1 参考数据,通过 2 Add To List 添加至右面的面板中,点击 3 Add,完成添加:1 F L + i 二5!貧 panel Elm Set: 1 |5TR panol “陪朋.iit lww 6.3 生成 Bin Set:完成参考数据添加后,点击 1 Auto Bin,之后使用软件默认参 数,点击 2 0K,自动生成 Bin Set: 5S426 Green 274.0 29S.0 2 *551961 Ydow H2,0 1為0 2 AutoBcnning fcr STR panel completed
12、*SS4D6 6S4D0 65309 irr 6.4 编辑 Bin Set:分别选中每个 Marker 1 查看其对应的 Bin,选中 2 Bin,右键 进行 Bin 的编辑或者删除,也可通过软件 3 处的快捷图标进行 Bin 的编 辑;完成后点击 0K 生成 Bin Set; File Edft Bin$ iw j 斫 h Hi Vi / 软 ftriSet: fnidnsct T 1 r q 1 PenelHjrwr 习 OlSTR CTT -OSTR pane* D66157-4 QI D6S292 D6S434 DS436 DSS19S1 D6S257 晦怦 D55641 D5S133
13、 A.tefcerKe Sampto COM问常肿 JDOOSJMW CQ_R*JljC006_aJ C006JE IWRinjCDMaoa; MSH74 Edrt Bin-r. Delete Bin * b- b屮 + 4- 4 - 1 * B- 4v 9- 4 14S 134 1M! 157 19 It1 Itl * - * - * U5 W UP 3 rtFtrMC* ailths in Direrce all tits in bin i SY 5 - 分析并检查结果: 1.编辑分析方法:点击软件上方快捷图标 1 Analysis Method Editor,将 Allele 中的 2
14、Bin Set 修改为之前新建的 Bin Set,其他参数保持默认,点击 0K; wure 3i Mikroiate rte rryiBcl MicrckMile lite| - gm ti Logged In D占怙 5 疋 SHGL6F3Pfil2 过 Display Plots 查看样品分型图; 2点击分析按钮再次分析数据,通过 Geno types 查看分型结果,或选中数据通 Arwlytrs Method Editof - Micwiatelhte Bm Set: Fader DefauIlK Marker Repeat Use iWter-spwjfiG stutter ra1 i
15、f dvefatile Aide Pt4hDctKlgr , PtdkQudAh Mono Trt reira Renta MC1L3 Cut-off vMje 砌砌 2 2 0,25 0 25 0.25 PfusA ratio 皿皿 MF| 03 0.45 0.95 P*usA dstarxie 00 1.6 L6 1.6 1.6 Stutttr rAbO 0 95 &LS dis o- a Shtbtr Fran | |则则 GO CLO DO 込込。 To 0.0 15 4.5 5.5 6.5 已 for driudraDde repeiSts are cakijated Aut
16、oma. F Snfi Hn hnri jhtarie 匚w MiS 5 ten 1 Skn h r 屮i WQtiJ Fl Arw PM* An fMa Mi 1*1 ADO屈 EK CEA 3PA :iP riVf- jmi Iflif! rn f. SIR r#*i pn F 5 1- MQ崭 ?F K 1*?0 聊*0 il 43tr r 1 ZIM1.XIIKI UTI EICG STP! pw 匸卫任 1 173JF i-n 3- X3F H3 pi a yr+i 比 I s ItTJjs. IE!Cfi r- FTH |G 1 *4 .2 対 55 52 0 I33JD iSZ-
17、D -SUT son a 卜 EQJD 9 ns*! 血 ijvd * a , lim Ki 国“ EIR 皿宴 料 5 3 Ik.ll 1 .4T 40 怦Q MM 細 V d H 1 MT3Q 3EEX口 IE 3M3 9wn nCCJIHJ沁i_Ch; EfR pw* 3 c 1 3 亦朋 JM dfll 4103 剛和 9 B u Gift carfri ciir 1 3 nlM 1酣 r4M .5 密 Q - Sii 9 府吓“询印 pr a iWi 1璋科 沖 ;* Q K*W JHM pHh* 14 jtt fn sw ffli- EHS |w* T 1 : 3t? jHTia
18、a 沁0 rswa M 伽 a ll am M-a rui eai 舀口 MTI J - naji J rs 424 33 3E2ta H-J-Q iar& zros i d 选中需要查看的数据,否则无法查看 Samples Plot: 查看样品分型图: 5 - 三.打印并导出数据(可选): 1. 在View中选择不同的界面(Samples, Genotypes等),再通过 File Export/Pri nt导出或者打印相应的数据: 辄 GenelVdpper Softwdpe S - 2015047S Gener c - qrr 上 Loqqed In Datebass 5卜 2.在Analysis中选择不同的界面(Display Plots,Report Manager等),再通过 FileExport/Pri nt导出或者打印相应的数据:Samples Genotype? Ctrh 匚 triWift+E
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