Genemapper微卫星分析报告中文操作指引设计

1、Ge neMapper 软件 微卫星分析中文简易操作手册 微卫星分析流程: 设定微卫星分析方法： 1. 登录软件 2. 创建分析所需 kit、panel 3. 创建新文件，导入数据； 4. 设置分析参数； 5. 执行初始分析； 和 marker 等参数； 分析并检查结果： 1. 编辑分析方法； 2. 分析数据； 3. 查看结果； 1 J 打印并导岀数据（可选）： 1. 打印结果； 2. 导出结果。 软件术语介绍: 术语 定义 An alysis Parameter 软件中分析样品所使用的特定设置；用于计算片段大小和基因 型，这些特疋设置包括 analysis method, size stan

2、darc 和 panel bin 在 marker 设定等位基因的片段大小和颜色 bin set 等位基因特定实验条件下一组 bin marker 微卫星标记，通过位点名称、片段大小、荧光标记和重复长度 进行设定 panel Marker 组合 kit panel 组合 一.设定微卫星分析方法： 1.登录 Gen eMapper 软件: 1.1 选择开始-All Programs - Applied Biosystems - GeneMapper-GeneMapper 1.2 登录 Gen eMapper 软件：用户名默认为 gm,在 Passwprd 中输入密码，点 击0K 进入 Gen e

3、Mapper 软件 2 创建分析所需 kit、panel 和 marker 等参数: 2.1 点击软件上方工具栏 Tools，选择 Panel Manager； LtU BUi!SL r 或双击桌面快捷方式 亦 打开软件; det- | Oeih: 対 1汕国 t XL产背 2.2 在 Panel Manager 对话框中，选中 1 Panel Manager,点击 2 新建 Kit;于 New Kit 对话框中依次输入 Kit 名称，Kit 类型，并点击 OK 保存设置； View Tools Help )STRparel Bin Set: Pjn1 CammtM t1SIR panel n

4、one 2.3 在 Panel Ma nager 对话框中，选中 1 STR KIT 点击 2 新建 Pan el; 3 中输入 Pa nel 名称； J i TTZ- 站申 Pawl Manager .-LL h L. 1 需 Panel Manager File Edit Bms View Qx I I Bn Set： S- 10 6 8 File tdrt Bins View 2.4 选中 1 STR panel 点击 2 新建 Marker，在 3 位置依次输入 Marker Name （Marker 名称）,Dye Color 荧光标记种类）,Min Size, Max Size 片

5、段最 小值和最大值），Marker Repeat 重复次数）； 3 .1 点击 1 新建文件夹，在 2 Project Type 中文件夹类型选择 Microsatellite，点 击0K 2.5 重复 2.4 步骤，完成所有 Marker 设置，点击 0K 保存; 2 Parcel Manager 3.创建新文件，导入数据： 3.2 导入数据：点击 1 Add Samples To Projects 加数据，在弹出的对话框中选择 待分析数据，通过 3 Add To List 添加到右边的面板中，点击 4 Add 完成 数据添加； 4 - 血迅鼻心1牌 aii BW 4. 设置分析参数: 4.

6、1 完成数据添加后，在 1 位置，Analysis Method 中选择 New Analysis Method 新建分析方法；在弹出的对话框中选择分析类型 2 Microsatellite，点击 OK 确认； Lt Edit Sarnple; To Add: COM_E1 lO.aOSJJT. fa CD06_El39_Ritfi_C006_2002-GS 10_2D S_03. fca C006_E 1W _C006_3002 05 1Q_2O5_01 ft* 4.2 设置分析参数：在 An alysis Method Editor 中，点击 1 Gen era,填写 2 Name （分析

7、方法名称）；之后点击 3 Allele,在将 4 Bin Set 选择 none；其它 参数为软件默认，不需要 修改；点击 0K 确认; 4.4 完成分析参数设定后，选中 Analysis Method，Panel 和 Size Standard 栏目, 点击 IFile,选择 2Fill Down；此时，Analysis Method，Panel 和 Size Sta ndard栏目会使用之前选定的分析参数；也可以使用鼠标分别选择； 4.5 保存分析文件：点击 File，选择 Save Projec，输入文件夹名称:4.3 选定好之前设定的分析方法，在后续的栏目中设定 Panel 和 Siz

8、e Standard （分子量标）； 5. 执行初始分析： 5.1 点击分析按钮 1,分析数据: i*i：roL3*el te Pnoject: Mkrosatellitel - gm Is Logged! bn D血base SHGL6F3PR32 Is Help Q Ul E9 H 聞彳 k | TiHe Srttmot Mcraatelte De&t 园 | P n A s Genotypes Matrbc Run Name hstruiteET侶 RnMeATrv REF |SQi SFHF Mf |SNF os SQ UM UW W3 Lane MfcfQsstrtie AB

9、3I00 20DMMD 筮 23, 直 a 8 S 17- ow i4crKeteMe 閃 1OC J2002-OMO 22 23441 J i a (S- 加o? ate*睥 ABWOQ 2W25-l0 2225 K 厂 F号 r 1 F 1 分析正常通过分析正常通过 L捉示有问题捉示有问题 分析失败分析失败 5.2 在 1 Geno types 中查看初步分析结果，或通过 2 Display Plots 选项查看样品 分型图：Wte HIM Owneda 护 wriymKdlwl I NDTV Mm - i4 i 4LFEI4MI|* Frthr* T出t SCEg HOOMttALt 5

10、.3 在样品分型图界面中，Plot Setting 选择 Microsatellite Default;通过软件上方 的快捷按钮编辑数据显示方式： 6 仓 U 建 Bin Set: 6.1 打开 ToolsPanel Manager，选中 1 STR Kit 点击 2 新建 Bin Set,在弹出的 New Bin Set 对话框 3 中输入 Bin Set 名称： 6.2.1 确保 1 Bin Set 已选择新建的 Bin Set,选中 2 STR Panel 此时会显示出之前 新建的每个 Marker，点击 3 Add Referenee Data 添加参考数据； 6.2.3 在 Add

11、Mierosatellite Referenee Data 对话框中，选择 1 参考数据，通过 2 Add To List 添加至右面的面板中，点击 3 Add，完成添加：1 F L + i 二5!貧 panel Elm Set: 1 |5TR panol “陪朋.iit lww 6.3 生成 Bin Set:完成参考数据添加后，点击 1 Auto Bin,之后使用软件默认参 数，点击 2 0K,自动生成 Bin Set: 5S426 Green 274.0 29S.0 2 *551961 Ydow H2,0 1為0 2 AutoBcnning fcr STR panel completed

12、*SS4D6 6S4D0 65309 irr 6.4 编辑 Bin Set:分别选中每个 Marker 1 查看其对应的 Bin,选中 2 Bin,右键 进行 Bin 的编辑或者删除，也可通过软件 3 处的快捷图标进行 Bin 的编 辑；完成后点击 0K 生成 Bin Set; File Edft Bin$ iw j 斫 h Hi Vi / 软 ftriSet： fnidnsct T 1 r q 1 PenelHjrwr 习 OlSTR CTT -OSTR pane* D66157-4 QI D6S292 D6S434 DS436 DSS19S1 D6S257 晦怦 D55641 D5S133

13、 A.tefcerKe Sampto COM问常肿 JDOOSJMW CQ_R*JljC006_aJ C006JE IWRinjCDMaoa； MSH74 Edrt Bin-r. Delete Bin * b- b屮 + 4- 4 - 1 * B- 4v 9- 4 14S 134 1M! 157 19 It1 Itl * - * - * U5 W UP 3 rtFtrMC* ailths in Direrce all tits in bin i SY 5 - 分析并检查结果: 1.编辑分析方法：点击软件上方快捷图标 1 Analysis Method Editor,将 Allele 中的 2

14、Bin Set 修改为之前新建的 Bin Set,其他参数保持默认，点击 0K； wure 3i Mikroiate rte rryiBcl MicrckMile lite| - gm ti Logged In D占怙 5 疋 SHGL6F3Pfil2 过 Display Plots 查看样品分型图; 2点击分析按钮再次分析数据，通过 Geno types 查看分型结果，或选中数据通 Arwlytrs Method Editof - Micwiatelhte Bm Set： Fader DefauIlK Marker Repeat Use iWter-spwjfiG stutter ra1 i

15、f dvefatile Aide Pt4hDctKlgr , PtdkQudAh Mono Trt reira Renta MC1L3 Cut-off vMje 砌砌 2 2 0,25 0 25 0.25 PfusA ratio 皿皿 MF| 03 0.45 0.95 P*usA dstarxie 00 1.6 L6 1.6 1.6 Stutttr rAbO 0 95 &LS dis o- a Shtbtr Fran | |则则 GO CLO DO 込込。 To 0.0 15 4.5 5.5 6.5 已 for driudraDde repeiSts are cakijated Aut

16、oma. F Snfi Hn hnri jhtarie 匚w MiS 5 ten 1 Skn h r 屮i WQtiJ Fl Arw PM* An fMa Mi 1*1 ADO屈 EK CEA 3PA :iP riVf- jmi Iflif! rn f. SIR r#*i pn F 5 1- MQ崭 ?F K 1*?0 聊*0 il 43tr r 1 ZIM1.XIIKI UTI EICG STP! pw 匸卫任 1 173JF i-n 3- X3F H3 pi a yr+i 比 I s ItTJjs. IE!Cfi r- FTH |G 1 *4 .2 対 55 52 0 I33JD iSZ-

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18、a 沁0 rswa M 伽 a ll am M-a rui eai 舀口 MTI J - naji J rs 424 33 3E2ta H-J-Q iar& zros i d 选中需要查看的数据，否则无法查看 Samples Plot: 查看样品分型图: 5 - 三.打印并导出数据(可选)： 1. 在View中选择不同的界面(Samples, Genotypes等)，再通过 File Export/Pri nt导出或者打印相应的数据： 辄 GenelVdpper Softwdpe S - 2015047S Gener c - qrr 上 Loqqed In Datebass 5卜 2.在Analysis中选择不同的界面(Display Plots，Report Manager等)，再通过 FileExport/Pri nt导出或者打印相应的数据:Samples Genotype? Ctrh 匚 triWift+E