生物信息学分析文档

1、SUN-1蛋白生物信息学分析说明：题目用小二加粗正文用小四行距为1.5倍一、XXX蛋白质序列1.在美国生物信息中心(NCBI)蛋白质数据库，检索出SUN-1蛋白，其蛋白质氨基酸序列FASTAC件格式如下：>gi|124293715|gb|ABN02984.1|rRNAsmallsubunitmethyltransferaseBBurkholderiamalleiNCTC10229MKLHGFLIGQTEALLAEVLKFAGPADVTTSRFFRAHPKLGHAERGVIAEAVFAVLRRRMEYAHLAESGTGAPARRLALLGLMQTVGRSALKPFVSDAEWAWLDHVA

2、KIDPASLPLRVRTNLPDWIHQALAERADELAQFAAAVNYPAPLDLRANALKATRDQVIDSLRAAGIDAGATPFAPFGVRVVGKPALAKLKLFEEGLIEVQDEGSQLLCSLVAPRRGEMIVDFCAGAGGKTLALGAMMRSTGRLYAFDVSEKRLAKLKPRLARSLSNVNPVLIDSEHDAKIKRLAGKIDRVLVDAPCSGLGTLRRNPDLKWRQSRETVDELAPKQASILASAARLVKKGGRLVYATCSVLEAENEAIVSAFLAAHPAFELVPASRVLAEQRIALDTGDYLSLWPHRHATDG

3、FAAVLERRAQ二、一级结构分析(注明使用软件)利用ProtParam可计算蛋白质相对分子质量、理论等电点、氨基酸组成。对SUN-1蛋白进行分析，结果表明SUN-1蛋白由420个氨基酸组成，分子量为45469.6，理论等电点为9.49，氨基酸组成为Ala(A)6716.0%Arg(R)368.6%Asn(N)71.7%Asp(D)225.2%Cys(C)41.0%Gln(Q)112.6%Glu(E)245.7%Gly(G)307.1%His(H)102.4%Ile(I)143.3%Leu(L)5613.3%Lys(K)204.8%Met(M)61.4%Phe(F)163.8%Pro(P)2

4、15.0%Ser(S)215.0%Thr(T)153.6%Trp(W)51.2%Tyr(Y)51.2%Val(V)307.1%Pyl(O)00.0%Sec(U)00.0%分子式：C2032H3287N591c572so三、二级结构预测结果及分析通过利用NPSA中的MLRC方法预测其二级结构，“螺旋(1"19:20448.57%6-折叠(£8:378.81%无规则卷曲(Cc):17942.62%四、.特殊区域分析：4.1SUN-1蛋白跨膜区域的预测利用TMHMM2.0Server和TMpred对该蛋白质序列进行分析。得到如下结果：跨膜区域为零，而且在跨膜区域中的氨基酸序列期望

5、值为0.02257。该结果大于18时才有跨膜蛋白，故没有跨膜蛋白。结果见图1：TvHMMpostencrpro3AbltiesforSequeice12108D6D41205。10015。2”2f0300350430trinsnrentraneinsidecutside4.2SUN-1蛋白信号肽的预测用SignalP3.0Server分析得到C比分，S比分，Y比分均为NO,说明该蛋白不含信号肽。结果见图2。其中C比分指的是断裂位点比分，S比分为信号肽比分，Y比分为S比分与C比分结合后更好的断裂位点比分。S比分很低，也说明不含信号肽。max.C170.2770.32NOmax.Y170.3210

6、.33NOmax.S120.8210.87NOmeanS1-160.4820.48YESD1-160.4020.43NOSigraLF-HN prediction (euk worts)! gi l阴阳3715 购眦疏羽总力L 口 口伪0演334353073Rofition4.3SUN-1蛋白的细胞定位用PSORTWWWServer中的PSORTHPrediction工具进行细胞定位,得到以下结论：在线粒体中的可能性为7.6%。NameLencTPmTPSPotherLocRCgi_124293715_gb_ABN04200.0890.0760.2080.494_4SUN-1蛋白的三级结构预测图4 SUN-1蛋白的三维结构预测图6