多序列比对的可视化显示

1、【一】多序列比对的可视化显示可能因为毕业论文内容论文需要，最近很多人都找我帮忙将clustal的序列比对文件结果可视化，现将TEXshade软件包能做出来的可视化效果分享给各位同学，因为使用TEXshade涉及到了一些LATEX知识，所以需要更深入的了解如何运作请给我留言或者私聊，此文仅 将软件能做出的效果展示，虽然其实软件很简单，但不做具体使用说明，我的风格通常是授 人以鱼，不授人以渔，嘻嘻。最简单的莫过于纯粹的多序列比对排版，跟某些同学论文里面用 Word排版的效果类似（word里面需要用等宽字体），效果类似如下：AQP1.PRO MASEIKKKLFWRAWAAQP2 .PRO MWEL

2、RSIAFSRAVLAAQP3 .PRO MNRCGEMLHIRYRLLRQALAAQP4 ” PRO MSDGAAARRWGKCGPPCSRESIMVAFKGVWTQAFWKAVTiAQP5 ,PRO MKKEVCSLAFFKAVFAAQP1 PRO TLFVFISIGSALGFNYPLERNQTLVQDNVKVSLAFGLSIAQP2.PRO LLFVFFGLGSALQWA.SS.PPSVLQIAVAFGLGICAQP3. PRO LILVMFGCGSVAQVVLSRGTHGGF LTINLAFGFAVIAQP4.PRO LIFVLLSVGSTINWG.GSENPLPVDMVLISLCFG

3、LSIAAQP5.PR0 LIFVFFGLGSALKWP._SA,.LPTILQISIAFGLAIG如果稍微加点效果可能就变成了如下的样子，我们将相同的氨基酸标记出来:AQP1,PROAQP2.PROAQP3.PROAQP4.PROAQP5.PR0LGLfflLSCQC0VGCHMCFLAREPWIKIMVCTRKVFVLL0IGNQ«RAVg|YRA0FYgAjY®vfyIIVATLITAQAQAQAQAQCVLVVASAILGA0ILGAGlflGAGILGAI0GAGIL当然，TEXshade能做的不仅仅是这些，下面这张图我们标记了其中的几个关键位置，去掉 了右侧的&

4、quot;ruler ”AQP1.PR0AQP2.PROAQP3.PROAQP4.PROAQP5.PRO8090LGL|jLSCQ 匣 VncflVGCHVg F0MCFLAREP vHmvctrkiL0L0IGNQT TTT100LT c|LVIS ISIA AG G GL L110VASAA A A A G G G GI AGLENSNVAD A G T AA TT好像这个样子就有点乱了Soo i cm e g g 寸 g in tn ldlo z 卜卜 zz 0888888 I I ni nE寸Lft66 6I i-H4 I006112 CMAQPi.PROAQP2.PR0AQP3.PR

5、OAQP4.PROAQP5.PR0NPAVT INPAVTNPAVT INPAVTMCFLINPAIGLLAF面这幅就更详细一点了，我用不同的颜色代表了不同的con servationAQP1.PROAQP2.PROAQP3 PROAQP4 PROAQP5.PR0consensusF1TLGLlLSCq|CgVGCHMCFLAREPWIKLPIHTL MVCTRK l0ignq|EUA A AAISHLRAVfjY|LRAHFY YIAKSVFYISHLRAVFYnon conserved> 50% conserved> 80% conservedIIVAITVAaQASAMASs

6、gLCILCIFTHVBVLCEQQQQQ A A A A AA A A A A p p p p pVASALGAIGAILVLLLLILGA0IL GAG珊 GAGILGA IX很多情况下，我们只想呈现多序列中的某些突变位点，其实也可以很好的表达Bos taurusCanis familiarisDugong dugong Equ us caballusEleplms nuinius80SFLRA90100FYVAAQLLGAVAGAALLHEITPi如果将T-Cofee的score_ascii文件一并输入 TEXshade，效果我觉得很帅气feat-consAQP1.PR0AQP2.PRO

7、AQP3.PROAQP4.PROAQP5PRO consensusGSALGFNYPLERNqTLVQDNVKVSLAFGLSIATL GSALQWA' SS. . . .PPSVLQIAVAFGLGIGIL GSVAqVVLSRGTq, , - . GGFLTIfJLAFGFAVTLA GSTINWG* GSENPLPVDMVLISLCFGLSIATM GSALKWP.,.SA.-LPTILQISIAFGLAIGTL我遇到过很多可视化表达各种结构域的例子，下面的表示是不是很帅呢?transmenihmnetrans. domMMHGG G G AAQP1.PR0 AQPNPRO AQ

8、P3.PR0 AQP4.PRO AQP5.PROilLVLLLvnv lfFqS fi LLV LI =一丄 一 _T T T T TG BGc c c T cR1LGGSAPGDNLGSPA < VA N R E p s s ¥D D D D D T T V c T T s I s s A A A A sloop Dexternal amtdv 且 lentinternalF面是另外的一些功能实例lowercasedtintedAQP1,PROAQPN PROAQP3.PROAQP4.PROAQP5,PROI FGAGG0GliLLVELII MVVELI11 V f 1 v

9、viva 11111c etcT _T V c T T s I s sriGGsirgiNLGS 魄HRGLE03TGSCEH5VGSPALF面的被称为 Sequenee fingerprints，其实加上fingerprint命令就可以直接出图了。AQP1.PRQAQP2 PROAQP3.PROAQP4.PRQAQP5.PROTM TM TM TM TM TMmi imuiHiii iiiniii«iiii mu Ullini«! imini iiiiiiiiiiiiiii mi mu mini in in mu idii11 iiii mi min IIIIIIEIII

10、I Hill Hill III III IIIIIIIIIIIIIIH III III II inn i ii iniiiiBiiiii iiiiiin min mi n in in nnon conserved similar> 50% conserved all match很早的时候，看到序列的LOGO图觉得很帅气，下面的 Logo图你见过么?logoconservationNPAloop E T.QQQOQOQQ_人<_£fCPAVyT nFs n ILasrlp SlaW5sBvftt qO O OOO O O nil mlliZcCJCMOlOJCMOJCMe

11、话 EErCH1-step numbering*AQP3othersco 寸 gg006OTCim 寸 lt)9zco60lice 寸 ggg006Oi<NE 寸OQOOOQOmiimiiCsKNCCMCMeJrJCsiecoOEEEE， <ieJCM(SrCN<NrMClC|<NrJ04<NCN(NOlCN<N<N(NOJ<N<N(NO(CNrMCNrjCN<jrJ'所属相册：数据可视化*所属相册：数据可视化*F面再给大家分享几个例子，其实TEXshade能做的很多，要靠大家的想象，我一向认为,只要人能想得出，数据可视化就能

12、做得到。叽pro III III II I -llll-l » IIIH IIIF AQP2.PR0Till-IIHl-llll-lHIIIW- IHIAQP3.PR0-HUIIFIIIIIII |I IIIII -AQP4.PR0IIIIHI-IIIIII-ll-lHIII-HmillAQP5.PR0HHIII-II-IFlHII卜HIacidic (-) basic (+)所属相册：数据可视化AQP1.PROGLGIAQP2.PR0AQP3.PROAQP4 PROAQP5.PROE qEEmembr.IIGTLgLVL|VLATTDE. lfltmlvl|ifastdI5 F|I

13、 G TA A Lf v| VL AI VDg Y O LIITFgLVFTlFAS|DS. LILTF0LAL|IFSSTDS.K：RigTDJJtsVGSgAL|AL3af其实很多人都会觉得这么漂亮的图肯定做出来很复杂，其实TEXShade需要的很简单，输出上面的结果其实也就是几分钟的事情， 前提是需要你准备好需要展示的序列， 记录好要标注 的位置就0K !例如：对于下面这个看似复杂的可视化结果，其实我们需要的代码很少，只需要5行代码就足够了！AQP1.PR0AQP2.PROAQP3.PROAQP4,PROAQP5.PR0SHU! WTPHig SFFDQF Bjli BmvQLVLgVIQLVLglFALIV0V0A QLV IlqlqifG|LlHAAFlFG：I VELII VELILCgjLE cftacFTAHCD D D D DX且cidic () aliphatic 且lipliattic (small) amidearomatic b且sic (+) hydroxyl imino sulfur上图对应的TEX代码:begintexshadeAQPpr.MSF shadi