新版blast本地化构建+数据库下载+序列间的相似性检索

1、新版blast本地化构建+数据库下载+序列间的相似性检索Ethn obota ny前面记录了 blast-2.2.23-ia32-win32的本地化构建及相似性检索，NCBI新近对blast程序做了一些修改推出了 blast+，这里结合网上资料、 blast+的user manual对blast+的本地化构 建及使用作一引荐。1blast+的本地化构建链接到：ftp:/ftp. ncbi. nlm.n /blast/executables/blast+/LATEST下载ncbi-blast-2.2.23+-ia32-win32.tar.gz （绿色版），解压到d盘，并将文件夹更名为

2、 blast （我 习惯这样做，因为在 dos中写命令时方便），这样就安装完毕了， blast下具2个文件即bin 和 doc。2数据库下载2.1法1:直接从NCBI下载subject序列去掉txt的扩展名做成数据库即*db，然后将query 序列的txt扩展名掉做成查询文件*in。（格式必须是fasta，名字可以自己随便命名）2.2法2:从NCBI中的ftp库下载所需要的某一个库或几个库，其链接为ftp:/ftp .n cbi. nlm.n /blast/db/2.3法3 :利用新版blast自带的update_blastdb.pl进行下载，这需要安装perl程序。2.3.1 p

3、erl程序的下载和安装可google "Perl for Windows ”获得，也可直接按此连接 下载并，安装到任何盘均可。2.3.2 运行 update_blastdb.pl 进行下载开始 运行cmd+确认进入dos系统 输入以下命令打开bin文件夹。斑命令提示符hinvnsnffr Windnus XPR.1.2AHR1<C> 版权所有 1985-2001 Microsoft Co®= Docunent0 andtingsAdminis= tt）：>cd blastbin 0）： blastbin>接着输入下述命令回

4、车查看操作帮助（这一步可以不做，不妨碍后续操作）P： blaatbln>pei*l update Jslastdb.pl还可输入下述命令回车查看NCBI中的库（无需登录NCBI你就可以看到你所需要的库）17 -V- J.I I ZD:XblastXbin>pevl update_blastdb.pl 一一showperl以下载载体库（vector）为例演示如何下载库。输入如下命令回车即可。直到后面出现 done即表示已经下载完毕。如果下载其他数据库，你就可以在上面的 update_blastdb.pl后面的vector换成其它数据库的名字即可。再做本地b

5、last时即可以你下载的压缩文件名代替你bin中*db数据库，进行搜索。上述三种方法各有优缺点，前两种下载速度较快，但是每次进行检索都需要对数据库进行格式化（转化成二进制数据），第三种方法下载速度较慢，但是是NCBI中已经格式化好的，在进行本地检索时不需再进行格式化，直接用即可。3序列间的相似性检索以人的BCL2-like mRNA检索人类的mRNA库为例介绍核酸序列的本地检索。3.1下载人类的mRNA数据库（只能用后 2种方法的其中一种），这里用ftp下载，速度较快， 其链接为 /refseq/H_sapiens/mRNA_Prot/human.rn

6、a.fna.gz解压后置于blast的bin文件夹下。3.2去NCBI下载BCL2-like的mRNA序列，其登录号为 NM_207002.2用作你做该实验的 query序列，将该序列置于 bin中命名为human，并去掉扩展名。3.3格式化数据库开始运行cmd+确认 进入dos系统 输入以下命令打开 bin文件夹。环命令提示符hinvnsnffr Windnus XPR.1.2AHR1<C> 版权所有 1985-2001 Microsoft Corp.C:Documents and SettingsAdministratop>d:D：>cd blastbinD：bla

7、stbin>输入以下命令对数据库进行格式化。1: blast Xbin>makeblastdb-exe -in human . rna. f na -parse_seqids -liash_index -dbtype nucl-in参数后面接将要格式化的数据库，-parse_seqids,-hashndex两个参数一般都带上，主要是为blastdbcmd取子序列时使用，-dbtype nucl告诉程序这是核酸数据库。3.4 运行 blastn （blast+）输入以下命令进行数据检索。D:Xblastbin>blastn.exe -task blastn -query hum

8、an -db human.pna.fna -out test.tx k这样即可在bin下查看结果。 以上实验所输入的全部命令如下:4蛋白序列间的比对检索数据库格式化命令：makeblastdb.exe - in db - parse_seqids- hash_index- dbtype prot比对命令：blastp.exe task blastp cjner- db db out test.txt关于参数的说明:blastp.exe程序执行命令，exe前的程序根据自己的需要而换；-task后面选择你所要用的程序，blastn,blatp,tblastx等；-query后接查询序列的文件名称；-db后接格式化好的数据库名称；-out后接要输出的文件名称及格式；-dbtype后接所格式化的序列的类型，核酸用nucl,蛋白质用prot；makeblastdb.exe 格式化数据库的命令；-helpbl